• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2007.11a
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• pp.149-152
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• 2007

본 논문은 바이오 인포메틱스의 분야를 간단히 소개하고 기능유전체학에서 microarray 실험에 대한 통계적 방법론을 살펴보고자 한다. 또한 DNA chip 설계와 생물학적 특정에 대해 살펴보고 각 분야에서 적용되는 통계적 방법을 연구분석 해보고자 한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2001.10b
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• pp.97-99
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• 2001

대부분의 정보검색 과정들은 웹 페이지의 분석에 따라 검색 로봇을 이용한 검색기법, 카테고리를 이용한 색인 DB를 검색기법, 메타 태그를 이용한 검색기법을 사용하고 있다. 그러나 이러한 기법을 통하여 원하는 정보를 얻을 경우 정확도가 떨어지는 정보가 검색되어 사용자는 다시 한번 검색된 목록들을 확인해야 하는 경우가 발생한다. 본 논문은 다양한 형태의 웹 페이지에 대하여 바이오 인포메틱스 기술을 적용하여 분석, 사용자에게 필요로 하는 정보를 보다 정확하게 제공하는 기법을 제안한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10c
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• pp.364-366
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• 2002

최근 생명공학 분야에서는 IT와 BT가 결합하는 새로운 패러다임의 컴퓨팅 환경이 구축되고 있다. 이에 게놈 프로젝트 결과 분석해야 하는 데이터의 양은 엄청나게 증가하고 있다. 그러한 데이터를 처리하기 위해서는 대규모 저장장치 외에 슈퍼컴퓨터 급의 고성능 컴퓨터가 필요하게 되었다. 그러한 데이터를 처리하기 위해서는 대규모 저장장치 외에 슈퍼컴퓨터 급의 고성능 컴퓨터가 필요하게 되었으며, 바이오 인포메틱스 분야를 지원하기 위해서는 대규모 하드웨어 뿐만 아니라 데이터베이스, 데이터 마이닝 등의 소프트웨어 기술로 인해 그리드 환경을 요구하게 되었다. 이에 본 논문에서는 그리드 환경에서 분산된 수많은 생물학 데이터베이스에 쉽게 접근할 수 있는 통합 환경으로 응용 클라이언트를 제시할 것이다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.103-105
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• 2004

최근 바이오 인포매틱스 분야의 발전에 따라 방대한 양의 유전체 데이터에 대한 연구가 진행되고 있으며, 이러한 데이터를 효율적으로 다루기 위해 다양한 형태의 파일과 데이터베이스들이 사용되고 있다. 하지만 표준화의 미비로 인하여 데이터의 관리 및 변환에 어려움이 많다. 따라서 이 논문에서는 시퀀싱을 통해 생성된 유전체 및 단백질 서열 데이터의 통합 저장 관리를 위해 서열 정보의 편집, 저장 및 검색과 서열 파일 포맷 변환을 수행하는 서열 정보관리 시스템의 구현을 목적으로 한다. 이러한 요구사항을 만족시키기 위해 바이오 인포메틱스 데이터를 다루기 위한 표준으로 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)을 채택하고 이질적 플랫파일들은 DTD를 기반으로 BSML 스키마로 통합 및 저장한다. 그리고 객체 관계 데이터베이스 특성을 적용하여 XML 문서를 보다 쉽게 저장 관리하고 범위 또는 구조적 질의에 효율적인 XPath 질의 처리를 위한 시스템을 개발하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.298-300
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• 2004

바이오 인포메틱스에서의 데이터 검색은 DNA와 단백질 시퀀스에 대해서 주로 이루어지며, 지금까지의 연구는 주로 DNA와 단백질 1차 구조의 검색에 대해 이루어졌다. 단백질 2차구조는 1차구조 내 인접한 아미노산들의 공간적인 배열을 나타내며. 단백질의 기능을 예측하는데 중요한 3차구조의 지역적 아미노산의 특성을 나타낸다. 따라서 2차구조에 대한 검색은 단백질의 기능을 이해하는데 매우 중요한 역할을 한다［1］. 이 논문에서는 단백질 2차구조 및 질의 문자열을 세그먼트 단위로 나누고 검색하는 r41의 방법을 개선하여 세그먼트를 조합한 클러스터 구조 및 Look Ahead를 사용해 Exact Matching 및 Wildcard Matching 질의를 효율적으로 처리할 수 있는 기법을 제시한다.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.10 no.6 s.38
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• pp.195-208
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• 2005

Recently, amount of the data such as sequences is being increased rapidly due to deploying computational technique and advance of experiment tools in the biological areas. In bioinformatics, it is very significant to extract the knowledge from such huge biological data. Sequence comparisons are most frequently used to predict the function of the genes or proteins. However it takes so much time to process the persistently increasing data In this paper, we propose hardware-based grid, CGRID(Chungbuk National University GRID), to improve performance and complement existing middleware-only approach and apply it in the sequence comparison. Hardware-based approach is easy to construct, maintain, and manage the grid as not requiring the software installation individually for every node. We reduce orthologous database construction time from 33 weeks to just a week. Furthermore, CGRID guarantees that the performance increases proportionally as adding the nodes.

• Journal of Korea Multimedia Society
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• v.16 no.5
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• pp.657-666
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• 2013

Today, many aspects of our lives are characterized by the rapid influx of large amounts of data from various application domains. The applications that produce this massive of data span a large spectrum, from social media to business intelligence or biology. This massive influx of data necessitates large scale parallelism for efficiently supporting a large class of analysis tasks. Recently, there have been extensive studies in using MapReduce framework to support large parallelism. While this technique has produced impressive results in diverse applications, the same can not be said for multimedia applications where most of users are interested in a small number of results having high or low score. Thus, in this paper, we develop the data partitioning algorithm which is able to efficiently process large data set having different data utility. The experiment results show that the proposed technique provides significant execution time gains over the existing solution.

• Journal of Korea Society of Industrial Information Systems
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• v.14 no.2
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• pp.16-22
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• 2009

The most efficient method to reduce duplicated messages is a partial dominant pruning for receiving and forwarding messages by in-fly format on the mobile ad hoc network. In this paper, we propose directional partial dominant pruning method by expanding partial dominant pruning for reducing not only number of forwarding nodes but number of antenna elements on the ad hoc network with directional antennas. by simulation, we prove superiority that average number of forwarding nodes for each antenna element and the ratio of duplicated messages for each nodes rather than existing partial dominant pruning method though the number of antenna elements are increasing rather than in case of using omni antennas.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.14 no.2
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• pp.139-147
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• 2009

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is a best well-known tool in a bioinformatics area. BLAST quickly compares input sequences with annotated huge sequence databases and predicts their functions. It helps biologists to make it easy to annotate newly found sequences with reduced experimental time, scope, and cost. However, as the amount of sequences is increasing remarkably with the advance of sequencing machines, performance of BLAST has been a critical issue and tried to solve it with several alternatives. In this paper, we propose a new PC-Based Cluster system (E-Cluster), a new physical data design methodology (logical partitioning technique) and a query routing technique (intra-query routing). To verify our system, we measure response time, speedup, and efficiency for various sizes of sequences in NR (Non-Redundancy) database. Experimental result shows that proposed system has better speedup and efficiency (maximum 600%) than those o( conventional approaches such as SMF machines, clusters, and grids.