• Korean Journal of Microbiology
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• v.54 no.2
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• pp.152-154
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• 2018

Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative, rod-shape bacterium causing disease in human and animal lungs. K. pneumoniae has been often found to gain antimicrobial resistance, thus it has been difficult to treat K. pneumoniae infection with antibiotics. For such infection, bacteriophage can provide an alternative approach for pathogenic bacterial infection with antimicrobial resistance, because of its sensitivity and specificity to the host bacteria. Bacteriophage KP1 was isolated in sewage and showed specific infectivity to K. pneumoniae. Here, we report the draft genome sequence of Klebsiella pneumoniae phage KP1. The draft genome of KP1 is 167,989 bp long, and the G + C content is 39.6%. The genome has 295 predicted ORFs and 14 tRNA genes. In addition, it encodes various enzymes which involve in lysis of the host cell such as lysozyme and holin.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2016.02a
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• pp.203.2-203.2
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• 2016

미생물이 스스로 생성한 고분자 물질에 싸이며 군집체를 형성한 바이오필름은 고체 표면에 부착되며 우리 생활 속에 다양한 형태로 발견할 수 있다. 바이오필름은 미생물에 적합하지 않은 외부 환경으로부터 미생물 스스로 보호하는 기능을 하며, 형성된 바이오필름은 오랜 기간 동안 생존하여 살균제나 항생제로부터 저항성을 가져 살균과정에서 제거되지 않고 2차오염을 야기할 수 있어 식품 가공 기계 및 수도관, 의료기기 등에 형성되었을 경우 식품 오염, 상처 감염 등의 원인이 된다. 이 때문에 위생과 바이오필름의 상관관계를 인지하고 이를 제어하기 위한 연구가 여러 방법으로 진행되고 있다. 대표적인 방법으로는 천연 향균제 개발, 쿼럼 센싱(Quoroum sensing)과 같이 미생물의 신호전달 체계를 차단하는 물질 개발 및 플라즈마 처리 등이 있다. 본 연구에서는 격자형식의 유전장벽방전(DBD) 형식의 플라즈마 소스를 개발하여 바이오필름의 효과적인 제어 가능성을 확인하고, 제어 방식의 관계를 파악하였다. 플라즈마 처리 대상의 화학적 분석을 위하여 유기물질 등을 사용해 플라즈마 처리수 내 화학물질 분석 시스템을 구축하여 이를 기반으로 플라즈마로 생성된 HNO2, NO2-, H2O2 등의 화학종이 가지는 바이오필름 제어 관계를 살펴보았으며, 화학적 방법인 제어효과와 비교하여 플라즈마의 바이오필름 제어 특성에 대해 살펴보았다. 본 발표에서 플라즈마의 바이오필름 제어효과에 대한 분석에 대해 더 자세한 결과가 발표될 예정이다.

• Microbiology and Biotechnology Letters
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• v.49 no.1
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• pp.111-119
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• 2021

A bacterial strain isolated from a Malva verticillata leaf was identified as Bacillus velezensis MV2 based on the 16S rRNA sequencing results. Complete genome sequencing revealed that B. velezensis MV2 possessed a single 4,191,702-bp contig with 45.57% GC content. Generally, Bacillus spp. are known to produce diverse antimicrobial compounds including bacteriocins, polyketides, and non-ribosomal peptides. Antimicrobial compounds in the B. velezensis MV2 were extracted from culture supernatants using hydrophobic interaction chromatography. The crude extracts showed antimicrobial activity against both gram-positive bacteria and gram-negative bacteria; however, they were more effective against gram-positive bacteria. The extracts also showed antifungal activity against phytopathogenic fungi such as Fusarium fujikuroi and F. graminearum. In time-kill assays, these antimicrobial compounds showed bactericidal activity against Bacillus cereus, used as indicator strain. To predict the type of antimicrobial compounds produced by this strain, we used the antiSMASH algorithm. Forty-seven secondary metabolites were predicted to be synthesized in MV2, and among them, fourteen were identified with a similarity of 80% or more with those previously identified. Based on the antimicrobial properties, the antimicrobial compounds may be nonribosomal peptides or polyketides. These compounds possess the potential to be used as biopesticides in the food and agricultural industry as an alternative to antibiotics.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2013.02a
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• pp.519-519
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• 2013

본 연구에서는, 전기적 충격이 없고 넓은 면적을 동시에 처리할 수 있는 형태의 유전체 장벽 방전(DBD: Dielectric Barrier Discharge)을 이용한 대기압 저온 플라즈마 장치를 제작하고 이를 이용하여 빵 곰팡이(Neurospora crassa) 살균에 대한 기본 분석을 하였다. 실험에 사용한 저온 대기압 면방전 플라즈마의 파워는 사인파 교류전압을 인가하여, 방전전압은 1.4~2.3 kV, 방전전류는 20~30 mA의 값을 가지며, 전압과 전류의 위상차는 약 80도의 기울기 차이가 난다. 이때의 출력은 약 4 W를 가지며, 공랭식 쿨러를 이용하여 유전체의 열을 배출하였다. 시료대의 온도 측정결과 방전과 동시에 쿨러를 작동할 경우 최대 10분에서 37도를 넘지 않았다. 장치에서 발생하는 플라즈마에 의한 O3의 양은 플라즈마 발생부로부터 10 mm 이내에서 약 25~30 ppm 이 측정되었으며, NO나 NO2 는 거의 검지되지 않았다. 증류수(Deionized water)속에 담긴 빵 곰팡이(Neurospora crassa) 포자를 면방전 플라즈마 발생장치로 처리하였을 때, 포자의 발아율은 처리시간 및 출력파워가 증가함에 따라 급격히 감소하였으나 VM (Vogel's Minimal) 배양액에 넣고 플라즈마 처리를 한 경우에는, 증류수의 결과와 달리 살균효과가 미비함을 보였다. MTT 측정법 또한 같은 경향성을 보였으며, 이를 통해 포자를 둘러싸고 있는 환경이 플라즈마의 살균효과에 영향을 미치는 것으로 보인다. 본 실험을 통해, 유전체 장벽을 이용한 면방전 플라즈마 발생장치가 플라즈마 제트(jet)와 달리 직접적인 플라즈마 접촉 없이도 미생물 살균이 가능하다는 것을 보았으며, 처리대상의 생체용액과 같은 주변 환경에 영향을 받음을 알 수 있었다. 또한 면방전 플라즈마 장치로부터 발생하는 O3과 같은 활성종들이 빵 곰팡이의 비활성화에도 역할을 할 수 있음을 알 수 있었다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.1
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• pp.74-76
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• 2019

Gram-positive anaerobic bacilli Actinomyces spp. commonly reside on mucosal surfaces of the oropharynx, gastrointestinal tract, and urogenital tract. Here, we first report the draft genome sequence of Actinomyces georgiae KHUD_A1, isolated from dental plaque of a Korean elderly woman. The genome is 2,652,059 bp in length and has a GC content of 68.06%. The genome includes 2,242 protein-coding genes, 9 rRNAs, and 64 tRNA. We identified 157 KHUD_A1 strain-specific genes, including genes encoding CPBP family intramembrane metalloprotease, bile acid: sodium symporter family protein, Txe/YoeB family addiction module toxin and Phd/YefM family antitoxin. The sequence information of A. georgiae KHUD_A1 will help understand the general characteristics of the bacterial species and the genome diversity of the genus Actinomyces.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.2
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• pp.177-179
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• 2019

Pseudomonas kribbensis CHA-19 was isolated from a temperate forest soil (mid latitude) in New Jersey, USA, for its ability to degrade humic acids, a main component of humic substances (HS), and subsequently confirmed to be able to decolorize lignin (a surrogate for HS) and catabolize lignin-derived ferulic and vanillic acids. The draft genome sequence of CHA-19 was analyzed to discover the putative genes for depolymerization of polymeric HS (e.g., dye-decolorizing peroxidases and laccase-like multicopper oxidases) and catabolic degradation of HS-derived small aromatics (e.g., vanillate O-demethylase and biphenyl 2,3-dioxygenase). The genes for degradative activity were used to propose a HS degradation pathway of soil bacteria.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.3
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• pp.296-299
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• 2019

The genus of Bacteroides has been isolated from vertebrate animal feces. Bacteroides sp. KGMB 02408 was isolated from fecal samples obtained from a healthy Korean. The wholegenome sequence of Bacteroides sp. KGMB 02408 was analyzed using the PacBio Sequel platform. The genome comprises a 5,771,427 bp chromosome with a G + C content of 39.50%, 5,005 total genes, 18 rRNA genes, and 74 tRNA genes. Furthermore, we found that strain KGMB 02408 had some genes for oxidoreductases and menaquinone biosynthesis in its genome based on the result of genome analysis.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.54 no.4
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• pp.456-459
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• 2018

The genus of Olsenella has been isolated from vertebrate animal mouth, rumen, and feces. Olsenella sp. KGMB 04489 was isolated from fecal samples obtained from a healthy Korean. The whole-genome sequence of Olsenella sp. KGMB 04489 was analyzed using the PacBio Sequel platform. The genome comprises a 2,108,034 bp chromosome with a G + C content of 65.50%, 1,838 total genes, 13 rRNA genes, and 52 tRNA genes. Also, we found that strain KGMB 04489 had some genes for hydrolysis enzymes, and antibiotic biosynthesis and resistance in its genome based on the result of genome analysis.

• Bulletin of Food Technology
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• v.26 no.4
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• pp.344-348
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• 2013

시크제네시스(SeqGenesis)는 2011년 7월 설립된 대전소재 생물정보분석 전문기업으로, 국가 연구기관에서 다수 미생물, 인간, 동물, 식물에 대한 오믹스 통합 데이터베이스 및 생물정보 분석 플랫폼 개발, 영양유전체 연구지원 시스템 구축, 분석알고리즘 개발 등 다양한 생물정보분석에 대한 경력을 가진 전문연구원으로 구성되어 있다. 현재 차세대시퀀싱(NGS)데이터 분석, 마이크로바이옴(microbiome) 분석, 고밀도 마이크로어레이 프로브 디자인 및 분석, 생물 정보 컨설팅, 오믹스 데이터베이스 구축 등 연구 지원 파트너로서 생물정보분석 서비스를 하고 있다.

• Korean Journal of Poultry Science
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• v.37 no.3
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• pp.275-282
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• 2010

Chicken is an important livestock as a valuable biomedical model as well as food for human, and there is a strong rationale for improving our understanding on metabolism and physiology of this organism. The first draft of chicken genome assembly was released in 2004, which enables elaboration on the linkage between genetic and metabolic traits of chicken. The objectives of this study were thus to reconstruct metabolic pathway of the chicken genome and to construct a chicken specific pathway genome database (PGDB). We developed a comprehensive genome database for chicken by integrating all the known annotations for chicken genes and proteins using a pipeline written in Perl. Based on the comprehensive genome annotations, metabolic pathways of the chicken genome were reconstructed using the PathoLogic algorithm in Pathway Tools software. We identified a total of 212 metabolic pathways, 2,709 enzymes, 71 transporters, 1,698 enzymatic reactions, 8 transport reactions, and 1,360 compounds in the current chicken genome build, Gallus_gallus-2.1. Comparative metabolic analysis with the human, mouse and cattle genomes revealed that core metabolic pathways are highly conserved in the chicken genome. It was indicated the quality of assembly and annotations of the chicken genome need to be improved and more researches are required for improving our understanding on function of genes and metabolic pathways of avian species. We conclude that the chicken PGDB is useful for studies on avian and chicken metabolism and provides a platform for comparative genomic and metabolic analysis of animal biology and biomedicine.