• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제4권2호
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• pp.155-160
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• 2001

목적: H. pylori의 vacA 대립유전자는 종족과 지역에 따라 다양하게 나타나고 있다. 저자들은 H. pylori에 감염된 소아의 위생검조직에서 vacA 대립 유전자에 대한 중합효소연쇄반응과 유전자염기분석을 실시하여 한국의 signal sequence와 mid-region의 다형성 및 고유의 시발체를 연구하고자 하였다. 방법: 상부 위내시경을 시행한 후 H. pylori 감염으로 진단된 10~18세 50명의 환아를 대상으로 위생검조직을 이용하여 vacA 대립유전자에 대한 PCR과 DNA 분석을 실시하였다. 이들 결과와 다른 나라의 vacA 대립유전자를 비교분석하였고 우리나라의 고유한 염기배열을 갖는 시발체를 제작하였다. 결과: 1) 서구의 시발체를 사용한 50명 중 30명(60%)에서 모두 s1이 검출되었고 이중 s1a가 14명, s1c 15명, s1a/s1c hybrid가 한 명이었으며 s1b는 발견되지 않았다. s1c/m1이 가장 많은 형이었다. 2) 우리 나라에 공통으로 발견되는 염기변이가 s1a에서는 GGGAGCGTTR, s1c는 GGGGYTATTG 이었으며 이들을 이용하여 새로운 시발체를 고안하였다(VASK-F, VASK-R, S1AK-F, S1CK-F). 새로이 제작된 시발체로 처음의 50개 조직을 재검한 결과 50개 모두에서 s region이 양성이었다. 결론: 우리 나라의 주된 vacA 대립유전자형조합은 s1c/m1이었고, vacA signal sequence의 한국 고유의 시발체를 만들었음을 보고하는 바이다.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권5호
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• pp.508-513
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• 2010

싸이토카인은 염증 및 면역 반응의 평가에 있어서 매우 중요한 요소이다. 따라서 이들의 mRNA 수준을 정량하고 평가하는 것은 염증 및 면역 반응을 평가하는데 있어서 그 민감도가 매우 높은 방법으로 알려져 있다. 본 연구의 목적은 SYBR green dye를 이용하여 개의 싸이토카인 mRNA를 정량적 실시간 역전사 중합효소연쇄반응(real-time reverse transcriptase PCR; qRT-PCR)으로 분석을 할 수 있도록 함에 있다고 할 수 있다. 제작된 시발체(primer)의 최적화된 붙임 온도(annealing temperature; $T_a$)는 인터루킨(interleukin; IL)-$1{\beta}$, IL-6, IL-10이 각각 $62^{\circ}C$, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)와 tumor necrosis factor (TNF)-${\alpha}$가 $60^{\circ}C$ 그리고 high mobility group box 1 (HMGB1)이 $58^{\circ}C$였다. 표준 정량 곡선을 이용하여 측정한 시발체의 효율성은 97.1%에서 102.%로 매우 높았고, 2차 구조물(secondary structure)과 시발체-이합체 형성(primer-dimer formation)은 융해곡선(melt-curve)분석과 전기영동을 통해 확인하였다. 이렇게 정립된 qRT-PCR 분석법은 민감도와 특이도가 매우 높은 개 싸이토카인 유전자 정량법으로 활용될 수 있을 것이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권1호
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• pp.15-20
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• 1996

이 실아메바(Entamoeba histoIytica)와 동형 아메바(Entamoebc dispar. 동형아메바)의 포낭은 형태학적으로 구분이 안되어 종 감별에 관하여 논란이 있어 왔다. 최근에 이 둘이 별종이며 특히 이질아메바는 병원성이고 동형아메바는 비병윈성입이 확인퇴어 그 감별이 중요한 의미를 갖게 피었나 이 연구에서는 우리 나라의 아메바 분리체를 중합효소 반응과 제한효소 반응을 이용하여 두 종으로 감별하였다. 1994-1995년에 대변을 통강의 방법으로 검색하여 포낭이나 영양형이 발견된 검체를 로빈슨 배지에서 배양하고 배양된 영양형에서 DNA를 분리하였다. PI 유전자 염기서열 중에서 시발페(primer)를 만득어 중합효소 반응으로 482 bp 크기의 산물을 얹고 이를 제한효소(Tuq I, Xmn I, Acc I)로 처리하였다. 또한 Xmn I과 Acc I 제한 효소의 특이 염기서열온 고함하는 시발체를 제작하여 따로 중합효소 반응을 시행하였다. 그 결과 13개 분리체 중에서 S9, S12, YS-6, YS-27의 482 bp 산물은 Taq I과 Xmn I 의하여 그 외의 분리체 산물은 Acc I에 의하여 절단되었다. 이 결과는 특이 염기서열 시발체의 중합효소 반응에서 얻은 산물과 일치하였다, 이 결과에 의하여 분리체 S9, S12, YS-6는 대장염 창자에서. YS-27은 간농양 환자에서 분리한 병원성의 이질아메바(E. histolytica)이고 분리체 S1, S3, S11, S15, S16, S17, S20, YS-17, YS-44는 부증상의 포낭배출자에서 얻은 비병원성의 동형아메바(E. nispur)로 구별할 수 있었다. S1은 설사 환자에서 얻은 분리체 이지탄 동형아메바임을 확인하였고 따라서 이 환자의 설사는 다른 원인에 의한 것으로 판단 된다. 이로써 비병원성인 동형아메바가 우리 나라에서도 병원성 이질아메바보다 더 흔하게 존재한다는 것을 처음으로 기록하며 E. dispar의 우리 말 이름을 동형아메바로 제안한다.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제26권1호
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• pp.87-93
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• 2001

SOX9과 SRY 유전자는 척추동물에서 남성고환의 형성을 유도하는 요소로 알려졌다. SOX9 유전자는 SRY related HMG box gene중 하나로 유전질환의 XY성전환 및 성을 결정하는 데에 관여하며 성결정시기에 그 양에 따른 성전환 발생등 연구가 진행되고 있다. 그러나 이 유전자가 성별판정에 유용할 지는 확실치 않다. 반면 SRY 유전자는 포유동물에서의 배형성시기 고환형성을 결정하는 Y염색체 유전자로 남성에만 존재하고 여성에는 존재 않는다. 현재까지 이을 이용하여 법의학적 검체에서 남성판별에 유용하게 사용되고 있다. 본 실험에서는 X, Y와 같은 성염색체가 아닌 상동염색체상에 있으면서 SRY 유전자와 더불어 남성고환을 결정하는 또다른 요소로서의 기능을 가진 SOX9 유전자를 치아에서 검출하여 법의학적 성별판정에 유용할 수 있는지 알아보고자 본 연구를 수행하였다. 남녀각각 5개의 치아에서 치수와 상아질을 분리한 후 DNA를 추출하여 SOX9과 SRY 유전자의 특이적인 시발체를 제작하고 중합효소연쇄반응을 시행하여 증폭하고 전기영동을 시행하였다. 그 결과 SOX9 유전자는 남녀모두에서 유전자가 검출되었고, SOX9 유전자산물과 SRY 유전자를 혼합하여 사용시 남자에서만 유전자가 검출되었다. 이는 법의치과학적 성별판정에 있어 SOX9 유전자는 사람의 치아에서는 남녀 모두 존재하며 남녀 구별을 위한 성별판정에는 이용할 수 없으며 SRY 유전자와 함께 적용시 남성 특이적 SRY 유전자 검사중 발생할 수 있는 가성 음성 반응여부를 확인하는 데 유용할 것으로 사료된다.

• 한국패류학회지
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• 제26권2호
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• pp.185-188
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• 2010

- 본 웹 데이터베이스 서버의 구축을 통해 Haliotis 속간의 염기서열과 일치하는 서열을 자체 BLAST 를 통해 매우 빠른 속도로 추출 할 수 있었다. - Repeat elements, E. coli, vector 등의 서열들과 동시에 BLAST를 시행할 수 있어 cDNA 또는 genomic DNA 라이브러리를 구축할 때 라이브러리의 오염, 삽입체의 길이 등의 상태를 쉽게 확인 할 수 있었다. - Clustering Res. 인터페이스를 통해 SNPs 발굴이 용이하게 되었으며 자체 구축된 primer3 를 통해 실험용 시발체를 제작할 수 있게 되었다 (Evans et al. 2001). - 이러한 SNP 데이터베이스 구축은 SNP 발굴 작업을 극대화 시킬 수 있어 차후 수행될 Haliotis 관련 분자육종 관련연구에 많은 도움이 될 것으로 기대된다.

• 대한치과보철학회지
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• 제47권4호
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• pp.424-434
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• 2009

연구목적: 임플란트는 수직교합 하중에는 비교적 잘 견디나 측방하중에 대해서는 약한 역학적 성질을 갖고 있으므로 임플란트의 재료 특성과 기하학적 형태에 따른 응력 분석 연구의 필요성이 제기되고 있다. 연구재료 및 방법: 외부육각구조를 갖는 28개의 임플란트를 7개씩 4군으로 나누어 그 제품에 적합한 UCLA gold abutment를 이용해, 제3형 금합금으로 보철 물을 제작하였고, A군 (3i, FULL $OSSEOTITE^{(R)}$-Implant), B군 (Nobelbiocare, Branemark $System^{(R)}$Mk III Groovy RP), C군 (Neobiotec, $SinusQuick^{(TM)}$ EB), D군 (Osstem, US-II)으로 분류하였다. 고정체와 지대주나사, 지대주를 연결한 후 수직적으로 절단하여 연마한 후 미세경도계를 이용하여 10군데에서 경도측정을 실시하였고, 동적하중 피로시험기를 이용하여 60-600 N범위로 파절시까지 동적 하중을 가하였다. 주사전자현미경을 이용하여 지대주나사 및 고정체의 파절 양상과 파절 위치 등을 관찰하였고, 유한요소분석을 통해 고정체와 지대주 나사에 나타나는 응력 분포와 파절면을 비교 분석하였다. 결과: 1.고정체 경도는 A, B, C, D군에서 각각 245.3, 289.7, 281.3, 300.4 Hv로 D군이 가장 높았고, A군이 가장 낮았다. 지대주 나사의 경도는 A, B, C, D군에서 각각 340.00, 317.62, 306.5, 306.2 Hv로 A군이 가장 높고, D군이 가장 낮았다. 2. 모든 실험군에서 임플란트 고정체의 파절은 응력이 집중되는 고정체 3-4번째 나사산 홈 (valley) 부위 또는 내면의 사공간부와 일치하는 부위에서 발생되었고, 피로수명은 A, B, C, D군에서 각각 31585, 47311, 30141, 105371로 D군이 가장 높았으며, A, B, C군과는 유의한 차이가 있었다(P<.05). 3. 파절양상은 B군과D군에서는 고정체와 나사 모두에서 수직 (longitudinal)파절과 수평 (transverse)파절이 동시에 일어나는 복합 (complex mode) 파절이 관찰 되었고, A와 C군에서는 고정체에서 수평 (transverse mode) 파절만이 관찰되었다. 4. 유한요소분석 결과 인장응력이 가장 높은 고정체 표면부에서 피로 균열이 시발되어 압축응력이 가장 높은 반대편 부위로 피로균열이 전파되었으며, 최대 유효 응력값은 C군이 가장 높았고, B군에서 가장 낮았다. 결론: 피질골 높이와 일치하는 임플란트 고정체 부위에서 최대 인장 주응력이 발생되며, 고정체 사공간부 (dead space)가 최대 인장 주응력이 작용하는 지그 표면과 일치할 때 피로파절이 발생되었다. 따라서 악골에 식립된 임플란트의 신뢰성을 향상시키고 수명을 증대시키기 위해서는 가능한 임플란트 주위의 골소실이 일어나지 않도록 해야 할 것이나 골흡수가 일어나 사공간부 수준까지 진행된다면 임플란트의 파절 빈도가 증가될 수 있으므로 이에 대한 대처가 필요할 것으로 사료된다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제5권1호
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• pp.79-87
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• 1998

목 적 : 최근 Mycoplasma pneumoniae를 P1 유전자 배열의 차이에 따라 1군(Group 1)과 2군(Group 2)으로 분류하는데, 두 군간에는 면역 반응, 질환의 중증도에 있어 다소간의 차이가 있고, Mycoplasma pneumoniae가 주기적으로 유행하는 것은 두 군중 어떠한 한 군의 빈도가 특히 증가되는 것과 관련이 있다는 보고도 있다. 이에 저자들은 1996년과 1997년도에 유행하였던 Mycoplasma pneumoniae를 분류하여 유행한 군을 알아보고, 두 군간에 임상 양상의 차이가 있는지 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 1996년 11월부터 1997년 10월 사이에 성애병원 및 광명 성애병원에 방사선 소견, 혈청 마이코플라스마 특이항체 검사와 임상가검물의 PCR로 마이코플라스마 폐렴으로 진단된 155명을 대상으로 하였다. 두 군으로의 분류는 대상 환아의 급성기 임상가검물에서 핵산을 추출한 후 P1 유전자의 배열의 차이를 기초로 제작한 시발체를 이용한 PCR법으로 하였고, 이들의 임상 양상과 마이코플라즈마 항체가를 후향적으로 비교하여 보았다. 결 과 : 1) 1군은 137명(88.4%), 2군은 18명(11.6%)으로 주로 1군이 유행하였고, 두 군 모두 가을과 겨울에 걸쳐 유행하였다. 2) 1군과 2군 모두 남아에서 특히, 4세에서 6세 사이에 호발하였다. 3) 평균 발열기간(1군 $7.5{\pm}3.1$일, 2군 $6.8{\pm}2.7$일)과 평균 입원기간(1군 $6.6{\pm}3.0$일, 2군 $7.5{\pm}2.1$일)에서 두 군간에 통계적으로 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 4) 급성기 마이코플라스마 항체가가 1:2560 이하인 저항체가군은 1군이 131명(95.6%), 2군은 16명(88.9%)이었으며, 1:5120 이상인 고항체가군은 1군이 6명(4.4%), 2군은 2명(11.1%)이었다. 결 론 : 1996년과 1997년 사이에는 1군이 호발하였고, 두 군간의 성별 분포, 호발 연령, 평균 발열기간, 평균 입원기간에는 의미있는 차이는 없었으나 고항체가군은 2군에서 높은 빈도를 보였다. 그러나 단기간의 연구로 인한 표본의 차이로 두 군간의 면역 반응, 질환의 중증도를 비교하기에는 무리가 있었고, 특히 연구 기간중 1군의 호발이 Mycoplasma pneumoniae의 유행 주기와 관계가 있었는지를 알기 위해서는 지속적인 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제20권3호
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• pp.411-415
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• 2010

본 연구에서는 Anisakis 연구를 위하여 웹을 기반으로 하는 데이터베이스를 리녹스 Cent OS 시스템이 설치된 Xeon 3.2 GHz cpu의 인텔 서버플랫폼 ZSS130 (삼성) 서버에 구축하였다. 운영체제를 설치한 후에 common gate interface(cgi) 기반의 웹서버 (http://www.anisakis.org)를 구축하고 NCBI에서 제공하는 WebBLAST 프로그램을 설치하였다. Anisakis 연구를 위한 웹기반 데이터베이스를 다음과 같은 순서로 구축하였다. 우선 회충목에 속하는 각종 서열(염기서열/ 아미노산서열, EST 서열, 미토콘드리아 Genome 서열)들을 멀티파스타 형식으로 다운로드 하였다. 다음으로NCBI에서 제공하는 formatdb 프로그램을 통하여 BLAST 검색이 가능하도록 데이터베이스화 하였으며 모든 염기서열들과 EST 서열들을 TGICL 프로그램을 통하여 clustering 및 assembing을 하였다. 그리고 NLS (Nuclear Localization Signal) 예측을 위해 EST 서열들은 Genscan 프로그램과 Emboss sixpack 프로그램을 사용하여 아미노산으로 변환하였다. 또한 벡터 서열과 E. coli 서열, 그리고 반복 서열들을 서버에 구축하여 서열들의 오염을 확인할 수 있게 하였다. 본 웹데이터베이스 서버의 구축을 통해 고래회충 및 회충목의 염기서열과 일치하는 서열을 자체 BLAST를 통해 매우 빠른 속도로 추출 할 수 있었으며, cDNA나 genomic DNA 라이브러리를 구축할 때 라이브러리의 상태를 쉽게 확인 할 수 있게 되었다. 또한 Clustering Res. 인터페이스를 통해 SNPs 연구 수행 시 매우 쉽게 실험용 시발체를 제작할 수 있으며 기 구축된 cDNA library의 활용을 annotated EST를 통해 극대화 시킬 수 있어 고래회충 관련 분자생물학적 연구에 도움이 될 것으로 기대된다.