• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2017.04a
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• pp.848-849
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• 2017

차세대 염기 분석(NGS) 장비의 발달로 시퀀스 분석에 대한 연구는 가속화 되고 있다. 조각들로 이루어진 리드들을 어셈블하는 방법부터 이미 유전체의 정보가 알려진 데이터베이스를 이용하여 정보를 명명하는 방법까지 다양한 방법들에 대한 방법들이 주를 이루고 있다. 하지만 어셈블하는 툴마다 다른 입력 포맷을 요구하고 있어 NGS의 결과로 다양한 방법으로 어셈블하여 비교 분석하기 쉽지 않다. 뿐만 아니라 생물 학자들이 세포내의 진화나 계통발생학적 분류를 위한 연구를 위해서 유전체 지도 완성 후 세포내의 기관별 분리 분석이 필요하나 참고 시퀀스로부터 매핑 및 기관별 분리 분석을 위해 사용목적에 따라 입력 포맷이 다른 다른 툴을 사용해야한다. 따라서 본 논문에서는 핵, 색소체, 미토콘드리아와 같은 세포내 기관에 대한 정보를 알기 위해 최소의 정보를 입력하여 분석하고자하는 시퀀스을 입력하여, 최대한 유사하게 매칭되는 유전체를 찾아 분석하는 방법을 제안함으로써, 진핵세포내의 발생학적 연구에 도움이 되는 방법을 제안하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2012.06c
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• pp.19-21
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• 2012

모든 암 세포는 체세포 변이를 동반한다. 따라서 암 유전체 변이 분석에 의하여 암을 발생시키는 유전자 및 진단/치료법을 찾아낼 수 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 데이터를 이용하여 암 특이적 단이 반복 변이(copy number variation, CNV) 유형을 밝히는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안하는 방식은 암 환자의 정상 세포와 암세포로부터 얻어진 정상 유전체와 암 유전체를 동시 분석하여 각각 CNV 후보 영역을 추출하며, 통계적 유의성 분석을 통하여 암 특이적 CNV 후보 영역을 선별하고, 다음 후처리 과정에서 참조 표준 서열(reference sequence)에 존재하는 오류 영역 보정 작업을 수행하여 정확한 암 특이적 CNV 영역을 추출해 낸다. 또한 다수의 대용량 유전체 데이터 동시 분석을 위하여 맵리듀스(MapReduce) 기법을 기반으로 하는 병렬 수행 알고리즘을 제안한다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.43 no.4
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• pp.317-320
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• 2007

In this paper, we have developed base-calling error detection program and algorithm which show the list of the genes or sequences that are suspected to contain base-calling errors. Those programs detect dubious bases in a few aspects in the process of microbial genome project. The first module detects base-calling error from the Phrap file by using contig assembly information. The second module analyzes frame shift mutation if it is originated from real mutation or artifact. Finally, in the case that there is control microbial genome annotation information, the third module extracts and shows the candidate base-calling error list by comparative genome analysis method.

• Proceedings of the International Microelectronics And Packaging Society Conference
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• 2000.11a
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• pp.81-85
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• 2000

마이크로파대역에서 우수한 유전적 특성을 가지며 소결이 90$0^{\circ}C$ 이하에서 가능하여 Ag와 동시 소결이 가능한 유전체 조성을 개발하여 RF MCM-C(Multi-chip Module on Ceramic) 제조를 위한 유전체 테잎 제조에 대한 기초적인 실험과 Ag 전극과 동시소성에 대한 반응성 실험을 하였다. 본 실험에 앞서 개발된 유전체 조성의 마이크로대역에서의 유전특성은 유전율 24, 품질계수 30,000 이상, 공진주파수 온도계수 37 ppm/$^{\circ}C$ 이었고 소결온도는 85$0^{\circ}C$이었다. 이 유전체를 이용결함 없는 테잎 제조를 위한 유기용매의 선택, 바인더 및 가소제의 량 및 비에 따른 테잎의 소결 전 .후의 상태를 비교.분석하여 최적의 조성비를 결정하였다. 테잎과 은전극과의 반응성 실험결과 은과 유전체의 상호확산은 거의 이루어지지 않음을 확인하였다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.54 no.2
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• pp.167-168
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• 2018

Here we report the complete genome sequence of Staphylococcus xylosus S170, strong biofilm-producing strain, which comprised a single circular 2,910,005 bp chromosome and 32.97% G + C content. The genome included 2,674 protein-coding sequences, 22 rRNA genes, and 57 tRNA genes. Gene analysis of S. xylosus S170 could contribute to better understanding of biofilm-forming mechanisms.

• Journal of the Korean Society of International Agriculture
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• v.23 no.5
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• pp.560-569
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• 2011

In Japan, plant genomics research is mainly leaded by the national research institutes. The various structural studies such as rice genome has allowed researchers to analyze useful traits, and to focus their commercialization. With aims to facilitate structural and functional study in plant genome, NIAS (National Institute of Agrobiological Sciences) constructed Poaceae genome DB and RIKEN (Rikagaku Kenkyusho) built DB for Arabidopsis genome and plant full-length cDNA. NIG (National Institute of Genetics) constructed a national biological resources DB (National Bio Resource Project). This compiling DB provides a variety of genome-related research materials for researchers in the field. Recently, as an effort to resolve global issues of food supply and environmental problems, New Agri-genome Project has been performed aiming to develop an innovative agricultural technologies for the quantity, disease resistance and identifying useful genes related to environmental problems. In addition, in order to improve agricultural productivity in developing countries, JIRCAS assisted technical supports for the plant genome research and developed NERICA rice, which is suitable for African area. Such these approaches are expected to contribute to solving the global issues about food, energy and environment in the world.

• KOGO NEWS
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• v.6 no.3
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• pp.5-7
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• 2006

• KOGO NEWS
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• v.6 no.3
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• pp.20-21
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• 2006

• KOGO NEWS
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• v.6 no.1
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• pp.7-8
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• 2006

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.18D no.2
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• pp.89-100
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• 2011

The CNV (Copy Number Variation) which is one of the genetic structural variations in human genome is closely related with the function of gene. In particular, the genome-wide association studies for genetic diseased persons have been researched. However, there have been few studies which infer the genetic function of CNV with normal human. In this paper, we propose the analysis method to reveal the functional relationship between common CNV and genes without considering their genomic loci. To achieve that, we propose the data integration method for heterogeneity biological data and novel measurement which can calculate the correlation between common CNV and genes. To verify the significance of proposed method, we has experimented several verification tests with GO database. The result showed that the novel measurement had enough significance compared with random test and the proposed method could systematically produce the candidates of genetic function which have strong correlation with common CNV.