• Annual Conference of KIPS
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• 2014.11a
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• pp.59-61
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• 2014

유전체 연구를 위한 분석 작업은 표준유전체에 시퀀스 데이터를 정렬하는 과정을 필수적으로 요구한다. 정렬에는 single-end 또는 paired-end reads가 사용된다. Paired-end reads는 유전체 조각의 양쪽에서 시퀀싱 된 데이터로 좀 더 긴 길이에 대한 정보를 얻을 수 있어 많이 이용된다. 정렬 툴 자체적으로 paired-end reads를 다룰수 있으나, 병합툴을 활용하는 것이 더 좋은 결과를 보인다. 다섯 가지 병합툴 중에서 CASPER와 pear에서 정렬 이득이 가장 크게 나타난다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2014.11a
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• pp.669-671
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• 2014

High Throughput Sequencing (HTS) 기술의 발달로 인해 시퀀싱 비용이 감소함에 따라 다양한 분야에서 이를 활용한 융합 연구가 활발하게 진행되고 있다. HTS 기술에서 가장 중요한 부분은 수백만개의 short read 들을 표준유전체 (reference genome)에 정렬시키는 것인데 RNA 시퀀싱 (RNA-Seq) 의 경우 RNA splicing 으로 인해 일반적인 aligner 로 처리가 불가능하다. 복잡한 RNA-Seq 정렬 문제를 해결하기 위해 그동안 다양한 알고리즘들이 제안되어 왔다. 본 논문에서는 RNA-seq 정렬분야에서 잘 알려진 알고리즘들과 최신 알고리즘들을 살펴봄으로써 RNA-seq 정렬 알고리즘의 동향을 살펴보고자 한다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2002.04b
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• pp.1293-1296
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• 2002

본 연구에서는 서브 스위치를 이용한 오류허용 정렬 네트워크를 제안한다. 기존의 정렬 네트워크에서는 여분의 경로와 네트워크의 복잡성문제가 있었다. 제안된 구조에서는 여분 경로를 확장시키기 위해서 각 스테이지마다 $\frac{N}{4}\sum\limits_{i=0}^{n=2}{(\frac{1}{2})}^i$ (N=입 출력수) 서브 스위치를 추가함으로써 여분의 경로가 $3^{n(n+1)/2}$만큼 증가하였다. 또한 제안된 정렬 네트워크는 기존의 네트워크의 이중 네트워크 plane 개념에서 사용한 스위치 소자와 링크 수와 비교해 볼 때 제안된 구조의 단일 plane을 이용한 구조가 복잡도에서 낮다. 결론적으로 제안된 서브 스위치를 이용한 오류 허용 정렬 네트워크는 여분의 경로를 증가시키면서 하드웨어적 복잡도를 감소시킬 수 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2012.06c
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• pp.16-18
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• 2012

플래시메모리는 빠른 성능 및 저전력 등 여러 가지 장점 덕분에 저장장치 시장에서 최근 빠른 속도로 하드디스크를 대체해 가고 있다. 특히, 엔터프라이즈 데이터베이스 분야에서 가격 대비 성능 면에서 효과가 높기 때문에 더 주목을 받고 있다. 데이터베이스 분야에서 조인은 가장 자주 사용되는 연산으로 그 성능 개선이 중요한데, 본 논문에서는 플래시메모리를 위한 새로운 조인 처리의 한 방법으로 정렬 인덱스 스캔 방식을 활용하는 방안은 제시한다. 정렬 인덱스 스캔은 최근 플래시메모리 상에서 테이블에 대한 접근 방식의 하나로, 조인결과의 정렬을 고려할 경우, 기존의 전체 테이블 스캔에 기반을 둔 해시조인이나 정렬합병조인과 비교했을 때 상당한 성능 개선을 보장한다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2012.11a
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• pp.330-332
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• 2012

본 논문에서는 임의의 정렬되지 않은 평면 점집합(Plane Point Set)에서 정렬을 고려한 개선된 Convex Hull 알고리즘을 제안한다. 이 알고리즘은 Convex Hull의 극점(Extreme Point) 특성을 이용하여 처리 데이터를 한정하기 때문에 계산복잡도를 낮춘다. 각 단계마다 볼록 정점(Convex Vertex)만을 판별하는 조건을 이용하여 한 번의 스캔으로 온전한 Convex Set이 구한다. 알고리즘 초기에 점집합의 정렬이 필요한데, 이때 걸리는 시간이 알고리즘 전체 동작시간의 대부분을 차지하는 만큼, 특성에 맞는 방법을 사용하여 빠르게 정렬하였다. 일반적인 상황을 가정하고 점집합을 랜덤하게 구성하여 실험하였으며 기존의 알고리즘에 비해 약 두 배의 속도 향상이 있음을 확인하였다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2012.04a
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• pp.402-405
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• 2012

문서와 문서간의 유사도들 측정하는 방법 은 크게 지문법 (fingerprint)을 이용한 방법과 서열 정렬(sequence alignment)알고리즘을 이용한 방법이 있다. 두 방법은 각각 속도와 정확도라는 장점을 가지고 있다. 다단계정렬(MLA, Multi-Level alignment))는 이러한 두 방법을 조합하여 탐색 속도와 정확도 사이의 비중을 사용자가 결정할 수 있도록 하기 위한 방법이다.[1] 다단계 정렬은 두 문서를 단위 블록(basis block)로 나누고 블록 간의 벡터를 비교하여 유사도를 측정하게 되는데, 본 연구에서는 초성 추출 및 어간 추출을 통해 단위 블록의 벡터를 빠른 시 간에 생성하고 비교하는 방법과 다단계 탐색을 통해 정확도를 유지하면서 빠르게 유사도를 측정하는 방식에 대해 설명한다. 실험결과 제안 방법을 통해 다단계 정렬 방법을 이용한 대용량 문서 비교의 속도가 2 배 이상 빨라짐을 보인다.

• Proceedings of the Korean Society of Broadcast Engineers Conference
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• 2022.11a
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• pp.141-144
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• 2022

최근 인터넷을 통한 동영상 제공 서비스가 확대됨에 따라 높은 품질의 온라인 컨텐츠에 대한 수요가 급증하고 있다. 그런데 넓은 동적 범위를 표현할 수 있는 High Dynamic Range (HDR) 컨텐츠의 공급은 수요를 따라가지 못하고 있는 실정이다. 본 논문에서는 밝기가 다른 프레임들로 구성된 Low Dynamic Range (LDR) 동영상을 이용해 HDR 영상을 생성하는 방법을 제안한다. 우선, 프레임들 간에 움직임이 존재하기 때문에 정렬 과정을 통해 이웃 프레임들을 중심 프레임에 맞추어 정렬한다. 이때 내용 (content) 기반으로 정렬을 해 정확도를 높이고, 원래 크기의 입력을 그대로 이용하는 모듈을 함께 사용하여 세부 정보도 잘 살려준다. 그리고 나서 잘 정렬된 다중 프레임들을 합쳐서 하나의 HDR 프레임을 생성한다. 실험을 통해 기존 방법들에 비해 우수한 성능을 보임을 확인하였다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2008.05a
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• pp.601-604
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• 2008

전위그래프와 버블정렬그래프는 스타그래프가 갖는 노드대칭성, 재귀적구조, 최대 고장허용도 등 그래프이론 관점에서 좋은 성질을 갖는 상호연결망이다. 본 논문에서는 버블정렬(bubblesort)그래프 $B_n$와 버블정렬-스타(bubblesort star)그래프가 전위(Transposition) 그래프 $T_n$의 서브그래프임을 보인다. 또한, 전위(Transposition)그래프 $T_n$을 버블정렬(Bubblesort)그래프 $B_n$으로 임베딩하는 연장율이 O(n)임을 보인다.

• Korean Journal of Optics and Photonics
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• v.17 no.4
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• pp.354-358
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• 2006

A silicon lens and an insulator of pyrex, components of a micro-electron column, should be assembled by aligning and stacking simultaneously. An optical alignment of a diffraction beam and a laser welding were employed for the assembly of a source lens and an Einzel lens with precision within $\pm$4% for the maximum aperture size. The experimental condition for optical alignment and laser welding are explained. Anodic bonding was used to assist in stacking lenses. A micro-electron column of smaller apertures assembled with precise alignment and fabrication was tested with a current image of a Cu grid of 9$\mu$m in linewidth, and showed a higher resolution in acceleration mode.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.10 no.5 s.37
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• pp.1-10
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• 2005

Multiple sequence alignment(MSA) is a fundamental technique of DNA and Protein sequence analysis. Biological sequences are aligned vertically in order to show the similarities and differences among them. In this Paper, we Propose an effcient group alignment method, which is based on clustering divergency, to Perform the alignment between two groups of sequences. The Proposed algorithm is a clustering divergence(CDMS)-based multiple sequence alignment and a top-down approach. The algorithm builds the tree topology for merging. It is so based on the concept that two sequences having the longest distance should be spilt into two clusters. We expect that our sequence alignment algorithm improves its qualify and speeds up better than traditional algorithm Clustal-W.