• 제목/요약/키워드: 암 클러스터

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유전자 발현 데이터를 이용한 암의 클래스 예측을 위한 퍼지 클러스터링 알고리즘 (Fuzzy Clustering Algorithm to Predict Cancer Class Using Gene Expression Data)

  • 원홍희;유시호;조성배
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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    • pp.757-759
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    • 2003
  • 암의 치료법은 같은 종류의 암이라 해도 그 하부 클래스에 따라 매우 다르기 때문에 암의 클래스를 예측하는 것은 그 정확한 치료를 위하여 매우 중요하다. 유전자 발현 데이터를 이용한 암의 분류에 있어 기존의 연구들은 각 데이터를 하나의 클러스터에 소속시키는 하드 분할(hard partition)에 의한 분할 방식을 사용하는 하드 클러스터링을 사용하였다. 하지만 일반적으로 유전자 발현 암 데이터와 같은 실세계의 데이터는 쉽게 나뉘어지기 힘들거나 클러스터 간의 경계가 분명하지 않기 때문에 하드 클러스터링 기법은 주어진 데이터의 성질을 손실시킬 수 있는데 반해, 퍼지 클러스터링 기법은 각 데이터가 소속 정도에 따라 여러 개의 클러스터에 속할 수 있도록 분할하기 때문에 이러한 손실을 최소화할 수 있다. 따라서 본 논문에서는 퍼지 클러스터링의 대표적인 방법인 fuzzy c-means 클러스터링을 적용하여 암의 클래스를 예측하고, 다양한 하드 클러스터링 방법과 비교함으로써 퍼지 클러스터링의 성능을 검증하였다.

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스캔 통계량을 이용한 암 클러스터 탐색 (Cancer cluster detection using scan statistic)

  • 한준희;이민정
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제27권5호
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    • pp.1193-1201
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    • 2016
  • 공간 또는 시공간 데이터에서 다른 지역에 비해 유난히 높은 위험률을 보이는 소위 핫 스팟 (hot spot)으로 불리는 클러스터 (cluster)를 찾으려고 하는 경우가 많다. 기존의 많은 방법들은 이러한 클러스터 패턴이 존재하는지에 대한 해답만 주었지만, 최근의 많은 방법들은 클러스터의 위치, 모양, 크기뿐만 아니라 찾아진 클러스터가 통계적으로 유의한지까지 검정해준다. 본 논문에서는 이러한 다양한 방법 중 가장 많이 사용되는 클러스터 탐색 방법 중 하나인 스캔 통계량을 이용한 방법을 소개하고 그 방법이 구현된 무료 소프트웨어 SaTScan을 이용한 결과를 보여주고 장단점을 논하고자 한다. 미국 국립암센터의 SEER 프로그램에서 제공하는 미국의 각 카운티별 암 사망자 자료 중 2006년 여성 폐암 사망자 데이터를 예시 데이터로 사용하여 스캔 통계량을 이용하여 구한 클러스터 탐색 결과를 제시하고 비슷한 연구를 하고자는 연구자에게 도움을 주고자 한다.

퍼지 클러스터 기반 디지털 유방 X선 영상 진단 시스템 (Fuzzy Cluster Based Diagnosis System for Digital Mammogram)

  • 이현숙;윤석민
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제16B권2호
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    • pp.165-172
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    • 2009
  • 최근 ACS에 따르면 여성에게 유방암은 가장 많이 발병하는 암으로서 그 사망자 수도 두 번째로 많은 암이다. 유방 X선 영상의 종괴나 석회 환부는 진단을 위한 가장 중요한 단서로서 알려져 있으므로 유방암의 조기진단을 위하여 디지털 유방 X선 영상을 컴퓨터에서 처리하는 연구가 진행되고 있다. 본 논문에서는 퍼지 클러스터 지식베이스에 기반을 둔 진단시스템을 제안한다. 제안된 시스템은 듀얼 OFUN-NET에 두 가지 종류의 특징 데이터를 처리하여 진단결과와 그 가능성을 알려준다. 실세계 의료기관으로부터 수집되고 공개적으로 제공되는 유방 X선 데이터베이스 DDSM으로부터 획득한 종괴와 석회 환부의 데이터를 사용하여 실험한다. 실험결과는 제안된 시스템이 기존의 방법보다 높은 분류 정확도와 유방 X선 영상 진단시스템으로서 전문가의 의사 결정을 도울 수 있는 타당한 결과를 보여준다.

Latent variable model에 의한 바이러스 유형 분석 (Analysis of Virus Types by a Latent Variable Model)

  • 김수진;정제균;태강수;장병탁
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 가을 학술발표논문집 Vol.32 No.2 (2)
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    • pp.262-264
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    • 2005
  • 인유두종 바이러스(Human Papillomavirus: HPV)는 사마귀로부터 생식기 및 배설기의 침윤성 암에 이르기까지 여러 질병과 연관되어 있음이 알려져 있다. 현재 200종 이상이 알려져 있고, 이 중 85개는 전체 유전자가 밝혀져 있다. HPV 감염 시 만들어지는 단백질 중 E6. E7 단백질은 암 억제 유전자(p53, pRb)에 결합하여 세포의 암 억제 기능을 저하시키고 이로 인해 암을 발생시킨다. 본 논문은 암 발생과 밀접한 관련이 있는 HPV의 E6 단백질 서열과 HPV 유형(HPV Type)을 가지고, PLSA (Probabilistic Latent Semantic Analysis) 방법을 이용하여 HPV를 클러스터링(clustering) 해 보았다. 실험 결과, 특정 클러스터는 질병과 밀접하게 연관되어 있으며, 이와 관련된 주요 서열 분석이 가능함을 보여주고 있다.

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유방암 환자의 증상 클러스터 (Symptom Clusters in Patients with Breast Cancer)

  • 김수현;이란;이건숙
    • 성인간호학회지
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    • 제21권6호
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    • pp.705-717
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    • 2009
  • Purpose: The purpose of this study was to identify symptom clusters in patients with breast cancer and to investigate the associations among them with functional status and quality of life (QOL). Methods: A convenient sample of 303 patients was recruited from an oncology-specialized hospital. Results: Two distinct clusters were identified: A gastrointestinal- fatigue cluster and a pain cluster. Each cluster significantly influenced functional status and QOL. Based on these two clusters, we identified subgroups of symptom clusters using K-means cluster analysis. Three relatively distinct patient subgroups were identified in each cluster: mild, moderate, and severe group. Disease-related factors (i.e., stage, metastasis, type of surgery, current chemotherapy, and anti-hormone therapy) were associated with these subgroups of symptom clusters. There were significant differences in functional status and QOL among the three subgroups. The subgroup of patients who reported high levels of symptom clusters reported poorer functional status and QOL. Conclusion: Clinicians can anticipate that breast cancer patients with advanced stage, metastasis, and who receive mastectomy, and chemotherapy will have more intense gastrointestinal-fatigue or pain symptoms. In order to enhance functional status and QOL for patients with breast cancer, collective management for symptoms in a cluster may be beneficial.

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항암화학요법을 받고 있는 유방암 환자의 증상 클러스터와 삶의 질 (Symptom Cluster and Quality of Life in Patients with Breast Cancer undergoing Chemotherapy)

  • 김경덕;김경혜
    • 성인간호학회지
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    • 제23권5호
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    • pp.434-445
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    • 2011
  • Purpose: This study was conducted to identify the impact of the symptom cluster of pain, fatigue, sleep disturbance, depression on the quality of life (QOL) among breast cancer patients receiving chemotherapy. Methods: One hundred and thirteen patients were recruited from five hospitals in Korea. The instruments used in this study were the fatigue, depression, sleep disturbance, pain and the quality of life scale for patients with breast cancer. The influence of the symptom cluster on patients' QOL was analyzed by using multiple regression. Results: Most patients reported a moderate level of pain, fatigue, sleep disturbance and depression. Eighty percent of patients reported three of the four symptoms. Among the four symptoms, there was no correlation between pain and sleep disturbance. Quality of life was negative correlated with the four symptoms in the cluster. Symptom cluster of pain, fatigue, and depression accounted for 51.2% of variance in QOL. Conclusion: The findings supported that there is a symptom cluster that negatively influences quality of life and needs to be addressed as we are caring for patients and are promoting quality of life.

부인암 여성의 증상 클러스터(Symptom Cluster) (Symptom Clusters in Women with Gynecologic Cancer)

  • 전나미;권지연;노기옥;김상희
    • 임상간호연구
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    • 제14권1호
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    • pp.61-70
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    • 2008
  • Purpose: Women with gynecologic cancer often experience various physical and psychological symptoms relating to the cancer and its treatment. The purpose of this study was to identify symptom clusters. Method: A survey was conducted on 184 women with diagnoses of cervical, ovarian or endometrial cancer. Fifty symptoms were assessed for prevalence, severity and interference, and symptom clusters were identified. Cluster analysis was done using SPSS version 12.0. Results: Fatigue was identified as the most prevalent symptom (81.52%), lack of vaginal lubrication (2.26) as the most severe symptom, and lack of vaginal lubrication as the most interfering one (2.15). Identified six clusters were: Anorexia-pain cluster (loss of appetite, taste change, weight loss, appearance change, alopecia, weakness, pain), Fatigue cluster (lack of concentration, lack of memory, fatigue, dry mouth), Urinary-bowel distress cluster (urinary difficulty, constipation), Abdominal discomfort cluster (lower abdominal pain, abdominal pain, bloating), Emotional distress (sadness, anxiety-worry, nervousness, restlessness), and Menopausal cluster (sweating, hot flush, fever). Conclusion: The result of this study provides fundamental data to health care professionals in developing interventions for effective symptom management for women with gynecologic cancer by understanding identified 6 symptom clusters.

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Lustre 병렬파일시스템 오토 프로비저닝을 위한 Ambari 서비스 설계에 관한 연구 (A Study on the Design of Ambari Service for Lustre Parallel File System Auto Provisioning)

  • 곽재혁;김상완;변은규;남덕윤
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2017년도 추계학술발표대회
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    • pp.45-47
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    • 2017
  • 하둡은 대표적인 빅데이터 처리 프레임워크로 널리 사용되고 있지만 하둡 어플리케이션은 고성능컴퓨팅 환경에서 하둡 분산파일시스템이 아닌 러스터 병렬 파일시스템 위에서도 수행될 수 있다. 그러나 이를 위해서 추가적으로 러스터 병렬파일시스템을 구축하고 관리하는 것은 시간 소모적인 업무가 될 수 있다. 본 연구는 러스터 병렬파일시스템의 오토 프로비저닝을 위한 암바리 서비스의 설계 방안에 대해서 제안한다. 암바리는 하둡 클러스터의 프로비저닝, 관리, 모니터링을 위한 운영 관리 프레임워크이며 운영자의 필요에 따라서 확장할 수 있는 서비스 프레임워크를 제공한다. 본 연구에서는 암바리를 통해서 러스터 병렬파일시스템을 오토 프로비저닝하고 관리하기 위한 확장 서비스를 설계하였으며 서비스를 위한 컴포넌트와 각 컴포넌트별 중요한 기능 사항에 대해서 논하였다.

페이지랭크를 이용한 암환자의 이질적인 예후 유전자 식별 및 예후 예측 (Identification of Heterogeneous Prognostic Genes and Prediction of Cancer Outcome using PageRank)

  • 최종환;안재균
    • 정보과학회 논문지
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    • 제45권1호
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    • pp.61-68
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    • 2018
  • 암환자의 예후 예측에 기여하는 유전자를 찾는 것은 환자에게 보다 적합한 치료를 제공하기 위한 도전 과제 중 하나이다. 예후 유전자를 찾기 위해 유전자 발현 데이터를 이용한 분류 모델 개발 연구가 많이 이루어지고 있다. 하지만 암의 이질성으로 인해 예후 예측의 정확도 향상에 한계가 있다는 문제가 있다. 본 논문에서는 유방암을 비롯한 6개의 암에 대한 암환자의 마이크로어레이 데이터와 생물학적 네트워크 데이터를 이용하여 페이지랭크 알고리즘을 통해 예후 유전자들을 식별하고, K-Nearest Neighbor 알고리즘을 사용하여 암 환자의 예후를 예측하는 모델을 제안한다. 그리고 페이지랭크를 사용하기 전에 K-Means 클러스터링으로 유전자 발현 패턴이 비슷한 샘플들을 나누어 이질성을 극복하고자 한다. 본 논문에서 제안한 방법은 기존의 유전자 바이오마커를 찾는 알고리즘보다 높은 예측 정확도를 보여 주었으며, GO 검증을 통해 클러스터에 특이적인 생물학적 기능을 확인하였다.

2015년 한국의 중동호흡기증후군 유행에서 치명률 (Case Fatality Factors in Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus Outbreaks in 2015, the Republic of Korea)

  • 이태준;아창과 키아라;이무식
    • 농촌의학ㆍ지역보건
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    • 제46권3호
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    • pp.171-185
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    • 2021
  • 배경: 2015년 한국의 중동호흡기증후군 유행에서 지역간 치명률의 차이는 극명하였다. 이 연구는 대전 클러스터와 다른 지역 간의 치명률의 관련된 일반적 특성 및 역학적 요인을 밝히고저 하였다. 방법: 입원병원 소재지를 기준으로 대전과 타 지역으로 구분하여 관련변수에 따른 카이제곱검정 및 피셔정확검정 등으로 분석하였다. 대전과 다른 지역의 치명률(CFR)의 차이와 관련된 요인을 분석하기 위하여 단변량 및 다변량 로지스틱 회귀분석를 실시하였다. 결과: 모형 I에서는 65세 이상 연령군일수록 7.12배(95% CI 2.33-21.8)(p=0.001), 동반질환이 있는 경우 10.29배(95% CI 2.94-36.06)(p<0.001), 잠복기가 7일 이하인 경우가 8.55배(95% CI 2.54-26.7), 입원기간이 17일 이하인 경우 10.08배(95% CI 2.99-31.9)(p<0.001) 등이었으며, 모형 II에서는 65세 이상 연령군일수록 5.34배(95% CI 1.65-17.2)(p=0.005), 잠복기가 7일 이하인 경우가 6.70배(95% CI 1.96-22.89), 입원기간이 17일 이하인 경우 8.90배(95% CI 2.59-30.6)(p=0.001), 동반질환에서 암의 경우에서 7.15배(95% CI 1.64-31.14)(p=0.009) 등이었다. 결론: 2015년 한국 중동호흡기증후군 유행에서 대전 클러스터의 높은 치명율은 연령(≥65세), 동반질환(특히 암), 잠복기(≤7일), 입원기간(≤17일) 등이 유의한 변수로 도출되었다.