• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.50 no.1
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• pp.29-41
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• 2001

Background : The appearance of multiple-drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains has been seriously compromising successful control of tuberculosis. Rifampin-resistance, caused by mutations in the rpoB gene, can be indicative of multiple-drug-resistance, and its detection is of great importance. The present study aimed to develop an oligonucleotide chip for accurate and convenient screening of drug-resistance. Methods : In order to detect point mutations in the rpoB gene, an oligonucleotide chip was prepared by immobilizing specific probe DNA to a microscopic slide glass by a chemical reaction. The probe DNA that was selected from the 81 bp core region of the rpoB gene was designed to have mutation sites at the center. A total of 17 mutant probes related to rifampin-resistance including 8 rifabutin-sensitive mutant probes were used in this study. For accurate determination, wild type probes were prepared for each mutation position with an equal length, which enabled a direct comparison of the hybridization intensities between the mutant and wild type. Results : Mycobacterial genomic DNA from clinical samples was tested with the oligonucleotide chip and the results were compared with those of the drug-susceptibility test in addition to sequencing and INNO-LiPA Rif. TB kit test in some cases. Out of 15 samples, the oligonucleotide chip results of 13 samples showed good agreement with the rifabutin-sensitivity results. The two samples with conflicting result also showed a discrepancy between the other tests, suggesting such possibilities as existence of mixed strains and difference in drug-sensitivity. Further verification of these samples in addition to more case studies are required before the final evaluation of the oligonucleotide chip can be made. Conlcusion : An oligonucleotide chip was developed for the detection of rpoB gene mutations related to drugsusceptibility. The results to date show the potential for using the oligonucleotide chip for accurate and convenient screening of drug-resistance to provide useful information in antituberculosis drug therapy.

• Journal of Life Science
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• v.17 no.3 s.83
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• pp.305-311
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• 2007

Glucocorticoids (GCs) alter metabolism, synaptogenesis, apoptosis, neurogenesis, and dendritic morphology in the hippocampus. To better understand how glucocorticoids regulate these aspects of hippocampal biology, we studied gene expression patterns in the CA3 (Hippocampal pyramidal cell field CA3) and dentate gyrus (DG). Litter-matched Lewis inbred rats treated for 20 days with either 9.5 mg per day sustained-release corticosterone or placebo pellets were compared with high-density oligonucleotide microarray analysis (Rat Neurobiology U34 Arrays, Affymetrix). In placebo-treated rats, 32 genes were expressed at greater levels in CA3 than DG, whereas 3 genes were expressed at great levels in DC than CA3. Regional differences were also apparent in corticosterone-induced changes in the hippocampal transcriptome. Six genes in CA3 and 41 genes in DC were differentially regulated by corticosterone. As per the glucocorticoid effects on gene transcription in the brain, forty three of these genes were upregulated, and 4 genes were downregulated. Genes differentially expressed in hippocampus included those for 13 neurotransmitter proteins, 5 ion channel related proteins, 4 transcription factors, 3 neurotrophic factors, 1 cytokine, 1 apoptosis related protein, and 5 genes involved in synaptogenesis. Interestingly, GCs can have suppressive effects on brain BDNF mRNA transcription, one of the neurotrophic factors. These results indicate the diversity of targets affected by chronic exposure to corticosterone and highlight important regional differences in hippocampal neurobiology.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2004.11a
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• pp.131-137
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• 2004

DNA 단계에서의 유전자의 증폭과 소실은 종양의 발생과 진행에 중요한 역할을 한다. 유전자의 변화를 관찰하기 위해서 Comparative Genomic Hybridization(CGH) 기술이 많이 이용되어져 왔다. 최근에는 이러한 CGH 기술을 응용하여 cDNA microarray 를 이용한 고밀도 CGH(Microarray-CGH) 기술이 보고 되고 있다. Microarray-CGH 에서 유전자별 변화 정도를 유전자의 log-비의 값의 변화 정도와 염색체 위치 정보를 이용하여 DNA 단계에서의 유전자의 변화 정도를 확인 할 수 있다. 또한 동일한 유전자의 칩을 사용하여 RNA단계에서의 발현 양상과 직접 비교할 수 있는 장점이 있다. 현재 microarray 분석법은 많이 개발되고 실용화 되고 있으나 Microarray-CGH 분석을 위한 프로그램들은 아직 초보 단계며, 생물학자들이 사용하기 힘들고, 프로그램에 분석 자료를 적용하기 어려운 경향이 있다. 위와 같은 단점을 보완하기 위해서 개발된 CAMVS(V1.0) 프로그램은 S-plus(2000)을 기반으로 개발하였고, 복잡한 분석보다는 모든 결과들을 이미지화 할 수 있으며 파일로 결과를 쉽게 확인할 수 있도록 디자인하였다. CAMVS(V1.0)는 전체 염색체를 각 실험별로 비교 분석하는 부분, 특정 염색체를 특정 실험별로 비교 분석하는 부분과 실험간의 차이를 통계적으로 비교 분석하는 3 가지 카테고리로 구성되어 있다. 쉬운 알고리즘과 사용의 편리함, 분석결과의 다양한 그래픽, 새로운 알고리즘 추가의 용이성 등이 CAMVS(V1.0)가 가지고 있는 장점이며, Microarray-CGH를 분석하는데 아주 유용한 분석 도구이다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.10a
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• pp.6-10
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• 2006

마이크로어레이 실험의 등장으로 한 번에 수백 개에서 수천 개의 유전자를 실험할 수 있게 되었다. 이는 기존의 실험과 비교했을 때 질적인 측면과 양적인 측면에서 가히 혁신적이라 할 수 있다. 마이크로어레이 칩을 이용한 실험에서 쏟아져 나오는 엄청난 데이터를 비교, 분석, 관리하기 위해서는 실험실의 마이크로어레이 분석 소프트웨어나 시스템간의 데이터 형식이 호환되어야 하며, 소프트웨어의 지원 또한 획기적이고 효율적이어야 한다. 본 논문에서는 다양한 종류의 마이크로어레이 입력 데이터 및 분석 데이터를 다룰 수 있고, 표준 파일 형식으로의 변환 기능을 제공하며, 마이크로어레이 이미지 분석용 소프트웨어인 ArrayMall[1,2]과 유전자 조절 네트워크 분석 시스템인 GENAW[3]를 통합하고 마이크로어레이 실험데이터의 분석, 관리 및 데이터 공유를 위한 분산 시스템인 SMILE[4]에 대해 소개한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.241-243
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• 2004

마이크로어레이 칠을 이용한 실험은 한 번에 수백 혹은 수십만 개의 유전자 발현 정보나 유전자형을 얻을 수 있기 때문에 유전자 비교 분석에 있어서 획기적인 방법이라 할 수 있다. 정차 마이크로어레이 칩을 이용한 실험이 활발히 진행되면서 마이크로어레이 이미지 분석을 위한 소프트웨어가 필요로 하게 되었으며, 이를 위해 않은 소프트웨어들이 개발되었다. 하지만 지금까지 개발되어온 소프트웨어들은 필요한 기능을 하는 모듈을 재사용하여 소프트웨어를 쉽게 업데이트(update)하거나, 다른 소프트웨어 개발 시에 일부 필요한 모듈(module)들을 쉴게 재사용하기가 힘들었다 본 논문에서는 이러한 문제점을 극복하기 위해서 컴포넌트 기반으로 마이크로어레이 이미지 분석 소프트웨어 개발에 대해서 제안한다. 개발된 컴포넌트들은 사용자 편의에 맞게 새로운 마이크로어레이 이미지 분석 소프트웨어를 다시 개발하거나 단백질 침과 같은 다른 바이오 이미지 분석 소프트웨어 개발 시에서도 쉴게 재사용될 수 있어 개발기간 및 개발비용을 줄일 수 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.428-430
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• 2003

인유두종바이러스(human papillomavirus: HPV)는 감염되었을 때 각종 악성 종양을 유발할 수 있는 작은 DNA 바이러스이다. 고위험군에 속하는 HPV의 감염은 암으로 진행될 수 있는 가능성이 크다. 본 논문은 HPV를 분류할 수 있는 기계 학습 기법을 제안하고자 한다. 제안된 학습 기법은 단백질 서열을 효과적으로 분류할 수 있는 커널(kernel) 방법에 기반을 두고 있다. 위험군 분류는 감염의 메커니즘의 이해와 유전자칩과 같은 새로운 의학 도구의 개발 등에 있어서 중요한 정보를 제공해 줄 수 있다. 실험 결과는 중요한 부위의 탐색에 의한 커널 기반의 학습 방법이 우수한 성능을 보이는 것으로 나타났다.

• The Science & Technology
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• no.11 s.414
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• pp.8-10
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• 2003

동물원 야생동물 이상행동 관찰돼/ 동전 크기 칩에 인간유전자 집적/ 흉터 없는 초고속 상처치료 물질 발견/ 글리백, 알츠하이머 병에도 효과/ CERN, 12개국 참여 차세대 컴퓨터망 구축/ 적색육, 인체에 해로운 면역반응 유발/ 스트레스 비만과 각종 성인병 유발/ '푸들'종 개 게놈지도 작성/ 줄기세포, 난자에서도 추출 가능/ 첫 육지식물 4억7천500만년 전 출현/ 고대 그리스數체계는 이집트에서 차용

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10d
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• pp.367-369
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• 2002

DNA 칩에서 사용되는 프로브를 가장 효과적으로 설계하기 위해서는 상보결합을 위한 1차구조뿐만이 아니라 열역학적인 움직임과 함께 2차구조가 고려되어야만 한다. 그러나 핵산의 기능에 큰 영향을 미치는 2차구조에 대한 연구는 일찍부터 진행되어 왔지만, 상대적으로 DNA에 대한 연구는 크게 미흡한 것이 현실이다. 이에 우리는 유전자 알고리즘을 이용한 핵산의 이차구조 예측을 통해서 보다 효과적인 프로브의 설계를 위한 방법을 고안했다.

• The Science & Technology
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• no.5 s.444
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• pp.6-9
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• 2006

13만kg 넘는 우유 생난 '슈퍼 젖소' / 제주남부 남해해역 3차원 영상물 제작/식약청, 55개 원료 내년부터 금지/ 10여종의 암 진단 칩 상용화 전망/ '한국 별' 8,9호/ 헬리코박터 특정 균종이 위암 유발/ 암 치료용 '유도미사일' 제조기술 개발/ 바이러스 유전자 조작 배터리 용량 늘려/ 면역 질환 사료 신물질 개발/ 세포에 인위적인 신호 보내 질병 치료/ 호르몬 작용 타이머 발견/ 뇌졸중 치료 메커니즘 규명/ 굶주림 신호 보내는 메커니즘 밝혀

• Proceedings of the KIEE Conference
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• 2003.07d
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• pp.2450-2452
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• 2003

We present a method to increase the productivity of multihead-gantry chip mounters for PCB assembly lines. To minimize the assembly time, we generate the mount sequence using the genetic algorithm. The chromosome, fitness function, and operators are newly defined to apply the algorithm. Simulation results are presented to verified the usefulness of the method.