• 한국HCI학회:학술대회논문집
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• 한국HCI학회 2006년도 학술대회 1부
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• pp.82-87
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• 2006

분자 모델링 시뮬레이션은 신 물질, 신약 개발에 범용적으로 사용되는 중요한 컴퓨터 소프트웨어이다. 교육과 연구 등의 분야에서는 사용자가 직접 입력 도구를 사용하여 분자 모델을 시뮬레이션을 하는 경우가 존재한다. 사용자가 직접 시뮬레이션을 하기 위해서는 가상의 3 차원 시각화 환경은 물론 생화학적으로 안정성 여부 검증에 도움을 주기 위해 에너지 계산 결과를 제공해야 한다. 그러나 대다수의 분자 모델링 도구가 시각화 환경 제공을 위주로 개발되었으며 에너지 계산 수식이 복잡하여, 사용자가 시뮬레이션 하는 가운데, 실시간으로 에너지 계산을 제공하지 못한다. 이러한 단점을 극복 하고자 본 논문에서는 어떠한 분자 모델링 도구라도 빠르게 에너지 계산을 반환 받을 수 있는 웹 서비스 기반의 분산 시스템 환경을 구현하였다. 또한 실시간으로 사용자가 시뮬레이션 할 수 있도록 작업 선별 처리 알고리즘(Job Skip Operation)을 개발, 적용하여 최신의 에너지 계산 요청에 대한 반환을 보장하였다. 본 연구는 사용자가 상호작용 기법을 통하여 가상의 분자 모델링 환경에서 화학적으로 안정된 분자 물질의 결합 위치를 빠르게 찾을 수 있도록 도와준다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2011년도 제40회 동계학술대회 초록집
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• pp.342-342
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• 2011

방사광을 이용한 흡수스펙트럼으로부터 그래핀 표면 위 TCPP(Tetra(4-carboxyphenyl)porphine) 유기 분자의 흡착구조에 대하여 연구하였다. 순수한 그래핀 표면의 비활성도는 소자응용 분야에 있어 그 영역을 제한할 수 있는 하나의 걸림돌이 되고 있다. 이를 극복하기 위해 유기분자막의 초기 흡착을 이용한 다양한 방법이 시도되어왔다. 그 중 TCPP 분자막을 이용한 그래핀 표면의 기능성 및 그 우수성을 이미 보고한 바 있다. 그러나 그 분자의 흡착구조에 대해 밝혀진 바 없다. 그래핀 표면과 분자간의 흡착 메커니즘 및 분자 상호간의 역학관계는 그 흡착구조의 규명으로부터 얻어질 수 있는데, 본 연구에서는 C 1s K-edge에 대한 NEXAFS 스펙트럼을 이용하여 TCPP 분자가 그래핀과 평행한 방향으로 흡착됨을 알 수 있었다. 이는 또한 분자흡착량의 증가에 따른 AFM 이미지와 일관됨을 알 수 있었다.

• 한국진공학회지
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• 제16권1호
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• pp.52-57
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• 2007

생명현상 발현에 중요한 역할을 하는 생체 분자간 특이적 상호작용을 단분자 수준에서 이해하려는 연구는 매우 중요한 일이다. 나노 바이오 측정기술을 이용하여 여러 복잡한 생명현상을 그 기본 단위인 단일 세포 차원에서 직접 측정하여 응용하려는 시도가 이루어지고 있다. 이런 시도로써, 원자힘 현미경을 이용한 생체분자간의 결합력 측정은 생명현상과 가장 유사한 환경에서 단일 생체 분자간 또는 분자 내 힘을 직접 측정함으로써, 단일 생체분자의 현상을 관찰 할 수 있다는 장점을 가지고 있다. 특히 단분자 힘 분광학을 이용한 단일 생체분자내의 세부 단위체간 상호작용에 대한 연구와 단백질-단백질, 단백질-리간드, DNA-DNA의 분자인지 상호작용에 대한 연구는 많은 생명과학 분야 연구자들의 관심을 끌고 있을 뿐만 아니라 더 나아가 새로운 관련 기술의 개발을 촉진시키고 있다.

• 한국결정학회지
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• 제9권2호
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• pp.120-124
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• 1998

N-tert-Butyl-2-(1-acetoxy-2-fluoro-1-butyl)benzenesulfonamide의 분자 및 결정구조를 X-선회절법으로 연구하였다. 결정의 공간군은 P21/c이고, 단위포 상수는 a=8.583(2) , b=14.674(2) , c=14.703(2) , β=103.23(1)0, Z=4, V=1802.6(5) 3, Dc=1.27 Mgm-3이다. 회절반점들의 세기는 Rigaku AFC-5 Diffractometer로 얻었으며, graphite로 단색화한 Cu-KαX-선을 사용하였다. 분자구조는 직접법으로 풀었으며 최소자승법으로 정밀화하였다. 최종신뢰도 R값은 2472개의 회절반점에 대하여 0.069였다. 분자 내에 N(7)과 O(4)사이에 1개의 수소결합[2.990(4) ]을 갖으며, C(14)와 C(15)는 반대배열을 갖고 있다. 분자간 가장 인접한 거리는 3.465(5) [C(19) O(5)] (symmetry code: -x, y+1/2, -z+1/2)로 분자간 접촉은 van der Waals 힘에 의해 결합되어 있다.

• 공업화학
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• 제10권5호
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• pp.743-747
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• 1999

비상용성인 polystyrene(PS)와 polymethacrylate(PMA)의 블렌드에서 분자간 수소결합이 가능하도록 구성고분자를 변성하였다. 공중합을 통해 hydroxystyrene 함량이 몰분율로 각각 7%, 10%, 18% 도입된 poly(styrene-co-4-hydroxystyrene) (modified polystyrene, MPS)을 합성하여 블렌드의 상용성 변화를 살펴보았다. 또한 PMA의 측쇄의 크기가 분자간 수소결합 형성에 미치는 영향을 조사하기 위하여 각각 methyl기, butyl기, hexyl기, ethylhexyl기의 측쇄를 갖는 PMA를 선정하였다. 그 결과 수산기의 함량이 증가함에 따라 분자간 수소결합 형성이 증가하였다. PMA의 측쇄의 크기에 따라 수소결합 형성 정도가 영향을 받아 상용성에 큰 차이가 나타남을 온도변화에 따른 상변화 거동을 통하여 확인하였다. 측쇄의 크기가 증가됨에 따라 입체장애 효과와 증가된 사슬의 운동성 때문에 분자간 수소결합의 형성 및 수소 결합력은 크게 감소하였다.

• 한국섬유공학회:학술대회논문집
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• 한국섬유공학회 1998년도 봄 학술발표회 논문집
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• pp.58-62
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• 1998

고분자 블렌드의 열역학적 상용성은 고분자 혼합물의 혼합 엔트로피가 무시할 수 있을 정도로 작기 때문에 성분 고분자 사이의 강한 분자간 인력에 의한 음의 값의 혼합 엔탈피에 의해서 유도되어진다. 상용성 고분자 블렌드를 얻기 위하여 도입되어질 수 있는 분자간 상호인력으로는 수소결합$^1$, 쌍극자-쌍극자 상호작용$^2$, 이온-쌍극자 상호작용$^3$, 산-염기 상호작용$^4$, 전이금속 복합체 형성$^{5}$ , 전하이동 복합체 형성$^{6}$ 등이다.(중략)

• 광학과기술
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• 제8권3호
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• pp.10-17
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• 2004

화학 반응은 원자나 분자가 서로 작용하여 결합이 분해되거나 생성되는 동적인 과정이다. 일반적으로 이러한 동적인 과정은 매우 빠른 시간 내에 일어나기 때문에 (보통수 펨토초에서 수 피코초 내에 일어난다) 화학 반응 도중에 나타나는 중간체(transient structure)의 구조 변화나 분자의 움직임을 실시간으로 잡기 위해서는 매우 높은 시간 분해능이 필요하다. 이러한 중간체의 구조 동역학(structural dynamics)은 그 대상이 되는 분자의 화학적/생물적 기능에 매우 중요한 정보를 제공하기 때문에 실시간 분자 동역학 연구는 복잡한 화학적/생물적 시스템의 메커니즘 규명 연구에 필수적이라고 할 수 있다. (중략)

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2015년도 제49회 하계 정기학술대회 초록집
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• pp.149-149
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• 2015

본 연구에서는 Host 물질 Alq3와 Dopant 물질 Ir(piq)3, Zn(BTZ)2를 사용한 ITO/NPB/Alq3+ metal complexes/Alq3/LiF/Al 다층 구조의 PHOLED 소자를 제작하고 특성 변화를 파악하였다. Dopant Ir(piq)3를 발광 영역에 도핑하였을 경우에는 소자의 발광 효율이 감소하였다. 이는 Co-deposition 조건에 따른 분자간의 거리가 충분히 가까워지지 않았기 때문이다. 분자간의 거리가 Co-deposition 조건보다 멀게 되면 Host - Dopant 간의 에너지 전달이 제대로 일어날 수 없게 되며, 결과적으로 Host 영역과 Dopant영역에서 각각 발광을 하게 된다. Dopant Zn(BTZ)2를 도핑하였을 경우에는 Host - Dopant 간의 에너지 전달에 의한 효과로 인해, J-V 특성은 50% 이상, L-V 특성은 20% 이상, L-J 특성은 10% 이상 효율이 증가하였다.

• EDISON SW 활용 경진대회 논문집
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• 제2회(2013년)
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• pp.89-100
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• 2013

생물정보학의 다양한 이론적 내용과 계산적 방법들이 갈수록 전문화 되어짐에 따라 신약 개발, 신 물질 합성, 단백질의 구조 예측 등 다양한 분야에서 필요성이 커져가고 있다. 이 중 molecular docking 기술은 단백질과 특정 분자간의 결합 형태를 분자 모델링 기법을 통해 알아내는 방법이며 신약개발 연구에 큰 영향을 미치고 있다. Molecular docking을 통하여 분자간의 결합 형태를 예측하는 과정에서 Protein-ligand complex의 정확한 에너지 측정을 가능하게 하는 scoring function이 필요하다. 그런데 본 연구에서 사용한 B-Raf kinase protein 은 active site 부분에서 ligand와 receptor 간에 aromatic ring로 인한 ${\pi}-{\pi}$ interaction이 정확한 에너지 계산을 어렵게 한다. 이러한 ${\pi}-{\pi}$ interaction 부분의 에너지를 정확하게 계산하기 위해 양자역학 계산을 실시하였다. Active site 부분에서 ligand와 receptor에서 발생하는 각각 다른 5개의 ${\pi}-{\pi}$ interaction 구조를 준비하여 Gaussian을 통해 양자역학 에너지를 계산하였다. 그리고 이러한 결과 값들이 ligand의 활성 값과 어떤 상관관계를 갖는지 살펴보았다. 그 결과 ${\pi}-{\pi}$ interaction을 양자역학으로 계산한 값이 그렇지 않은 것보다 더 좋은 상관관계를 보여주었다. 이는 특별한 구조의 영향으로 ligand와 receptor 간의 결합에너지를 정확하게 계산하기 어려운 문제에서 양자역학을 적용할 경우 더욱 좋은 결과값을 얻을 수 있었다. 또한 이러한 데이터가 신 물질 개발이나 신약 개발 등의 다양한 분야에서 계산화학 방법이 신뢰성을 얻는데 도움 될 수 있다고 생각된다.

• 한국섬유공학회:학술대회논문집
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• 한국섬유공학회 2002년도 봄 학술발표회 논문집
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• pp.447-450
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• 2002

폴리비닐알코올(PVA)은 -OH기에 의한 강력한 분자간 및 분자내 수소결합으로 인해결정화가 잘되고 유리전이온도(T$_{g}$) 및 융점(T$_{m}$ )이 높다는 장점을 가지지만, 같은 이유로 가공성이 좋지 못하다는 문제점을 지니고 있어, 선상 고분자임에도 불구하고 용융가공이 불가능하여 거의 대부분 용액가공을 이용하고 있어 가공성에 제한을 받는다[1]. 그러나 비 결정영역 뿐 만 아니라 결정영역까지 침투할 수 있다고 알려진 요드를 가소제로 사용하면 고분자 분자들 사이의 간격을 넓히고 분자간 결합을 약화시킴으로써 T$_{g}$뿐 아니라 T$_{m}$ 도 저하시킬 가능성이 있다. (중략)