• The KIPS Transactions:PartD
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• v.13D no.2 s.105
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• pp.207-214
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• 2006

Though the number of completely sequenced genomes quickly grows in recent years, the methods to predict protein functions by homology from the genomes have not been used sufficiently. It has been a successful technique to construct an OPCs(Orthologous Protein Clusters) with the best reciprocal BLAST hits from multiple complete-genomes. But it takes time-consuming-processes to make the OPCs with manual work. We, here, propose an automatic method that clusters OPs(Orthologous Proteins) from multiple complete-genomes, which is, to be extended, based on INPARANOID which is an automatic program to detect OPs between two complete-genomes. We also Prove all possible clustering mathematically.

• Journal of Plant Biology
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• v.36 no.4
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• pp.415-423
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• 1993

대두의 uricase II cDNA를 탐침으로 plaque 혼성화 방법에 의해 해녀콩의 뿌리를 cDNA library로부터의 두 개의 phage 클론(λCINUO-01, λCINUO-02)을 선별하였다. 두 phage 클론은 약 1.6 kb와 1.0 kb의 insert를 갖고 있었으며 이들의 염기서열을 결정하기 위하여 pUC19과 pBSKS vector에 subcloing(pcCLNUO-01, pcCLNUO-02)하였다. Sanger법에 의해 염기서열을 결정한 결과, 두 클론은 각각 1,611 bp와 1,024 bp로 이루어져 있었으며 pcCINUO-01은 308개의 아미노산, pcCINUO-02는 301개의 아미노산을 암호화하는 open reading frame(ORF)을 갖고 있었다. 두 클론의 ORF의 염기서열은 대두의 uricase II와 각각 88.9%, 89.3%의 상동성을 보여주었으며, 아미노산 서열은 84.1%, 85.4%의 상동성을 보여주었다. pcCINUO-01의 경우, 종결코돈으로부터 313 NT 하류쪽에 진핵생물의 poly(A) 첨가신호인 AATAAA 서열이 존재하였으며 이로부터 21 NT 하류쪽에 17 잔기의 poly(A)가 존재하였다. 두 클론의 염기서열에서 추정된 아미노산 서열의 카르복시 말단에는 세포질에서 합성된 몇몇 단백질들이 peroxisome으로 수송되는데 필요한 신호서열인 Ser-Lys-Leu-COOH 서열이 존재하고 있었다. 두 클론의 염기서열을 토대로 아미노산 조성을 살펴본 결과, 염기성 아미노산(Arg, His, Lys)과 산성 아미노산(Asp, Glu)이 각각 46 대 35, 47 대 35의 비를 보여주었는데 이는 uricase II 단백질의 염기성 성질을 보여주는 결과로 추정된다. Northern 혼성화 결과 해녀콩에서 uricase II는 뿌리혹에서만 특이적으로 발현됨을 알 수 있었고 게놈 혼성화 반응 결과는 uricase II 유전자가 해녀콩 게놈상에 유전자 가족으로는 존재할 수 있음을 보여주었다.

• Annual Conference on Human and Language Technology
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• 2002.10e
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• pp.207-214
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• 2002

본 논문은 중심화 이론을 바탕으로 한국어에서 전향적 중심의 서열을 설정하는데 그 목적이 있다. 선행 연구들에서 전향적 중심 서열에 포함시킨 요인들 즉, '주어, 주제, 공감도'를 중심으로 이들 사이의 선호도, 또는 서열에 대한 면밀한 연구가 필요하다. 본 연구에서는 그 요인들 사이의 서열을 비교하는 데에 적합한 담화를 고안한 후 이를 설문 조사를 하였고, 그 결과를 분석하였다. 아울러 본 연구에서는 중심화 이론에서 제안하는 '추이 상태'와 함께 중심으로 해석되는 경향을 고려하였다. 이를 통해 '주제 > 주어 > 목적어'의 전향적 중심 서 열을 얻었다. 또한, 화 청자를 전향적 중심의 서열 설정에 포함시키는 선행 연구를 검토하면서, 화 청자를 포함시키는 대신 담화 분절의 가능성을 제안하는 바이다.

• 대학교육
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• s.113
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• pp.106-110
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• 2001

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2012.11a
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• pp.1330-1332
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• 2012

생물정보학 데이터를 분석하는 과정에서 서열 데이터의 시각화는 연구자에게 방대한 서열 데이터의 특성을 눈으로 쉽게 이해하기 위한 필수 과정이다. 대조 실험 데이터나 다중 서열 데이터를 시각화해 주는 많은 도구들이 있지만 방대한 유전체 서열에서 사용자가 원하는 다중 데이터간의 비교 영역을 찾아서 시각화해주는 기능이 부족한 것이 현 상황이다. 본 논문은 불리언 질의를 통해서 다중 전사체 서열을 효율적으로 비교하고 그 결과를 시각화해주는 방법을 제안한다.

• Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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• v.15 no.6
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• pp.661-667
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• 2005

In this paper, we propose a new hybrid genetic algorithm for sequential ordering problem (SOP). In the proposed genetic algorithm, the Voronoi quantized crossover (VQX) is used as a crossover operator and the path-preserving 3-Opt is used as a local search heuristic. VQX is a crossotver operator that uses the epistasis information of given problem instance. Since it is a crossover proposed originally for the traveling salesman problem (TSP), its application to SOP requires considerable modification. In this study, we appropriately modify VQX for SOP, and develop three algorithms, required in the modified VQX, named Feasible solution Generation Algorithm, Precedence Cycle Decomposition Algorithm, and Genic Distance Assignment Method. The results of the tests on SOP instances obtained from TSPLIB and ZIB-MP-Testdata show that the proposed genetic algorithm outperforms other genetic algorithms in stability and solution quality.

• Journal of KIISE:Software and Applications
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• v.34 no.6
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• pp.572-583
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• 2007

This paper investigates Centering-based metrics to evaluate ordering of utterances for text structuring. We point out a problem of MIN.NOCB metric which has been regarded as the simplest and best measure to evaluate coherence of ordering within Centering framework, and propose a new Centering-based metric, MAX.CPS as an alternative or supplementary one. This paper introduces a framework which pre-estimates the effectiveness of a metric on a given input ordering, and selects an applicable metric according to the pre-estimation result. Using this framework, we propose a new policy which can generate more optimal ordering within Centering framework. Moreover, we evaluate several kinds of Cf-ranking methods in terms of Centering-based metrics, and find that simply ranking entities by their linear order is generally the most suitable because of characteristics in Korean.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2012.05a
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• pp.355-356
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• 2012

후성유전은 DNA 염기 서열이 변화하지 않고 DNA의 메틸화(methyaltion) 및 히스톤 단백질의 변형(modification)등의 후천적 과정에 의해 유전자 발현이 조절되는 현상이다. 특히 DNA 메틸화 정도에 대한 패턴 분석은 후성유전을 이해하는 중요한 접근방법중 하나이다. DNA 메틸화 패턴 분석을 위해 발생에 관련된 123개 유전자들의 -5000bp ~ +200bp사이에 있는 DNA 염기 서열 정보를 추출하였다. 추출한 염기 서열 정보를 기반으로 기존에 알려진 메틸화 경향성 모티프와 메틸화 저항성 모티프를 모니터링 함으로써 발생관련 유전자들의 메틸화 모티프 패턴을 분석하였다. 결과적으로 메틸화 저항 모티프만이 발견되었고 따라서 메틸화 저항 모티프 패턴과 발생관련 유전자들의 상관관계를 분석하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2001.04b
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• pp.91-93
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• 2001

최근 지놈(Genome) 프로젝트를 통해 핵산, 단백질 서열 정보가 밝혀짐에 따라 분자 수준의 유전자 정보를 다루는 기법들이 활발히 연구되면서 방대한 서열 정보를 데이터 베이스화하고, 부족하기 위한 효과적인 도구와 컴퓨터 알고리즘의 개발을 필요로 하고 있다. 본 논문에서는 여러 단백질에 공통적으로 존재하는 서열 정보간에 존재하는 연관성을 탐사하기 위한 서열 연관 규칙 알고리즘을 제안한다. 원자 항목을 취급하였던 기존 알고리즘과는 달리 중복을 반영해야 하는 서열 데이터의 특성을 고려하여야 한다. 실험을 단백질 서열 데이터를 대상으로 수행하였다. 먼저 여러 서열에 빈발하게 발생하는 부 서열 집합을 찾고, 부 서열 집합들간에 존재하는 관련성을 탐사한다. 본 연구의 결과는 탐사된 규칙으로부터 다른 단백질의 구조와 기능을 예측할 수 있고, 이 정보는 필요로 하는 생물학적 분석을 방향을 제시할 것이다. 이는 생물학적 실험 대상의 후부조합을 최소화함으로써 많은 시간과 노력 비용을 절감할 수 있다.

• Journal of the Korean Institute of Telematics and Electronics C
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• v.36C no.6
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• pp.1-8
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• 1999

In circuit partitioning problem, work on vertex ordering have used to get good results for k-way partitioning. Body of work constructs a partitioning by first consturcting a vertex ordering, then splitting it. We present a re-placement algorithm for enhanced results by replacing and splitting the cllusters repeatedly. Experimental results on several circuits show that our approach achieves enhancement.