• Journal of Convergence for Information Technology
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• v.10 no.6
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• pp.209-216
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• 2020

Protein antigens and their epitopes are targets for epitope based vaccines. There are many prediction servers which can be used for identification of binding peptides to MHC molecules. However, choosing of appropriate prediction servers is difficult. This study compared data obtained from prediction servers and evaluate them in scope of binding affinity to MHC-I molecules. Here we predicted HLA-A2-restricted cytotoxic T lymphocyte epitopes from survivin as a potential target for multiple myeloma. We suggest a procedure for prediction of antigenic peptides which could bind to MHC-I molecule. The results of this study will assist researchers in selection and prediction of noble antigenic peptides.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2017.05a
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• pp.109-110
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• 2017

본 연구에서는 2016년 전 세계에 공포를 안겼던 지카 바이러스(Zika virus)와 최근 아열대성 기후의 확대로 인해 향후 대유행이 예상되는 뎅기 바이러스(Dengue virus)의 구별 진단 방법에 대해 논의하고자 한다. 두 바이러스는 모두 플라비바이러스 속(Flavivirus genus)에 해당되며, 동일한 단백질 도메인(domain)으로 구성되어 있다. 본 연구에서는 여러 도메인 중에서도 진단에 유리하다고 판단되는 비구조단백질 1(NS1, non-structural protein 1)을 선정하였으며, UniProt (Universal Protein Resource) 데이터베이스를 활용하여 지카 바이러스와 뎅기 바이러스의 비구조단백질 1의 아미노산 서열을 상호 비교 분석 하였다. 더 나아가 IEDB (Immune Epitope Database) 데이터베이스를 활용하여 비구조단백질 1의 아미노산 중, 진단에 용이한 에피토프로 예상되는 5개의 후보를 도출하였다. 최종적으로 후보군으로부터 지카 바이러스와 뎅기 바이러스를 구별하여 진단할 수 있다고 판단되는 에피토프(펩타이드)를 제안하였다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2017.05a
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• pp.297-298
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• 2017

플라비바이러스(Flavivirus)는 모기와 같은 곤충을 매개로 하여 인체에 감염된다고 잘 알려져 있다. 그 대표적인 예로 지카 바이러스(Zika virus), 뎅기 바이러스(Dengue virus), 황열 바이러스(Yellow fever virus), 일본 뇌염 바이러스(Japanese encephalitis virus) 등을 들 수 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 인체 감염 주요 플라비바이러스인 지카 바이러스, 뎅기 바이러스. 황열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스의 총 4종류 플라비바이러스에 공통적으로 적용 가능한 펩타이드 백신 후보를 제시하고자 한다. 먼저 UniProt (The Universal Protein Resource)의 유전자 서열정보를 이용하여 4종류의 바이러스가 가진 단백질 중 백신으로써 적합한 단백질을 선정하였다. 선정된 단백질의 아미노산 서열정보를 바탕으로 IEDB (Immune Epitope Database And Analysis Resource)를 활용한 에피토프(epitope) 분석을 통해 에피토프로 작용하는 4 종류 바이러스의 공통적인 서열을 도출하였다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2016.05a
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• pp.187-188
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• 2016

열대열 말라리아(Plasmodium falciparum, P. falciparum, P. f) 신속진단키트의 경우, P. falciparum에 특이적인 단백질로써 Histidine Rich Protein 2 (PfHRP2)가 사용되고 있다. 그러나 최근 연구에서 남아메리카와 중앙아메리카를 중심으로 pfhrp2/pfhrp3 유전자가 결여된 P. falciparum 열원충이 나타나는 것으로 보고된 바 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 PfHRP2 항원 단백질을 대체할 수 있는 새로운 P. falciparum 특이 항원 단백질을 선정하고자, PlasmoDB에서 5,777개의 P. falciparum 관련 단백질 리스트를 얻었다. 이후 NCBI BLAST를 통해 단백질 아미노산 서열을 분석하고 정상인에게 존재하지 않으며, 동시에 다른 말라리아 열원충(P. vivax, P. ovale, P. malariae, P. knowlesi)에도 존재하지 않는 P. falciparum 특이 아미노산 서열을 가진 단백질 15개를 추출하였다. IEDB analysis를 이용하여 에피토프, 수용성, 베타-턴, 접근성, 유연성, 면역원성을 분석하여 높은 평균값을 갖는 상위 3개 단백질을 선별하였다. KEGG pathway와 EMBL-EBI를 통해 선별된 3개 단백질의 혈액내 검출 가능성 및 아미노산 서열의 보존성을 분석하여 최종적으로 Glutamate-Rich Protein (GLURP)을 선정하였다. AIDA를 통해 단백질 아미노산 서열을 이용한 3차 구조 예측으로 GLURP의 구조 및 항체와의 결합을 도식화하였다. 최종적으로 선정한 GLURP는 pfhrp2/pfhrp3 유전자 결여 P. falciparum까지 특이적으로 진단이 가능하여 차세대 P. falciparum 특이 신속진단키트 개발에 도움이 될 수 있을 것으로 기대한다.

• The Korean Journal of Nuclear Medicine
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• v.35 no.3
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• pp.192-197
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• 2001

Purpose: Urinary cytology and cystoscopic exam are effective methods for diagnosis of transitional cell carcinoma(TCC). But the former shows drawbacks such as the need for a well-trained examiner, and wide imprecision related to the variability of microscopic exam; the latter is an invasive method. $UBC^{TM}$ test detects the epitope on specific cytokeratin fragments released from epithelium of bladder cancer by immunoradiometric assay. We compared $UBC^{TM}$ test with urinary cytology for diagnosis of TCC to evaluate the utility of $UBC^{TM}$ test. Materials and Methods: Eighty-four patients with hematuria were included in our study. $UBC^{TM}$ tests (IDL Biotech, Sweden) were assayed in mid-stream urine according to the ordinary assay protocol. Nineteen patients were confirmed as TCC by cystoscopic examination and underwent transurethral resection (Group A). Other patients had various benign urinary tract conditions (Group B). Samples were considered positive as the $UBC^{TM}$ concentration was greater than $12{\mu}g/L$. Results: $UBC^{TM}$ levels were significantly different between group A ($95.9{\pm}166.4\;{\mu}g/L$) and group B ($19.2{\pm}85.6{\mu}g/L$) (P<0.001). Sensitivity for diagnosis of TCC was 89.5% (17/19) in UBC test and 47.4% (9/19) in cytology (p<0.05). Specificity for diagnosis of TCC was 81.5% (53/65) in $UBC^{TM}$ test and 100% (65/65) in cytology. $UBC^{TM}$ test was significantly more sensitive in stage Ta, $T_1$ tumors (84.6 vs 38.5%, p<0.05) and in grade I (83.3% vs 16.7%, p<0.05) than cytology. $UBC^{TM}$ test showed a tendency to be more sensitive as the grade was higher (83.3% in Grade I, 90% in Grade II and 100% in Grade III). Conclusion: $UBC^{TM}$ test could be a useful method in distinguishing TCC from other benign genitourinary diseases. Moreover, $UBC^{TM}$ test could be an especially valuable marker for diagnosis of TCC in patients with early TCC of low grade TCC compared to urinary cytology. Therefore, mbined use of $UBC^{TM}$ test in association with cytology is helpful to overcome the limited sensitivity of cytology.