Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2014.11a
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  • Pages.59-61
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  • 2014
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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Alignment Benefits of Merging Paired-End Reads in Genome Analysis

유전체 연구를 위한 Paired-End Reads 병합 데이터의 정렬 이득에 관한 분석

  • Kwon, Sun Young (Dept of Electrical and Computer Engineering, Seoul University) ;
  • Yoon, Sungroh (Dept of Electrical and Computer Engineering, Seoul University)
  • 권선영 (서울대학교 전기정보공학부) ;
  • 윤성로 (서울대학교 전기정보공학부)
  • Published : 2014.11.05
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Abstract

유전체 연구를 위한 분석 작업은 표준유전체에 시퀀스 데이터를 정렬하는 과정을 필수적으로 요구한다. 정렬에는 single-end 또는 paired-end reads가 사용된다. Paired-end reads는 유전체 조각의 양쪽에서 시퀀싱 된 데이터로 좀 더 긴 길이에 대한 정보를 얻을 수 있어 많이 이용된다. 정렬 툴 자체적으로 paired-end reads를 다룰수 있으나, 병합툴을 활용하는 것이 더 좋은 결과를 보인다. 다섯 가지 병합툴 중에서 CASPER와 pear에서 정렬 이득이 가장 크게 나타난다.

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