본 논문에서는 국내 13개 항만을 대상으로, 정상DEA 제1모형에서는 2개의 산출물(수출입 물량, 선박입출항척수)과 2개의 투입물(접안능력, 하역능력), 제2모형에서는 4개의 투입물(접안능력, 하역능력, 경비함정수, 특수함정수)과 2개의 산출물(수출입물량, 선박입출항척수)을 이용하여 전통적인 투입지향, 가변규모수확조건하에서 분석을 통해 상대적인 효율성을 측정하였으며, 기존연구의 한계를 확장시키기 위해서 국내 항만분야에서는 처음으로 Negative DEA분석(산출지향, 가변규모수확조건, 투입요소: 수출입물량, 선박입출항척수, 산출요소: 해양사고, 해상범죄, 해양오염사고)을 통해서 항만운영에 위험이 되는 산출요소를 반영하여 가장 효율적인 항만들이 가장 운영위험이 큰 항만들임을 실증분석을 통해서 보여 주었다. 주요한 실증분석 결과는 다음과 같다. 첫째, 정상 DEA모형에서 운영효율성이 가장 낮은 동해항은 여수항, 부산항, 울산항들의 운영방법을 중-장기적인 측면에서 벤치마킹해야만 한다. 둘째, Negative DEA모형에서 가장 운영위험이 높은 항만들은 태안, 여수, 통영, 부산, 속초항으로 나타났다. 본 연구의 정책적인 함의는 다음과 같다. 즉, 첫째, 항만운영에 관여하는 정책입안가들은 본 연구에서 사용한 정상DEA모형에 의해서 비효율적인 항만들은 단기 중기 장기적으로 벤치마킹항만들의 운영방법을 추구해야만 한다. 둘째, Negative DEA분석을 통해서 가장 운영위험이 높은 항만은 5개 항만인 것으로 나타났다. 즉, 태안, 여수, 통영, 부산, 속초항들이다. 따라서 이러한 항만들은 중-장기적으로는 2층 효율성 분석에서 효율적이지 않은 것으로 나타난 인천, 울산, 포항, 동해항을 벤치마킹해야만 한다. 본 논문의 한계점은 Simak(2000)이 제시한 것과 같은 다양한 방법과 다년도분석법을 사용하여 항만들의 운영위험을 예측하는 측정을 했어야만 했지만 자료수집의 문제점 때문에 그렇게 하지 못하였다. 차후연구에서는 그러한 방법을 다루고자 한다.