• 한국HCI학회:학술대회논문집
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• 2006.02a
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• pp.82-87
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• 2006

분자 모델링 시뮬레이션은 신 물질, 신약 개발에 범용적으로 사용되는 중요한 컴퓨터 소프트웨어이다. 교육과 연구 등의 분야에서는 사용자가 직접 입력 도구를 사용하여 분자 모델을 시뮬레이션을 하는 경우가 존재한다. 사용자가 직접 시뮬레이션을 하기 위해서는 가상의 3 차원 시각화 환경은 물론 생화학적으로 안정성 여부 검증에 도움을 주기 위해 에너지 계산 결과를 제공해야 한다. 그러나 대다수의 분자 모델링 도구가 시각화 환경 제공을 위주로 개발되었으며 에너지 계산 수식이 복잡하여, 사용자가 시뮬레이션 하는 가운데, 실시간으로 에너지 계산을 제공하지 못한다. 이러한 단점을 극복 하고자 본 논문에서는 어떠한 분자 모델링 도구라도 빠르게 에너지 계산을 반환 받을 수 있는 웹 서비스 기반의 분산 시스템 환경을 구현하였다. 또한 실시간으로 사용자가 시뮬레이션 할 수 있도록 작업 선별 처리 알고리즘(Job Skip Operation)을 개발, 적용하여 최신의 에너지 계산 요청에 대한 반환을 보장하였다. 본 연구는 사용자가 상호작용 기법을 통하여 가상의 분자 모델링 환경에서 화학적으로 안정된 분자 물질의 결합 위치를 빠르게 찾을 수 있도록 도와준다.

• Journal of the Korean Vacuum Society
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• v.16 no.1
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• pp.52-57
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• 2007

The interaction force between biomolecules(DNA-DNA, antigen-antibody, ligand-receptor, protein-protein) defines not only biomolecular function, but also their mechanical properties and hence bio-sensor. Atomic force microscopy(AFM) is nowadays frequently applied to determine interaction forces between biological molecules and biomolecular force measurements, obtained for example using AFM can provide valuable molecular-level information on the interactions between biomolecules. A proper modification of an AFM tip and/or a substrate with biomolecules permits the direct measurement of intermolecular interactions, such as DNA-DNA, protein-protein, and ligand-receptor, etc. and a microcantilever-based sensor appeared as a promising approach for ultra sensitive detection of biomolecular interactions.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2011.02a
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• pp.342-342
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• 2011

방사광을 이용한 흡수스펙트럼으로부터 그래핀 표면 위 TCPP(Tetra(4-carboxyphenyl)porphine) 유기 분자의 흡착구조에 대하여 연구하였다. 순수한 그래핀 표면의 비활성도는 소자응용 분야에 있어 그 영역을 제한할 수 있는 하나의 걸림돌이 되고 있다. 이를 극복하기 위해 유기분자막의 초기 흡착을 이용한 다양한 방법이 시도되어왔다. 그 중 TCPP 분자막을 이용한 그래핀 표면의 기능성 및 그 우수성을 이미 보고한 바 있다. 그러나 그 분자의 흡착구조에 대해 밝혀진 바 없다. 그래핀 표면과 분자간의 흡착 메커니즘 및 분자 상호간의 역학관계는 그 흡착구조의 규명으로부터 얻어질 수 있는데, 본 연구에서는 C 1s K-edge에 대한 NEXAFS 스펙트럼을 이용하여 TCPP 분자가 그래핀과 평행한 방향으로 흡착됨을 알 수 있었다. 이는 또한 분자흡착량의 증가에 따른 AFM 이미지와 일관됨을 알 수 있었다.

• Korean Journal of Crystallography
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• v.9 no.2
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• pp.120-124
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• 1998

N-tert-Butyl-2-(1-acetoxy-2-fluoro-1-butyl)benzenesulfonamide의 분자 및 결정구조를 X-선회절법으로 연구하였다. 결정의 공간군은 P21/c이고, 단위포 상수는 a=8.583(2) , b=14.674(2) , c=14.703(2) , β=103.23(1)0, Z=4, V=1802.6(5) 3, Dc=1.27 Mgm-3이다. 회절반점들의 세기는 Rigaku AFC-5 Diffractometer로 얻었으며, graphite로 단색화한 Cu-KαX-선을 사용하였다. 분자구조는 직접법으로 풀었으며 최소자승법으로 정밀화하였다. 최종신뢰도 R값은 2472개의 회절반점에 대하여 0.069였다. 분자 내에 N(7)과 O(4)사이에 1개의 수소결합[2.990(4) ]을 갖으며, C(14)와 C(15)는 반대배열을 갖고 있다. 분자간 가장 인접한 거리는 3.465(5) [C(19) O(5)] (symmetry code: -x, y+1/2, -z+1/2)로 분자간 접촉은 van der Waals 힘에 의해 결합되어 있다.

• Applied Chemistry for Engineering
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• v.10 no.5
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• pp.743-747
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• 1999

The component polymer was modified to enable the formation of intermolecular hydrogen bonding in the immiscibile polystyrene(PS)/polymethacrylate(PMA) blends. The mole percentages of hydroxystyrene of the poly(styrene-co-4-hydroxystyrene) copolymer(modified polystyrene, MPS) were controlled to 7%, 10% and 18%, respectively. MPS was used with PMA to study the variation of the miscibility in blends. PMA which had such different length of side chain as methyl, butyl, hexyl and ethylhexyl, respectively, was selected to study the effect of side chain length on the formation of intermolecular hydrogen bonding. As the hydroxyl content of MPS increased, the formation of intermolecular hydrogen bonding increased. The length of side chain of PMA had enormous effect on the miscibility of blend as confirmed from the result of cloud point measurement. As the length of side chain increased, the formation and the strength of intermolecular hydrogen bonding decreased severely due to the steric effect and the increased chain mobility.

• Proceedings of the Korean Fiber Society Conference
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• 1998.04a
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• pp.58-62
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• 1998

고분자 블렌드의 열역학적 상용성은 고분자 혼합물의 혼합 엔트로피가 무시할 수 있을 정도로 작기 때문에 성분 고분자 사이의 강한 분자간 인력에 의한 음의 값의 혼합 엔탈피에 의해서 유도되어진다. 상용성 고분자 블렌드를 얻기 위하여 도입되어질 수 있는 분자간 상호인력으로는 수소결합$^1$, 쌍극자-쌍극자 상호작용$^2$, 이온-쌍극자 상호작용$^3$, 산-염기 상호작용$^4$, 전이금속 복합체 형성$^{5}$ , 전하이동 복합체 형성$^{6}$ 등이다.(중략)

• Optical Science and Technology
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• v.8 no.3
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• pp.10-17
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• 2004

화학 반응은 원자나 분자가 서로 작용하여 결합이 분해되거나 생성되는 동적인 과정이다. 일반적으로 이러한 동적인 과정은 매우 빠른 시간 내에 일어나기 때문에 (보통수 펨토초에서 수 피코초 내에 일어난다) 화학 반응 도중에 나타나는 중간체(transient structure)의 구조 변화나 분자의 움직임을 실시간으로 잡기 위해서는 매우 높은 시간 분해능이 필요하다. 이러한 중간체의 구조 동역학(structural dynamics)은 그 대상이 되는 분자의 화학적/생물적 기능에 매우 중요한 정보를 제공하기 때문에 실시간 분자 동역학 연구는 복잡한 화학적/생물적 시스템의 메커니즘 규명 연구에 필수적이라고 할 수 있다. (중략)

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2015.08a
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• pp.149-149
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• 2015

본 연구에서는 Host 물질 Alq3와 Dopant 물질 Ir(piq)3, Zn(BTZ)2를 사용한 ITO/NPB/Alq3+ metal complexes/Alq3/LiF/Al 다층 구조의 PHOLED 소자를 제작하고 특성 변화를 파악하였다. Dopant Ir(piq)3를 발광 영역에 도핑하였을 경우에는 소자의 발광 효율이 감소하였다. 이는 Co-deposition 조건에 따른 분자간의 거리가 충분히 가까워지지 않았기 때문이다. 분자간의 거리가 Co-deposition 조건보다 멀게 되면 Host - Dopant 간의 에너지 전달이 제대로 일어날 수 없게 되며, 결과적으로 Host 영역과 Dopant영역에서 각각 발광을 하게 된다. Dopant Zn(BTZ)2를 도핑하였을 경우에는 Host - Dopant 간의 에너지 전달에 의한 효과로 인해, J-V 특성은 50% 이상, L-V 특성은 20% 이상, L-J 특성은 10% 이상 효율이 증가하였다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2013.04a
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• pp.89-100
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• 2013

생물정보학의 다양한 이론적 내용과 계산적 방법들이 갈수록 전문화 되어짐에 따라 신약 개발, 신 물질 합성, 단백질의 구조 예측 등 다양한 분야에서 필요성이 커져가고 있다. 이 중 molecular docking 기술은 단백질과 특정 분자간의 결합 형태를 분자 모델링 기법을 통해 알아내는 방법이며 신약개발 연구에 큰 영향을 미치고 있다. Molecular docking을 통하여 분자간의 결합 형태를 예측하는 과정에서 Protein-ligand complex의 정확한 에너지 측정을 가능하게 하는 scoring function이 필요하다. 그런데 본 연구에서 사용한 B-Raf kinase protein 은 active site 부분에서 ligand와 receptor 간에 aromatic ring로 인한 ${\pi}-{\pi}$ interaction이 정확한 에너지 계산을 어렵게 한다. 이러한 ${\pi}-{\pi}$ interaction 부분의 에너지를 정확하게 계산하기 위해 양자역학 계산을 실시하였다. Active site 부분에서 ligand와 receptor에서 발생하는 각각 다른 5개의 ${\pi}-{\pi}$ interaction 구조를 준비하여 Gaussian을 통해 양자역학 에너지를 계산하였다. 그리고 이러한 결과 값들이 ligand의 활성 값과 어떤 상관관계를 갖는지 살펴보았다. 그 결과 ${\pi}-{\pi}$ interaction을 양자역학으로 계산한 값이 그렇지 않은 것보다 더 좋은 상관관계를 보여주었다. 이는 특별한 구조의 영향으로 ligand와 receptor 간의 결합에너지를 정확하게 계산하기 어려운 문제에서 양자역학을 적용할 경우 더욱 좋은 결과값을 얻을 수 있었다. 또한 이러한 데이터가 신 물질 개발이나 신약 개발 등의 다양한 분야에서 계산화학 방법이 신뢰성을 얻는데 도움 될 수 있다고 생각된다.

• Proceedings of the Korean Fiber Society Conference
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• 2002.04a
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• pp.447-450
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• 2002

폴리비닐알코올(PVA)은 -OH기에 의한 강력한 분자간 및 분자내 수소결합으로 인해결정화가 잘되고 유리전이온도(T$_{g}$) 및 융점(T$_{m}$ )이 높다는 장점을 가지지만, 같은 이유로 가공성이 좋지 못하다는 문제점을 지니고 있어, 선상 고분자임에도 불구하고 용융가공이 불가능하여 거의 대부분 용액가공을 이용하고 있어 가공성에 제한을 받는다[1]. 그러나 비 결정영역 뿐 만 아니라 결정영역까지 침투할 수 있다고 알려진 요드를 가소제로 사용하면 고분자 분자들 사이의 간격을 넓히고 분자간 결합을 약화시킴으로써 T$_{g}$뿐 아니라 T$_{m}$ 도 저하시킬 가능성이 있다. (중략)