• Title/Summary/Keyword: 유전자 칩

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Development of Exposure Biomarkers for Endocrine Disrupting Chemicals Using DNA Microarray (DNA 마이크로어레이를 이용한 내분비장애물질 노출지표 개발)

  • Yang, Mi-Hi
    • Environmental Analysis Health and Toxicology
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    • v.20 no.4 s.51
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    • pp.327-332
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    • 2005
  • 장기간 노출 시 발암 등 인체 유해성을 갖는 환경유래 내분비장애물질(endocrine disrupting chemicals, EDCs)에 대한 선택적이고 민감한 노출지표를 개발하기 위하여 본 연구에서는 DNA microarray를 이용하였다. 피험자는 아직 특별한 질환을 갖지 않는 18세 이상 연령, 성을 맞춘 EDCs고농도 노출군(N = 16)과 저농도군(N = 16)으로 구성되었다. 노출정도 구분은 10년 이상 거주지가 K산업폐기물 소각장과 2.5 km 반경 내, 외 인지에 따라 고노출군,저노출군으로 구분하였다. 피험자의 말초혈에서 total RNA를 분리, 각 군당 B인씩 pool로 cDNA를 합성하여 oligonucleotide DNA 칩에 적용하였다. 유전자발현의 차이를 GenePixPro 4.0 software를 이용하여 분석하였다. 총 3장의 칩을 이용하여 공통적으로 저노출군보다 고노출군에서 2배 이상 발현의 증가를 보인 유전자는 plasminogen activator(PLAT)등 12종이 관찰되었고, l/2이하로 발현의 감소를 보인 유전자는 kallikrein 3 (KLK3)등 29종이었다. 이 들 유전자는 PLAT등 면역계 반응에 관여하는 유전자 및 apoptosis, transport, G protein, chromatin, 암화, 발생 (development), 대사 등에 관여하는 유전자들이었다. 그러므로 KLK3등 본 연구에서 발굴한 유전자는 향후 확대된 인구에서 본 연구 결과의 확인을 통하여 EDCs특이적 노출지표로써, 나아가 암 등 EDCs관련 질병의 기전 및 병인학을 구명하는데 이용가치가 높다고 사료된다.

Classification of Gene Data Using Membership Function and Neural Network (소속 함수와 유전자 정보의 신경망을 이용한 유전자 타입의 분류)

  • Yeom, Hae-Young;Kim, Jae-Hyup;Moon, Young-Shik
    • Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea CI
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    • v.42 no.4 s.304
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    • pp.33-42
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    • 2005
  • This paper proposes a classification method for gene expression data, using membership function and neural network. The gene expression is a process to produce mRNA and protains which generate a living body, and the gene expression data is important to find out the functions and correlations of genes. Such gene expression data can be obtained from DNA 칩 massively and quickly. However, thousands of gene expression data may not be useful until it is well organized. Therefore a classification method is necessary to find the characteristics of gene data acquired from the gene expression. In the proposed method, a set of gene data is extracted according to the fisher's criterion, because we assume that selected gene data is the well-classified data sample. However, the selected gene data does not guarantee well-classified data sample and we calculate feature values using membership function to reduce the influence of outliers in gene data. Feature vectors estimated from the selected feature values are used to train back propagation neural network. The experimental results show that the clustering performance of the proposed method has been improved compared to other existing methods in various gene expression data.

Gene Expression Data Analysis Using Bayesian Networks (베이지안망을 이용한 유전자 발현 테이터의 분석)

  • 황규백;장병탁;김영택
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2001.04b
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    • pp.301-303
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    • 2001
  • 최근 DNA 칩 또는 마이크로어레이 기술의 발전으로 인해 한 세포 내의 수천 개의 유전자의 발현 정도를 동시에 측정할 수 있게 되었다. 이러한 마이크로어레이 데이터를 분석해서 암의 경과나 세포의 주기적 변화 등에 영향을 미치는 유전자들을 알아낼 수 있다. 본 논문에서는 베이지안망을 이용해서 마이크로어레이 데이터를 분석, 백혈병의 경과를 예측한다. 베이지안망은 다수의 변수들간의 확률적 관계를 표현하는 그래프 모델로 각 유전자들간의 확률적 관계를 표현하는 그래프 모델로 각 유전자들간의 확률적 관계를 사람이 알아보기 쉬운 형태로 학습할 수 있다는 장점이 있다. 마이크로어레이 데이터에 대해서 학습된 베이지안망은 백혈병 경과 예측에 대해서 기존의 방법보다 뛰어난 성능을 보였다.

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UV 레이저 마이크로 머시닝을 이용한 마이크로 채널 제작

  • 양성빈;장원석;김재구;신보성;전병희
    • Proceedings of the Korean Society of Precision Engineering Conference
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    • 2004.05a
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    • pp.245-245
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    • 2004
  • 최근 급속히 성장하는 제약산업 분야에서 신약개발, 약물 투여, 유전자 분석에 필요한 비용과 시간을 줄이기 위하여 랩온어칩(Lab-on-a-chip) 기술이 부상하고 있다. 이러한 랩온어칩에서는 원하는 소량의 시료를 정밀하게 이송시켜 혼합, 반응, 분리, 검출 등이 하나의 칩 위에서 일련의 과정으로 수행 가능하게 하여 고속, 고효율, 저비용의 자동화를 시킬 수 있는 장점이 있다. 즉, 이는 하나의 칩 위에 분석에 필요한 여러 가지 장치들을 마이크로 머시닝 기술로 초소형 집적화 시킨 마이크로 프로세서이다.(중략)

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Enhancement of DNA Microarray Hybridization using Microfluidic Biochip (미세유체 바이오칩을 이용한 DNA 마이크로어레이 Hybridization 향상)

  • Lee, H.H.;Kim, Y.S.
    • KSBB Journal
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    • v.22 no.6
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    • pp.387-392
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    • 2007
  • Recently, microfluidic biochips for DNA microarray are providing a number of advantages such as, reduction in reagent volume, high-throughput parallel sample screening, automation of processing, and reduction in hybridization time. Particularly, the enhancement of target probe hybridization by decrease of hybridization time is an important aspect highlighting the advantage of microfluidic DNA microarray platform. Fundamental issues to overcome extremely slow diffusion-limited hybridization are based on physical, electrical or fluidic dynamical mixing technology. So far, there have been some reports on the enhancement of the hybridization with the microfluidic platforms. In this review, their principle, performance, and outreaching of the technology are overviewed and discussed for the implementation into many bio-applications.