• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.10b
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• pp.772-774
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• 2003

DNA/DNA의 연쇄 결합 반응에 대한 시뮬레이션을 열역학적 데이터를 이용하여 구현하였다. 1-Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end(결합이 이루어진 두개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 길거나 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 구현된 이 모델에서는 한번의 hybridization만을 예측하는 것이 아니라 연속적인 결합 반응의 시뮬레이션이 가능하다. 이를 통해서 분자 알고리즘의 설계와 검증이 가능할 뿐만 아니라, cross-homology의 검사를 통한 시퀀스의 검증까지도 가능하다. 이러한 in silico 에서의 접근 방식은 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 신뢰성 있는 시퀀스의 설계에 도움이 될 수 있다.

• Proceedings of the Korean Society of Precision Engineering Conference
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• 2003.06a
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• pp.1-4
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• 2003

Knowledge classification and expression of constructed knowledge have been main research issues in the field of knowledge representation. Constructed design knowledge of the former product loses its utility when new products with different structures are introduced to the market. In order to construct the design knowledge for a new product. designers need to reconstruct the design knowledge with new relationships. The design knowledge has been constructed with level trees, but it is difficult to rearrange the relations. Design DNA is proposed in this work in order to facilitate the rearrangement of design knowledge and give flexibility to knowledge structure. Design DNA is based on Layout-oriented domain knowledge and Function-oriented domain knowledge, which enables to generate new design knowledge that will result in new part geometries for given constraints on the part functions. Design DNA is applied to the design knowledge of lever system of the automatic transmission of passenger cars as an example.

• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2004.04a
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• pp.251-254
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• 2004

Web-Bioconductor System은 유전자 분석에 대한 통계적 모듈과 그래픽 환경을 제공하는 R언어와 DNA chip 데이터의 분석을 수행하는 Bioconductor 패키지를 이용하여 웹으로 DNA chip 데이터를 분석할 수 있도록 설계한 시스템이다. 본 시스템은 DNA chip 데이터의 분석을 위해 사용자 계정 모듈, 데이터 입력 모듈, 전 처리 모듈, 유전자 차등 발현 분석 모듈, 결과 출력 모듈로 구성되어 있으며, 분석된 결과물은 HTML, 이미지, XLS 파일 형태로 제공된다. 웹을 이용하여 DNA chip 분석을 수행함으로써 인터넷이 가능한 곳이면 시간과 장소의 구분이 없이 DNA chip 데이터 분석이 가능하며, 인터넷으로 DNA chip 데이터 분석 자료를 공유할 수 있음으로 연구자들의 상호 의견 교환을 바탕으로 효율적인 분석이 가능할 것이다. 또한 기존의 R언어와 Bioconductor가 전산 지식이 부족한 사람들에게는 접근하기 어려운 점을 웹 인터페이스로 간단하게 구현함으로써 DNA chip 데이터 분석에 있어 용이성과 효율성을 중대하고 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10d
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• pp.367-369
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• 2002

DNA 칩에서 사용되는 프로브를 가장 효과적으로 설계하기 위해서는 상보결합을 위한 1차구조뿐만이 아니라 열역학적인 움직임과 함께 2차구조가 고려되어야만 한다. 그러나 핵산의 기능에 큰 영향을 미치는 2차구조에 대한 연구는 일찍부터 진행되어 왔지만, 상대적으로 DNA에 대한 연구는 크게 미흡한 것이 현실이다. 이에 우리는 유전자 알고리즘을 이용한 핵산의 이차구조 예측을 통해서 보다 효과적인 프로브의 설계를 위한 방법을 고안했다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.476-478
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• 2003

1-Base의 non Watson-Crick 결합과, Dangling end(결합이 이루어진 두 개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 DNA/DNA Hybridization 예측 시스템을 구현하였다. DNA 컴퓨팅을 기존의 실리콘 컴퓨터를 이용하여 접근하는 이러한 방법은 좀 더 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 DNA 컴퓨팅에 사용될 수 있는 더욱 신뢰성 있는 DNA 시퀀스의 설계에 도움을 줄 수 있을 것이다.

• Journal of the KSME
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• v.56 no.5
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• pp.39-42
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• 2016

이 글에서는 DNA를 이용하여 나노스케일의 구조물을 제작하는 방법인 DNA 오리가미(Origami) 나노기술의 원리와 해석 및 설계 기술, 그리고 응용분야를 소개하고자 한다.

• Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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• v.9 no.4
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• pp.389-395
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• 1999

최근 몇 년간 생물학적 발생에 대한 구조 및 둥작원리의 모델링에 대한 빠른 진전이 일어나고 있다. 세포자동자(cellular automata CA)와 린드마이어-시스템(L-system)은 다세포의 대표적인 발생/발달 모델이다. L-시스템은 식물의 그래픽 표현에 적용되어 오고 있으며 CA는 인고생명의 연구모델과 인공두뇌의 건축 등의 분야에 적용되어 오고 있다, 현재까지 CA와 L-시스템의 발생규칙은 설계자의 설계에 의존하고 있다. 그러나 진화연사방법을 도입하면 CA와 L-시스템을 자동으로 설계할수 있다. 발생규칙의 진화를 위해서는염색체의 코트화가 필요하다. DNA 코딩방법은 유전자의 중복과 여분을 가지고 있으며 규칙의 표현에 적합한 코딩방법이다. 본 논문에서는 CA와 L-시스템의 규칙을 진화시키기 위한 DNA 코딩 방법을 제안한다.

• KSBB Journal
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• v.18 no.3
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• pp.190-196
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• 2003

An analytical system detecting DNA particularly utilizing a concept of membrane strip chromatography initially applied to home-version tests for, such as, pregnancy and ovulation has been developed. We have chosen S. typhimurium as model analyte among food-contaminating microorganisms that occurred in high frequencies, and invA gene, as a detection target, specific to Salmonella species. This gene was able to be amplified by PCR under optimal conditions employing newly designed primers in our laboratory. The PCR product was specifically measured via hybridization between the analyte and a DNA probe, which was a totally different feature from the conventional gel electrophoresis detecting the products based only on the molecular size. It is notable thar the DNA probe sequence was specially designed such that no separation of excess primers present after PCR was required. This was immobilized on a nitrocellulose (NC) membrane via streptavidin-biotin linkage minimizing a steric effect when the hybridization with the amplified DNA took place. The analyrical system detected the microorganism in a concentration of minimum $10^3$ cfu/mL (i.e., 10 cells per system), estimated from the standard curve, 20 to 40 minutes after adding the sample. This sneitivity was approximately 10 times higher than that of gel electrophoresis as an analytical tool conventionally used. Furthermore, the assay was able to be run at room temperature, which would ofter an extra advantage to users.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.11c
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• pp.1729-1732
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• 2002

DNA의 염기서열이 밝혀지면서 인간 생체에 대한 다양한 연구가 활발히 진행되고 있다. 응용분야 중 친자확인에 DNA 염기서열을 이용하려는 시도가 최근에 연구되고 있다. 본 연구는 DNA의 반복 염기서열을 이용하여 수작업으로 이루어지고 있는 친자 찬인 방법을 데이터베이스 기술을 이용하여 수행하는 최초의 연구이다. 방대한 양의 자료에서 친자확률을 계산하는데 걸리는 시간은 DB를 구축하는 방법에 크게 좌우된다. 본 논문에서는 친자확률을 계산하는 시간을 최소화할 수 있는 DB를 설계하고 또한 최소 시간내에 질의 결과를 획득하는 질의 구성하는 방법을 제안한다.

• Journal of the KSME
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• v.56 no.5
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• pp.43-45
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• 2016

이 글에서는 DNA 염기서열의 자가조립 현상을 활용한 다양한 나노구조물의 설계 및 합성 사례를 소개하고 합성된 나노구조물의 동특성을 탄성네트워크모델(Elastic Network Model, 이하 ENM) 기법을 통해 해석해 봄으로써 향후 DNA 기반 나노구조물 합성 및 응용연구의 기반 기술을 제시하고자 한다.