Biogeography is the study of the distribution of biodiversity over space and time. We report the development of a prototype database that maps of microbial diversity in the context of the geochemical and geological environment and geographic location. It aims to reveal where organisms live, and at what abundance in nation wide. Microbial data collected from agricultural land during 1999 to 2007 were categorized for mapping with ArcGIS program. Distribution maps of bacteria, fungi, Bacillus and gram negative bacteria of agricultural land showed different patterns from each other. Microbial biomass content investigated in year of 2007 was higher than in 1999.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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v.6
no.4
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pp.342-348
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2005
In this study, novel strains showing better protein degradation activity were isolated for the production of effective compost from garbages. Well growing bacteria with clear zone on the skim milk agar media were isolated . The strain was identified as Bacillus subtilis PNV-1 through various biochemical tests, Bergy's manual of determinative bacteriology and 165 rDNA partial sequence. The extracellular protease of the strain PNV-1 has its activity at broad pH and the optimal temperature was $50^{\circ}C$. Also, the strain PNV-1 was highly tolerant to high concentration of salt, red/black pepper and mustard.
최근 들어 식물의 뿌리 주변에는 사는 근권미생물과 식물과의 상호작용연구가 새롭게 조명되고 있다. 바실러스, 슈도모나스 등의 근권미생물은 식물의 면역기능을 활성화시켜 작물의 건강을 지키는 것으로 밝혀지고 있으며 이러한 기술을 도입할 경우 농작물의 안전 관리에 중요한 역할을 한다.
Kim, Yiseul;Kim, Sang Yoon;An, Ju Hee;Sang, Mee Kyung;Weon, Hang-Yeon;Song, Jaekyeong
Microbiology and Biotechnology Letters
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v.46
no.3
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pp.253-260
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2018
Beneficial microorganisms are widely used in the forestry, livestock, and, in particular, agricultural sectors to control soilborne diseases and promote plant growth. However, the industrial utilization of these microorganisms is very limited, mainly due to uncertainty concerning their ability to colonize and persist in soil. In this study, the survival of beneficial microorganisms in field soil microcosms was investigated for 13 days using quantitative PCR with B. subtilis group-specific primers. Bacterial community dynamics of the treated soils were analyzed using 16S ribosomal RNA (rRNA) gene amplicon sequencing on the Illumina MiSeq platform. The average 16S rRNA gene copy number per g dry soil of Bacillus spp. was $4.37{\times}10^6$ after treatment, which was 1,000 times higher than that of the control. The gene copy number was generally maintained for a week and was reduced thereafter, but remained 100 times higher than that of the control. Bacterial community analysis indicated that Acidobacteria ($26.3{\pm}0.9%$), Proteobacteria ($24.2{\pm}0.5%$), Chloroflexi ($11.1{\pm}0.4%$), and Actinobacteria ($9.7{\pm}2.5%$) were abundant phyla in both treated and non-treated soils. In the treated soils, the relative abundance of Actinobacteria was lower, whereas those of Bacteroidetes and Firmicutes were higher compared to the control. Differences in total relative abundances of operational taxonomic units belonging to several genera were observed between the treated and non-treated soils, suggesting that inoculation of soil with the Bacillus strains influenced the relative abundances of certain groups of bacteria and, therefore, the dynamics of resident bacterial communities. These changes in resident soil bacterial communities in response to inoculation of soil with beneficial Bacillus spp. provide important information for the use of beneficial microorganisms in soil for sustainable agriculture.
The present study evaluated the seasonal changes of the soil microbial population by selected media in an organic farming system (OFS) with rye rotation cropping management compared to those in a conventional farming system (CFS) with chemical fertilizers, pesticide and herbicide from May 2009 to October 2010 in an upland field. With the exception of fungi, populations of aerobic bacteria, Gram-negative bacteria, and Bacillus spp. were higher in the OFS soil during soybean-growing stages. In addition, populations of aerobic bacteria, Gram-negative bacteria, and Bacillus spp. in the OFS soil were nearly two times more than those in the CFS soil on reproductive growth stages. Our findings suggested that Bacillus spp. should be considered as responsible factor for microbial population differentiation observed between the OFS and the CFS in upland fields.
In this study, the biological activities of aqueous, ethanol, and methanol extracts of larvae of the edible insect Protaetia brevitarsis seulensis, fermented using several kinds of microorganisms, were tested in in vitro experimental models. Six effective microorganisms were used for fermentation, namely Lactobacillus plantarum JBMI F3, Lactobacillus plantarum JBMI F5, Lactobacillus gasseri Ba9, Aspergillus kawachii KCCM 32819, Saccharomyces cerevisiae KACC 93023, and Bacillus subtilis KACC 91157. Biological activities (${\alpha},{\alpha}^{\prime}-diphenyl-{\beta}-picrylhydrazyl$ [DPPH] free radical scavenging activity, reducing power, and fibrinolytic activity), and biochemical properties (phenolic compounds and flavonoids) were examined in aqueous, ethanol, and methanol extracts from P. brevitarsis seulensis powder and fermented P. brevitarsis seulensis powder. The total phenolic compounds and flavonoid contents were highest in the aqueous extract of B. subtilis-fermented P. brevitarsis seulensis powder. DPPH radical scavenging activity and reducing power were stronger in the fermented group than the nonfermented group. Fibrinolytic activity were highest in the extract from B. subtilis-fermented P. brevitarsis seulensis powder. The ${\alpha}-amylase$ activity in starch was higher in the fermented group than the nonfermented group, but there was no significant difference. These results provide basic data to understand the biological activities of bioactive materials derived from fermented P. brevitarsis seulensis larvae for the development of functional foods.
Kim, Seung-Kun;Son, Jin-Soo;Kwon, Duck-Kee;Ghim, Sa-Youl
Microbiology and Biotechnology Letters
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v.47
no.4
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pp.596-602
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2019
In September 2017, the rhizospheric soil of Tetragonia tetragonoides (Pall.) Kuntze was further sampled. One hundred and thirty eight species of microorganisms were isolated from the soil. Indole-3-acetic acid (IAA) production, siderophore production, and phosphate degradation were examined in order to confirm bacterial growth from isolated microorganisms. As a result, most strains were able to produce auxins or siderophores and to solubilize phosphate. In addition, 138 isolated strains were treated with tobacco extract and conferred pathogen resistance to host plants upon treatment. As a result, 35 strains that were able to reduce pathophysiology by more the 60% were selected. Among them, 6 strains with high induced systemic resistance (ISR) activity were found. All of these strains belong to the genus Bacillus according to the 16S rDNA sequence analysis. Bacillus aryabhattai KUDC6619 showed outstanding effects with reduced infection in tobacco and pepper plants. Probably, these Bacillus species play a beneficial role by association with T. tetragonoides for its survival in the harsh conditions found on the island of Dokdo.
Journal of Korean Society of Environmental Engineers
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v.29
no.9
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pp.1020-1026
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2007
The control of pathogenic microorganisms is important issue in human environments, especially in surface area. However, surface disinfection has not been fully researched. In this study, the surface disinfection under UV irradiation was performed to investigate the quantitative kinetics for Bacillus subtilis spore inactivation in several experimental conditions, such as light intensity, temperature and surface roughness. This study reports that UV light would apparently inactivates the microorganisms and the required IT value for 2 log (99%) Bacillus subtilis spore inactivation was found to be 14.5 $mJ/cm^2$ in plain surface, as predicted by the Delayed Chick-Watson model. When UV was irradiated, there were no significant temperature effects. However, the experimental result shows that the more increased IT values are required at larger surface roughness.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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v.8
no.3
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pp.627-631
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2007
The factors affecting on sludge sedimentation are reported as F/M ratio, ingredient, composition of influent substrate, dissolved oxygen concentration, temperature, pH, filamentous bacteria and SRT. Aeration tank applying Bacillus sp. has an important role for maintaining the dominant microorganism species to make steady progress for spore growth affecting sedimentation. This research aims to investigate the affecting factor for the sedimentation in B3 system and RABC system with aeration tank applying tapered aeration. Extracellular polymeric substances(EPS), protein and carbohydrate can be produced for the extreme condition, that is down to 0.2 mg/L of dissolved oxygen in the aeration tank. This research found out the relation between the sedimentation and the EPS production, especially the ratio of protein/carbohydrate. The spore of Bacillus sp. was formed at the low DO then microorganisms produced EPS. The results showed that the production of EPS was 109.95 mgEPS/gSS at 1.6 mg/L of DO, however it was 131.77 mgEPS/gSS at 0.5 mg/L of DO. The sedimentation was affected by protein content in EPS and the ratio of protein and carbohydrate. The settleability of sludge was not affected by the ratio of protein/carbohydrate in B3 process, meanwhile settleability was affected by the ratio of it in RABC process, respectively.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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