• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.10a
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• pp.59-62
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• 2006

전산 신경과학은 신경 시스템을 생물물리학, 신경회로, 그리고 시스템 레벨 등 여러 가지 관점에서 크기와 구조를 모델링하여 신경 신호의 전달과 전달되는 정보의 내용을 이해하고자 하는 분야이다. 전산 신경과학은 기존의 생물학적인 신경과학 연구에 대한 보완적인 연구방법으로 이론적이고 계산적인 방법을 사용한다. 본 논문에서는 신경 세포에서 반응 인코딩에 해당되는 신호 발생율(firing rate)과 스파이크 통계(spike statistics)를 설명하고, 신경 세포에서 반응 디코딩에 해당되는 스파이크-트레인 디코딩(spike-train decoding)에 대하여 설명한다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2014.03a
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• pp.263-274
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• 2014

펩타이드 중합체의 이차 구조는 화학적, 생물학적 기능을 갖는 단백질 삼차 구조를 결정하는 중요한 구성요소이다. 이러한 단백질의 이차구조에 대한 정보는 치매, 광우병과 같은 단백질 응집관련 질병에서 응집유발 단백질의 형성과정 및 안정도와 밀접한 연관이 있다. 본 연구는 폴리알라닌을 모델 펩타이드로 선택하여, 이들의 가능한 7가지 이차구조들에 대한 구조적, 열역학적 특성을 계산화학방법을 통해 비교 분석하였다. 우선 기체상에서 7가지 구조들의 구조최적화를 통해 상대적 안정도를 비교하였고, 나아가 EDISON의 용매화 자유 에너지의 열역학적 계산방법을 통해 수용액상에서의 상대적인 안정도와 그 원인을 비교, 분석하였다. 특히, 기체상에서와 수용액상애서 폴리알라닌 이차구조들의 상대적 안정도가 바뀌는 원인에 대해, 폴리알라닌의 구조적 특징과 수소결합과의 상관관계를 통해 규명하였다. 본 연구에서 밝힌 단백질 이차 구조의 상대적 안정도 및 물과의 상관관계에 미치는 구조적, 열역학적 원인은 응집 유발 단백질에서 제시된 특정 이차 구조의 선택적 안정성에 대한 근거를 제시하며, 그 기작을 이해하는 중요한 단서를 제공한다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.12
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• pp.108-117
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• 2003

대용량의 생명정보 데이터의 분석과 새로운 지식 추출을 지원하기 위해 생명정보 데이터의 저장과 관리를 책임지는 데이터베이스의 역할은 생명정보학 분야에서 더욱 중요해 지고 있다. 그러나 최근 새롭게 출현한 생명정보 데이터의 저장 관리는 생명 정보 데이터의 고유한 특성과 이러한 데이터의 특성을 이해하기 위한 생물학적 지식의 요구로 인해 많은 문제점과 어려움이 발생되고 있다. 따라서 이 원고에서는 생명정보 데이터를 관리하기 위해 데이터베이스 분야의 최근 연구 현황과 연구방향을 제시한다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2019.10a
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• pp.42-42
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• 2019

한국생명공학연구원은 1985년 설립된 이후로 현재까지 국가적 연구개발 수요에 대응하여 바이오 분야의 기초 원천 연구, 인프라 구축 및 운영을 통하여 우리나라 생명과학기술 발전에 힘써왔다. 특히 2006년부터는 해외생물자원의 중요성에 주목하여 차세대 국가 핵심 전략 BT산업의 필수 원자재인 생물소재의 범지구적 확보, 보존 및 관리를 위하여 해외생물소재센터를 설치하였다. 이후 차례로 중국, 코스타리카, 인도네시아, 베트남의 4개 거점 센터를 개소 및 운영하여 권역별 해외생물소재의 공동연구 및 국제협력 네트워크를 구축하고 효과적인 소재 확보 및 관리를 도모하고 있다. 이와 같이 확보된 소재는 36개국에서 채집된 약 318과 3,406속의 36,500여점 (2019년 9월 기준)에 달하고 소재의 확증표본은 해외생물소재센터 식물표본관(KRIB)에 보관 중이다. KRIB표본관은 2000년 Index Herbariorum에 등록되었으며, 약 80,000여점의 건조표본을 소장하고 있다. 분류군수는 과별로 콩과>국화과>꼭두서니과 순으로 많았으며, 국가별로는 중국>베트남>코스타리카 순으로 조사되었다. 한국생명공학연구원 해외생물소재센터 및 식물표본관은 소재의 정확한 동정을 위한 분류학적 시설로서의 역할뿐 아니라 누구에게나 개방된 홈페이지를 통하여 해외소재의 표본정보, 표본이미지 및 민속학적 정보와 활성 등 가치 있는 정보를 제공하여 연구자들에게 다양한 활용지원 서비스를 제공하고 있다.

• The Korean Journal of Applied Statistics
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• v.26 no.4
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• pp.675-686
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• 2013

The Korea Food and Drug Administration(KFDA) recommends the use of a $2{\times}2$ crossover design to assess the bioequivalence of generic drugs. However, a standard $2{\times}2$ crossover design for bioequivalence trials is often considered problematic due to ethical and economic issues as highly variable drugs are usually required by large numbers of subjects when designing the trial. To overcome this problem a $2{\times}4$ crossover design has been a recommended option as per US regulations; in addition, a $2{\times}3$ crossover design has also recently drawn special attention as an efficient alternative. The current KFDA regulation requires an ANOVA table for every bioequivalence study; however, ANOVA tables of $2{\times}4$ and $2{\times}3$ crossover designs have never been published in the literature. This study shows the derivation of tables of analysis of variance for a $2{\times}4$ cross-over design and a $2{\times}3$ cross-over design. We also suggest a sample size formulas for $2{\times}2$, $2{\times}4$ and $2{\times}3$ crossover designs to provide information on the selection of efficient designs for highly variable drugs.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2022.11a
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• pp.690-692
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• 2022

기존의 질병 관련 연구들은 대부분 유의미하게 변화되는 유전자들을 찾아내고(Differentially Expressed Genes, DEGs), 이들이 연관된 생물학적 패스웨이(biological pathway)를 찾아내는 방향으로 이루어졌다. 더불어 miRNA(microRNA)가 많은 mRNA 의 발현을 조절하며, 실제 면역, 대사 및 세포 사멸을 포함한 여러 필수 생리학적 및 질병에 매우 중요한 역할을 한다고 밝혀지며, 바이오 마커로써의 miRNA 를 찾아내고자 하는 연구가 활발히 진행되기 시작하였다. 하지만 mRNA 나 miRNA 의 독립적인 연구만으로는 명확한 질병과의 연관성이나 기능을 이해하기에는 어려움이 있다. 따라서 본 연구에서는 질병 상태에서 유의미하게 변화되는 miRNA 와 이러한 miRNA 에 의해 조절되는 mRNA 를 함께 고려하여 분석함으로써, 실제 질병의 발병 원인이 되는 생물학적 패스웨이나 메커니즘을 밝히고자 하였다. 또한, miRNA 와 mRNA 의 연관성을 찾기 위해, PPI(protein-protein interaction) 네트워크에 기반을 둔 RWR(Random Walk with Restart Algorithm)를 적용하여, 직접적 연관성뿐 아니라, 유전자 간의 숨겨진 간접적인 패스웨이를 고려하여 분석하기 위한 웹 기반 시스템을 개발하였다. 이 시스템은 mRNA-miRNA 를 함께 고려한 통합 분석을 통해 숨겨진 질병의 메커니즘을 이해하고 치료 방법을 찾아내는 데 크게 공헌할 것이다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2004.11a
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• pp.511-515
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• 2004

In the post-genomic era, researches on proteins as well as genes have been increasingly required. Particularly, work on protein-protein interaction and protein network construction have been recently establishing. Most biologists publish their research results through papers or other media. However, biologists do not use the information effectively, since the published research results are very large. As the growth of internet, it becomes easy to access very large research results. It is significantly important to extract information with a biological meaning from varisous media. Therefore, in this research, we efficiently extract protein-protein interaction information from many open papers or other media and construct the database of the extracted information. We build a protein network from the established database and then design and implement various pathway analysis algorithms which find biological meaning from the protein network.

• Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference
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• 2017.01a
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• pp.189-190
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• 2017

인공망막의 효율성을 높이기 위해 생물학적 인간의 시각정보과정에 여러 연구가 진행 중이다. 인간의 시각정보처리과정에는 시각정보를 축약하는 특성을 가지고 있다. 본 논문에서는 인간의 시각체계를 기반으로 영상 자체를 인식하지 않고 정보를 압축한 후 복원된 영상에 대한 인식 모델을 제안하고자 한다. 실험결과, 제안된 인식 모델과 일반적 인식모델과의 차이가 없음을 알 수 있었다.

• 월간산업보건
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• s.247
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• pp.16-19
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• 2008

파라티온(Parathion)은 폭넓고 다방면으로 사용되는 유기 인계 해충 진드기의 살충제이다. 파라티온의 첫 번째 생물학적 반응은 콜린에스테라아제 효소의 활성도 저감이다. 파라티온의 다양한 수준의 동물 노출 실험 결과, 경구 투여량 0.5-6 mg/kg 수준에서 악영향이 관찰되었다. 인간의 경우 파라티온 0.1 mg/kg 이하 수준에서는 RBC 콜린에스테라아제 효소의 활성도 감소가 나타나지 않았다. $0.2-0.8\;mg/m^3$의 작업장 노출 수준에서는 RBC 콜린에스테라아제 효소의 감소가 관찰되었다. 본 연구 결과에 근거하여 흡입 노출농도 $0.35\;mg/m^3$에 해당되는 0.05 mg/kg 이하 용량에서는 파라티온과 관련한 건강상의 생물학적 장애 증상이 유발되지 않았다. 따라서 흡입성 에어로졸과 증기상 형태로 $0.05\;mg/m^3$의 TLV-TWA가 파라티온의 작업장 노출기준으로 권고되었다. 이 노출기준은 부교감 신경의 이상과 다른 생물학적 장애 증상을 예방하는 목적에서 설정되었다. 이 수치는 인간을 대상으로 한 연구에서 얻어진 NOAEL로부터 근거를 둔 것이고, 작업자들의 RBC 콜린에스테라아제 효소의 활성도 저하를 방지하는 용량에 해당되는 것으로 예상된다. 이러한 접근은 RBC 콜린에스테라아제 효소의 억제가 단독 사용자에게서는 나타나지 않는다는 것을 확인하는데 이용되는 Biological Exposure Index의 활용과 일치된다. 인간에게 있어 파라티온 피부노출이 죽음까지도 이를 수 있다는 임상적 증세와 연관되어 있기 때문에 피부경고주석이 권고되었다. 쥐들을 대상으로 한 사료 공급 연구들에서 파라티온의 노출을 통한 명확한 종양의 발생 증가가 관찰되지 않아 비발암성 물질(A4)로 설정하였다. 파라티온의 TLV-STEL과 SEN notation을 설정하기에는 아직 충분한 데이터가 확보되어 있지 않고 있으며 파라티온의 작업 노출 모니터링에 대한 자세한 정보를 얻으려면 아세털콜린에스터라제 억제 농약의 BEI 문서들을 참고하는 것이 필요하다.

• Bioinformatics and Biosystems
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• v.2 no.2
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• pp.66-70
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• 2007

과거 사회라는 개념 속에서의 관찰과 통계적 인과관계의 규명에 치중하여 이루어졌던 보건학 연구는 유전체 연구와 같은 증거 위주의 기초과학적 측면에서 이루어 지고 있는 것이 현재의 추세이다. 이러한 생물학적 데이터를 이용한 질병과 보건에 대한 연구가 활성화 됨에 따라 보건 분야에서도 컴퓨터를 이용하여 방대한 정보를 다룰 수 있는 생명정보학이 유용한 도구로서 인식되고 있다. 본고에서는 생명정보학이 보건학의 연구분야에서 어떻게 이용되는 가를 학술적인 의미에서 살펴보고 그 활용방안에 대해 논의해 보고자 한다.