• Title/Summary/Keyword: 리드 변이

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The Design of Zoom Microscope System for Inspecting Wire-Bonding (와이어 본딩 검사용 현미경 광학계의 설계)

  • 류재명;임천석;조재흥;정진호;전영세
    • Proceedings of the Optical Society of Korea Conference
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    • 2003.02a
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    • pp.256-257
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    • 2003
  • 반도체 와이어 본딩(wire-bonding) 조립공정에 사용되는 검사용 현미경 광학계를 설계하였다. 이러한 와이어는 리드프레임에 대해 $\pm$ 1 mm의 단차를 가진다. 이 때 리드프레임은 6배로 관찰하며, 와이어 부분은 2배로 관찰하고자 한다. 그러나 와이어의 단차로 인해 물체거리가 변하게 되며, 일반 광학계로는 배율도 변하게 된다. 물체거리가 변해도 동일한 배율을 가지는 광학계를 설계하기 위해 유한 물점용 3군 줌 광학계를 목적에 맞게 변형시켰다. (중략)

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A CNV Detection Algorithm (CNV 영역 검색 알고리즘)

  • Sang-Kyoon Hong;Dong-Wan Hong;Jee-Hee Yoon
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2008.11a
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    • pp.356-359
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    • 2008
  • 최근 생물정보학 분야에서 인간 유전체에 존재하는 CNV(copy number variation)에 관한 연구가 주목 받고 있다. CNV 영역은 1kbp-3Mbp 사리의 서열이 반복되거나 결실되는 변이 영역으로 정의된다. 우리는 선행연구에서 기가 시퀀싱(giga sequencing)의 결과 산출되는 DNA 서열조각인 리드(read)를 레퍼런스 시퀀스에 서열 정렬하여 CNV 영역을 찾아내는 새로운 CNV 검색 방식을 제안하였다. 후속 연구로서 본 논문에서는 DNA 서열에 존재하는 repeat 영역 문제를 해결하기 위한 새로운 방안을 제안하고, 리드의 출현 빈도 정보를 분석하여 CNV 영역을 찾아내는 CNV 영역 검색 알고리즘을 보인다. 제안된 알고리즘 Gaussian 분포를 갖는 출현 빈도 정보로부터 통계적 유의성을 갖는 영역을 추출하여 CNV 영역후보로 하고, 다음 경제 과정을 거쳐 최종의 CNV 영역을 추출한다. 성능 평가를 위하여 프로토타임 시스템을 개발하였으며, 시뮬레이션 실험을 수행하였다. 실험 결과에 의하여 제안된 방식은 반복되거나 결실되는 형태의 CNV 영역을 효율적으로 검출하며, 또한 다양한 크기의 CNV 영역을 효율적으로 검출할 수 있음을 입증한다.

Optimal Inventory Management for Rebar Fabrication Process in Construction Process (건설현장 철근작업 프로세스상의 적정 자재재고 관리 방안에 관한 연구)

  • Jung, Do-Young;Park, Sang-Hyuk;Kwak, Soo-Nam;Kim, Hyoung-Kwan;Han, Seung-Heon
    • Proceedings of the Korean Institute Of Construction Engineering and Management
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    • 2006.11a
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    • pp.702-707
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    • 2006
  • There have been certain extent of material inventory in construction site because of difficulties in ordering by small quantity, strategy of securing future requirements and prevention of delay. However, carrying these inventory entails a financial cost called inventory holding cost and decrease construction productivity, so proper inventory management in construction industry is important for construction efficiency and cost reduction. This study tries to find analytical method of inventory management. It includes ordering decision which decide how much to order and when to order. Setting these strategies including deciding safety inventory, input and ouput variability are able to controled.

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SNP Analysis Method for Next-generation Sequencing Data (차세대 시퀀싱 데이터를 위한 SNP 분석 방법)

  • Hong, Sang-kyoon;Lee, Deok-hae;Kong, Jin-hwa;Kim, Deok-Keun;Hong, Dong-wan;Yoon, Jee-hee
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2010.11a
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    • pp.95-98
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    • 2010
  • 최근 차세대 시퀀싱 기술의 급속한 발전에 따라 서열 정보의 해독이 비교적 쉬워지면서 개인별 맞춤의학의 실현에 대한 기대와 관심이 높아지고 있다. 각 개인의 서열 정보 사이에는 SNP (single nucleotide polymorphism), Indel, CNV (copy number variation) 등의 다양한 유전적 구조 변이가 존재하며, 이러한 서열 정보의 부분적 차이는 각 개인의 유전적 특성 및 질병 감수성 등과 밀접한 관련을 갖는다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 결과로 산출되는 수많은 짧은 DNA 서열 조각인 리드 데이터를 이용한 SNP 추출 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 레퍼런스 시퀀스의 각 위치에 대한 리드 시퀀스의 매핑 정보를 기반으로 SNP 후보 영역을 추출하며, 품질 정보 등을 활용하여 에러 발생률을 최소화한다. 또한 대규모 시퀀싱 데이터와 SNP 구조 변이 데이터의 효율적인 저장/검색을 지원하는 시각적 분석 도구를 구현하여 제안된 방식의 유용성을 검증한다.

A Study on the Optimism Design of the Gear Tooth Profile (수정에 의한 기어 최적설계에 관한 연구)

  • Hwang G.S.;Lyu S.K.;Ahn I.H.
    • Proceedings of the Korean Society of Precision Engineering Conference
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    • 2006.05a
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    • pp.97-98
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    • 2006
  • This study deals with the Transmission Error of gear tooth profile by modifying a Profile and lead of a surface of Tooth. First, we experimentally confirmed that the Transmission Error is a synthesis of the sliding Velocity between both gears. Since various types of Transmission errors appear in the experiments, we introduced definition of Transmission Error and The Optimism Design by modifying a surface parameters The test stand's performance is then evaluated through a series of multiple torque transmission error tests. Comparisons are made between data recorded before and after the test stand's redesign, and subsequently repeatability studies are performed to verify the veracity of the measured data. Finally, the experimental results are compared to the analytical predictions of two different gear analysis programs.

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Fracture Behavior of Cu-based leadframe/EMC joints (구리계 리드프레임/EMC 접합체의 파괴거동)

  • Lee, Ho-Young;Yu, Jin
    • Korean Journal of Materials Research
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    • v.10 no.8
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    • pp.551-557
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    • 2000
  • Cu-based leadframe sheets were oxidized ic a hot alkaline solution to black-oxide layer on the surface and molded with epoxy molding compound(EMC), and finally machined to form sandwiched double-cantilever beam(SDCB) and sandwiched Brazil-nut(SBN)specimers to measure the adhesion strength of leadframe-EMC interface. The SDCB and the SBN specimens were designed to measure the adhesion strength in terms fracture toughness under puasi-mode I and mixed mode loadinf, respectively. After the tests, fracture surfaces were analyzed paths were observed in the SDCB-tested speciments, failure paths varied with crack speed and loading conditions.

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콘텐츠라인-밉TV2005.밀리아

  • Byeon, Wan-Su
    • Digital Contents
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    • no.5 s.144
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    • pp.98-99
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    • 2005
  • 프랑스 칸에서 열린 세계 최대규모의 미디어 전시회인 밉TV2005 · 밀리아가 전세계 90개국 1만1,000여명의 방송 미디어 전문가들이 참가해 대성황을 이뤘다. 특히 이번 행사는 행사 주관사인 리드미뎀이 우리나라의 TV와 신기술에 경의를 표하며 한국을 ‘올해의 국가’로 선정, 행사 이튿날을‘한국의 날’로 치러 우리나라의 디지털 기술과 제품의 우수성 등을 맘껏 알릴 수 있는 장이 됐다. 이번 행사 참가자들은 방송영상산업의 맹주로 떠오르고 있는 우리나라를 주목하며 한류의 매력에 시선이 집중됐다.

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A Comparative Analysis of the Illumina Truseq Synthetic Long-read Haplotyping Sequencing Platform versus the 10X Genomics Chromium Genome Sequencing Platform for Haplotype Phasing and the Identification of Single-nucleotide variants (SNVs) in Hanwoo (Korean Native Cattle) (일루미나에서 제작된 TSLRH (Truseq Synthetic Long-Read Haplotyping)와 10X Genomics에서 제작된 The Chromium Genome 시퀀싱 플랫폼을 이용하여 생산된 한우(한국 재래 소)의 반수체형 페이징 및 단일염기서열변이 비교 분석)

  • Park, Woncheoul;Srikanth, Krishnamoorthy;Park, Jong-Eun;Shin, Donghyun;Ko, Haesu;Lim, Dajeong;Cho, In-Cheol
    • Journal of Life Science
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    • v.29 no.1
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    • pp.1-8
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    • 2019
  • In Hanwoo cattle (Korean native cattle), there is a scarcity of comparative analysis papers using highdepth sequencing and haplotype phasing, particularly a comparative analysis of the Truseq Synthetic Long-Read Haplotyping sequencing platform serviced by Illumina (TSLRH) versus the Chromium Genome Sequencing platform serviced by 10X Genomics (10XG). DNA was extracted from the sperm of a Hanwoo breeding bull (ID: TN1505D2184/27214) provided by Hanwoo research canter and used for the generation of sequence data from both the sequencing platforms. We then identified SNVs using an appropriate analysis pipeline tailored for each platform. The TSLRH and 10XG platforms generated a total of 355,208,304 and 1,632,772,004 reads, respectively, corresponding to a Q30 (%) of 89.04% and 88.60%, respectively, of which 351,992,768(99.09%) and 1,526,641,824(93.50%) were successfully mapped. For the TSLRH and 10XG platforms, the mean depth of the sequencing was 13.04X and 74.3X, the longest phase block was 1,982,706 bp and 1,480,081 bp, the N50 phase block was 57,637 bp and 114,394 bp, the total number of SNVs identified was 4,534,989 and 8,496,813, and the total phased rate was 72.29% and 87.67%, respectively. Moreover, for each chromosome, we identified unique and common SNVs using both sequencing platforms. The number of SNVs was directly proportional to the length of the chromosome. Based on our results, we recommend the use of the 10XG platform for haplotype phasing and SNV identification, as it generated a longer N50 phase block, in addition to a higher mean depth, total number of reads, total number of SNVs, and phase rate, than the TSLRH platform.

Analysis of the Stress Index through Unconstraind BCG Monitoring (무구속 심탄도 모니터링을 통한 스트레스지수 분석)

  • Noh, Yun-Hong;Jeong, Do-Un
    • Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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    • 2009.05a
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    • pp.349-352
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    • 2009
  • 최근 유비쿼터스 헬스케어가 부각됨에 따라 심장의 활동상태를 보다 편리하게 측정하기 위하여 이동성 및 휴대성을 강조한 심전도 계측 시스템 및 스트레스 상태를 분석하기 위한 연구들이 수행되고 있다. 하지만 기존 심전도 계측은 전극의 부착 및 계측시스템과의 연결을 위한 리드선의 사용으로 인해 활동의 불편함을 유발한다. 본 연구에서는 기 연구 수행된 가정 또는 사무실에서 무구속적인(unconstrained) 방법으로 지속적인 심장의 활동상태의 모니터링이 가능한 무구속 의자형 심탄도 계측 시스템을 구현하였다. 무구속적인 방법으로 심탄도 신호를 계측하고 심탄도신호로부터 심박동변이율을 추출함으로써 일상생활 중 스트레스를 모니터링 하고자 하였다. 구현된 시스템을 통한 스트레스 모니터링의 가능성을 평가하기위하여 안정상태의 심박동변이율과 인위적인 신체적 스트레스인 Valsalva 조작를 유도한 후 심박동 변이율을 비교평가 하였다. 건강한 대학생 10명을 대상으로 비교분석을 수행한 결과 안정 상태와 육체적 스트레스 인가 후 심박동 변이율의 변화 양상을 관찰할 수 있었으며, 무구속적인 방법에 의해 스트레스의 모니터링이 가능함을 확인 할 수 있었다.

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CNVDAT: A Copy Number Variation Detection and Analysis Tool for Next-generation Sequencing Data (CNVDAT : 차세대 시퀀싱 데이터를 위한 유전체 단위 반복 변이 검출 및 분석 도구)

  • Kang, Inho;Kong, Jinhwa;Shin, JaeMoon;Lee, UnJoo;Yoon, Jeehee
    • Journal of KIISE:Databases
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    • v.41 no.4
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    • pp.249-255
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    • 2014
  • Copy number variations(CNVs) are a recently recognized class of human structural variations and are associated with a variety of human diseases, including cancer. To find important cancer genes, researchers identify novel CNVs in patients with a particular cancer and analyze large amounts of genomic and clinical data. We present a tool called CNVDAT which is able to detect CNVs from NGS data and systematically analyze the genomic and clinical data associated with variations. CNVDAT consists of two modules, CNV Detection Engine and Sequence Analyser. CNV Detection Engine extracts CNVs by using the multi-resolution system of scale-space filtering, enabling the detection of the types and the exact locations of CNVs of all sizes even when the coverage level of read data is low. Sequence Analyser is a user-friendly program to view and compare variation regions between tumor and matched normal samples. It also provides a complete analysis function of refGene and OMIM data and makes it possible to discover CNV-gene-phenotype relationships. CNVDAT source code is freely available from http://dblab.hallym.ac.kr/CNVDAT/.