• 제목/요약/키워드: 이차 부분율

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클러스터링 단백질 데이터베이스와 데이터 분산 기법을 적용한 단백질 이차구조예측 시스템 설계 (Protein Secondary Structure System Design Using Clustering Protein Database and Data Distribution Scheme)

  • 이수진;김재훈;정진원;이원태
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2003년도 봄 학술발표논문집 Vol.30 No.1 (A)
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    • pp.82-84
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    • 2003
  • 생물학 데이터베이스의 크기가 점점 증가함에 따라 데이터베이스를 사용하여 서열을 정렬할 경우 많은 처리시간이 필요하게 되었다. 단백질 이차구조예측 시스템에서 단백질 서열 데이터베이스를 이용해 사용자의 서열들을 정렬하는 부분에서도 많은 처리 시간을 요구한다. 본 논문에서는 단백질 데이터베이스를 비슷한 크기로 나눠 여러 노드에서 서열 정렬을 분산 처리하여 처리율을 높이고자 했다. 또한, ClustalW에서 서열들의 관계에 따라 다양한 BLOSUM을 사용하여 정렬의 정확도를 높이는 휴리스틱 전략을 적용하기 위해 기존의 데이터베이스를 클러스터링 하였다. 클러스터링된 데이터베이스의 대표서열과 사용자 서열의 거리를 비교하여 적합한 BLOSUM을 선택하여 보다 정확한 서열 정렬을 통해 단백질 이차구조예측의 정확도를 높이게 될 것이다. 본 논문에서는 대용량의 단백질 데이터베이스를 여러 노드를 사용하여 병렬 클러스터링하여 이를 이차구조예측 시스템에 적용하여 처리율과 정확도를 높이고자 하였다.

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다중 혼합기 난류 비예혼합 연소시스템에 대한 수치모델링 (Two Conserved Scalar Approach for the Turbulent Nonpremixed Flames)

  • 김군홍;강성모;김용모;안국영
    • 한국연소학회:학술대회논문집
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    • 대한연소학회 2003년도 제27회 KOSCO SYMPOSIUM 논문집
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    • pp.57-61
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    • 2003
  • In the combustion modeling of non-premixed flames, the mixture fraction conserved scalar approach is widely utilized because reactants are mixed at the molecular level before burning and atomic elements are conserved in chemical reactions. In the mixture fraction approach, combustion process is simplified to a mixing problem and the interaction between chemistry and turbulence could be modelled by many sophisticated combustion models including the flamelet model and CMC. However, most of the mixture fraction approach is restricted to one mixture system. In this study, the flamelet model based on the two-feed system is extended to the multiple fuel-feeding systems by the two mixture fraction conserved scalar approach.

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이차원 블록 추정을 이용한 적응 CFAR 알고리즘 (Adaptive CFAR Algorithm using Two-Dimensional Block Estimation)

  • 최병관;이민준;김환우
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제42권1호
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    • pp.101-108
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    • 2005
  • 적응 CFAR(Constant False Alarm Rate) 알고리즘은 클러터 배경 환경에서 일정한 오경보 율을 유지하면서 탐지확률을 높이기 위해 사용된다. 특히 공간 상관관계, 크기 편차가 큰 비 균일한 클러터 환경에서 탐지성능을 향상시키기 위해서는 공간변화에 적응적인 필터링 기법이 요구된다. 본 논문에서는 클러터 배경추정을 위해 이차원적으로 영역을 구분하여 대표 추정 값을 구하고, 보간(interpolation) 필터를 이용하여 최종 추정 값을 결정하는 이차원 블록 보간(Two-dimensional Block Interpolation : TBI) 적응 CFAR 알고리즘을 제안한다. 제안한 방법은 부분영역의 히스토그램 분포 중앙값을 영역 추정 값으로 선택함으로 불규칙 간섭신호 제거에 효과적이며, 블록 노드 추정 값을 이용하여 각 셀에 대한 최종 추정 값을 얻는 방식을 취함으로 인해 거리 셀 수가 많고, 고도 빔 수가 많은 시스템에서 클러터 필터링에 필요한 메모리 공간을 줄이는데 이점이 있다. 컴퓨터 모의실험을 통해 기존의 트랜스버설(transversal) 방식, 회귀(recursive)방식의 적응 CFAR 알고리즘과 탐지성능, 필요메모리 측면에서 성능을 비교하여 제안한 방법의 우수성을 확인한다.

용균성 야생 점액세균의 분리 (Isolation and Characterization of Bacteriolytic Wild Myxobacteria)

  • 박수연;이봉수;김지훈;이차율;장은혜;조경연
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.218-223
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    • 2004
  • 용균성 야생 점액세균 204균주를 국내 토양으로부터 순수분리하였고, 분리균주의 16S rRNA 부분 염기서열을 결정하였다. Ribosomal Database Project(RDP) II를 이용하여 분리균주 각각의 16S rRNA 염기서열을 분석한 결과 전체 분리균주의 65%를 차지하는 132 균주들이 Myxococcus 속에 속할 것으로 예상되었으며, 29%를 차지하는 59 균주들이 Corallococcus 속, 4 균주가 Archangium 속, 그리고 4 균주가 Stigmatella 속에 속할 것으로 분석되었다. 그리고 나머지 5 균주는 알려진 균주와의 유연관계가 멀어 분류가 확실하지 않았다. 한편, 16S rRNA염기서열의 비교분석은 분리균주의 50%가 16S rRNA부분 염기서열상에 적어도 한 염기 이상의 차이를 지니고 있음을 보여주었다. 하지만 동일한 염기서열을 지니는 것으로 분석된 균주에서도 서로 다른 집락모서리를 형성하는 등 다른 균주로 판명되는 것으로 보아 전체 분리균주는 다양성이 81% 이상인 다양한 균주들인 것으로 사료되었다.

예측 오류 필터를 이용한 블라인드 결정 궤환 등화기 추정 기법 (Blind Direct Decision Feedback Equalization using Prediction Error Filters)

  • 유화선;홍대식
    • 한국통신학회논문지
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    • 제28권3C호
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    • pp.279-285
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    • 2003
  • 본 논문에서는 채널 추정 과정이 필요하지 않은 블라인드 결정 궤환 등화기를 제안하였다. 등화기 계수는 수신신호의 이차 통계 특성을 이용하여 직접 얻어진다. 최적화된 다단계 예측 오류 필터(PEF)의 출력은 채널의 부분응답과 송신 신호열의 곱으로 표현되기 때문에, 역방향 다단계 PEF는 블라인드 결정 궤환 등화기의 피드포워드필터 (FFF)로 사용될 수 있다. 또한 이에 따른 피드백 필터는 심볼율 부분 채널 응답을 통해서 얻어진다. 제안되는 기법은 정확한 채널의 길이를 알지 않아도 안정적인 성능을 가진다는 점에서 기존의 블라인드 채널 추정기법에 비해 장점을 가진다.

기질적 뇌병변에 의한 간질환자에서 수면이 간질파의 발생에 미치는 영향 : 통상적 뇌파 분석 (Effect of Sleep on Epileptiform Discharges in Epileptic Patients with Structural Lesion : Based on Routine EEG)

  • 이세진;하정상
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제24권2호
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    • pp.107-118
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    • 2007
  • 기질적 뇌병변에 의한 부분 간질환자에서 수면이 간질파의 발생에 미치는 영향을 밝히기 위하여 본 연구를 시행하였다. 기질적 뇌병변에 의한 부분 간질환자 16명과 뇌병변이 없는 34명을 대상으로 50% 수면박탈 후에 통상적인 각성뇌파와 수면뇌파를 동시에 기록하였다. 각성 간질파 지수, 수면 간질파 지수 및 수면에 의한 간질파 지수의 증가율을 구한 후에 기질적 병변의 유무, 발작 및 간질의 종류, 야간 수면 발작의 유무, 이차적 전신성 발작의 유무, 항경련제의 복용 여부, 환자의 나이 및 간질의 발병 연령과 유병 기간에 따른 유의한 차이가 있는지 분석하였다. 1. NREM 수면 기간에 간질파의 발생이 유의하게 증가하였으나 기질적인 뇌병변의 유무에 따른 차이는 없었다(p<0.05). 2. 수면 기간 중 간질파의 증가는 이차적 전신발작의 빈도, 간질 및 발작의 종류, 야간 수면 발작의 빈도, 항경련제 복용에 따른 유의한 차이가 없었다. 3. 전체 50명 가운데 13명(26%) 에서는 수면 상태에서만 간질파가 관찰되었고, 1명(2%) 에서는 각성 상태에서만 간질파가 관찰되었다. 4. 대상 환자 50명 가운데 44명(88%)에서 수면 간질파 지수가 높았고, 5명(10%)에서는 각성 간질파 지수가 높았다(p<0.01). 이상의 결과로 볼 때 기질적 뇌병변을 가진 부분 간질환자에서 통상적인 외래 뇌파검사의 진단율을 높이고 간질파를 활성화시키기 위해서는 수면박탈 후에 각성 상태뿐만 아니라 NREM 수면 상태의 뇌파를 기록하여야 할 것이다.

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Midloop 운전중 RHR 기능 상실사고시 수위지시계 파손 및 Letdown 유동효과 분석

  • 김원석;손영석;정영종;김경두;장원표
    • 한국원자력학회:학술대회논문집
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    • 한국원자력학회 1996년도 추계학술발표회논문집(1)
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    • pp.334-339
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    • 1996
  • Midloop 운전중 RHR 기능 상실사고를 모의 실험한 Bethsy 6.9d에 대해 CATHARE2 코드를 이용하여 해석하였다. 이 실험의 초기조건은 계통수위를 고온관 중간까지 낮추고, 그 윗부분은 비응축 가스로 차 있는 midloop 상태를 유지하는 것이다. 잔열은 원자로 정지 2일 후를 가정한 노심출력을 사용하였으며, 계통내 방출유로는 상부의 Upper head vent와 가압기 vent 및 고온관 1에 연결된 Letdown line과 수위지시계 방출유로가 열려 있다고 가정하였다. 또한 세 개의 loop중 증기발생기 한대만 이유 가능하고, 나머지 두 대는 이차측이 공기로 가득 차 있는 상태를 유지하였다. 이 연구의 주된 목적은 midloop 운전중 RHR 기능 상실사고에 대한 위와같은 상태에서 계통의 열수력적 현상을 실험을 통해 이해하고 코드 예측능력을 평가하는 것이다. CATHARE2 코드 계산결과 대체적으로 실험의 현상을 잘 모의하고 있으나 다음 사항에 대해서는 차이를 보이고 있다. 첫째 노심내 물의 혼합을 적절히 모의하지 못하여, 노심내 국부적 증기 발생 시점이 실험에 비해 약 250초 빨리 나타났다. 둘째 노심에서 고온관으로의 물의 유입이 많아 고온관에서 기포율이 실험에 비해 낮게 나타났다. 마지막으로 밀림관(surge line)에서 물의 유입에 의한 압력차가 실험보다 높게 나타났다.

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갯기름나물의 체세포배 분화와 기관 분화를 통한 재분화 (Plant Regeneration via Somatic Embryogenesis and Organogenesis from Peucedanum japonicum $T_HUNB$)

  • 김옥태;김광수;안준철;황백
    • 식물조직배양학회지
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    • 제28권1호
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    • pp.21-24
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    • 2001
  • 식용 및 약용으로 사용되는 갯기름나물의 기내배양을 통한 재분화율을 조사하였다. 캘러스는 잎과 엽병의 절편체에서 발생하였고 0∼5 mg/L의 NAA와 0∼10 mg/L BA가 첨가된 MS 기본배지에 치상하여 암배양 결과 자발적인 배 분화와 기관 분화를 보여주었으며 2.5 mg/L NAA와 10 mg/L BA의 조건에서 재분화율이 가장 높았다. 체세포 배의 발생양상은 구형, 심장형, 어뢰형을 거쳐 자엽 단계로 발달하여 전형적인 접합자 배의 모습으로 발달하였다. 배 발생한 일차 체세포배를 0.2 mg/L의 NAA가 첨가된 배지에서 배양하였을 때, 이차 체세포배가 발생하였으며 주로 일차 체세포배의 배축과 하배축에서 많이 발생하였고 그 다음으로 자엽이나 뿌리 부분에서 발생하였다.

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분산 돌연변이 점액세균의 분리 (Isolation of Dispersed Mutants from Wild Myxobacteria.)

  • 이봉수;이차율;조경연
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.342-347
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    • 2003
  • 세포들간의 응집 및 배양용기 표면에의 부착은 야생 점액 세균의 액체배양에 큰 장애물로 작용한다. 이러한 장애를 해결하기 위한 한 방안으로 야생 점액세균으로부터 자연적 분산 돌연변이 균주를 얻는 방법을 시도해 보았다. 실험 대상으로 사용한 균주 M. stipitatus KYC1001은 충남 계룡산의 토양에서 분리된 점액세균으로, 다른 점액세균들과 마찬가지로 액체배지 내에서 대부분의 세포들이 응집체를 형성하거나, 배양용기의 표면에 달라붙는다. 본 연구에서는 야생형 균주들이 세포응집체를 형성하거나 배양용기의 표면에 달라붙게 되는 반면 분산 돌연변이 세포들은 배지 내에 자유로이 떠돌아다니게 될 것이라는 특성을 이용하여, 배양액의 상등액만을 30일에 걸쳐 10회 계대 배양함으로서 분산되어 상등액에 존재할 자연적 분산 돌연변이 세포들을 농화 배양하였다. 그 결과, 액체배지에서 완전히 분산되어 성장하는 한 균주, KYC2001과 부분적으로 분산하여 성장하는 세 균주, KYC2002, 2003, 2004를 얻을 수 있었다.

확률적 가진입력을 받는 건축구조물의 최대응답 제한을 위한 선형이차안정기의 최적설계 (Optimal Design of Linear Quadratic Regulator Restrict Maximum Responses of Building Structures Subject to Stochastic Excitation)

  • 박지훈;황재승;민경원
    • 한국지진공학회논문집
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    • 제5권6호
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    • pp.37-46
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    • 2001
  • 본 연구에서는 부분적으로 정상상태 확률과정으로 모델링할 수 있는 가진입력에 대하여 확률적으로 정의된 구조물의 최대응답에 대한 구속조건을 만족시키면서 제어력을 최소화 할 수 있는 최적설계 방법을 제안한다. 최적화 과정에서 안정성의 확보를 위해 제어기를 전상태 피드백 LQR제어기의 형태로 한정하였으며 가중치 행렬을 설계변수로 하고 Riccati 행렬을 매개변수로 하여 목적함수와 구속조건 함수 및 그 기울기를 계산한다. 제안된 방법을 통해 설계된 전상태 피드백 LQR제어기는 목표 응답성능을 만족시킬 수 있었고 이에 필요한 최대 제어력을 확률적으로 정량화하여 제어금기의 제작에 유용한 자료가 될 수 있도록 하였다. 상태변수 추정을 위해 독립적으로 설계된 Kalman 필터와 최적화된 LQR 제어기가 결합된 LQG 제어기 및 그 차수를 축소시킨 제어기는 모두 큰 성능의 저하가 없었으며 따라서 제안된 설계방법을 이용하여 구조물의 최대응답에 관한 구속조건을 만족시키는 출력 피드백 제어기 설계가 충분히 가능함을 확인하였다.

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