• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제59권1호
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• pp.63-68
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• 2016

어린잎 채소의 생산 및 가공 공정에서 원료농산물과 토양 및 용수 등 환경 시료를 채취하여 미생물학적 품질을 평가하고 식중독을 유발시킬 수 있는 주요 병원성 미생물을 분석하였다. 생산단계 어린잎 채소와 환경 시료의 일반 세균수는 모두 6.8 log CFU/g 이상 분석되었으며 대장균군은 어린잎 채소와 토양에서 각각 3.2 log CFU/g 및 3.5 log CFU/g 수준으로 오염되어 있었다. 가공공정 단계에서는 일반세균수와 대장균군 모두 세척공정이 진행됨에 따라 최종제품 단계에서는 오염수준이 감소되었다. B. cereus의 경우 생산단계에서는 어린잎 채소와 토양 또는 지지토에서 오염도가 높았으며, 가공공정에서는 원료 대비 최종 제품에서 약 1.4 log CFU/g 정도 감소되었다. 병원성 미생물의 정성분석 결과 생산단계에서는 S. aureus를 제외한 모든 병원성 미생물이 음성이었다. 본 연구에서 분리된 B. cereus를 이용하여 rep-PCR에 의한 유전적 상동성을 분석한 결과 생산단계의 경우 지지토와 시료에서 분리된 균주의 유전적 상동성이 높아 반복적으로 이용되는 지지토에 오염된 균주가 어린잎 채소로 이행되었을 가능성을 보여준 반면 가공공정에서 분리된 균주의 경우 유전적 상동성이 낮아 공정 중 재 오염될 가능성이 낮음을 시사하였다.

• 미생물학회지
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• 제33권2호
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• pp.149-156
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• 1997

Pentachlorophenol(PCP)가 첨가된 혐기성 무기배지에 혐기성 소화조슬럿지와 쓰레기 매립장의 침출수를 각각 접종한 후, 활성을 보이기 전과 후의 각 시료 내에 존재하는 총유전물질로부터 16S rRNA 유전자를 PCR 증폭하여 이들에 대한 restriction fragment length polymorphism(RFLP) 비교분석과 계통수분석을 실시하였다. 3차에 걸친 RFLP 분석 결과 Ala와 Bld로 명명된 두 가지의 FRLP 유형이 두 가지의 활성시료 모두에서 높은 빈도로 발견되었다. 이들 유형에 속하는 모든 클론들의 5'쪽에 해당되는 180개씩의 염기서열분석을 실시하여 계통수 분석을 실시한 결과, 각각의 유형에 속하는 클론들간에는 높은 상동성을 가지는 것으로 확인되었다. 특히 Bld 유형에서는 78%에 해당되는 클론들이 동일한 염기서열을 가지는 것으로 확인되었다. 이들 Ala와 Bld 유형에 속하는 클론들은 PCP에 대한 분해활성의 결과로서 증식된 유사종의 미생물 군집에서 비롯된 것으로 추정된다. 이 두 가지 유형에 속하는 클론들 중 하나씩의 16S rDNA 전체으 염기서열을 분석한 결과 Ala의 클론은 Clostridium ultunae (Genbank No. Z69293)의 염기서열과 89%의 상동성을 보였으며, Bld의 클론은 Thermobacteroides proteolyticus (Genbank No. X69335)의 것과 97%의 상동성을 가지는 것으로 나타났다.

• 한국수산과학회지
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• 제33권6호
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• pp.565-571
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• 2000

기존의 Cx 배열을 참고로 종내${cdot}$종간을 통하여 잘 보존되어져 있는 영역에서 primer를 설계하고, 은어의 난소를 재료로 하여 PCR을 실시하였다. 증폭된 cDNA 단편을 이용하여, 5'RACE 및 3'RACE법에 의해 미지의 영역을 cloning하여 난소에서 발현하는 Cx cDNA의 전염기배열을 결정하였다. 기존의 Cx 배열과 상동성을 비교한 결과, 대서양산 민어의 Cx32.7과 $63.8{\%}$, bovine의 Cx44와 $61.6{\%}$ 및 대서양산 민어의 Cx32.2와는 $56.7{\%}$의 상동성이 나타났다. 본 cDNA는 35,028 Da의 분자량을 code하는 open reading frame (ORF)으로 구성되어 있어, 은어 Cx35로 명명되었다. 또한 아미노산 배열의 친수성${\cdot}$소수성 영역의 분포예측 결과, 4곳의 소수성 영역과 4곳의 친수성 영역을 교차하는 전형적인 Cx의 구조와 일치하였으며, Cx family의 공통${\cdot}$필수적인 배열인 제1세포외 domain의 consensus 배열 및 제2세포외 domain의 consensus 배열도 존재하였다.

• 미생물학회지
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• 제46권2호
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• pp.213-218
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• 2010

Lactate dehydrogenases (LDHs)는 세포 내의 생화학적 대사경로에서 중요한 역할을 담당하는 효소로서 오랜 동안 많은 관심을 받았다. 본 연구에서는 다양한 미생물 genome database의 탐색을 통해 Bacillus cereus ATCC 14579 genome으로부터 LDH로 추정되는 3종의 유전자를 발견하고, 대장균에서 클로닝 및 대량 발현하였다. 모든 BcLDH 동질효소들의 상동부위 아미노산 잔기 대부분이 기존의 $NAD^+$-의존형 LDH와 높은 상동성을 보였다. 한편 314개의 아미노산으로 이루어진 BcLDH1과 2는 86%의 서열 상동성을 보였으나, BcLDH3와는 49%의 상동성을 나타냈다. 흥미롭게도 BcLDH1만이 $NAD^+$ 조효소 존재 하에서 L-lactate와 pyruvate 간의 상호전환 활성을 나타냈으며, 그 외의 동질효소들은 거의 활성을 보이지 않았다. 결론적으로 BcLDH1은 전형적인 $NAD^+$-의존형이며, L-lactate에 특이적인 dehydrogenase 효소임을 확인하였다.

• Journal of Chest Surgery
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• 제39권8호
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• pp.619-625
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• 2006

배경: 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증은 대부분의 경우에 전신 동맥 경화증이 동반되며 사망의 원인으로는 주로 반 이상이 관상동맥질환에 의하여 발생한다. 또한 만성 동맥폐쇄증 수술 후 수술 사망 원인은 심장 합병증에 의한 사망이 가장 빈번한 것으로 알려져 있다. 특히 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증 환자에게 과거에 심질환이 없거나 허혈성 심질환의 주증상이 없던 경우에 수술 후 높은 사망률을 보이는데 이런 이유로 이 환자군에 대한 관상동맥질환의 동반 여부에 대한 수술 전 검사의 필요성이 제기되는 바이다. 대상 및 방법: 2001년 2월부터 2004년 10월까지 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증으로 입원한 환자 중 과거력상 심질환이 있었거나 허혈성 심질환이 주증상이었던 환자를 제외한 52명의 환자를 대상으로 관상동맥조영술과 하지동맥조영술을 동시에 시행하여 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증에서 관상동맥질환의 동반 빈도를 파악하였다. 또한 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증의 중증도를 나타내는 AVO score와 동반된 관상동맥질환과의 상관관계를 비교하였다. 결과: 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증에서 관상동맥질환을 동반한 경우는 63%(33명)였고, 고령, 당뇨, 고혈압, 흡연력, 고콜레스테롤혈증 등의 동맥 경화증의 위험인자 중 고령과 고혈압이 관상동맥 질환을 동반하는 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증의 중증도와 통계학적인 의미를 보였다. AVO score가 높을수록 관상동맥 질환의 동반이 흔하였고 관상동맥질환의 중증도 역시 증가되는 소견을 보였다. 관상동맥질환이 동반된 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증 환자에서 관상동맥 우회술 및 관상동맥 중재적 시술을 병합하여 하지동맥 우회술을 시행한 경우, 하지동맥 우회술의 단독시행에 비해 사망률이 현저히 감소하였다. 결론: 과거력상 심질환이 없거나 허혈성 심질환의 주증상이 없는 죽상동맥경화성 하지동맥폐쇄증 환자에서 특히, 고령, 고혈압, AVO score가 높은 환자군에서는 수술 전 관상동맥조영술을 시행하여 동반되는 관상동맥 질환을 파악한 뒤 이에 대한 적극적인 치료를 시행하여야 한다.

• 생명과학회지
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• 제20권6호
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• pp.907-913
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• 2010

부산지역에서 2007년부터 2009년까지 3년 동안 임상적으로 HEV 의심 환자 검체 총 2,743건(대변 1,503건, 뇌척수액 1,213건, 인후도찰물 27건)의 검체 중 240건(8.7%)에서 HEV가 검출되었다. 연도별로는 2007년에는 HEV 감염의심 환자 검체 1,001건에서 86건(8.6%)에서 HEV가 분리되었고, 2008년의 경우 979건 중 85건(8.7%), 2009년 763건 중 69건(9.0%)이 분리되었다. 본 연구에 사용된 검체 2,743건 중 1,315건이 6월부터 9월까지 4개월간 의뢰되어 전체 의뢰건수의 48.0%를 차지하였다. HEV는 5월부터 분리율이 증가하기 시작해서 6월(15.5%), 7월(15.8%), 8월(15.3%)에 높게 나타나 HEV 분리가 하절기에 집중되어 나타난 것을 확인할 수 있었다. 검사건수 별 양성률은 남자 9.5%, 여자 8.7%로 성별에 따른 분리율의 차이를 찾기는 어려웠으며, 대부분 10세 이하의 연령에서 바이러스가 분리되었다. 분리된 HEV 분리주들에 대하여 VP1 region sequencing을 통하여 HEV의 유전형을 확인하여 HEV-A와 HEV-B 두 종류의 유전자형이 부산지역에서 유행하였음을 확인하였다. HEV-A의 부산지역 분리주 31주를 이용하여 상동성 비교분석을 실시한 결과 분리주 31주 사이에 21.8~100%의 상동성을 보였으며, HEV-B의 부산지역 분리주 41주를 이용하여 상동성 비교분석을 실시한 결과 분리주 41주 사이에 56.0~100%의 상동성 보여 최근 3년간 부산지역에 분리된 HEV 혈청형들 사이에 상동성의 차이를 보이는 결과를 확인 할 수 있었으며, 이를 볼 때 부산지역에서 유행하는 HEV 내에 상당한 정도의 유전자 변이를 추정해 볼 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제39권1호
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• pp.22-30
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• 2011

원형느타리버섯의 자실체는 다발형성이 잘되고 갓 색깔이 회색이면서 수량성이 높은 중요한 품종이다. 저자들은 핵산 지문법을 이용하여 느타리종에 속하는 70품종을 3 그룹으로 나누고 이 중 원형품종이 속한 그룹 35개 품종 중 원형품종과 동일하거나 구별성이 인정되지 않는 4개 품종을 보고한 바 있다. 본 연구에서는 이들 품종을 구분할 수 있는 원형 품종 특이 분자마커를 개발하였다. 원형 품종 특이적인 SCAR marker로 개발한 'S-OPO5' primer는 1436 bp 에서 원형 유사품종인 2183, 2240, 2595, 2725 품종에서만 특이적으로 단일 band를 보였다. 이들 원형 유사품종들의 SCAR PCR 산물을 대상으로 염기서열 분석을 한 결과 nucleotide 염기서열은 NCBI database에서 상동성이 있는 유전자를 찾을 수 없었으며, 이들 5품종간의 nucleotide sequence는 99% 상동성을 보여 매우 유사하였다. 아미노산 서열을 분석한 결과는 NCBI database내에 존재하는 모든 유전자들 중 송이속에 속하는 Tricholoma bakamatsutake의 reverse transcriptase와 가장 상동성이 높은 것으로 나타났다. 본 연구를 통하여 개발된 원형특이 마커는 정확한 품종구분이 요구되는 종균유통 과정에서 원형계통 품종을 구분하는 유용한 마커로 이용될 것으로 기대된다.

• 생태와환경
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• 제54권3호
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• pp.229-239
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• 2021

말쥐치는 북서태평양 해역에 분포하는 군집성 어류로 수산식품으로 이용되는 경제적 가치가 높은 어종이다. 본 연구에서는 서남해에 서식하는 국내산 말쥐치(Thamnaconus modestus)와 기존에 보고된 유사종(Thamnaconus septentrionalis)과의 형태적-유전적 특징을 비교-분석하였다. 이를 위해 서남해에서 채집한 말쥐치의 외부 형태와 골격을 관찰하고, 미토콘드리아 DNA의 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자 염기서열을 비교하여 유사종 (T. septentrionalis)과의 계통진화적 연관관계를 분석하였다. 서남해안 말쥐치의 외부 형태는 회갈색 바탕에 몸 전체에 흑갈색 무늬가 불규칙하게 산재된 패턴을 가지며 청록빛의 지느러미가 관찰되었다. 채집한 말쥐치에서 추출한 미토콘드리아DNA의 COI 유전자 분석결과 7종류의 염기서열 변이가 나타났으나 상동성이 전체적으로 98.8% 이상으로 유사성이 높게 나타났다. 또한 형태적으로 말쥐치 유사종인 T. septentrionalis COI 염기서열 비교와 계통유전학적 분석 결과, 보고된 시퀀스 중 상동성이 99%로 유전적으로 말쥐치로 보여지는 두 종(JN813099, MW485059)과 상동성 95%로 유사종으로 보이는 두 종(EF607583, KP267619)이 확인되었다. 말쥐치와 유사종은 계통유전적 분석결과 말쥐치와 유사종의 차이를 확인하였으나 형태적 특징으로 종 분류는 어려운 상태이다. 따라서 본 연구는 말쥐치의 외부 형태와 내부 골격 및 계통유전학적 정보를 제공함으로 말쥐치와 유사종(T. septentrionalis)의 분류학적 재검토를 진행하는 데 주요한 정보가 될 것이다.

• 식물병연구
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• 제27권1호
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• pp.32-37
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• 2021

2020년 전라북도 완주 소재 약용작물 전시포장에서 재배중인 범부채(Iris domestica) 140개체 가운데 3개체의 잎에서 괴사증상이 발견되었다. Reverse transcription polymerase chain reaction 검정결과 증상을 나타내는 3개체가 tomato spotted wilt virus (TSWV)에 감염된 것으로 확인되었다. 증상주로부터 분리한 TSWV 분리주 'Blackberry lily-kr1'의 전체 염기서열을 결정하였으며, 유전자 은행에 있는 다른 분리주들과 L, M, S 분절유전체 부위의 염기서열 상동성을 비교하였다. 'Blackberry lily-kr1' 분리주는 L 분절 유전체는 우리나라에서 보고한 'JJ' 분리주(MF159046) 또는 'HJ' (LC273305) 분리주와 상동성이 높았으며, M과 S 분절 유전체는 'JJ' 분리주(MF159058과 KY021439)와 가장 상동성이 높았다. MEGA X 프로그램의 maximum likelihood 방법을 이용하여 'Blackberry lily-kr1'의 다른 TSWV 분리주들과의 계통학적 연관성에 관한 분석을 한 결과 L, M, S 분절유전체 모두 고추에서 분리한 'JJ' 분리주 및 환삼덩굴(Humulus japonicas)에서 분리한 'HJ' 분리주와 높은 연관성을 보였다. 건전한 I. domestica 식물에 'Blackberry lily-kr1'을 감염시킨 Nicoatiana rustica 식물 즙액을 접종한 결과 50일 후에 잎에 괴사 또는 이중 고리형태의 괴사 증상이 형성되었다. 이는 노지에서 재배하는 범부채에서 관찰된 괴사증상이 TSWV 감염에 의한 것임을 시사하는 결과이다. 이 연구는 우리나라에서 범부채에서 TSWV 발생에 관한 최초의 보고이다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2002년도 추계학술발표논문집 (하)
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• pp.2337-2340
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• 2002

본 연구는 생물정보학(Bioinformatics)의 가장 기초적인 분야중 하나인, 새롭게 밝혀진 유전자 서열과 이미 밝혀진 유전자 서열 사이의 유사성(similarity)이나 상동성(homology)을 찾기 위한 방법에 대한 연구 중 지역 서열정렬로 사용하는 알고리즘인 Smith-Waterman 알고리즘이 갖고 있는 문제를 파악한다. 긴 서열에 대한 선호를 막고 대신 부분적인 지역 정렬을 다수 개 찾아 정렬시키는 알고리즘을 제안하기로 한다.