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Cloning of α-Amylase Gene from Unculturable Bacterium Using Cow Rumen Metagenome (소 반추위 메타게놈에서 비배양 세균의 α-amylase 유전자 클로닝)

  • Cho, Soo-Jeong;Yun-Han-Dae
    • Journal of Life Science
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    • v.15 no.6 s.73
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    • pp.1013-1021
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    • 2005
  • The metagenomes of complex microbial communities are rich sources of novel biocatalysts. The gene encoding an extracellular $\alpha$-amylase from a genomic DNA of cow rumen was cloned in Escherichia coli DH5$\alpha$ and sequenced. The $\alpha$-amylase (amyA) gene was 1,893 bp in length, encoding a protein of 631 amino acid residues with calculated molecular weight of 70,734 Da. The molecular weight of the enzyme was estimated to be about 71,000 Da by active staining of a SDS-PACE. The enzyme was 21 to $59\%$ sequence identical with other amyloyltic enzymes. The AmyA was optimally active at pH 6.0 and $40\%$. The AmyA had a calculated pI of 5.87. AmyA expressed in E. coli DH5$\alpha$ was enhanced in the presence of $Mg^{2+}$ (20 mM) and $Ca^{2+}$ (30 mM) and inhibited in the presence of $Fe^{2+}$ and $Cu^{2+}$. The origin of amyA gene could not be confirmed by PCR using internal primer of amyA gene from extracted genomic DNA of 49 species rumen culturable bacteria so far. An amyh is supposed to obtained from unculturable rumen bacterium in cow rumen environment.

A Method for Simultaneous Analysis of Phthalate Esters and Di-(2-ethylhexyl) Adipate Migrated from PVC Wraps into Fatty Food (PVC Wraps에서 지방함유 식품으로 이행되는 Phthalate esters 및 Di-(2-ethylhexyl) adipate의 동시 분석법)

  • Lee, Kwang-Ho;Jeon, Dae-Hoon;Jeong, Dong-Youn;Choi, Byung-Hee;Kim, Sung-Wook;Lee, Chul-Won
    • Korean Journal of Food Science and Technology
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    • v.32 no.6
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    • pp.1244-1250
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    • 2000
  • A method for simultaneous quantitative determination of plasticizers such as diethyl phthalate(DEP), di-n-propyl phthalate(DprP), di-n-butyl phthalate(DBP), di-n-pentyl phthalate(DPP), butylbenzyl phthalate(BBP), di-(2-ethylhexyl) phthalate(DEHP), dicyclohexyl phthalate(DCHP) and di-(2-ethylhexyl) adipate(DEHA), which are suspected as endocrine disruptors, in food was studied. A analysis method was optimized for the quantification of plasticizers in Jjambbong, which is a kind of fatty noodle, by using GC/FID. The detection limits of DEP, DprP, DBP, DPP, BBP, DEHP, DCHP and DEHA were 3.5, 5.3, 2.2, 2.2, 7.2, 1.7, 1.9 and 3.0 mg/kg, respectively. Much higher recovery was obtained by extraction with acetone/n-hexane(1:1) rather than hexane solvent system. The recovery of DEP, DprP, DBP, DPP, BBP, DEHP, DCHP and DEHA were 72.7, 85.9, 91.4, 97.1, 100.8, 103.2, 104.3 and 95.8% after 4 time extractions, respectively. The migration of plasticizers from PVC wraps into PVC wrap covered Jjambbong was conducted after shaking(120 rpm) for 30min at room temperature with chosen solvent system. It was found that the migration level of DEHA were 577, 706, 770 mg/kg into Jjambbong, respectively, while the other plasticizers were not observed.

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Optimizing Conditions for Streptomyces chibaensis J-59 Glucose Isomerase Production Using Response Surface Methodology (반응표면분석에 의한 방선균 Streptomyces chibaensis J-59 포도당 이성화효소의 생산 최적화)

  • Joo, Gil-Jae;Park, Heui-Dong
    • Current Research on Agriculture and Life Sciences
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    • v.14
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    • pp.101-110
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    • 1996
  • Using response surface methodology(RSM), the various conditions(agitation speed, air flow, glucose concentration) in jar fermentor culture were investigated to find the optimum conditions for maximum enzyme production. Central-composite-design was used to control the variable constant in the experiment. The glucose isomerase production of Steptomyces chibaensis J-59 was mostly affected by the air flow rate and glucose concentration. The estimated optimum conditions were as follows: 1% birchwood xylan, 1.5% CSL, 0.1% $MgSO_4{\cdot}7H_2O$, 0.012% $CoCl_2{\cdot}6H_2O$, pH 7.0; air flow, 2.2vvm; agitation speed, 587rpm; glucose concentration, 0.586%. Experimental values(7.43GIU/ml) for the enzyme production obtained from the given optimum conditions had a almost resemblane to response values(7.67GIU/ml) predicted by the RSM. The jar fermentor culture by the RSM produced xylose isomerase about 2.7 times as much as the baffled flask culture.

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Power Consumption Analysis of Routing Protocols using Sensor Network Simulator (센서 네트워크 시뮬레이터를 이용한 라우팅 프로토콜의 전력소모량 분석)

  • Kim, Bang-Hyun;Jung, Yong-Doc;Kim, Tea-Kyu;Kim, Jong-Hyun
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.10a
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    • pp.414-418
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    • 2006
  • 유비쿼터스 컴퓨팅의 인프라가 되는 센서 네트워크는 매우 작은 하드웨어로 이루어지는 많은 수의 센서 노드들로 구성된다. 이 네트워크의 토폴로지와 라우팅 방식은 그 목적에 따라 결정되어야 하며, 하드웨어 및 소프트웨어도 필요한 경우에는 변경되어야 한다. 따라서 그러한 네트워크를 최적으로 설계하기 위해서는 시스템 동작을 확인하고 성능을 예측할 수 있는 센서 네트워크 시뮬레이터가 필요하다. 현존하는 몇몇 센서 네트워크 시뮬레이터들은 특정 하드웨어나 운영체제에 맞추어 개발되었기 때문에, 그러한 특정 시스템들을 위해서만 사용될 수 있다. 그리고 시스템 설계 상의 주요 이슈가 되는 전력 소모량 및 프로그램 실행 시간을 추정하기 위한 어떤 수단도 지원하지 못하고 있다. 이 연구에서는 기존의 센서 네트워크 시뮬레이터들이 갖고 있는 문제점을 해결한 시뮬레이터를 개발하고, 센서 네트워크의 계층적 라우팅 프로토콜인 LEACH, TEEN, APTEEN의 전력소모량을 시뮬레이션을 이용하여 분석하였다. 시뮬레이션의 작업부하인 명령어 트레이스로는 ATmega128L 마이크로컨트롤러용 크로스컴파일러에 의해 생성된 실행 이미지를 사용하였다. 따라서 각각의 라우팅 프로토콜을 실제 센서 보드에서 동작하는 응용 프로그램으로 구현하고, 컴파일된 실행 이미지를 작업부하로 사용하여 시뮬레이션 하였다. 라우팅 프로그램들은 ETRI의 센서 네트워크 운영체제인 Nano-Q+ 1.6.1을 기반으로 구현되었으며, 하드웨어 플랫폼은 옥타컴의 센서 보드인 Nano-24이다. 시뮬레이션 결과에 따르면, 센서 네트워크는 그 사용 목적에 따라 라우팅 프로토콜을 적절히 선택해야 한다는 것을 알 수 있다. 즉, LEACH는 주기적으로 네트워크의 상황을 체크해야 하는 경우에 적합하고, TEEN은 환경의 변화를 수시로 감지해야 하는 경우에 적합하다. 그리고 APTEEN은 전력소모량과 기능 측면을 모두 고려할 때 가장 효과적인 라우팅 프로토콜이라고 할 수 있다.iRNA 상의 의존관계를 분석할 수 있었다.수안보 등 지역에서 나타난다 이러한 이상대 주변에는 대개 온천이 발달되어 있었거나 새로 개발되어 있는 곳이다. 온천에 이용하고 있는 시추공의 자료는 배제하였으나 온천이응으로 직접적으로 영향을 받지 않은 시추공의 자료는 사용하였다 이러한 온천 주변 지역이라 하더라도 실제는 온천의 pumping 으로 인한 대류현상으로 주변 일대의 온도를 올려놓았기 때문에 비교적 높은 지열류량 값을 보인다. 한편 한반도 남동부 일대는 이번 추가된 자료에 의해 새로운 지열류량 분포 변화가 나타났다 강원 북부 오색온천지역 부근에서 높은 지열류량 분포를 보이며 또한 우리나라 대단층 중의 하나인 양산단층과 같은 방향으로 발달한 밀양단층, 모량단층, 동래단층 등 주변부로 NNE-SSW 방향의 지열류량 이상대가 발달한다. 이것으로 볼 때 지열류량은 지질구조와 무관하지 않음을 파악할 수 있다. 특히 이러한 단층대 주변은 지열수의 순환이 깊은 심도까지 가능하므로 이러한 대류현상으로 지표부근까지 높은 지온 전달이 되어 나타나는 것으로 판단된다.의 안정된 방사성표지효율을 보였다. $^{99m}Tc$-transferrin을 이용한 감염영상을 성공적으로 얻을 수 있었으며, $^{67}Ga$-citrate 영상과 비교하여 더 빠른 시간 안에 우수한 영상을 얻을 수 있었다. 그러므로 $^{99m}Tc$-transierrin이 감염 병소의 영상진단에 사용될 수 있을 것으로 기대된다.리를 정량화 하였다. 특히 선조체에서의 도파민 유리에 의한 수용체 결합능의 감소는 흡연에 의한 혈중 니코틴의 축적 농도와 양의 상관관계를 보였다(rho=0.9, p=0.04). 결론: $[^{11}C]raclopride$ PET을 이용하여 비흡연 정상인에서 흡연에 의한 도파민 유리를 영상화 및 정량화 하였고, 흡연에 의한 선조체내 도파민 유리는 흡연시 흡수된

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인터넷 질의 처리를 위한 웨이블릿 변환에 기반한 통합 요약정보의 관리

  • Joe, Moon-Jeung;Whang, Kyu-Young;Kim, Sang-Wook;Shim, Kyu-Seok
    • Journal of KIISE:Databases
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    • v.28 no.4
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    • pp.702-714
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    • 2001
  • As Internet technology evolves, there is growing need of Internet queries involving multiple information sources. Efficient processing of such queries necessitates the integrated summary data that compactly represents the data distribution of the entire database scattered over many information sources. This paper presents an efficient method of managing the integrated summary data based on the wavelet transform and addresses Internet query processing using the integrated summary data. The simplest method for creating the integrated summary data would be to summarize the integrated data sidtribution obtained by merging the data distributions in multiple information sources. However, this method suffers from the high cost of transmitting storing and merging a large amount of data distribution. To overcome the drawbacks, we propose a new wavelet transform based method that creates the integrated summary data by merging multiple summary data and effective method for optimizing Internet queries using it A wavelet transformed summary data is converted to satisfy conditions for merging. Moreover i the merging process is very simpe owing to the properties of the wavelet transform. we formally derive the upper bound of the error of the wavelet transformed intergrated summary data. Compared with the histogram-based integrated summary data the wavelet transformedintegrated summary data provesto be 1.6~5.5 time more accurate when used for selectivity estimation in experiments. In processing Internet top-N queries involving 56 information sources using the integrated summary data reduces the processing cost to 1/44 of the cost of not using it.

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Development and Application of a Path-Based Trip Assignment Model under Toll Imposition (통행료체계에서의 경로기반 통행배정모형 개발과 적용에 관한 연구)

  • 권용석
    • Proceedings of the KOR-KST Conference
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    • 2000.02a
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    • pp.3-22
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    • 2000
  • 이용자의 경로선택 형태를 모사하는 통행배정모형 결과의 정확도는 교통계획에 상당한 영향을 미친다. 이용자의 경로선택 결정과정에서 가장 중요한 판단기준은 통행시간과 통행요금이다. 그런데 통행요금은 이용자의 경로거리에 따라 다양한 방식으로 부과되므로, 링크를 분석단위로 하는 기존의 통행배정모형은 현실적인 통행요금 반영이 힘들었고 또한 수요예측 결과를 이용한 다양한 분석에서 제약을 받아 왔다. 본 연구는 이러한 배경에서 경로교통량을 도출할 수 있는 경로기반 통행배정모형을 구축하였고, 또한 경로거리에 따라 결정되는 현실적인 통행요금을 반영할 수 있는 알고리즘을 개발하였다. 경로기반 배정모형에서는 GP(Gradient Projection) 알고리즘을 이용하였고, 계산상의 효율성 제고를 위해 K-최단경로 알고리즘 중 MPS(Minimal Path Search) 알고리즘을 이용하였다. 개발된 배정 모형은 현실적인 통행요금을 반영할 수 있으므로 통행배정 결과의 정밀도를 향상시켰을 뿐만 아니라 기존 배정모형에 비해 최적해로의 수렴속도도 개선되는 것으로 나타났다. 본 논문의 배정모형은 경로교통량이 도출되고 통행요금을 반영할 수 있으므로, 통행요금과 통행 거리 관계에 따른 목적함수의 규명과 그에 따른 효과척도를 계량화할 수 있다. 따라서 본 모형은 통행배정에서 실재상황을 보다 현실여건에 맞도록 규명할 수 있고, 기존의 제한적인 효과분석의 문제점을 해결할 수 있으므로 그 활용범위가 넓다. 또한 본 논문은 개발된 배정모형의 적용사례로서 고속도로 수요관리 요금체계 개선방안을 제시하였다. 기존의 고속도로 통행요금 산정 방법은 이론적 근거가 미약했던 반면, 본 논문에서 개발된 배정모형과 고속도로 수요관리 요금체계 개선방안은 고속도로 통행료 결정에 대한 과학적이고 합리적인 분석방법을 제공하였다.한 민감도 분석을 실시한 결과 대안1의 경우 교통량의 변화 및 화물통행의 시간가치의 증가시 사회적 편익이 오히려 감소하였고, 대안2와 3의 경우 사회적 편익이 증가하는 것을 알 수 있었다. 이는 경부고속도로의 화물차량의 구성비에 따라 대안 1의 경우 오히려 화물차의 통행시간이 증가함에 그 원인이 있다 할 것이다. 이상과 같은 결론을 통하여 경부고속도로상의 화물전용차선의 설치시는 수답렬 교통량의 구성비와 구간 평균교통량에 의하여 그 효과가 다르게 나타남을 알 수 있었다. 따라서 물류비용 절감차원에서의 화물전용차선의 설치는 본 연구에서 나타낸 방법과 같이 수단간의 경제적 편익을 고려한 구간별 시간대별 효과분석을 통하여 정책의 시행여부가 결정되어야 할 것이다. 한편, 화물전용차선의 설치로 인한 물류비용의 절감을 보다 효과적으로 달성하기 위해서는 종합류류 전산망의 시급한 구축과 함께 화물차의 적재율을 높이고 공차율을 낮출 수 있는 운송체계의 수립이 필요한 것으로 판단된다. 그라나 이러한 화물전용차선의 효과는 단기적인 치유책일 수밖에 없기 때문에 물류유통 시설의 확충을 위한 사회간접자본의 구축을 서둘러 시행하여야 할 것이다.으로 처리한 Machine oil, Phenthoate EC 및 Trichlorfon WP는 비교적 약효가 낮았다.>$^{\circ}$E/$\leq$30$^{\circ}$NW 단열군이 연구지역 내에서 지하수 유동성이 가장 높은 단열군으로 추정된다. 이러한 사실은 3개 시추공을 대상으로 실시한 시추공 내 물리검층과 정압주입시험에서도 확인된다.. It was resulted from increase of weight of single cocoon. "Manta"2.5ppm produced 22.2kg of co

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Extensions of X-means with Efficient Learning the Number of Clusters (X-means 확장을 통한 효율적인 집단 개수의 결정)

  • Heo, Gyeong-Yong;Woo, Young-Woon
    • Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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    • v.12 no.4
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    • pp.772-780
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    • 2008
  • K-means is one of the simplest unsupervised learning algorithms that solve the clustering problem. However K-means suffers the basic shortcoming: the number of clusters k has to be known in advance. In this paper, we propose extensions of X-means, which can estimate the number of clusters using Bayesian information criterion(BIC). We introduce two different versions of algorithm: modified X-means(MX-means) and generalized X-means(GX-means), which employ one full covariance matrix for one cluster and so can estimate the number of clusters efficiently without severe over-fitting which X-means suffers due to its spherical cluster assumption. The algorithms start with one cluster and try to split a cluster iteratively to maximize the BIC score. The former uses K-means algorithm to find a set of optimal clusters with current k, which makes it simple and fast. However it generates wrongly estimated centers when the clusters are overlapped. The latter uses EM algorithm to estimate the parameters and generates more stable clusters even when the clusters are overlapped. Experiments with synthetic data show that the purposed methods can provide a robust estimate of the number of clusters and cluster parameters compared to other existing top-down algorithms.

Temperature Control of Seed Germination in Carex arenicola F.Schmidt Native to Korea (온도조건에 따른 자생 진퍼리사초 발아 특성)

  • Kim, Do Hyun;Kim, Sang Geun;Song, Chi Hyeon;Im, Hyeon Jeong;Choi, Kyu Seung;Oh, Beom Seok;Kim, Yang Su;Song, Ki Seon;Won, Chang O
    • Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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    • 2019.10a
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    • pp.17-17
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    • 2019
  • 진퍼리사초는 한반도 중부 이북에 분포하고, 군락 자생지는 강원도 동해안 석호 주변 모래땅 1곳인 것으로 보고되고 있다. 따라서 본 연구는 진퍼리사초 현지외보전을 위한 대량증식 연구의 일환으로 가장 효과적인 파종 시기를 구명하고자 수행하였다. 종자의 최적 발아조건을 찾기 위해 배양상 온도조건을 항온(30, 25, 20, 15, $5^{\circ}C$)과 변온(15/30, 20/10, $25/15^{\circ}C$) 총 8가지 조건으로 설정하여 발아율을 매일 측정하였다. 광조건은 명/암을 매일 12시간씩 반복하였으며 모든 실험은 국립백두대간수목원 발아실험실의 생장상에서 진행하였다. 실험결과, 항온조건에서 발아율은 $30^{\circ}C$에서 $39{\pm}7.5%$로 가장 높게 나타났고, $20^{\circ}C$ ($28{\pm}4.3%$), $25^{\circ}C$ ($24{\pm}3.7%$) 순으로 나타났으며, $15^{\circ}C$, $5^{\circ}C$에서는 발아하지 않았다. 한편, 변온조건에서의 발아율은 $25/15^{\circ}C$에서 $60{\pm}5.9%$로 가장 높게 나타났고, $15/30^{\circ}C$ ($43{\pm}4.1%$), $20/10^{\circ}C$ ($26{\pm}3.8%$) 순으로 나타났다. 따라서 진퍼리사초의 종자 발아는 항온보다 변온에서 잘 이루어졌으며, $25^{\circ}C$이상의 온도가 효과적인 것으로 나타났다. 이러한 결과를 바탕으로 가장 효과적인 파종 시기를 추정할 때, 낮 기온이 평균 $25^{\circ}C$이상이며, 일교차가 $10^{\circ}C$ 정도인 초여름이 가장 적절할 것으로 여겨진다.

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A Study on the Methodology of Early Diagnosis of Dementia Based on AI (Artificial Intelligence) (인공지능(AI) 기반 치매 조기진단 방법론에 관한 연구)

  • Oh, Sung Hoon;Jeon, Young Jun;Kwon, Young Woo;Jeong, Seok Chan
    • The Journal of Bigdata
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    • v.6 no.1
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    • pp.37-49
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    • 2021
  • The number of dementia patients in Korea is estimated to be over 800,000, and the severity of dementia is becoming a social problem. However, no treatment or drug has yet been developed to cure dementia worldwide. The number of dementia patients is expected to increase further due to the rapid aging of the population. Currently, early detection of dementia and delaying the course of dementia symptoms is the best alternative. This study presented a methodology for early diagnosis of dementia by measuring and analyzing amyloid plaques. This vital protein can most clearly and early diagnose dementia in the retina through AI-based image analysis. We performed binary classification and multi-classification learning based on CNN on retina data. We also developed a deep learning algorithm that can diagnose dementia early based on pre-processed retinal data. Accuracy and recall of the deep learning model were verified, and as a result of the verification, and derived results that satisfy both recall and accuracy. In the future, we plan to continue the study based on clinical data of actual dementia patients, and the results of this study are expected to solve the dementia problem.

A Study on the Distribution of Cold Water Occurrence using K-Means Clustering (K-Means Clustering을 활용한 냉수대 발생 분포에 관한 연구)

  • Kim, Bum-Kyu;Yoon, Hong-Joo;Lee, Jun Ho
    • The Journal of the Korea institute of electronic communication sciences
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    • v.16 no.2
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    • pp.371-378
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    • 2021
  • In this study, in order to analyze the spatial distribution of cold water occurred in the Southeast Sea of Korea, the K-means clustering method was used to analyze the ocean observatory buoy of Gori and Yangpo and GHTSST Level 4 from 2016 to 2018. The buoy data was used to identify the change in sea water temperature and the cold water occurrence at Gori and Yangpo in the Southeast Sea. As a result, the sea water temperature of Gori and Yangpo decreased equally at the cold water occurrence. Therefore, the reciprocal of the sea water temperature and the variance of SST were compared to see the changes of SST when the cold water occurs. When the reciprocal of the sea water temperature increases, the dispersion of SST also increases. Through this, it can be seen that there is a change in the water temperature distribution of SST in the sea when the cold water occurs. After that, K-means clustering was used to classify the cold water. After analyzing the optimal K value for clustering by using the Elbow method, it was possible to classify a region with cold water. Through this, it is estimated that the spatial distribution and diffusion range of the cold water, and it can be estimated and used in future studies to identify damage caused by the cold water and predict spatial spread.