• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.11-18
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• 2006

바이오칩의 대표 주자인 DNA 칩은 점차 분자생물학의 주요 도구로 인식되고 있다. 쓰임새 또한 다양해져 기초 생물학, 기능 유전체학 연구뿐만 아니라 임상 현장에서의 적용을 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 임상분야에서 최근 주목 받고 있는 분야가 DNA 칩을. 이용한 질병진단 및 예후 측정이다. 개별 환자 세포의 분자유전학적 상태는 DNA 칩의 유전체 프로파일링(genome-wide profiling)으로 상세히 파악될 수 있으므로, DNA 칩은 질병의 세부아형 진단, 약물에 대한 개인 민감도 측정, 정확한 예후 측정을 통한 환자의 세심한 관리 등 미래 의료의 핵심이라 할 수 있는 개인별 맞춤 치료(personalized medicare)를 가능하게 하는데 지대한 역할을 할 것으로 기대되고 있다. 특히 수많은 질병 중에서 현대인의 난치병으로 손꼽히는 암은 DNA 칩 분석의 주요 적용 대상이다. 암에 연관된 복잡한 메커니즘을 기존의 단일 표지자로 진단하는 데는 한계가 있기 때문에, DNA 칩을 이용해 질병의 특정 phenotype과 관련 있는 암의 특이 패턴을 전사체 수준에서 분석하여 새로운 형태의 분자유전학적 표지자(transcriptional molecular signature)를 발굴하는 것이다 본 발표에서는 이러한 연구에 쓰이는 DNA 칩 분석 방법들과 실제 위암 데이터에 적용한 사례에 대해 논의하고자 한다. 연세의대 암전이 연구센터의 17K cDNA 칩을 이용하였으며, 진단 및 예후 측정을 위한 여러 분석 방법을 수행하였다.

• Journal of The Korean Association For Science Education
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• v.22 no.1
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• pp.54-63
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• 2002

The purpose of this study was to investigate the effect of decision-making activities in lesson on improving decision-making ability to meet bioethical issues in everyday situation. Worksheet for decision-making was consisted of six steps: Identification of problem, searching relevant information, generation of alternatives, identification of values for selection criteria, evaluation of alternatives, review of consequence. The results of this study showed that the scores of decision-making were increased by the activities of worksheets. The scores of identification of problem, generation of alternatives, and evaluation of alternatives were increased meaningfully. However, the scores of searching relevant information, identification of values for selection criteria, and review of consequence were not increased. It seems that all steps of decision-making ability could not improve by short-term learning. Low level performance was appeared on the step of searching relevant information and evaluation of alternatives. This result indicated that students could not apply the biological knowledge to decision-making in the face of bioethical issues. In conclusion, the learning experience of decision-making is essential to foster rational decision-making ability. The activity of decision-making should be included in science class and curriculum.

• Journal of KIISE:Computer Systems and Theory
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• v.31 no.1_2
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• pp.59-66
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• 2004

In this paper, a fast 3D model extraction algorithm with an enhanced PBIL of preserving depth consistency is proposed for the extraction of 3D depth information from 2D images. Evolutionary computation algorithms are efficient search methods based on natural selection and population genetics. 2D disparity maps acquired by conventional matching algorithms do not match well with the original image profile in disparity edge regions because of the loss of fine and precise information in the regions. Therefore, in order to decrease the imprecision of disparity values and increase the quality of matching, a compact genetic algorithm is adapted for matching environments, and the adaptive window, which is controlled by the complexity of neighbor disparities in an abrupt disparity point is used. As the result, the proposed algorithm showed more correct and precise disparities were obtained than those by conventional matching methods with relaxation scheme.

• The Journal of Korean Institute of Information Technology
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• v.17 no.12
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• pp.21-28
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• 2019

Side effects of drugs mean harmful and unintended effects resulting from drugs used to prevent, diagnose, or treat diseases. These side effects can lead to patients' death and are the main causes of drug developmental failures. Thus, various methods have been tried to identify side effects. These can be divided into biological and systems biology approaches. In this study, we use systems biology approach and focus on using various phenotypic information in addition to the chemical structure and target proteins. First, we collect datasets that are used in this study, and calculate similarities individually. Second, we generate a set of features using the similarities for each drug-side effect pair. Finally, we confirm the results by AUC(Area Under the ROC Curve), and showed the significance of this study through a comparison experiment.

• 한국지구과학회:학술대회논문집
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• 2006.02a
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• pp.239-244
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• 2006

충청북도 영동 지역에 분포하는 영동층군은 옥천변성대에 있는 소규모 퇴적분지중의 하나이다. 영동층군의 지질과 고생물에 관한 연구는 옥천변성대의 조구조운동과 관련한 퇴적분지 발달 규명과 아울러 경상분지와의 상호대비가 가능케 함으로써 이 시기의 한반도의 지질을 이해하는데 있어 매우 중요한 정보를 제공해 줄 수 있다(김규봉 등, 1986). 영동층군의 층서고생물학적 연구는 김규봉 등(1986), 전희영 등(1993), 최성자 등(1995)등의 연구가 있다. Shimamura (1927)는 영동층군에서 케이로레피드과(Cherolepidiaceae)에 속하는 식물화석의 산출을 처음 보고하였다. 이후 전희영 등(1993), 최성자 등(1995)이 영동층군에서 케이로레피드과에 속하는 식물화석을 다시 보고함으로써 영동층군에서 식물화석이 많이 산출될 가능성이 확인되었다. 본 연구에서는 식물화석의 연구에 중점을 두고 야외지질조사를 통하여 영동층군의 기존 화석산지와 새로운 화석산지로부터 많은 식물 화석을 채집하였다. 식물 화석은 모두 인상화석으로 보존되었으며 세일층의 층리면에 평행하게 밀집된 상태로 나타나지만 대부분 파편상으로 나타난다. 식물화석은 고환경이나 고생태에 대한 중요한 단서를 제공하고 과거의 기후를 알려주는 중요한 지시자로 사용되고 있다. 특히 케이로레피드과의 식물은 백악기의 대표적인 고기후의 지시자로서 잘 알려져 있다. 케이로레피드과의 식물은 분류상 구과류에 속하며 백악기에 걸쳐 세계적인 분포를 보이고 있는 화석이다. 본 연구는 영동층군에서 산출된 구과류 화석을 대상으로 고생물학적 연구를 수행하여 산출화석의 특징을 기재하고 체계적으로 분류함으로써 산출화석의 고식물학적 의미를 밝히고자 하였다. 또한 산출 화석의 특징과 지질학적 특징을 통해 중생대 백악기 영동지역의 고기후를 해석함으로써 고기후적 및 고생태학적 의미를 연구해 보고자 하였다.에서는 시스템 등급에 영향을 준다. 향후에는 더욱 더 다양한 상호의존 모델들이 정량화될 필요성이 있다고 본다. 진행하였다. 줄여서 보다 더 정확하고, 지능적인 규칙구성요소 추출 방법론을 제시하고 구현하여 지식관리자의 규칙습득에 대한 부담을 줄여 주고자 한다. 도움을 받을 수 있게 되었다.을 거치도록 되어있다. 교통주제도는 국가의 교통정책결정과 관련분야의 기초자료로서 다양하게 활용되고 있으며, 특히 ITS 노드/링크 기본지도로 활용되는 등 교통 분야의 중요한 지리정보로서 구축되고 있다..20{\pm}0.37L$, 72시간에 $1.33{\pm}0.33L$로 유의한 차이를 보였으므로(F=6.153, P=0.004), 술 후 폐환기능 회복에 효과가 있다. 4) 실험군과 대조군의 수술 후 노력성 폐활량은 수술 후 72시간에서 실험군이 $1.90{\pm}0.61L$, 대조군이 $1.51{\pm}0.38L$로 유의한 차이를 보였다(t=2.620, P=0.013). 5) 실험군과 대조군의 수술 후 일초 노력성 호기량은 수술 후 24시간에서 $1.33{\pm}0.56L,\;1.00{\ge}0.28L$로 유의한 차이를 보였고(t=2.530, P=0.017), 술 후 72시간에서 $1.72{\pm}0.65L,\;1.33{\pm}0.3L$로 유의한 차이를 보였다(t=2.540, P=0.016). 6) 대상자의 술 후 폐환기능에 영향을 미치는 요인은 성별로 나타났다. 이에 따른 폐환기능의 차이를 보면, 실험군의 술 후 노력성 폐활량이 48시간에 남자($1.78{\pm}0.61L$)가 여자($1.27{\pm}0.45L$)보다 더 높게 나타났으며 (t=2.170, P=0.042), 72시간에도 역시 남자($2.1

• Korean Journal of Poultry Science
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• v.37 no.3
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• pp.275-282
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• 2010

Chicken is an important livestock as a valuable biomedical model as well as food for human, and there is a strong rationale for improving our understanding on metabolism and physiology of this organism. The first draft of chicken genome assembly was released in 2004, which enables elaboration on the linkage between genetic and metabolic traits of chicken. The objectives of this study were thus to reconstruct metabolic pathway of the chicken genome and to construct a chicken specific pathway genome database (PGDB). We developed a comprehensive genome database for chicken by integrating all the known annotations for chicken genes and proteins using a pipeline written in Perl. Based on the comprehensive genome annotations, metabolic pathways of the chicken genome were reconstructed using the PathoLogic algorithm in Pathway Tools software. We identified a total of 212 metabolic pathways, 2,709 enzymes, 71 transporters, 1,698 enzymatic reactions, 8 transport reactions, and 1,360 compounds in the current chicken genome build, Gallus_gallus-2.1. Comparative metabolic analysis with the human, mouse and cattle genomes revealed that core metabolic pathways are highly conserved in the chicken genome. It was indicated the quality of assembly and annotations of the chicken genome need to be improved and more researches are required for improving our understanding on function of genes and metabolic pathways of avian species. We conclude that the chicken PGDB is useful for studies on avian and chicken metabolism and provides a platform for comparative genomic and metabolic analysis of animal biology and biomedicine.

• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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• v.12 no.12
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• pp.2259-2264
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• 2008

Significant genes are defined as genes in which the expression level characterizes a specific experimental condition. Such genes in which the expression levels differ significantly between different groups are highly informative relevant to the studied phenomenon. In this paper, first the system can detect informative genes by similarity scale combination method being proposed in this paper after normalizing data with methods that are the most widely used among several normalization methods proposed the while. And it compare and analyze a performance of each of normalization methods with multi-perceptron neural network layer. The Result classifying in Multi-Perceptron neural network classifier for selected 200 genes using combination of PC(Pearson correlation coefficient) and ED(Euclidean distance coefficient) after Lowess normalization represented the improved classification performance of 98.84%.

• The KIPS Transactions:PartB
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• v.14B no.5
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• pp.383-390
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• 2007

Interactions between proteins and genes are often considered essential in the description of biomolecular phenomena and networks of interactions are considered as an entre for a Systems Biology approach. Recently, many works try to extract information by analyzing biomolecular text using natural language processing technology. Previous researches insist that linguistic information is useful to improve the performance in detecting gene interactions. However, previous systems do not show reasonable performance because of low recall. To improve recall without sacrificing precision, this paper proposes a new method for detection of gene interactions based on syntactic relations. Without biomolecular knowledge, our method shows reasonable performance using only small size of training data. Using the format of LLL05(ICML05 Workshop on Learning Language in Logic) data we detect the agent gene and its target gene that interact with each other. In the 1st phase, we detect encapsulation types for each agent and target candidate. In the 2nd phase, we construct verb lists that indicate the interaction information between two genes. In the last phase, to detect which of two genes is an agent or a target, we learn direction information. In the experimental results using LLL05 data, our proposed method showed F-measure of 88% for training data, and 70.4% for test data. This performance significantly outperformed previous methods. We also describe the contribution rate of each phase to the performance, and demonstrate that the first phase contributes to the improvement of recall and the second and last phases contribute to the improvement of precision.

• Korean Journal of Plant Resources
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• v.37 no.1
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• pp.22-34
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• 2024

Recently, in several regions of Korea, we discovered the occurrence of Sagina micropetala Rauschert and S. procumbens L. All the plants of the genus Sagina growing in Korea are 5-merous and belong to the sect. Spergella. However, the two taxa we discovered belong to the sect. Saginella and are 4-merous. In addition, morphological characteristics such as sepals during the fruiting season and seeds were significantly different from those of species of the genus Sagina that occur in Korea. To clearly identify these species, we compared and observed their primary morphological characteristics using illustrated books and literature. Morphologically, S. micropetala exhibits the following traits: pubescence along the leaf margin, horizontally spreading sepals with red margins, and convex protrusions on the seed surface. In contrast, S. procumbens can be distinguished by its pedicels, which are curved during the flowering season and erect during the fruiting season. This plant also has broadly ovate sepals with white or yellowish-green margins, and flat seed surface protrusions. In terms of molecular analyses, 19 samples of Sagina were divided into two clades (S. micropetala and S. procumbens), confirming the taxonomic identity of the Sagina spp.

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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• 2017.05a
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• pp.382-382
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• 2017

최근 전 세계적으로 가뭄 재해가 증가함에 따라 국내의 경우 가뭄상황을 모니터링하기 위하여 다양한 유관 기간에서 가뭄정보시스템을 활용하여 가뭄지수를 공간지도 형태로 제공하고 있다. 기상청 수자원공사 농어촌공사 등에서 기상/수문/농업관련 가뭄지수의 위험지도를 실시간으로 제공하고 있으며 각 지표별로 수문기상학적 특징과 용수공급시설 및 수요공급의 이수상황 등을 고려하여 활용하고 있다. 하지만 제공되고 있는 가뭄지수의 공간분포는 지점 자료를 기반으로 내삽기법 (interpolation)을 통해 재 산정된 지도로 공간 해상도 측면에서 조악한 해상도를 갖고 있다. 이와 같은 한계점을 보완하기 위하여 시 공간적으로 특성이 동일한 광범위한 지역에 대한 정보를 주기적으로 제공 가능하다는 측면에서 위성영상자료를 활용한 가뭄모니터링 연구의 필요성이 요구된다. 본 연구에서는 위성영상을 이용한 식생 정보 및 기후 정보 생물물리학적 정보를 활용한 식생가뭄반응지수 (Vegetation Drought Response Index in Korea VegDRI-Korea)를 제시하고 국내의 적용성 검증을 위하여 국내 주요 가뭄 사상을 대상으로 시공간적 가뭄상황을 분석하였다. 식생가뭄반응지수는 유역단위 또는 행정구역 단위별로 실시간 가뭄 상황을 분석할 수 있는 고해상도 위성영상 기반의 가뭄지수로써 향후 한반도 전역의 가뭄모니터링 및 주기적인 모니터링을 통해 가뭄예상지역 판단에 대한 의사결정지원에 활용할 수 있다.