• 제목/요약/키워드: 분자생물학적 분석

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목본식물의 잎에서 분리된 국내 미기록 내생균: Neofusicoccum mangiferae and Thyronectria cucurbitula (Neofusicoccum mangiferae and Thyronectria cucurbitula: Unrecorded Endophytic Fungi Isolated from the Leaves of Woody Plants in Korea)

  • 이종철;박혁;엄안흠
    • 한국균학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.415-421
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    • 2020
  • 본 연구에서는 울릉도 및 여수에 서식하는 목본식물의 잎을 채취하고 내생균을 분리하였다. 분리된 균주는 배양 특성과 분생포자 등의 형태성 및 rDNA의 internal transcribed spacer 영역, large subunit 영역, 그리고 β-tubulin 영역의 DNA 염기서열을 분석하여 동정하였다. 연구 결과 국내 미기록 내생균 2종을 확인하였으며, 확인된 종은 Neofusicoccum mangiferae과 Thyronectria cucurbitula이다. 확인된 미기록종 균주의 형태적 특성 및 분자생물학적 계통분석의 결과에 대해 서술하였다.

막-생물반응조 공정을 이용한 염색폐수의 처리 (Treatment of Textile Wastewater by Membrane-Bioreactor Process)

  • 강민수;김성수;황규대;강종림
    • 한국막학회:학술대회논문집
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    • 한국막학회 1996년도 추계 총회 및 학술발표회
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    • pp.60-61
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    • 1996
  • 염색폐수를 처리하기 위하여, 일반적으로 물리.화학적 공정과 호기성 생물학적 공정을 조합한 방법들을 사용하고 있다. 하지만 호기성 생물학적 공정은 난분해성 물질의 제거능력이 낮고, 염색폐수의 주된 오염원인 염료분자가 호기성 미생물에 대한 에너지원으로 적합하지 않아 분해되기 어려우며, 물리.화학적 공정을 이용한 처리방법으로도 높은 처리효율을 얻을 수가 없다. 이러한 문제점을 극복하기 위하여 염색폐수 처리에 혐기-호기공정을 이용하며, 혐기성 공정에서 생물학적으로 분해되기 어려운 고분자 물질들을 가수분해하여 생물학적으로 분해가능한 저분자물질로 전환시키고, 호기성 공정에서 저분자 물질을 효과적으로 처라할 수 있기때문에 기존의 염색폐수 처리공정에 비하여 훨씬 높은 처리효율을 얻을 수 있다. 특히, 혐기성 미생물은 호기성 미생물에 비하여 난분해성 물질에 대한 분해력이 높고, 생물독성 물질에 대한 내성이 강하기 때문에 수중생물에 유해한 염료를 함유한 염색폐수의 색도제거에 효과적인 것으로 기대된다. 또한, 막분리 공정은 유기물 및 미생물이 막표면에 축적, 증식함으로써 막세공에 막힘현상을 초래하여 역세척 등의 물리적인 방법이나 화학약품을 이용한 화학적 세척 방법으로도 투과플럭스의 회복이 불가능한 상태를 유발함으로 막의 수명을 단축시키는 원인이 된다. 따라서, 혐기-호기공정과 조합하면 색도성분 제거 및 막 오염의 원인이 되는 유기물 및 용존성 고형물을 제거하고, 막 오염의 억제를 통한 후 수염의 연장은 물론, 처리수의 수질향상에 활용될 수 있을 것으로 사료된다.1로 강구와 함께 공구강 vial에 장입 후, Spex mixer/mill을 이용하여 기계적 합금화 하였다. 기계적 합금화 공정으로 제조한 분말에 대한 X-선 회절분석과 시차 열분석으로 합금화 정도를 분석하였다. (Bi1-xSbx)2Te3 및 Bi2(Te1-ySey)3 합금분말을 10-5 torr의 진공중에서 300℃∼550℃의 온도로 30분간 가압소결하였다. 가압소결체의 파단면에서의 미세구조를 주사전자현미경으로 관찰하였으며, 상온에서 가압소결체의 열전특성을 측정하였다. (Bi1-xSbx)2Te3의 기계적 합금화에 요구되는 공정시간은 Sb2Te3 함량에 따라 증가하여 x=0.5 조성에서는 4 시간 45분, x=0.75 조성에서는 5 시간, x=1 조성에서는 6 시간 45분의 vibro 밀링이 요구되었다. n형 Bi2(Te1-ySey)3 합금분말의 제조에 요구되는 밀링시간 역시 Bi2Se3 함량 증가에 따라 증가하였으며 Bi2(Te0.95Se0.05)3 합금분말의 제조에는 2시간, Bi2(Te0.9Se0.1)3 및 Bi2(Te0.85Se0.15)3 합금분말의 형성에는 3시간의 bivro 밀링이 요구되었다. 기계적 합금화로 제조한 p형 (Bi0.2Sb0.8)2Te3 및 n형 Bi2(Te0.9Se0.1)3 가압 소결체는 각기 2.9x10-3/K 및 2.1x10-3/K 의 우수한 성능지수를 나타내었다.ering)가 필수적이다. 그러나 침전법에서 얻게 되는 분말은 매우 미세하여 colloid를 형성하게 되며, 이러한 colloid 상태의 미세한 침전입자가 filte

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자폐장애 환자에서 FMR-1 유전 삼염기 반복의 분자생물학적 분석 (MOLECULAR BIOLOGIC ANALYSIS OF FMR-1 GENE TRINUCLEOTIDE REPEATS IN AUTISTIC PATIENTS)

  • 곽호순;전효진;장은진;김희철;김정범;박영남;정철호
    • Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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    • 제11권1호
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    • pp.3-15
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    • 2000
  • 연구목적:자폐장애의 원인을 유전학적으로 규명하려는 연구가 시도되고 있으며, 그 중 fragile X 증후군과의 연관성에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. Fragile X 염색체(Xq27.3)는 세포유전학적 방법으로 증명할 수 있으나 검사에 많은 제약과 단점이 있으므로, 본 연구에서는 보다 신뢰성이 높은 분자생물학적 방법으로 FMR-1 유전자내 CGG 삼염기 반복부위를 분석하여 자폐장애와 fragile X 증후군의 연관성을 규명하고자 하였다. 방 법:자폐장애 환아(99명)와 정상대조군(8명)을 대상으로 FMR-1 유전자의 CGG 반복배열 부위를 sense와 antisense primer를 이용하여 PCR법으로 분석하였으며, 동시에 세포유전학적 검사도 시행하였다. PCR 분석에서 CGG 반복수가 50 이상인 경우에 대해서는 StB12.3 혹은 Pfxa3 probe를 이용한 Southern blot hybridization으로 확인하였다. 결 과:FMR-1 유전자의 CGG 반복배열에 대한 PCR 분석 결과 CGG 삼염기의 반복배열의 수는 자폐장애 환자군과 정상대조군 사이에 통계적으로 유의한 차이가 없었다(p=0.207). 자폐장애 환자에서 CGG반복수가 50회 이상인 조기변이(premutation) 환자가 2명 있었으나 Southern blot hybridization 결과 완전변이(full mutation)로 판정할 수 있는 경우는 없었다. 세포유전학적 검사에서 환자군 모두에서 정상 핵형을 나타내었으며 fragile X 염색체는 확인되지 않았다. 결 론:이상의 결과에서 자폐장애 환자가 FMR-1 유전자의 CGG 삼염기 반복부위 이상, 즉 fragile X 염색체 이상을 동반하지 않았음을 증명할 수 있었다. 이는 fragile X 증후군을 자폐장애의 직접적인 원인이라고 보기에는 어려움이 있음을 시사한다.

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닭에서 동정된 플르오르퀴놀론 내성 대장균 균주의 분자생물학적 성상에 관한 연구 (Molecular Characterization of Fluoroquinolone Resistant Escherichia coli Isolates from Chickens in Korea)

  • 성지연;오지은
    • 디지털융복합연구
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    • 제14권4호
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    • pp.371-378
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    • 2016
  • 본 연구에서는 한국의 닭에서 분리된 E. coli 균주들로부터 퀴놀론계 항생제 내성을 나타내는 균주를 분리 동정하고 그 내성 기전과 유병률에 관하여 조사하였다. 또한 multilocus sequence typing (MLST)을 이용하여 E. coli 균주들의 분자생물학적 성상을 분석하였다. 항생제 감수성 테스트에서 63.5% (54/85) 의 E. coli 균주들에서 퀴놀론계 항생제 내성률을 보였다. 또한 퀴놀론계 항생제 내성을 보이는 54개 모두에서 gyrA 유전자의 sense mutations과 parC 유전자의 $57^{th}$, $80^{th}$, or $84^{th}$residues에서 점돌연변이를 관찰할 수 있었다. MLST를 통한 분석에서 E. coli ST는 parE 유전자의 염기치환과 깊은 상관관계를 보이는 것으로 관찰되었다. 이 결과들을 바탕으로 우리가 먹는 가축 및 가금류에 대한 무분별한 항생제 사용은 항생제 내성균의 증가와 유전변이를 초래함을 알 수 있었다. 따라서 식용 동물에 대한 지속적인 감시와 모니터링을 통하여 항생제 내성균의 확산방지를 통제하는 것이 필요할 것으로 사료된다.

식물 생명공학과 생물정보학 (Plant Biotechnology and Bioinformatics)

  • 김정은;백효정;김영철;허철구
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제33권3호
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    • pp.209-222
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    • 2006
  • 애기 장대와 벼의 전체 게놈 염기서열 분석이 완료되었고, 다량의 EST 데이터가 많은 식물에서 이용 가능하게 되었다. 또한, 방대한 양의 다양한 생물학적 데이터들이 transcriptomics, proteomics, metabolomics와 같은 여러 '-omics' 기술에 의하여 만들어져 왔다. 생물정보학은 이런 방대한 양의 생물학적 데이터로부터 유용한 정보를 얻는데 필수적이고도 매우 중요한 역할을 수행한다. 이 총설에서, 우리는 대량의 데이터를 생성하는 실험적 방법들과, 식물 병 저항성과 분자 육종과 같은 식물 연구분야로의 응용, 그리고 식물 생명공학의 연구 개발에 유용한 생물정보학적 기술과. 인터넷 정보 사이트들을 소개하였다. 우리는 새로운 실험 방법들과 생물정보학적 분석 기술들이 식물 생명공학 발전에 중요하게 기여할 것으로 기대하고 있으며, 생물정보학은 식물 생명공학의 연구 개발에 있어서 결정적인 요소가 될 것이라 생각한다.

서열 분석을 위한 연관 규칙 탐사 (Association Rule Discovery for Sequence Analysis)

  • 김정자;이도헌
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2001년도 봄 학술발표논문집 Vol.28 No.1 (B)
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    • pp.91-93
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    • 2001
  • 최근 지놈(Genome) 프로젝트를 통해 핵산, 단백질 서열 정보가 밝혀짐에 따라 분자 수준의 유전자 정보를 다루는 기법들이 활발히 연구되면서 방대한 서열 정보를 데이터 베이스화하고, 부족하기 위한 효과적인 도구와 컴퓨터 알고리즘의 개발을 필요로 하고 있다. 본 논문에서는 여러 단백질에 공통적으로 존재하는 서열 정보간에 존재하는 연관성을 탐사하기 위한 서열 연관 규칙 알고리즘을 제안한다. 원자 항목을 취급하였던 기존 알고리즘과는 달리 중복을 반영해야 하는 서열 데이터의 특성을 고려하여야 한다. 실험을 단백질 서열 데이터를 대상으로 수행하였다. 먼저 여러 서열에 빈발하게 발생하는 부 서열 집합을 찾고, 부 서열 집합들간에 존재하는 관련성을 탐사한다. 본 연구의 결과는 탐사된 규칙으로부터 다른 단백질의 구조와 기능을 예측할 수 있고, 이 정보는 필요로 하는 생물학적 분석을 방향을 제시할 것이다. 이는 생물학적 실험 대상의 후부조합을 최소화함으로써 많은 시간과 노력 비용을 절감할 수 있다.

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대사경로 데이터베이스 구축 (On the Construction of an Object-Oriented Metabolic Pathway Database)

  • 안명상;정태성;조완섭;노동현
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2004년도 봄 학술발표논문집 Vol.31 No.1 (B)
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    • pp.295-297
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    • 2004
  • 유전자의 생물학적 기능을 밝히고 세포 내 상호작용을 이해하는 것은 post-genome era의 가장 중요한 작업 중 하나이다. 이러한 세포 내 상호작용은 복잡한 생화학적 네트워크를 형성하게 되며 그 중 Metabolic pathway(대사 경로)는 생물 시스템을 이해하는데 가장 중요한 부분을 차지하게 된다. 대사 경로를 분석하기 위하여 분자의 기능 및 생화학적 프로세스에 대한 정보를 데이터베이스에 저장.관리해야하고, 사용자의 다양한 질의에 대하여 관련정보를 검색하여 GUI환경에서 제공해야 한다. 이 논문은 대사 경로 정보를 객체 데이타베이스 형태로 모델링하여 구축하고, 사용자가 관심있는 정보를 SBML형태로 제공하는 대사경로 데이타베이스의 설계 및 구현에 관해 다룬다.

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폐가스 처리용 바이오필터에 미생물 군집 분석 기법의 적용 (Application of Methodology for Microbial Community Analysis to Gas-Phase Biofilters)

  • 이은희;박현정;조윤성;류희욱;조경숙
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제48권2호
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    • pp.147-156
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    • 2010
  • 폐가스 처리용 바이오필터의 핵심 요소 기술은 생촉매(미생물), 담체, 설계 운전 기술 및 진단 관리 기술이다. 특히, 바이오필터의 성능은 부하 조건과 바이오필터 내 미생물 군집 구조에 의해 영향을 받는다. 지금까지 바이오필터의 미생물 연구는 대부분 배양법을 기초로 하여 수행되어 왔으나, 최근에 보다 신속하고 정확하게 미생물 군집을 분석할 수 있는 방법들이 제시되고 있다. 본 논문에서는 생리적, 생화학적 및 분자생물학적 미생물 군집 분석 방법과 이를 활용한 바이오필터의 미생물 군집 특성을 조사한 연구사례를 소개하고, 미생물 군집 분석법의 바이오필터에 적용 가능성에 대해 고찰하였다. Community-level physiological profile 방법은 시료 중에 포함된 종속영양미생물의 탄소기질 이용능력을 기반으로 군집 특성을 조사하는 것이며, Phospholipid fatty acid analysis는 미생물 세포막 지방산을 분석하여 군집 특성을 조사하는 방법이다. 환경시료로부터 직접 추출한 DNA를 활용하는 분자생물학적 분석법에는 "partial community DNA analysis"와 "whole community DNA analysis"가 있다. 전자의 방법은 PCR 과정에 의해 증폭시킨 염기서열을 분석하는 것으로 ribosomal operon 유전자가 가장 많이 활용되었다. 이 방법은 다시 PCR fragment cloning 및 genetic fingerprinting으로 구분되며, genetic fingerprinting 방법으로는 denaturing gradient gel electrophoresis, terminal-restriction fragment length polymorphism, ribosomal intergenic spacer analysis 및 random amplified polymorphic DNA 방법으로 세분화된다. 추출된 전체 군집의 DNA를 분석하는 방법에는 total genomic cross-DNA hybridization, 총 추출 DNA의 열 변성/재결합 방법 및 밀도구배를 이용하여 추출한 DNA를 분획화하는 방법 등이 있다.

산수국과 수국의 분류학적 재검토 (Taxonomic Review on Hydrangea macrophylla (Thunb.) Ser. and H. serrata f. acuminata (Siebold & Zucc.) E.H.Wilson)

  • 강신호;정경숙
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2019년도 추계학술대회
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    • pp.22-22
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    • 2019
  • 수국속(Hydrangea L.)은 APG IV분류체계에 따르면 국화군(Asterids), 층층나무목(Cornales), 수국과(Hydrangeaceae)에 속하는 식물로서 동아시아, 북아메리카 동부 지역을 중심으로 분포하며 전 세계에 23여종이 알려져 있다. 한국산 수국속은 Nakai가 H. hortensia var. acuminata의 분포를 기록함으로써 시작되었다. 이후 Nakai는 산수국을 H. acuminata로 재처리, 다시 H. serrata var. acuminata로 변경하였다. 한편 산수국은 분류학적 위치에 대한 이견이 있다. Wilson은 수국과 산수국을 가까운 유연관계를 가지는 독립된 분류군으로 분류하였지만, Makino는 산수국을 수국의 아종인 H. marcrophylla subsp. serrta로 기재하는 등 산수국과 수국의 동정과 계급설정에 혼란이 있는 가운데, 최근 천연물 hydrangenol을 활용한 건강기능식품 개발에서 사용가능 재료의 한계를 설정하기 위한 산수국과 수국에 대한 종 설정 연구도 요구되고 있다. 따라서 본 연구에서는 nrDNA ITS, trnL-F, trnC-ycf6의 3개 구간의 DNA sequence와 NCBI (National Center for Biotechnology Information)를 참고한 분자생물학적 분석결과와 외부형태학적 재검토 결과를 통하여 H. marcrophylla를 종(Species)으로서의 분류학적 위치 지지하며 또한 수국과 산수국을 가까운 유연관계를 가지는 독립된 분류군으로 분류한 의견을 지지하는 결과를 도출하였다. 향후 hydrangenol 활용의 기초정보로 활용되기를 기대한다.

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산지별 복분자와 시판 복분자주의 이화학적 특성 분석 (Physico-chemical Characteristics of Black Raspberry Fruits (Bokbunja) and Wines in Korea)

  • 이승주
    • 한국식품과학회지
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    • 제45권4호
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    • pp.451-459
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    • 2013
  • 국내 주요 산지 9개소(전북 고창, 순창, 정읍, 전남 함평, 강원도 횡성, 충남 당진, 충남 논산, 경남 거창, 전남 곡성)에서 생산된 복분자와 전국에서 시판되는 24종의 복분자주를 수거하여 이화학적 특성을 분석하였다. 전반적으로 각 지역별 복분자와 시판 복분자주의 이화학적 특성에서 차이가 크게 나타났다. 특히 당도와 총산도, L값, b값, Hue, Intensity와 같이 색상관련 항목과 총 페놀성 화합물 함량(phenolic), 유기산 함량에서 시료간의 차이가 컸다. 일반적으로 음료 및 주류로의 제품화에서 주요 항목인 총 산도, Brix, 환원당에서 정읍(naja) 시료가 다른 지역의 복분자에 비해 높게 나타났다. 반면 곡성(woori)과 논산(neulso) 시료의 경우 색상 진하기 정도인 Intensity, 총 페놀성 화합물 함량, 유기산 수준에서 다른 시료에 비해 현저히 낮은 수준을 보여 착색이 부족한 것으로 나타나 향후 품종 개량이나 재배 환경 최적화가 필요할 것으로 여겨진다. 현재 복분자 품종에 대한 정확한 조사 및 관리가 명확하지 않아 품종이나 지역 간의 비교가 정확히 이루어지지 못 하고 있다. 향후 복분자관련 산업의 활성화를 위해 가장 중요한 원료인 복분자의 품종, 재배지역 및 재배 방법 등에 따른 다양한 이화학적 및 생물학적 특성분석과 데이터베이스화 작업이 필요하리라 사료된다. 복분자주의 경우도 이화학적 특성에서 지역 간의 차이보다 각각 시료간의 차이가 크게 나타나 향후 관능특성 및 소비자 기호도 조사를 통한 좀 더 상세한 연계조사가 필요하리라 여겨진다.