• Journal of the KSME
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• v.44 no.3
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• pp.64-69
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• 2004

이 글에서는 분자동역학 시뮬레이션에 대한 이론을 간략히 설명하고, 생체분자에서 연구되고 있는 다양한 적용 사례를 살펴봄으로써 분자동역학 시뮬레이션의 응용범위를 이해하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2013.08a
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• pp.307.1-307.1
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• 2013

고진공 상태의 희박한 농도를 가진 분자들은 불연속체의 특징을 가지게 되며, 일반적인 연속체 시뮬레이션으로 물리적 현상을 예측할 수 없었다. 이에 불연속체 시뮬레이션이 가능하도록 분자동역학을 기반으로 한 해석기술을 구축하기 위한 연구를 진행하였다. 아울러 태양전지 고진공 증발증착 공정의 실험결과와 비교하여 시뮬레이션의 적합성을 확인하고 변수의 영향도를 검토하였다. 향후 다양한 변수에 따른 시뮬레이션이 진행되어야 하며, 불연속체와 관련된 솔루션을 제공할 수 있는 데이터와 노하우의 축적 및 해석기술 표준화가 진행되어야 한다.

• 한국HCI학회:학술대회논문집
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• 2006.02a
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• pp.82-87
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• 2006

분자 모델링 시뮬레이션은 신 물질, 신약 개발에 범용적으로 사용되는 중요한 컴퓨터 소프트웨어이다. 교육과 연구 등의 분야에서는 사용자가 직접 입력 도구를 사용하여 분자 모델을 시뮬레이션을 하는 경우가 존재한다. 사용자가 직접 시뮬레이션을 하기 위해서는 가상의 3 차원 시각화 환경은 물론 생화학적으로 안정성 여부 검증에 도움을 주기 위해 에너지 계산 결과를 제공해야 한다. 그러나 대다수의 분자 모델링 도구가 시각화 환경 제공을 위주로 개발되었으며 에너지 계산 수식이 복잡하여, 사용자가 시뮬레이션 하는 가운데, 실시간으로 에너지 계산을 제공하지 못한다. 이러한 단점을 극복 하고자 본 논문에서는 어떠한 분자 모델링 도구라도 빠르게 에너지 계산을 반환 받을 수 있는 웹 서비스 기반의 분산 시스템 환경을 구현하였다. 또한 실시간으로 사용자가 시뮬레이션 할 수 있도록 작업 선별 처리 알고리즘(Job Skip Operation)을 개발, 적용하여 최신의 에너지 계산 요청에 대한 반환을 보장하였다. 본 연구는 사용자가 상호작용 기법을 통하여 가상의 분자 모델링 환경에서 화학적으로 안정된 분자 물질의 결합 위치를 빠르게 찾을 수 있도록 도와준다.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.12D no.6 s.102
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• pp.921-930
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• 2005

In this paper, a general purpose molecular simulation system which has been developed by the author, are described. One of the most advantageous features is that the molecular simulation system can handle a coarse-grained model as well as an all-atom mode. Therefore, we can simulate mesoscopic phenomena as well as microscopic phenomena with the help of Langevin dynamics simulation and dissipative particle dynamics simulation techniques. Thus we could study anesthesia, protein folding, biopolymer flow in microchannel with single framework, which spans from microscopic to mesoscopic scales. We expect that we can also simulate many other bio/nano systems of technological importance which are not feasible by means of molecular dynamics simulation technique. Finally, performance data are shown and a bottleneck is identified for future optimization.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.64 no.6
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• pp.345-349
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• 2020

In the self-assembled monolayer (SAM) of alkanethiol formed on a gold surface, some molecules fail to chemisorb with their terminal alkyl groups physisorbed. The previous molecular dynamics (MD) simulation showed that these defects can be cured by thermal annealing. Herein, we present a simple Ising model of alkanethiol. The Monte Carlo simulation based on the present model reproduced the essential features of the annealing of SAM observed in the MD simulation.

• Korean Chemical Engineering Research
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• v.49 no.3
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• pp.361-366
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• 2011

By using Monte Carlo simulation method we developed a new molecular simulation software which can be used to predict the thermodynamic properties of organic compounds. Starting from molecular structure and intermolecular potential function, rigorous statistical mechanical principles give a probability distribution for the behavior of a system containing many molecules, which enables us to calculate macroscopic thermodynamic properties of the system. The software developed in this work, cheMC, is based on Windows platform providing with easy access. One can efficiently administrate simulations by using an intuitive interface equipped with visualization tool and chart generation. It is expected that molecular simulations supplement the equation of state approach and will play a more important role in the study of thermodynamic properties.

• Journal of KIISE:Computer Systems and Theory
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• v.33 no.7
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• pp.380-389
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• 2006

In this paper, we present the MGrid system and its application for the construction of the Glycoconjugates simulation database called e-Glycoconjugates. The MGrid system is an integrated molecular simulation grid system for computing, databases, and analyses. For e-Glycoconjugates, we have been constructing the simulation database for 2,000 glycan chains and 100 glycoproteins until 2008. In this paper, we present the goal, architecture, and current implementation status of the MGrid system, and e-Glycoconjugates.

• Journal of the KSME
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• v.44 no.3
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• pp.38-45
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• 2004

이 글에서는 분자동역학 시뮬레이션이 미세유체역학 분야에 응용된 예를 소개한다.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.42 no.1
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• pp.16-21
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• 1998

The adsorption of ethane and propane in $K^{+}$ ion exchanged zeolite L has been studied using grand canonical ensemble Monte Carlo simulation. $CH_3$ and $CH_2$ groups of sorbate molecule were considered as pseudoatoms in calculation of potential, and the bond lengths and bond angles within a molecule were fixed during simulation. Average number of molecules per unit cell, number density of molecules in zeolite, distribution of molecules per unit cell, average potential per sorbate molecule, and isosteric heats of adsorption were calculated, and these results were compared with experimental results. For ethane the simulation results agreed considerably well with experimental ones over a wide range of temperature. The average potential of sorbate molecule decreased slowly with the increase of amounts sorbed in zeolite.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2015.03a
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• pp.167-170
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• 2015

이 연구에서는 다양한 유기 반응에 등장하는 propellane의 흥미로운 안정성 특성을 이해하기 위해 시뮬레이션을 통해 접근하였다. [1.1.1]propellane은 ring strain이 비교적 약한 [2.2.2]propellane보다도 안정적이다. EDISON에 업로드 되어있는 GAMESS 패키지 및 wxMacmolplt을 활용하여 이러한 현상에 대해 이론적 연구를 진행하였다. 이를 통해 실제로 보고된 이례적인 안정성을 여러 종류의 propellane 분자에 대한 시뮬레이션 결과 비교를 통해서도 확인하였으며, 분자오비탈 모양과 같은 정성적인 시뮬레이션 결과뿐만 아니라 계산된 에너지준위 간격, 진동자 강도 등의 정량적인 수치들 역시 이러한 안정성과 합치하는 결과를 보였다.