• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2005년도 제22차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.53-59
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• 2005

본 연구에서는 닭의 정소 및 정자에 대한 기능 유전체 연구를 위한 자원을 확보할 수 있도록 정소 특이적유전자로 예상되는 후보 염기서열을 분석하였다. TIGR Gallus gallus Gene Index 상의 데이터베이스에서 닭의 정소에서만 나타나는 것으로 공개된 EST 염기서열을 검색하여 나온 총 292개의 서열을 선택하였으며, 이와 같이 선별된 서열들에 대하여 닭의 정소와 난소를 포함한 다양한 조직에서 전사체의 발현을 검증하였다. 결과에서, 총 292개의 염기서열 중 110개가 정소 특이적인 발현을 나타내었다. Tentative consensus sequence (TC) 상에서 집합된 EST의 수와 정소 특이적으로 발현하는 TCs의 수 사이의 상관관계는 발견되지 않았다. Gene Ontology 데이터베이스 용어를 이용하여 분류한 결과에서는 정소특이적인 TC는 닭의 전체 TC를 분류한 것과 비교하면 catalytic activity (Molecular Functionbranch)의 카테고리에 많은 수의 TC가 포함된 것으로 나타났다. 본 연구의 결과는 닭의 정소 특이적 유전자에 대한 연구와 그 기능 분석을 보다 더욱 촉진시킬 수 있을 것이다.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2005년도 제22차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.68-69
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• 2005

Dominant white와 Extended black 은 닭의 깃털 색깔에 관여하는 유전자위로서 각각 PMEL l7과 MC1R 유전자를 암호화하며 이들의 염기서열 다형은 닭의 깃털 색깔 양상과 매우 밀접하게 연관되어있다. 본 실험은 이러한 점에 착안하여 PMEL17과 MC1R 유전자의 염기서열에서 Barred Plymouth rock, Korean Ogol Chicken and White Leghorn의 품종 특이적인 염기서열 다형을 확인하였다. PMEL17 유전자에서 8개, MC1R 유전자에서 4개씩 모두 12개의 다형이 확인되었다. White Leghorn은 모든 염기서열 다형 위치에서 다른 두 종의 닭들과 다른 염기를 가지고 있었다. 그러나 Barred Plymouth Rock과 Korean Ogol Chicken은 모든 염기서열 다형 위치에서 같은 염기를 가지고 있었다.

• 대한바이러스학회지
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• 제26권1호
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• pp.131-137
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• 1996

Hyphantria cunea nuclear polyhedrosis virus p10유전자와 프로모터의 염기서열을 결정하였고, p10단백질의 아미노산 서열을 유도했다. pBP10재조합클론 (Cha et. al., 1991)에 삽입이 되어있는 p10유전자의 염기서열을 결정한 결과 p10유전자의 ORF는 285 bp였고, p10단백질은 95개의 아미노산으로 구성 되었으며, 분자량은 10.26 kDa이었다. 프로모터내에는 TATA box와 전사개시부위인 TAAG 염기가 발견되었다. poly (A) signal부위인 AATAAA염기서열은 3'-말단상류의 65염기부위에 위치했다. p10단백질의 N-말단은 소수성이었으며, C-말단은 고도로 친수성이었다. p10단백질에는 cysteine, histidine, tryptophane, tyrosine, glutamine, asparagine잔기가 없었다.

• 전자공학회논문지
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• 제49권10호
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• pp.91-101
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• 2012

개인 유전정보 또는 대용량 DNA 저장 정보의 보호와 GMO(Genetically Modified Organism) 저작권 보호를 위하여 DNA 서열 워터마킹 연구가 필요하다. 기존 멀티미디어 데이터 워터마킹에서는 강인성 및 비가시성에 대한 성능이 우수한 DCT, DWT, FMT(Fourer-Mellin transform) 등 주파수 기반으로 설계되어졌다. 그러나 부호 영역 서열의 주파수 기반 워터마킹은 아미노산 보존성을 유지하면서 변환 및 역변환을 수행하여야 하므로, 워터마크 삽입에 대한 상당한 제약을 가진다. 따라서 본 논문에서는 변이 강인성, 아미노산 보존성 및 보안성을 가지는 부호 영역 서열의 Lifting 기반 DWT 변환 계수를 이용한 워터마킹을 제안하며, 주파수 기반 DNA 서열 워터마킹에 대한 가능성을 제기한다. 실험 결과로부터 제안한 방법이 10%의 포인트 변이와 5%의 삽입 및 삭제 변이에 대한 강인성을 가지며, 아미노산 보존성 및 보안성을 가짐을 확인하였다.

• 한국균학회지
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• 제28권1호
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• pp.26-31
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• 2000

팽이버섯의 자실체형성 과정에 특이적으로 발현하는 FVFD16과 FVFD30 유전자의 genomic 클론을 단리하여 염기서열을 분석하였다. FVFD16은 Open Reading Frame(ORF)내에 2개의 intron이 관찰되었고, FVFD30 유전자에서는 4개의 intron이 관찰되었다. 또한 intron의 특징적인 염기서열인 GT/AG의 rule과도 일치하고 있음이 밝혀졌다. FVFD16과 FVFD30의 두 유전자 모두에서 진핵생물의 promoter영역에서 자주 관찰되는 CAAT box와 유사한 배열과 TATA box가 존재했다. 또한, 전사개시점의 바로 앞에서 관찰되어지는 CT-rich의 영역이 존재하고 있었으며, 특히 FVFD30에서는 전사개시 시에 중요한 역할을 할 것으로 예상되는 CCACC의 서열이 관찰되었다. 한편 FVFD16 genomic클론의 염기서열 분석결과 cDNA클론과 80%의 상동성을 나타내는 gene family임이 밝혀졌다. 여러 가지 제한효소에 의한 genomic southern blot 분석결과 FVFD16과 FVFD30은 2번 이상의 반복배열 또는 gene family의 존재가 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제35권3호
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• pp.180-184
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• 1999

Agaricus 속의 계통분류학적 유연관계를 알아보기 위하여 Internal transcribed spacers 1,2, 와 5.8S rDNA 에 해당하는 부위를 PCR 기법으로 증폭하여 염기서열을 비교 조사하였다. 본 실험에 사용되어진 aGARICUS 속 5균주에 대한 염기서열을 분석한 결과, 이들 속은 크게 두 개의 군으로 분류되었다. 첫 번째 분류군은 aGARICUS BLAZEI atcc 76739, 현재 우리나라에서 배양중인 Agaricus blazei, agaricus arvensis IMSNU 32049, 그리고 Agaricus campestris VPI-OKM 25665로 이루어 졌다. 특히, Agaricus blazei ATCC 76739와 현재 우리나라 농가에서 배양중인 Agaricus blazeisms ITS 부위에서 5개의 염기서열에서 변이가 발견되었다. 이러한 변이는 지리적 또는 배양상의 변이로 인하여 특정염기서열에서 변이가 발생한 것으로 간주되므로 이들은 상호 동일종일 것으로 추정된다. 또한, Agaricus arvensis IMSNU 32049 와 Agaricus ampestris VPI-LKM 25665는 Agaricus blazei 하위 분류군을 형성하였다. 두 번째 분류군은 Agaricus bisporus CH 3004와 Agaricus pocillator DUKE-J 173 으로 이루어졌다.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제30권2호
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• pp.168-175
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• 2003

지금까지 문자열 데이타에 대한 선택도 추정은 문자열들의 등장 회수에 대한 정보를 저장하고 있는 '카운트 서픽스 트리'를 생성한 뒤, 이 트리를 이용하여 부분 문자열들의 선택도를 추정하는 방법으로 이루어졌다. 그런데, 문자열 데이타가 생물학 서열처럼 매우 길어질 경우 카운트 서픽스 트리를 생성하는 일은 거의 불가능해진다는 문제점이 발생한다. 이 논문에서는 길이가 q인 부분 문자열들만을 삽입한 '카운트 큐그램 트리'를 제안한다. 카운트 큐그램 트리는 서열 내의 길이가 q 이하인 모든 부분 문자열(큐그램) 들의 정확한 등장 회수를 저장하고 있으며, 문자열의 전체 길이 N에 상관없는 크기로, O(N) 시간에 생성 가능하다. 또한, 이 논문에서는 카운트 큐그램 트리를 이용한 'k번째 최대겹침' 추정 방법을 제시한다. 이 추정 방법은 질의 문자열을 길이 q인 부분 문자열로 나눌 때 부분 문자열들의 겹치는 정도 k를 선택할 수 있도록 한 방법으로 이전 연구에서 제시한 '최대겹침' 방법을 확장하였다. q와 k를 변화시키며 진행한 실험 올 통해 대부분의 경우에 매우 정확하게 선택도를 추정할 수 있음을 확인하였다.

• 한국산업정보학회논문지
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• 제17권6호
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• pp.59-72
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• 2012

단백질은 서열의 disorder 구역이 생물학적 반응을 일으켜 order로 변하는 과정에서 그 기능을 하게 되므로 서열 데이터에서 disorder 구역과 order 구역을 분리하는 것은 단백질의 3차 구조 및 특성을 예측하는데 반드시 필요하다. 따라서 이 논문에서는 효율적인 disorder와 order 구역 분류를 위해서 단백질의 특정 특징에 치우치지 않는 분류 결과를 얻으면서, 분류 속도를 향상 시킬 수 있도록 서열 데이터를 이용한 분류/예측 기법을 제안한다. 출현패턴 기반의 EPs-TFP 기법은 중복 출현패턴이 제거된 필수 출현패턴만을 이용하는 분류/예측 기법이다. 이 분류 기법은 disorder 구역의 서열 출현패턴들을 발견하며, 이러한 서열 출현패턴은 disorder 구역에서는 빈발하지만 order 구역에서는 상대적으로 빈발하지 않는 패턴들이다. 또한 제안 알고리즘의 성능 향상을 위해서 기존의 P-tree, T-tree 개념의 TFP 기법을 확장하여 분류/예측 기법으로 적용하였다. EPs-TFP 기법의 성능평가를 위해서 Disprot 4.9와 CASP 7 데이터를 활용하였고, disorder/order 구역을 분류한 결과, 민감도 73.6, 특이도 69.5, 정확도 74.2를 보였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제13권6호
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• pp.41-49
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• 2008

최근 생물정보학에서의 워크플로우 관리 도구를 이용한 생명 현상에 대한 연구가 활발하게 진행되고 있다. 워크플로우 관리 도구는 서비스의 재사용과 공유를 통해 연구자들이 서로 협업할 수 있는 기반으로 MyGrid 프로젝트의 Taverna를 비롯하여 Kepler, BioWMS 등의 다양한 워크플로우 관리 도구들이 오픈소스로 개발되어 사용 되고 있다. 이러한 워크플로우 관리 도구는 공간적으로 떨어진 서로 다른 서비스들을 웹 서비스 기술을 기반으로 하나의 작업공간에서 연구 과정을 모델링하고 자동화 할 수 있도록 해준다. 생물정보학에서 사용되는 많은 도구와 데이터베이스들이 웹 서비스 형태로 제공되어 워크플로우 관리 도구에서 사용되고 있다. 이러한 상황에서 생물정보학에서 기본으로 사용되는 서열 유사성 검색에 대한 웹 서비스의 개발과 안정적인 서비스 제공은 생물정보학 분야에서 필수적이라 할 수 있다. 본 논문에서는 리눅스 클러스터를 기반으로 생물학 서열 데이터의 유사성 검색 속도를 향상시키는 한편, 이를 웹 서비스 형태로 개발하여 워크플로우 관리 도구와의 연동하여 단시간에 서열 유사성 검색을 가능하게 하였다.

• 한국균학회지
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• 제42권2호
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• pp.138-143
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• 2014

잿빛곰팡이병의 전형적인 병징을 나타내는 병든 사과, 고추, 딸기, 오이, 토마토에서 곰팡이를 분리하고, 그들의 배양학적 특성과, 형태적 특성 및 PCR-RFLP을 통해 이 병원성 곰팡이를 모두 Botrytis cinerea로 동정하였다. 또한, 배양학적 특징에 따라 사과, 고추, 오이에서 분리한 잿빛곰팡이병균의 표현형은 균핵형이며, 딸기와 토마토에서 분리한 잿빛곰팡이병균은 균사형이었다. 각각의 잿빛곰팡이병균의 ITS 영역 염기서열을 포함한 4종의 유전자(RPB2, HSP60, G3PDH)의 염기서열을 결정하고 분자계통학적 유연관계를 분석하였다. RPB2 유전자 염기서열을 제외한 ITS 영역, HSP60유전자 및 G3PDH 유전자의 염기서열은 Botrytis cinerea 종 내 뿐만 아니라 Botrytis 속 종간에도 매우 높은 상동성을 나타내어 계통학적 유연관계 분석이 어려웠다. 하지만, 3종의 유전자(RPB2, HSP60, G3PDH)를 결합한 유전자 염기서열을 이용한 분자계통수 작성 결과, 본 연구에서 분리한 잿빛곰팡이병균은 Botrytis 속의 다른 종들과 구별되며, 사과, 고추, 오이, 토마토의 분리주는 아주 높은 근연관계에 있고, 딸기잿빛곰팡이병균은 다른 분리주와 달리 종내 다른 lineage를 형성하였다.