• Journal of Digital Contents Society
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• v.11 no.1
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• pp.99-104
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• 2010

Numerous bio-digital contents have been produced by new technology using biochip and others for analyzing early chemical-induced genes. These contents have little meaning by themselves, and so they should be modified and extracted after consideration of biological meaning. These include genomics, transcriptomics, protenomics, metabolomics, which combined into omics. Omics tools could be applied into toxicology, forming a new field of toxicogenomics. It is possible that approach of toxicogenomics can estimate toxicity more quickly and accurately by analyzing gene/protein/metabolite profiles. These approaches should help not only to discover highly sensitive and predictive biomarkers but also to understand molecular mechanism(s) of toxicity, based on the development of analysing technology. Furthermore, it is important that bio-digital contents should be obtained from specific cells having biological events more than from whole cells. Taken together, many bio-digital contents should be analyzed by careful calculating algorism under well-designed experimental protocols, network analysis using computational algorism and related profound databases.

• Annual Conference on Human and Language Technology
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• 2017.10a
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• pp.251-254
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• 2017

본 연구에서는 COPD와 기존에 연관이 있는 것으로 알려진 바이오마커 이외의 새로운 바이오마커를 찾고자 한다. Pubmed Data에서 선정한 암 관련 바이오마커를 추출하여 COPD와 암 관련 바이오마커의 관계를 파악하는 데이터로 사용한다. 그리고 워드 임베딩 모델 중 Word2vec을 사용하여 워드 임베딩 한다. 워드 임베딩한 K차원의 COPD와 암 관련 바이오마커를 t-SNE를 사용하여 시각화한다. 또한 코사인 유사도를 이용하여 COPD와 암 관련 바이오마커의 유사도를 측정한다. 그리고 코사인 유사도와 t-SNE 결과를 이용하여 COPD와 암 관련 바이오마커와의 상관관계를 파악할 수 있으며, 암 관련 바이오마커와 COPD 관련 바이오마커를 비교 하여 기존의 COPD와 연관이 있다고 알려진 바이오마커 이외의 새로운 바이오마커를 찾을 수 있다.

• 한국어정보학회:학술대회논문집
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• 2017.10a
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• pp.251-254
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• 2017

본 연구에서는 COPD와 기존에 연관이 있는 것으로 알려진 바이오마커 이외의 새로운 바이오마커를 찾고자 한다. Pubmed Data에서 선정한 암 관련 바이오마커를 추출하여 COPD와 암 관련 바이오마커의 관계를 파악하는 데이터로 사용한다. 그리고 워드 임베딩 모델 중 Word2vec을 사용하여 워드 임베딩 한다. 워드 임베딩한 K차원의 COPD와 암 관련 바이오마커를 t-SNE를 사용하여 시각화한다. 또한 코사인 유사도를 이용하여 COPD와 암 관련 바이오마커의 유사도를 측정한다. 그리고 코사인 유사도와 t-SNE 결과를 이용하여 COPD와 암 관련 바이오마커와의 상관관계를 파악할 수 있으며, 암 관련 바이오마커와 COPD 관련 바이오마커를 비교 하여 기존의 COPD와 연관이 있다고 알려진 바이오마커 이외의 새로운 바이오마커를 찾을 수 있다.

• Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference
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• 2015.01a
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• pp.151-154
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• 2015

최근 소셜 네트워크, 바이오 컴퓨팅, 사물 인터넷 등의 출현으로 인해 기존의 IT환경보다 많은 데이터가 생성되고 있고, 이로 인해 효율적인 대용량 데이터 처리기법에 대한 연구가 진행 되고 있다. 맵리듀스는 데이터 집약적인 연산 어플리케이션에 효과적인 프로그래밍 모델로써, 대표적인 맵리듀스 어플리케이션으로는 아파치 소프트웨어 재단에서 개발 지원중인 하둡이 있다. 본 논문은 하둡 맵리듀스의 성능 향상을 위해 데이터 프리패칭 기법과 스트리밍 기법을 제안한다. 하둡 맵리듀스의 성능 이슈 중 하나는 맵리듀스 과정에서 입력 데이터 전송에 의한 작업 지연이다. 이러한 데이터 전송 시간을 최소화하기 위해, 기존 맵리듀스와는 달리 데이터 전송을 담당하는 프리패칭 스레드를 별도로 생성하였다. 그 결과 데이터의 맵리듀스 작업 중에도 데이터 전송이 가능하게 되어 전체 데이터 처리 시간을 줄일 수 있었다. 이러한 프리패칭 기법을 사용해도 하둡 맵리듀스의 특성상 최초 데이터 전송 시에는 작업대기를 하게 되는데, 이 대기시간을 줄이고자 스트리밍 기법을 사용하여 데이터 전송에 의한 대기시간을 추가로 줄일 수 있었다. 제안하는 기법의 성능을 측정하기 위해 수학적인 모델링을 하였으며, 성능 측정결과 기존의 하둡 맵리듀스 및 프리패칭 기법만 적용된 맵리듀스 보다 스트리밍 기법이 추가 적용된 맵리듀스의 성능이 향상되었음을 확인 할 수 있었다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2009.05a
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• pp.797-801
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• 2009

In the proposed u-health service platform mobile u-health served an a series of process of bio data collection and storage and bio data analyses and results notice, and I interpreted it to a process. I became a design so as the service platform which supported health management system construction easily loaded service applied mobile u-health, and to be able to operate it in mobile environments, and took utility of a service platform and usability into consideration, and I got the crux of u-health use service.

• 한국IT서비스학회:학술대회논문집
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• 2009.11a
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• pp.473-476
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• 2009

통신 서비스는 음성, 문자, 영상 등으로 발전해 왔고, 이모티콘, 플레시콘 등 점점 더 다양한 통신 서비스로 발전 되고 있다. 본 논문에서는 기존의 통신서비스에서 제공하는 문자, 음성, 영상 데이터에 인간의 감성 데이터를 부가한 새로운 통신 서비스를 제안한다. 제안된 새로운 통신 서비스를 구현하기 위하여, 인간 감성을 나타내는 생체 신호를 측정하여야 하며 여기서는 그 측정기를 구성하는데 있어 가능한 방법에 대한 연구이다. 인간의 감성을 나타내는 생체신호로는 맥박, 혈압, 긴장도 등등이 될 수 있는데, 본 논문에서는 생체신호 중 하나인 맥박신호를 적용하였고 인터넷상에서 서로 통신이 가능하도록 바이오 멀티미디어 통신 서비스를 구성 하였다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2011.05a
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• pp.541-542
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• 2011

최근 웹 서비스 기술을 이용하여 질병이나 단백질과 같은 바이오 데이터의 분류 및 제공하는 것과 관련된 연구들이 활발하게 진행되고 있다. 웹 서비스 기반 바이오 데이터 서비스에 대한 연구는 데이터베이스의 구축을 중심으로 보고되고 있으나 이를 기반으로 한 분석 응용 도구에 대한 연구는 미미한 실정이다. 이에 따라 본 논문에서는 통합 바이오 데이터베이스를 구축하고 이를 활용한 가시화 시스템을 설계하고 구현한다. 본 시스템을 이용하여 특정 질병에 관련된 단백질 정보를 신호 전달 경로 네트워크상에 가시화하여 연구자에게 직관적으로 주요 단백질에 대한 네트워크내의 위치 정보를 제공한다.

• The Journal of the Korea institute of electronic communication sciences
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• v.6 no.5
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• pp.649-656
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• 2011

This study is a numerical representative modelling analysis for applying the process that unravels networks between cells in genetics to Network of informatics. Using the probabilistic graphical model, the insight from the data describing biological networks is used for making a probabilistic function. Rather than a complex network of cells, we reconstruct a simple lower-stage model and show a genetic representation level from the genetic based network logic. We made probabilistic graphical models from genetic data and extend them to genetic representation data in the method of network modelling in informatics.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2016.05a
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• pp.53-54
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• 2016

빅데이터란 대용량 데이터 활용 및 분석을 통해 가치 있는 정보를 추출하고, 이를 바탕으로 대응 방안 도출 또는 변화를 예측하는 기술을 의미한다. 그리고 빅데이터 분석에 활용되는 데이터인 페이스북과 같은 소셜 데이터, 유전자 발현과 같은 바이오 데이터, 항공망과 같은 지리정보 데이터들은 대용량 네트워크로 구성되어 있다. 네트워크 클러스터링은 서로 유사한 특성을 갖는 네트워크 내의 데이터들을 동일한 클러스터로 묶는 기법으로 네트워크 데이터를 분석하고 그 특성을 파악하는데 폭넓게 사용된다. 최근 빅데이터가 다양한 분야에서 활용되면서 방대한 양의 네트워크 데이터가 생성되고 있고, 이에 따라서 대용량 네트워크 데이터를 효율적으로 처리하는 클러스터링 기법의 중요성이 증가하고 있다. MCL(Markov Clustering) 알고리즘은 플로우 기반 무감독(unsupervised) 클러스터링 알고리즘으로 확장성이 우수해 다양한 분야에서 활용되고 있다. 하지만, MCL은 대용량 네트워크에 대해서는 많은 클러스터링 연산을 요구하며 너무 많은 클러스터를 생성하는 문제를 갖는다. 본 논문에서는 네트워크 압축을 기반으로 한 클러스터링 알고리즘을 제안함으로써 MCL보다 클러스터링 속도와 정확도를 향상시켰다. 또한, 희소행렬을 효율적으로 저장하는 CSC(Compressed Sparse Column) 자료구조와 MapReduce 기법을 제안한 클러스터링 알고리즘에 적용함으로써 대용량 네트워크에 대한 클러스터링 속도를 향상시켰다.

• The Journal of the Korea Contents Association
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• v.14 no.11
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• pp.467-475
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• 2014

With the development of genomics, wearable device and IT/NT, a vast amount of bio-medical data are generated recently. Also, healthcare industries based on big-data are booming and big-data technology based on bio-medical data is rising rapidly as a core technology for improving the national health and aged society. A pathway is the biological deep knowledge that represents the relations of dynamics and interaction among proteins, genes and cells by a network. A pathway is wildly being used as an important part of a bio-medical big-data analysis. However, a pathway analysis requires a lot of time and effort because a pathway is very diverse and high volume. Also, multidimensional analysis systems for various pathways are nonexistent even now. In this paper, we proposed a pathway analysis system that collects user interest pathways from KEGG pathway database that supports the most widely used pathways, constructs a network based on a hierarchy structure of pathways and analyzes the relations of dynamics and interaction among pathways by clustering and selecting core pathways from the network. Finally, to verify the superiority of our pathway analysis system, we evaluate the performance of our system in various experiments.