"四聖懸樞"於前四卷分別對溫病 疫病 痘病 疹病的起源和研究結果進行了論述, 皆采用了六經辨證, 而在後五卷則以問答的形式, 對前四卷未能詳細闡明的疫癘之含義給予了補充論述. 在治療方面, 對溫病 溫疫 疹病采取了透表淸氣 涼營泄熱 益陰伐陽等治法, 對痘病 寒疫則強調了因寒致病的病因特點, 從而指出不當與溫病 溫疫 疹病進行混淆而犯下誤謬. 溫病的根源, 在於冬季未能藏精使陽氣不守, 從而導致相火發泄, 這樣一旦到了春季, 陽的根源皆被排泄, 木則變火而成其溫, 結果出現熱症. 若風邪傷衛, 致營血受阻, 則成溫疫; 若寒邪阻礙營血, 則衛氣受阻而成寒疫. 溫疫主要在木火之年因木火不得發散而成. 寒疫是因金水之年未得斂藏而於秋冬發病, 以寒熱和無汗爲症狀特點. 痘病同於成人的寒疫. 如果小兒感患傷寒, 則因其皮毛緻密, 衛氣旺盛, 陽氣充滿, 而致外感寒邪不易從肌表得到排泄, 所以即使與成人患同一種疾病, 也會症狀難消, 而發爲顆粒, 此即痘病發生之因由. 疹病爲風傷衛氣, 導致衛氣閉塞, 而致營血鬱滯. 若衛氣開通, 營血發散, 則會生出疹點. 總之, "四聖懸樞"乃黃元禦以四聖之理論爲本, 以創造性的觀點對溫病 溫疫 寒疫和痘疹進行了闡明, 與現代的疾病病因與治法之說頗爲相近.