• Journal of Animal Science and Technology
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• v.46 no.1
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• pp.15-22
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• 2004

To investigate genetic features and the allele distribution of transferrin gene in three Cheju horse groups (group I, 137 horses of Jeju institute; group II, 107 horses of farms; group III, 89 racing horses) and three foreign breeds(l03 Thoroughbred, 10 Mongolian and 5 American Quarter horses), transferrin gene exons 13, 15, and 16 were analyzed by SSCP. The allele frequencies of transferrin gene of these groups and breeds were used to calculate genetic distances and to test population differentiations. The Fst values were 0.067 between Cheju horse groups I and II, 0.070 between Cheju horse groups I and group III, 0.091 between Cheju horse group I and Mongolian breed, and 0.189 between Cheju horse group I and Thoroughbred breed. Cheju horse group I showed significant population differentiation from other two Cheju horse groups and three foreign breeds while Cheju horse group III showed significant population differentiation only from Cheju horse group I and Thoroughbred breed(p <0.05). Results indicate that three Cheju horse groups showed population differentiation between each other, suggesting genetic heterogeneity of Cheju horses.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• v.12 no.2
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• pp.179-191
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• 2001

Objectives：This study evaluated the association between behavioral characteristics and polymorphisms in DAT1, DRD2, DRD3, and DRD4 genes. Methods：The subjects were 114 neonates, who were born by normal spontaneous vaginal delivery and had no physical problems. The behavioral characteristics were evaluated using Neonatal Behavioral Assessment Scale(NBAS) at $17.8{\pm}7.0$ hours after their birth to minimize environmental influences, and cord blood was used to analyze the gene polymorphisms. Results：In comparison to DAT1 gene 10/10 genotype group(N=93), other genotype group(N=19) showed significantly high NBAS scores on social-interaction, state organization, and state regulation. DRD2 gene Ser311/Cys311, TaqI A, and TaqI B polymorphisms showed no significant differences on NBAS scores when they were grouped by genotypes. DRD3 gene polymorphism and DRD4 gene promotor polymorphism showed no significant difference on NBAS scores when they were grouped by genotypes. In comparison to the short repeats(N=102), long repeats(N=10) in DRD4 gene showed significantly high habituation score of NBAS. Conclusion：These results suggest that the genetic effects of the neonatal behavioral characteristics may be mediated via DAT1 and DRD4 genes.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.18 no.4
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• pp.243-247
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• 2003

고혈압은 다양한 유전적 요인과 환경적 요인들이 상호작용하여 발병하는 질환으로, 기존의 연구에서 dopamine D3 receptor(DRD3)와 고혈압과의 관련성에 관한 보고들이 있었다. 이에, 본 연구에서는 DRD3 유전자에 존재하는 Bail제한절편길이 다형성이 한국인 집단에서 고혈압과 어떠한 관련성이 있는 지를 조사하였다. 환자-대조군 연구를 수행한 결과 이 유전자에 존재하는 다형성은 한국인 집단에서 고혈압과 유의한 관련성을 나타내지 않았다. 그러나, 이 다형성을 구성하는 대립 유전자의 빈도를 여러 민족집단의 결과들과 비교했을 때, 흑인 집단과 유의한 차이를 나타내었다. 따라서, 이러한 결과는 DRD3유전자에 존재하는 다형성이 고혈압과의 관련성을 나타내는 지를 정확하게 이해하기 위해서는 혹인 집단을 비롯한 다른 민족집단들을 대상으로 하여 광범위한 연구를 수행할 필요가 있을 것으로 생각된다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.20 no.1
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• pp.39-45
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• 2005

Renin-angiotensin system (RAS)은 혈압 조절에 중요한 역할을 수행하는 생리적 조절계로써, 이 system 을 구성하는 유전자들의 이상은 본태성 고혈압의 발병과 유의하게 관련된 것으로 알려졌다. RAS의 주요한 구성 성분인 angiotensin II는 2종류의 수용체인 angiotensin II type I receptor(AT₁R)와 angiotensin II type I receptor(AT₂R)에 의해 그 효과가 매개되기 때문에, 이 수용체를 암호하는 유전자는 본태성 고혈압의 유력한 후보 유전자라고 볼 수 있다. 현재가지의 연구에 의하면, AT₁R 유전자에 존재하는 유전적 변이와 본태성 고혈압과의 관련성에 관해서는 많은 보고들이 있었지만, AT₂R 유전자에 존재하는 유전적 변이 가 본태성 고혈압에 유의한 효과를 나타내는 지에 관해서는 이렇다할 연구 성과가 별로 없는 실정이다. 이에 본 연구에서는 한국인 집단을 대상으로 하여, AT₂R 유전자에 존재하는 C3123A 다형성이 한국인 집단에서 본태성 고혈압과 유의한 관련성이 있는 지를 분석하였다. 이 유전자는 인간의 X 염색체에 존재하기 때문에, 여성인 경우에는 CC, CA및 AA로 이루어진 3유전자형이 존재하지만, 남성인 경우에는 C와 A로 이루어진 2종류의 대립 유전자로 구성되어 있기 때문에, 본 연구에서는 남성과 여성을 개별적으로 나누어서 분석하였다. 연구 결과, AT₂R 유전자에 존재하는 C3123A 다형성은 남녀 모두에서 본태성 고혈압과 유의한 관련성을 나타내지 않았다(P>0.05). 그렇지만, 이 다형성에 대한 대립 유전자 빈도를 서양인 집단과 비교했을 경우에는, 한국인을 대상으로 한 본 연구에서 A 대립 유전자 빈도가 0.33인 반면에 서양인 집단은 그 빈도가 0.43～0.48로 한국인 집단보다 높은 값을 나타내었다. 따라서, AT₂R 유전자에 존재하는 C3123A 다형성과 본태성 고혈압과의 관련성에 대해서는 한국인과 유전적 배경이 다른 서양인 집단을 대상으로 한 추시가 필요할 것으로 사료된다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2000.10b
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• pp.6-8
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• 2000

유전자 알고리즘을 적용하는 문제의 경우 일반적으로 집단의 크기를 가능한 한 크게 유지시킴으로써 최적의 해가 찾아지도록 한다. 그러나 개체 평가 비용이 상대적으로 큰 몇몇 특정한 문제의 경우 집단의 크기가 커지면 심각한 문제가 되기도 한다. 이러한 이유로 본 논문에서는 클러스터링 기법을 이용한 국소 평가 유전자 알고리즘을 제안하였다. 이 방법은 집단을 몇 개의 클러스터로 나누고 각각의 대표 개체를 평가한 후 나머지 개체들의 적합도 값은 간접적인 계산에 의해 얻어내는 방법으로, 적은 수의 평가만으로도 상대적으로 큰 집단을 유지시키는 효과를 얻을 수 있다. 일반적인 유전자 알고리즘과의 성능 비교를 통해 제안된 알고리즘이 효율적이었음을 알 수 있었다.

• The Korean Journal of Applied Statistics
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• v.29 no.3
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• pp.437-448
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• 2016

Gene set analysis utilizing biologic information is expected to produce more interpretable results because the occurrence of tumors (or diseases) is believed to be associated with the regulation of related genes. Many methods have been developed to identify statistically significant gene sets across different phenotypes; however, most focus exclusively on either the differential gene expression or the differential correlation structure in the gene set. This research provides a new method that simultaneously considers the differential expression of genes and differential coexpression with multiple genes in the gene set. Application of this NEW method is illustrated with real microarray data example, p53; subsequently, a simulation study compares its type I error rate and power with GSEA, SAMGS, GSCA and GSNCA.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.359-361
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• 2003

정확한 암의 분류는 암의 진단 및 치료에 있어 매우 중요하지만, 암을 진단하기 위한 기존의 여러 방법들은 종종 불완전한 결과를 도출한다. 최근의 마이크로어레이 기술에 기반한 분자 수준의 진단은 정확하고 객관적이며 체계적인 암의 분류를 위한 방법론을 제시해준다. 유전자 발현 데이터는 일반적으로 수천개 이상의 유전자를 포함하는데, 유전자 발현 데이터의 모든 유전자가 암과 관련이 있는 것이 아니므로 정확한 암을 분류하기 위하여 중요한 유전자만을 추출하는 것이 바람직하다. 본 논문에서 음의 상관관계를 갖는 두 개의 이상적인 유전자 벡터를 정의한 후 이와 유사한 정도를 기준으로 중요한 유전자 집단을 추출하고, 각각을 신경망으로 학습하여 결합하는 신경망 쌍을 제안한다. 실험 결과는 음의 상관관계를 갖는 두 개의 유전자 집단이 암의 클래스를 잘 구분할 수 있음을 보여주었다. 이 유전자 집단을 특징으로 하여 각각 학습한 신경망을 베이시안 방법으로 결합한 결과, 벤치마크 데이터에 대하여 신경망 쌍이 개별 분류기에 비해 우수한 성능을 보임을 확인하였다.

• Korean Journal of Ichthyology
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• v.21 no.4
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• pp.221-226
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• 2009

Six microsatellite DNA markers were used to investigate the genetic variability between wild populations and cultured stocks of olive flounder Paralichthys olivaceus. The average of observed (Ho) and expected heterozygosity (He) ranged from 0.722 to 0.959, and from 0.735 to 0.937, respectively. There was no distinguishable difference between the wild populations and cultured stocks in terms of the observed and expected heterozygosities. However, number of alleles per locus differed markedly between the two fish groups: 19.7 to 21.8 for the wild populations and 12.0 to 14.7 for the cultured stocks. This result gives important information concerning the production of seedling for the improvement of genetic diversity in this species.

• The Korean Journal of Applied Statistics
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• v.33 no.6
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• pp.683-696
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• 2020

The aim of this research is to find an optimal gene set that provides highly accurate multi-class classification with a minimum number of genes. A two-stage procedure is proposed: Based on minimum redundancy and maximum relevance (mRMR) framework, several statistics to rank differential expression genes and K-means clustering to reduce redundancy between genes are used for data filtering procedure. And a particle swarm optimization is modified to select a small subset of informative genes. Two well known multi-class microarray data sets, ALL and SRBCT, are analyzed to indicate the effectiveness of this hybrid method.

• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2008.04a
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• pp.286-287
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• 2008

마이크로어레이 데이터는 여러 샘플들의 대량의 유전자들에 대한 발현정보를 표현하며, 이에 대한 분석을 통해서 생명현상에 대한 이해와 분석이 이루어지고 있다. 생명현상이 유전자의 발현에 많은 영향을 받는 것이 알려져있기 때문에 실험 샘플 집단내에서 또는 실험 샘플 집단간에서 발현 특성이 대조적으로 나타나는 유전자의 집단을 추출하는 것이 유용한 경우가 있다. 이 논문에서 관심영역으로 선택된 영역에 대해서 대조적인 패턴을 갖는 집단을 알고리즘적으로 선택하는 방법을 제안한다.