• Title/Summary/Keyword: 비교 유전학

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Development of a tool to generate diploid genome sequences for whole-genome alignments. (이배체 유전체들의 서열비교를 위한 유전체 염기서열 생성도구 개발)

  • Kim, Jonghyun;Park, Chihyun;Park, Sanghyun
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2007.11a
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    • pp.272-273
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    • 2007
  • 현대 유전체학 기술의 진보는 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 생물들의 유전체 서열의 규명 genome sequencing)에 힘입은 바 크다. 기존의 유전체 서열결정법은 주로 염기변이율이 낮은 생물들에 초점을 맞추어 왔다. 하지만 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 염기서열을 결정할 필요가 높아짐에 따라 이를 위한 방법론에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 염기변이율이 높은 생물들의 이배체 (diploid) 유전체 서열이 효과적으로 결정될 수 있을 경우 기존의 유전체 서열비교의 방법론에도 변화가 요청되고 있는 실정이다. 기존의 유전체 서열비교 (whole-genome alignment) 방법론은 반수체 (haploid) 유전체들의 서열비교을 위해 개발되었지만, 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 서열비교에는 반수체 유전체들 비교에 특화된 도구들이 필요하다. 또한 현재 서열비교를 시각화하는 소프트웨어들도 반수체 유전체 비교를 위해 개발된 실정이다. 본 논문의 목표는 이배체 유전체 서열을 비교하는 방법론을 개발을 용이하기위해 이배체 유전체의 서열을 생성하는 도구를 개발하는 것이다. 개발된 도구는 실제 일어날 수 있는 염기변이와 genomic rearrangement를 사용자의 입력을 받아 다수의 생물들의 유전체 서열을 생성해 낸다. 이를 통해 이배체 유전체 서열을 비교하는 도구의 개발을 용이하게 하는데 초첨을 맞추고 있다.

A Genomics Tool for Microbial Genome Comparison Using BLAST/FASTA (BLAST/FASTA를 활용한 미생물 유전체 비교용 도구의 개발)

  • Tae, Hongseok;Lee, Daesang;Park, Wan;Park, Kiejung
    • Korean Journal of Microbiology
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    • v.38 no.4
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    • pp.267-275
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    • 2002
  • We have developed GComp as an analysis tool for microbial genome comparison. This tool exploits BLAST or FASTA as a preprocessing program for local alignments to detect homologous regions, parses the homology search results, and generates tables and files to show homology relationship between two genomes at a glance. The interface for graphical representation of the comparative genomic analysis has been also implemented. Our test cases shows that the program can be useful in practice for intuitive and quantitative comparison of microbial genome sequence pairs as well as self-genome analysis. A few additional features have been devised and designed, which will be added in the further development.

Studies on the Efficiency of Selection of Some Agronomic Characteristics in Accelerating Generations of Hybrid-Rice Population (수도육종년한단축법에 있어서 몇가지 형질의 선발효과에 관한 연구)

  • Chea-Yun Cho
    • KOREAN JOURNAL OF CROP SCIENCE
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    • v.20
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    • pp.27-62
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    • 1975
  • These studies were aimed at clarifying whether or not selecting agronomic characteristics of hybrid-rice populations under greenhouse conditions was useful. The selection of two quantitative characteristics, culm length and heading date, and two qualitative characteristics, shattering and awnedness, was very effective, but the flag leaf length and the exsertion of panicle was not consistent, varying from one cross to another.

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Genetic Variability of Important Quantitative Characters and Selection for Yield in Soybean (I) (대두 양적형질의 유전적 변이와 선발(I))

  • Shin-Han Kwon;Jae-Rhee Kim;Kyung-Heui Lee
    • KOREAN JOURNAL OF CROP SCIENCE
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    • v.21 no.1
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    • pp.92-96
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    • 1976
  • Considerably large phenotypic and genotypic variations for the important agronomic traits were found in a soybean population consisted with 825 local lines collected in Korea. Genetic coefficient of variation, heritability, and genetic gain for seed weight, plant height. and number of pods per plant were relatively high. Maturity showed a high heritability value with a low genetic gain and the result may be due to the narrow range of maturity date of the population studied.

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Comparison of Genetic Responses Using Reproductive Techniques of MOET and In Vitro Fertilization in Cattle Populations (다배란과 수정란이식 및 체외수정기술을 이용한 소의 유전적 개량량 비교)

  • 전광주
    • Journal of Embryo Transfer
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    • v.11 no.1
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    • pp.1-6
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    • 1996
  • 다배란 수정란이식(MOET)과 체외수정(IVF)기술을 이용한 육종체계에서 예상되는 유전적 개량량을 여러 집단의 크기에서 비교한 결과 체외수정기술이 MOET육종기술보다 특히 개량대상 유전력이 낮을때 훨씬 효율적으로 나타났다. 그러나 유전력이 높아지면 (h$^2$=0.3, 0.5), MOET와 IVF간의 상대적 차이는 미진하게 나타났다. 체외수정을 이용한 육종기술에서 암컷의 선발 강도는 대단히 높일 수 있는 반면 난자의 회수율이 많을수록 상대적으로 수컷에 대한 선발 강도는 낮아진다. 그 이유는 한 가계에서 근친을 피하기 위해 한 마리의 수컷만 선발해야 하므로 수소의 선발강도는 난자의 회수율이 높을수록 상대적으로 낮아진다. 여러 수준의 난자회수율(10, 20, 30, 50, 100)중에서 30일 때 가장 높은 유전적 개량을 나타내었다. (Key word: MOET, IVF,selection responses)

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Measurement of All the Material Constants of PVDF (PVDF 복소수 탄성, 유전, 압전 상수 측정)

  • 노용래
    • The Journal of the Acoustical Society of Korea
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    • v.10 no.5
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    • pp.60-68
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    • 1991
  • 압전 복합체 PVDF 의 복소수 탄성, 유전, 압전 상수를 측정하였다. 사용된 방법은 각각 초음파 투과법, 임피던스 분석법, 탄성 표면과 측정을 통한 수치해석을 이용하였고, 측정 치중 일부는 이미 보 고된 값들과 비교해보았다. 측정치의 신뢰성 증명을 위해 동일 기법을 압전 세라믹 PZT-5H에 적용해 검증하였다.

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Systematic Study on the fishes of the Family Cobitidae (Pisces, cypriniformes). 5. Genetic Variations of Two Species of the Genus Misgurnus from Korea. (기름종개과(Family Cobitidae) 어류의 계통분류에 관한 연구 5. 미꾸리속 어류 2종의 유전적 변이)

  • 양서영;김종범김재흡
    • The Korean Journal of Zoology
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    • v.37 no.3
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    • pp.452-465
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    • 1994
  • 미꾸리속의 미꾸리(Misgumus anguillicaudatus)와 미꾸라지(M. mizolepis)의 종내 및 종간 유전적 변이와 유전적 차이를 알아보고자 2종 15개집단과 대만산 Paramisgumus김늠bwanus 1개 집단을 대상으로 전기영동법의 의한 동위효소분석을 실시한 결과 각. ongui각caudotus 9개 집단의 평균 유전적 변이정도는 P=34.20%, Ho=0.099, He=0 114였고. M. mizolepgs 6개 집단은 평균 P=35.55%, Ho=0 141, He=0.148이었으며, p연abwonus는 P=45.9%, Ho=0.132. 연e=0.119로서 일반적인 담수어류에 비해 높은 변이를 나타내었다 종간 평균 유전적 근연치를 비교한 결과 M. aneuflISca udatuo와 M. mfzole부랍 사이는 5=0.467이었고. M. angu연흘audatus와 P. dabrvanus 사이는 5=0.475로 비교적 근연관계가 낮았으나 M. mizolep결와 P. dabwanuo 사이는 5=0.834로 매우 가까운 유연관계를 나타냈다 유전적 차이치를 토대로 M. ongu비상라udctus와 M. mfzolep결의 종분화 연대를 산출한 결과 이들은 약 350만년전에 분화된 것으로 추정되었다.

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Recent Status of Chicken Genome Researches (닭 유전체 연구의 최근 동향)

  • Seo, S.W.;Paek, W.K.;Lee, J.H.
    • Korean Journal of Poultry Science
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    • v.36 no.2
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    • pp.111-115
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    • 2009
  • Chicken has been being used as the protein sources for humans for long times. Since the release of chicken genome sequencing, large efforts have been carried out for identifying valuable genomic information in chicken including the genes affecting quantitative traits, development and immune responses. In this review, the recent progress of genomic researches has been discussed including the available world wide genetic materials in chicken.

Stereo Matching Using Genetic Algorithm and Region Information (유전 알고리즘과 영역 정보를 이용한 스테레오 정합)

  • 한규필;배태민;정의윤;김희수;하영호
    • Journal of the Korean Institute of Telematics and Electronics S
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    • v.36S no.3
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    • pp.97-105
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    • 1999
  • 본 논문에서는 기존의 깊이 복원 방법을 개선하기 위해서 유전 알고리즘을 이용한 새로운 스테레오 정합법을 제시하였고 다양한 영상에 적용하기 위해 영상의 영역 정보를 고려하였다. 유전 알고리즘은 자연선택과 개체군 유전학에 기반한 효율적인 탐색 기법인데, 이들의 염색체 교차와 돌연변이 같은 연산자를 정합 환경에 적합하도록 변형시켰다. 영상신호를 쉽게 다루기 위해서 2차원 염색체 구조를 사용하였으며, 스테레오 정합에 많이 사용되는 유사성과 연속성 제약 조건에 기반하여 적자를 선택하는 적응 함수를 정의하였다. 그리고 기존 유전 알고리즘의 수렴속도를 개선하기 위해서 무작위로 변이를 발생시키지 않고 휘도차를 이용하여 변이를 발생시키는 정보기반 변이 발생을 사용하였다. 실험을 통하여 본 방법은 이완처리를 포함한 정합법보다 계산 부하를 줄일 수 있었고 비교적 안정된 결과를 얻을 수 있었다.

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