• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2004.04b
• /
• pp.757-759
• /
• 2004

유전자 발현은 유전자가 mRNA와 생체의 기능을 일으키게 하는 단백질을 만들어내는 과정이다. 유전자 발현에 대한 정보는 유전자의 기능을 밝히고 유전자간의 상관 관계를 알아내는데 중요한 역할을 한다. 이러한 유전자 발현 연구를 위한 정보를 대량으로 신속하게 얻을 수 있는 도구가 DNA Chip이다. DNA Chip으로 얻은 수백-수천 개의 데이터는 그 데이터만으로는 의미를 갖지 못한다. 따라서 유전자 발현 정도에 따라 수치적으로 획득된 데이터에서 의미적인 특성을 찾아내기 위해서는 클러스터링 방법이 필요하다. 본 논문에서는 수많은 유전자 데이터 중에서 주요 정보를 포함한 것으로 판단되는 유전자 데이터를 선택하여 특징간을 계산하고 신경망 학습을 이용한 클러스터링하는 알고리즘에 대해서 기술한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
• /
• 2016.04a
• /
• pp.646-648
• /
• 2016

유전체 정보를 일정한 유전자 수로 분할하여 유전체에 대한 유전자 정보 처리를 보다 빠르고 정확하게 해석하기 위해 본 논문에서는 바이오 데이터베이스를 이용하여 유전체 내의 유전자 정보가 올바른지 확인하고 이를 사용자가 임의로 정렬하여 유전자 길이가 유동적이면서 유전체에 대한 유전자 정보가 담긴 파일들을 생성하여 유전자 데이터 해석을 수행할 수 있도록 구현하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2004.04b
• /
• pp.253-255
• /
• 2004

다량의 유전자 발현 정보를 담고 있는 DNA 마이크로어레이 기술의 발달로 인해 대량의 생물정보를 한번의 실험을 통해 분석할 수 있게 되었다. 유전자 발현 데이터를 분석하는 방법 중 하나인 클러스터링은 비슷한 기능을 가진 유전자들을 그룹별로 묶어서 그룹 레의 유전자들의 기능을 밝히거나 미지의 유전자를 분석하는데 이용되고 있다 본 논문에서는 유전자 발현 데이터를 클러스터링 하여 그로부터 유전 정보를 찾아내기 위한 방법으로 GG (Gath-Geva) 알고리즘을 제시한다. 퍼지 클러스터링 알고리즘중 하나인 GG 알고리즘은 대표적인 퍼지 클러스터링 방법인 퍼지 c-means 와 GK (Gustafson-Kessel) 알고리즘을 개선한 것으로. 차원이 크고 분포가 애매하여 클러스터링이 어려운 유전자 발현 데이터의 클러스터링에 적합한 알고리즘이다. 혈청(Serum) 유전자 데이터와 효모(Yeast) 세포주기 데이터를 CG 알고리즘 이용해 클러스터링 해 보고, 그 결과를 퍼지 c-means 알고리즘, GK알고리즘과 비교해 본 결과, GG 알고리즘이 유전자 발현 데이터의 클러스터링에 더 적합함을 확인하였다.

• Journal of Science and Technology Studies
• /
• v.3 no.2 s.6
• /
• pp.83-104
• /
• 2003

The use of DNA in identification is growing. The criminal DNA databases are in operation in some countries including the UK, Austria, Germany, and US. The militaries and law enforcement agencies in these countries have used the DNA profile. In Korea, DNA identification has been used in determining paternity and in criminal cases since the middle 1990's, and in recent years law enforcement agencies are promoting a national DNA database for identification. The DNA database threatens our civil liberties because of its potential to be used as an instrument of surveillance. Expanding the database puts increasing numbers of people on a 'list of suspects'. Nevertheless, there is little social concern about using DNA database for identification. This paper reviews social issues related to the establishment of DNA database and investigates the features of DNA profile and DNA Database establishment project promoted law enforcement agencies.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2001.04b
• /
• pp.160-162
• /
• 2001

유전자의 서열 및 관련 정보가 폭발적으로 증가함에 따라, 사용자들에 대한 유전자정보 서비스, 온라인 상에서의 효율적이 서열정보 분석, 서열정보에 대한 효율적인 관리, 관련된 연구자들과의 정보공유 등이 필요하게 되었다. 본 논문에서는 인터넷 상에서 streptomyces 유전자 data를 효율적으로 관리하는 한편, 사용자들에게 유용한 서비스를 제공하는 시스템의 설계 및 구현에 관하여 논의하였다. 사용자는 본 시스템으로부터 원하는 유전자 정보를 다운로드 받을 수 있다. 또한 분석을 원하는 유전자를 streptomyces database내의 유전자들과 비교하여 유용한 정보를 추론할 수 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2006.10a
• /
• pp.11-16
• /
• 2006

세포의 활동은 단순히 하나의 유전자의 발현으로 설명되기보다 여러 유전자와 그로 인해 생성된 단백질의 상호 작용에 의해 나타난다. 또한 마이크로어레이 실험을 통해 세포 내의 유전자 발현에 대한 정보를 알 수 있게 되고, Chromatin IP 마이크로어레이 실험을 통해 신뢰도가 높은 유전자 발현 조절 관계 데이터를 얻을 수 있게 되면서, 유사한 기능과 유사한 발현 패턴을 보이는 유전자들을 그룹으로 묶어 유전자 모듈로 규정하고 이를 하나의 유전자 조절 네트워크로 구성하고, 분석하는 연구들이 진행되고 있다. 본 논문에서는 ChIP 실험 데이터와 유전자 발현 데이터를 이용하여 지역 정렬을 수행해 하나의 유전자 모듈을 조절하는 조절 프로그램을 예측하는 알고리즘에 대해 기술한다. 조절 프로그램은 유전자 조절 모듈을 조절하는 조절자들의 역할 및 발현 여부에 따른 유전자 조절 모듈 내 유전자들의 발현을 설명할 수 있는 것이다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
• /
• 2004.11a
• /
• pp.469-472
• /
• 2004

여러 분류 문제에 다층퍼셉트론이 적용되어 좋은 성능을 보이고 있다. 하지만, 암 분류를 위한 분류기로 사용되는데 있어서 문제점은 샘플데이터 수에 비해 입력으로 사용되는 유전자의 수가 너무 많기 때문에 좋은 성능을 기대하기 힘들다는 점이다. 또한 많은 입력노드로 인해 가중치 파라메터들의 수가 증가하기 때문에 학습시에 계산량의 부담을 가중시킨다. 따라서 본 논문에서는 많은 유전자중에서 암분류에 중요한 영향을 끼치는 유전자를 선택하는 방법을 제안한다. 이러한 유전자 선택을 위하여 클래스의 정보를 나타내는 척도를 분석하고 이를 기반으로 하여 분류율을 향상시킬 수 있는 유전자를 선택하는 방법을 제안한다. 이렇게 선택된 유전자를 입력으로 하여 분류기를 구성하여, 제안하는 방법의 우수성을 검증한다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
• /
• 2006.02a
• /
• pp.116-123
• /
• 2006

생물체의 cDNA를 유리기판위에 고밀도로 첨착 시킨 유전자 칩과 정량적인 방법으로 개별 유전자 발현을 진단 가능한 Real- time PCR (실시간 고분자중합연쇄반응 기술) 기법은 첨단 의학분야와 신약개발 및 독성유전체 연구분야에 활발히 도입되고 있는 기술이다. 본 발표의 첫 번째 부분에서는 유전자칩 에서 얻어진 유전자 발현패턴분석에 기반한 바이오마커 선정 및 real time PCR에 의한 확증 관련 기술 과 유전자칩에서 얻어지는 수많은 데이터를 재정렬 및 다양한 분석기법과 display기술을 활용하여 광범위한 화학물질에 대한 독성효과 분석을 가능하게 해주며, 특정 독성물질에 대한 관련유전자 그룹 발견 및 독성영향에 따른 분류방법에 관한 결과를 발표할 것이다. 또한 바이오마커 활용의 하나로 박테리아세포 기반 바이오센서 제작및 세포칩 개발등에 대한 결과도 추가될 것이다. 두 번째 부분에서는 non-model organism(유전체정보가 확보되지 않은 생물체)인 송사리를 이용하여 새로운 2K 유전자칩을 개발하고, 여기서 각종 화학물질에 대하여 얻어진 수많은 유전자칩 분석 데이타를 활용하여 각각의 화학물질이 보여주는 독성효과를 매우 효과적이고 쉽게 이해할 수 있는 display기술을 개발, 적용함으로써 유전자칩 발현에 기반한 화학물질 독성 screening 및 specificity discrimination을 가능케 하는 예가 발표될 것이다. 이 연구에서 개발한 송사리 유전자칩은 간조직의 RNA를 직접 cDNA화 하는 방식을 취하고 있어 전체 송사리의 유전정보를 필요로 하지 않아 비용 및 효율에서 전체 송사리의 유전정보를 얻는 비용과 노력을 취하지 않고 간에서 발생하는 독성학적 영향 및 유전자의 발현정도를 정밀하고 효율적인 방법으로 얻어 낸다. 현재 2000여개의 cDNA유전자중 50%이상의 유전자가 17베타에스트라디올, 페놀, 노닐페놀, 비스페놀, 감마레이조사, 잔류약품중 이보프란, 다이클로펜악, 농약중의 파라???R, 돌연변이 유발물질 중의 이티비알, 금속류중의 카드뮴을 통해 발현양상과 특정 캐미칼별 발현 특이성이 조사되었고, 이들 유전자는 염기서열 분석을 통해 염기서열이 분석되었으며, 미국 NCBI의 유전자 은행과의 비교를 통해 일부유전자는 새로운 유전자로 밝혀지고 있다. 또한 이 발표에서는 소염진통제계열 의약품인 dichlofenac 이 송사리의 각종 조직에 미치는 독성영향을 Real-time PCR을 이용하여 대표적 스트레스 유전자의 발현에 미치는 영향에 대한 분석 예가 발표될 것이다.

• Journal of Digital Convergence
• /
• v.13 no.2
• /
• pp.153-158
• /
• 2015

Biologists are pursuing genetics related researches that can provide the core information to understand a certain cancer or inherent diseases. However, biological experimentations can produce different results by the difference of various elements or environments at the time of experimentation and/or difference of interpretations. Therefore, currently existing research results can possibly provide different information. These inconsistency can be found through integration of gene information. Biologists can save their time and efforts to find certain gene information if the gene information is integrated without inconsistency. An efficient gene integration and augmentation scheme of gene information generated through different researches is introduced in this paper.

• Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference
• /
• 2015.01a
• /
• pp.167-168
• /
• 2015

유전자 알고리즘은 문제 크기가 커짐에 따라 해집합이 폭발적으로 늘어나 최적해를 찾기 힘든 최적화 문제에 주로 적용되는 알고리즘으로, 최근에는 지리정보시스템(GIS)의 경로 최적화 문제, 게임에서의 길찾기, 인공지능에 많이 적용되고 있다. 마이크로 유전자 알고리즘은 일반 유전자 알고리즘에 비해 작은 크기의 모집단을 사용함으로써 알고리즘의 효율을 높일 수 있는 장점이 있다. 따라서, 본 논문에서는 무향 Rural Postman Problem 해법으로 마이크로 유전자 알고리즘의 적용 방법을 제안한다.