• Korean Journal of Plant Resources
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• v.18 no.2
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• pp.260-269
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• 2005

Taxonomic studies on morphological, principal component analysis (PCA), palynological, RAPD and PCR-RELP analysis were conducted to intraspecific relationships of Rubus oldhami. Three types of Rubus oldhami based on the flower characters such as petal length and number were used in this study. Among the 14 morphological characters, perianth length, calyx lobe length, apical leaflet shape and leaflet length were used to distinguish for each type. The pollen characters such as shape, aperture number, surface sculpture were showed very similar among three types. Eight primers out of 20 arbitrary primers were screened for three types, and were revealed 33 ($60\%$) polymorphic bands. The phonogram by RAPD data showed incongruent with morphological analysis. Even though ten restriction endonucleases produced 20 restriction sites, polymorphic bands were not observed. Based on the results, three types of Rubus oldhami divided well by morphological characters, but pollen and DNA data were not supported. Therefore, type 1 and 2 which different from type 3 by flower characters considered as a temporary hybrid or ecotype because of their similar habitats.

• Proceedings of the Korean Society of Broadcast Engineers Conference
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• 1998.06a
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• pp.13-16
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• 1998

본 논문에서는 입체 영상 시스템 중 전송단에서의 영상의 입체감 분석을 위한 변이추정 방식에 대해 중점적으로 연구하였다. 변이추정은 기본적으로 MAE(mean absolute error)를 최소가 되도록 하는 동시에 변이를 각 방향에서의 경계값의 크기에 반비례한 정도로 평활화하는 반복적 블록 매칭 방식을 적용하였다. 수신단에서는 복원된 영상과 변이 정보를 이용하여 IVR(Intermediate View Reconstruction)을 수행하였으며, 보간법(interpolation)을 사용하는 동시에 occlusion 영역에서의 좌우 영상중 한 영상에서 외삽법(extrapolation)을 택하였다. 이 알고리즘으로 영상의 smooth 영역에서 일정하게 평활화된 변이를 추정하였고, 경계부분에서는 평활화방식에서 흔히 발생하는 oversmoothing 문제를 해결하였다. 또한 IVR에서는 다른 알고리즘에 비해 영상의 경계 부분을 살리며, occlusion 영역을 잘 보존하는 특성을 보였다.

• Journal of Life Science
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• v.32 no.2
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• pp.94-100
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• 2022

Chronic infection by hepatitis B virus (HBV) greatly increases the risk for liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). The outcome of HBV infection is shaped by the complex interplay of the mode of transmission, host genetic factors, viral genotype, adaptive mutations, and environmental factors. The pregenomic RNA transcription of HBV for their replication is regulated by the core promoter activation. Core promoter mutations have been the reason for acute liver failure and are associated with HCC development. We obtained HBV genes from a patient in Myanmar who was infected with HBV and identified gene variations in the core promoter region. For measuring the relative transactivation activity of the core promoter, we prepared the core-promoter reporter construct. Among the gene variations of the core promoter, the mutations of C1731T and G1806A were associated with increase in the transactivation of the HBV core promoter. Through computer analysis for searching for a tentative transcription factor binding site, we showed that the mutations of C1713T and G1806A newly created C/EBPβ and XBP1-responsive elements of the core promoter, respectively. The ectopic expression of C/EBPβ largely increased the HBV core promoter containing the C1713T mutation and that of XBP1 activated the M95 promoter containing the G1806A mutation. Our efforts to treat and prevent HBV infections are hampered by the emergence of drug-resistant mutations and vaccine-escape mutations. Our results provide the biological properties and clinical significance of specific HBV core promoter mutations.

• Horticultural Science & Technology
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• v.17 no.3
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• pp.352-354
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• 1999

Randomly and specifically amplified polymorphic DNA band patterns based on polymerase chain reaction (PCR) analysis were used to assess genetic variation of somaclonal variants obtained from tissue culture of lisianthus (Eustoma grandiflorum). Five different types of variant were classified by morphological characters such as leaflet number, leaf shape, caulicle length, plant height, and leaf area. Five primers out of 20 primers (10 mer) resulted in 34 random amplified DNA fragments with polymorphisms (64.7%) in all tested plants. The dissimilarity coefficient was from 0.71 to 0.91 by UPGMA cluster analysis. Based on the presence of polymorphic bands, normal plant and five somaclonal variants were divided into two groups at the similarity coefficient value of 0.79.

• The Korean Journal of Nuclear Medicine
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• v.25 no.2
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• pp.266-279
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• 1991

1989년 9월부터 1990년 8월까지 국제 원자력기구의 지역 계획에 의해 국내 26개 (후반부 31개)의 기관이 참가하여 T3, T4, TSH를 측정하여 결과를 모으고, 외부정도관적를 시행한 결과가 다음과 같다. 1) 외부정도관리를 위한 컴퓨터 소프트웨어를 작성하였다. 데이타의 입력, 정도 분석, 월별 보고, 분기별 보고 및 수행 분석 프로그램을 만들되 전체 검사실결과에서 추린 평균값(all laboratories trimmed mean: ALTM)으로 모집단평균을 삼아 편차, 편이, 편이평균 그리고 이들의 경시적 변화를 분석하도록 하였다. 2) 전후반 2회에 나누어 만든 및치 사이의 편차는 유의하지 않았다. T3값의 변이계수는 7.2%이하(정상 T3 값) 또는 9.2%와 13.4%사이 (높은 T3 값), 74 값의 변이계수는 4.6%이하(정상 또는 높은 T4값), 5.4%와 9.5%사이(낮은 T4값)이었다. TSH는 정상범위 값에서 21.7%이하의 변이 계수를 보였고 정상보다 낮거나 높은 TSH의 풀은 8 7%와 21.2%사이의 변이제수를 보였다. 3) 전체 검사실 추린 평균값(ALTM)에 따른 변이계수의 변동은, ALTM이 정상 T4값범위일 때 변이계수는 15%이하이었고, 낮은 T4값일 때는 중간값이 15%이고 분포범위는 50%까지이었다. T3값의 변이계수는 대체로 20%이하이었다. TSH의 변이계수는 1mU/L를 전후로 급격히 상승하여 200%에 달하였다. 4) 3표준편차보다 높거나 낮은 값을 보인 검사실들의 분포는 전체 검사실결과에서 추린 평균값(ALTM)과 상관없었다. 5) 첨가한 T3, T4, TSH에 대한 회수율은 T4는 104, 106%, T3는 67%, 74%, TSH는 87%, 86%이었다. 이상과 같이, 저자들이 만든 소프트웨어 프로그램으로 외부정도관리를 위하여 쉽게 데이터를 분석하고 보고서를 작성하여 갑상선호르몬의 경사신뢰도를 평가할 수 있게 되었으며, 위에 요약한 첫 해의 외부정도관리 결과를 바탕으로 참가기관의 동의하에, 앞으로 정도관리 항목의 확대와 외부정도관리의 지속적인 시행이 바람직하다고 생각하였다.

• Proceedings of the Korean Association of Geographic Inforamtion Studies Conference
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• 2008.06a
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• pp.455-460
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• 2008

본 연구에서는 1997년 1월부터 2006년 12월까지의 기상청에서 제공하는 31개 자동기상관측망(AWS: Automatic Weather Stations)에 의한 지표 근처 기온($^{\circ}C$) 및 강수(mm) 자료를 이용하여 서울 지역 기상인자의 시 공간 구조 분석 및 변화경향과 변이성을 도출하였다. 미관측지점의 값을 추정하기 위하여 주변 관측지점들을 고려하여, 그 영향은 거리에 반비례함을 반영하는 공간통계학적 방법 중 IDSW(Inverse Distance Squared Weighing:거리자승역산가중)를 적용하여 보관하였다. 그 결과 서울시의 기온과 강수량 모두 1997년에 비해 2006년의 기온이 약 $1.03^{\circ}C$, 강수량이 약 483mm 증가한 것으로 나타났다. 기후변이성의 특성은 과거 10년 동안 기온의 경우 산림지역에서는 변화의 폭이 높게 나타났으며, 시간이 지나면서 감소하는 경향을 보였다. 주거 지역의 경우 변화이 폭이 낮게 나타났으며, 시간이 지나면서 증가하는 경향을 보였다. 그러나 강수량의 경우 산림지역과 주거지역의 변이성의 차이가 나타나지 않았다.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.11 no.2 s.40
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• pp.83-92
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• 2006

This paper describes an image disparity estimation method using region-based stereo matching. Region-based disparity estimation yields a disparity map as the unit of segmented region. However it estimates disparity imprecisely because it not only has matching errors but also applies an identical way to disparity estimation, which does not consider each type of matched regions. To solve this problem, we proposes a disparity estimation method which considers the type of matched regions. That is, the proposed method classifies whole matched regions into a similar-matched region, a dissimilar-matched region, a false-matched region and a miss-matched region. We then performs proper disparity estimation for each type of matched regions. This method minimizes the error in estimating disparity which is caused by inaccurate matching and also improves the accuracy of disparity of the well-matched regions. The experimental results show the improved accuracy of the proposed method.

• Proceedings of the Korean Society of Developmental Biology Conference
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• 2003.10a
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• pp.94-94
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• 2003

Rotavirus는 유아나 어린아이들에게 가장 일반적으로 나타나는 심한 위장염의 원인자이며 설사로 인한 심한 탈수 증세를 일으켜 급속히 성장하는 유아의 균형적인 영양 공급을 방해함으로써 유아들의 발육과 성장 그리고 심하면 생명에 커다란 영향을 미치게 된다. 한편 모유로 키운 유아들은 설사병의 낮은 발병율과 연관이 있었다. 특히 모유의 뮤신 복합체는 rotavirus에 특이적으로 결합하여 항 바이러스활동을 보여주는 것으로 나타났다. 이러한 배경에서 본 연구는 human breast tissue로부터 lactadherin의 cloning 및 sequence 분석을 통하여 유전자의 다양성을 조사하기로 하였다. 한국 여성 9명의 유두 근처 조직에서 lactadherin을 cloning하여 그 sequence를 보고 된 서양여성의 염기서열과 비교 분석결과 여러 곳에서 single nucleotide variation이 발견되었고 본 연구에서 클론한 lactadherin(31bp-1518bp)의 염기서열과 보고된 서양여성 lactadherin gene의 SNP와 비교하였을 때 8개의 SNP중 3부분만이 일치한다는 것을 확인하였다. 또한 같은 조직중 정상 조직과 암 조직 부분에서 각각 lactadherin을 클론하여 염기서열을 비교 분석하였는데 정상 조직에서 2곳의 silent mutation있었고 암조직에서 2곳의 mutation과 1곳의 silent mutation을 발견하였으며 전체 적으로 정상조직과 암 조직 부분에서 lactadherin을 clone하여 염기서열을 분석해본 결과 암조직일수록 유전자의 변이 비율이 높다는 것을 알 수 있었다. 그리고 동일한 염기서열 상에서 많은 변이가 일어났는데 286dp(A->C), 1418dp(G->C)은 mutation이었고 327dp (A->G), 454(C->T)은 silent mutation이었다. 그 외 DNA상에서 여러 부근에 변이가 존재하였는데 이 결과로 보아 coding region에 위치한 cSNP 중 amino acid 변화를 일으켜 protein structure 또는 function에 영향을 줄 수 있는 non-synonymous cSNP 일 것으로 예상되어지며 natural selection의 영향을 받고 있음을 암시하고 있다. 본 연구에서 관찰되어진 각각의 염기 서열의 변이는 한국 사람이 가지는 lactadherin gene의 cSNP의 일부라고 판단하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.63 no.2
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• pp.128-138
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• 2007

Backgrounds: Mutations of katG and inhA (ORF and promoter) are known to be related to isoniazid (INH) resistance of Mycobacterium tuberculosis. Because reports on these mutations in Korean isolates are limited (i.e. only the frequency of katG codon 463 was evaluated.), we tried to know the kinds of mutations of two genes and their frequencies in INH resistant Korean M. tuberculosis strains. Methods: PCR was performed to amplify katG (2,223 bp), inhA ORF (-77~897, 975 bp), and inhA promoter (-168~80, 248 bp) from 29 multidrug resistant M. tuberculosis (MDR-TB) DNAs prepared by bead beater-phenol method. Their sequences were determined and analyzed by ABI PRISM 3730 XL Analyzer and MegAlign package program, respectively. Results: All of the isolates had more than one mutation in katG or inhA gene. Twenty seven (93%) of 29 tested strains had katG mutations, which suggests that katG is a critical gene determining INH resistance of M. tuberculosis. Amino acid substitutions, such as Arg463Leu and Ser315Thr, due to point mutations of the katG were the most frequent (62.1% and 55.2%) mutations. In addition, deletion of the katG gene was frequently observed (17.2%). Analyzed Korean MDR-TB isolates also had variable inhA mutations. Point mutation of inhA promoter region, such as -15 ($C{\rightarrow}T$) was frequently found. Substitution of amino acid (Lsy8Asn) due to point mutation ($AAA{\rightarrow}AAC$) of inhA ORF was found in 1 isolate. Interestingly, 14 point mutated types that were not previously reported were newly found. While four types resulted in amino acid change, the others were silent mutations. Conclusions: Although it is not clear that the relationship of these newly found mutations with INH resistance, they show marked diversity in Korean MDR-TB strains. It also suggests their feasibility as a molecular target to supplement determining the INH resistance of clinical isolates because of the possible existence of low-level INH resistant strains.

• Radiation Oncology Journal
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• v.19 no.2
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• pp.107-112
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• 2001

Purpose : To determine the prognostic significance of p53 mutations in advanced supraglottic cancer patients. Material and Methods : Twenty-six patients with pertinent tissue materials among 60 patients diagnosed as advanced supraglottic cancer in Kyung Hee university hospital and received total or partial laryngectomy followed by radiation therapy were enrolled. Immunohistochemical staining using DO7 monoclonal antibody was peformed. Tumor specimens were analyzed for p53 mutations in exons 5 through 8 by using PCR-SSCP analysis followed by DNA sequencing of all variants. Results : p53 mutations were present in 8 cases among 26 patiets. Mutations within exon 5 were 3 cases, exon 6 were 4 cases, and exon 7 was 1 case. Mean survival time was 70.2 months in patients without mutations, 61.3 months with mutations but there was no statistically significant differences (p=0.596). Mutations were $25\%$ in stage III and $36\%$ in stage IV but there was no statistically significant differences (p=0.563). Mutations were $25\%$ in lymph node negative group and $42\%$ in lymph node positive group but there was no statistically significant differences (p=0.437). Conclusion : The presence of p53 mutation detected by PCR-SSCP is not associated with survival, stage and lymph node status.