• 제목/요약/키워드: 데이터베이스 응용

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Brassica A genome의 최근 연구 동향 (Current status of Brassica A genome analysis)

  • 최수련;권수진
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제39권1호
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    • pp.33-48
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    • 2012
  • 작물의 구조와 기능을 이해하려는 과학적 탐구심과 이를 작물 육종에 적용하려는 실험적 노력의 일환으로 다양한 작물에서 유전자 지도가 개발되었다. 특히, 배추과 작물의 경우 모델식물인 애기장대의 유전체 정보가 공개된 이후 다양한 정보 (염기서열 정보, 유전자 구조 및 기능정보 등)의 이용이 가능해져 유전자 지도 작성이 가속화 되었으며 이는 최근 $B.$ $rapa$ A genome (배추)유전체 해독이라는 결과를 가져왔다. 배추과 작물의 유전자 지도 작성에 있어서 초기에는 RFLP 마커들이 사용되었으나 이후 분자마커, 즉, RAPD, AFLP, SSR 등과 같이 비교적 사용이 간단하고 시간적 제약이 없는 PCR 마커의 형태로 점차 바뀌었다. 배추과 작물의 경제적, 학문적 가치가 고려되어 $B.$ $rapa$ (배추)를 표준재료로 A genome 유전체 염기서열 해독이라는 목표로 다국적 유전체 프로젝트가 결성되었고 2011년 국내연구진이 주도적으로 참여한 국제 컨소시엄 (BrGSPC, $B.$ $rapa$ Genome Sequencing Project Consortium)에 의해 배추 (10개 염색체)의 유전자 영역(gene space), 약 98% (83.8 Mb)의 염기서열이 해독되어 발표되었다. 유전체 해독 과정에서 축적된 염기서열 정보는 대량의 SSR, SNP, IBP 마커의 개발을 가능하게 하였고 이들 마커는 $B.$ $rapa$ A genome 유전자 지도와 물리 지도 작성에 이용되어 이후 배추과 작물연구 전반에 널리 적용되고 있다. 대량의 분자마커 개발은 유전자 지도 작성을 가속화하여 더욱 정밀한 유전자 지도를 가능하게 하였고 공통의 분자마커 정보는 애기장대와 배추과 작물 간 비교유전체 연구를 통해 농업적 우수 형질의 클로닝, 마커도움선발 (MAS)등의 방법으로 분자육종의 기반을 제공하고 있다. 뿐만 아니라. 최근 등장한 NGS 유전체 해독 기술로 생산된 대량의 정보는 분자육종 실현 가능성을 높여 분자육종 실용화에 박차를 가하는 계기가 되고 있다. 본 논문에서는 $B.$ $rapa$에서 분자마커를 이용한 유전자 지도 개발의 과정과 농업적 유용형질 탐색을 위한 양적 형질 유전자좌 (QTLs)의 연구 현황에 대하여 알아보고 유전체연구에서 유전자 지도의 중요성과 육종에의 응용에 대하여 서술하였다. 또한 다양한 유전체 정보와 오믹스 정보를 국내 배추과 분자육종에 효율적으로 활용하여 분자육종 실용화를 가능하게 하기 위해 사용자가 쉽게 사용할 수 있는 데이터베이스를 구축함으로서 연구자와 육종가 간의 간격을 좁히고 원활한 정보교환의 필요성을 제기하였다.

우리나라 임상방사선종양을 위한 웹 기반 PCS 시스템의 개발과 특성 (A Web-based 'Patterns of Care Study' System for Clinical Radiation Oncology in Korea: Development, Launching, and Characteristics)

  • 김일한;지의규;오도훈;서창옥;김종훈;안용찬;허원주;정웅기;최두호;이재원
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제21권4호
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    • pp.291-298
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    • 2003
  • 목적: PCS연구의 목적은 임상 방사선치료 QA의 표준 연구 수단을 구축하고, 방사선치료 과정의 기본 요소를 결정하고, 협동 임상시험의 기반을 제공하고, 외국과의 비교 연구를 위한 기본 자료의 구축에 있다. 우리나라 임상 방사선종양학의 PCS 연구기법으로서 구축한 웹 기반의 PCS 시스템의 개발 및 특성을 보고하고자 한다. 대상 및 방법: 본 시스템은 메인서버와 외부에 구축한 2중 백업서버로 구성되어 있다. 리눅스 운영 체제 및 MySQL데이터베이스를 이용하여 프로그램을 완성하였다. PCS 대상이 되는 종양으로서의 개발 우선 순위는 1989년부터 1999년 사이에서 우리나라 전국의 방사선종양학과에서 치료빈도가 많은 순서를 근거로 결정하였다. 결과: 2003년 초반에 웹 기반의 임상 PCS시스템이 구축되었다. 웹 주소는 www.pcs.re.kr이며, 우선 유방암, 직장암, 식도암, 후두암, 폐암 및 전이성 뇌종양을 대상으로 하였다. 완성된 개발항목의수는 1,000 항목을 상회하였다. 구축된 시스템은 사용자 편의성 충족, 기입 내용 중복 확인, 자료 기밀성, 자료 보존 및 사본 작성, 이중 백업, 통계 분석 지원등을 구현하였다. 문자화된 자료 외에 영상 자료도 입력되도록 시스템을 구축하였다. 아울러, 임상시험승인 관련 양식지원, 무작위 자료 추출, 방사선종양학과의 구조적 요소 파악 기능도 갖추었다. 결론: 본 시스템은 PCS분야에서는 최초로 구축되고 작동되는 웹 기반 시스템이다. 구축한 시스템을 통해서 단시간 내에 표본 자료의 수집이 가능하여 시간 및 비용을 절약할 수 있게 되었으나 구축자료의 신뢰도 확인을 별도의 검증과정은 필수적이다. 본 연구팀이 개발한 본 웹 기반 시스템은 향후 PCS 연구 또는 자료 수집이 필요한 유사 연구 상황에 응용될 수 있는 표준적인 기법으로서의 활용되기를 희망한다.

중소규모 생산업체의 수비드 제품 생산을 위한 공정 및 안전성 분석: 한국 HMR 시장 중심으로 (Manufacturing process and food safety analysis of sous-vide production for small and medium sized manufacturing companies: Focusing on the Korean HMR market)

  • 최유진;신원선
    • 한국식품과학회지
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    • 제52권1호
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    • pp.1-10
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    • 2020
  • 본 연구에서는 HMR 시장 진입을 위한 중소기업의 수비드 제품 생산 공정을 방해할 수 있는 요인을 조사하였다. 문헌 연구를 통하여 수비드 제품의 개념과 시장 현황, 수비드 제품의 공정라인, 수비드 제품의 안전성 확립을 위하여 발생 가능한 질병 및 관련 법률, HACCP을 조사하였다. 연구 결과, 수비드 기법의 안전성과 법률, 수비드 품질관리, 포장 및 저장 기술, 수비드 제품 제조공정의 인프라를 포함하는 4개의 주요 요인을 도출하였다. 수비드 제품의 섭취로 발생할 수 있는 질병들은 학계 또는 데이터베이스 자료로부터는 확인되지 않고 있다. 국내에서는 수비드 제품을 위한 별도의 기준이 없기 때문에 국내 기업들은 외국의 사례와 국내 HACCP 조건에 따라 안전성을 확보하고 있다. 수비드 제품의 생산으로부터 소비에 이르는 일렬의 과정에 필요한 품질 안전성 확보를 위한 기준이 필요하다. 또한, 수비드 제품은 육류제품으로 한정되어 왔으나 육류와 함께 부원료를 추가적으로 사용할 경우 식품과 축산물 HACCP을 동시에 인증을 받아야 하는 재정적 부담이 있다. 수비드 제품만이 아닌 HMR 시장 활성화를 위한 HACCP인증의 단일화나 간편화도 제안되어야 한다. 수비드 조리법은 영양분 보존과 식감을 조절할 수 있는 장점이 있으나, 소비자가 제품을 봤을 때 외관상 먹음직스럽지 않다는 인상을 줄 수 있다. 이것은 조리가 'cook-in-bag'으로 끝나기 때문에 패키지 안에 있을 수 있는 기름과 핏물(Hwang 등, 2017) 등이 소비자에게 비위생적 제품이라는 거부반응을 줄 수 있다. 외관상의 문제가 있지만 수비드 조리법을 이해한다면 외관상의 문제는 조리법으로 인한 자연스러운 현상이라 문제될 것이 없을 것으로 판단된다. 특히 B2B의 경우 수비드 제품을 다양하게 응용할 수 있다. 예를 들어 수비드 닭가슴살 제품을 공급받아 튀김 옷을 입혀 튀긴다면 겉은 바삭하고 속은 부드러운 제품을 생산할 수 있고, 스테이크의 경우도 제품을 받아 겉면을 익혀주면 마이아르 반응으로 맛을 더욱 더 좋게 해주며 속은 부드러운 스테이크를 만들 수 있다. 이러한 외관상의 문제는 B2C보다는 B2B로 상당부분 해결할 수 있음과 동시에 조리의 일관성(consistency)으로 소비자의 기대감을 유발 할 수 있을 것으로 예상한다. 또한 퀵칠 후에 수비드 제품의 질감과 맛을 위해 냉장으로 유통한다면 소비자에게 최상의 제품을 공급할 수 있다. 그러나 한정된 유통기한으로 리스크가 큼으로 많은 제조업체에서 급속냉동 후 유통하고 있어 실질적으로 최상의 제품을 공급받지는 못하는 실정이다. 냉동기술의 발달로 인해 냉동된 수비드 제품이 냉장된 수비드 제품보다는 품질이 떨어지지만 기존의 HMR제품보다는 높은 품질을 유지하여 경쟁력이 있는 상품이며(Baldwin, 2012) 이는 수비드 제품의 판매량 증가 및 수비드 식품이 2019년 가장 뜨거운 식품 트렌드로 부각되는 이유로 판단된다. 수비드의 제품을 위해 폴리에틸렌(PE)이나 폴리아미드(PA) 재질의 포장지를 사용하지만 대량생산을 위해서는 정확한 원료의 크기와 진공상태, 조리 정도의 일괄성을 요구하기 때문에 스킨포장지가 많이 쓰이고 있다. 그러나 이러한 포장방법 또한 기존의 포장지보다 가격이 높은 관계로 중소기업에게는 큰 부담이 될 수 있다. 대량생산에 있어 일괄성은 필수이기 때문에 컨베이어 시스템과 대량생산을 위한 조리, 포장시설부터 안전관리를 위한 HACCP의 추가적인 시설까지 중소기업이 감당하기에 부담스러운 인프라 구축도 고려를 해야 할 대상이다. 4개의 요인 중 제조공정의 인프라는 다른 모든 요인들에 영향을 주기 때문에 인프라 구축을 위한 설비투자가 확실히 이루어져야 한다. 가정에서의 조리기회가 줄어들고 식습관의 다변화와 고령화로 인한 독거노인이 증가함과 동시에 1인 가구가 늘어나면서 식품의 소비 형태가 다변화 됐다. 그럼에도 불구하고 소비자들은 맛있게 먹고 건강에 좋은 간편한 식품을 원하고 있기 때문에 수비드가 가지고 있는 장점이 프리미엄 시장을 형성할 가능성이 있다. 수비드 제품 생산의 활성화와 품질관리를 위하여 국내에서도 외국과 같이 수비드 조리법에 대한 기준이 별도로 마련되어야 할 것이다. 또한, 수비드 조리법의 단점인 긴 조리시간을 단축하거나 포장방법 및 저장에 유통기한을 연장시킬 수 있도록 지속적으로 연구가 필요하다. 국내의 소비자들에게 수비드 조리법은 아직 생소하게 인식되고 있으며, 이로 인해 국내시장에 수비드 제품 적용 및 활성화는 시기상조라는 식품 업계 의견이 지배적이다. 그러나 수비드 제조방법은 유통기한 연장, 품질, 미생물적 안전성으로 인하여 미식분야에서 선호되는 방법이다(Yıkmı 등, 2018). 수비드 제품의 장점을 부각시키며 마케팅을 수행한다면 맛과 품질을 중요시하는 현재의 소비 트렌드에 부합될 것으로 예상하며 위축된 수비드 제품생산의 활성화를 기대한다.

QR 코드를 이용한 의료정보 시스템 설계 및 구현 (Design and Implementation of Medical Information System using QR Code)

  • 이성권;정창원;주수종
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제16권2호
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    • pp.109-115
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    • 2015
  • 신규 의료기기 개발 기술의 발전으로 다양한 형태로 손쉽게 생체 정보 및 의료 정보를 얻을 수 있는 기술이 증가하고 있다. 이러한 정보 수집 기술과 기기들의 증가로 생체 정보는 일상생활의 라이프로그와 함께 의료서비스의 주요 정보로 활용되고 있다. 그러나 다양한 생체신호의 활용성이 증가하고 있지만 보안적인 측면을 고려하지 않는 문제점을 갖고 있다. 또한, 의료현장에서 환자의 생체신호와 의료영상정보는 개별적인 디바이스에 의해 생성되며, 통합 관리되지 못하는 실정이다. 이러한 문제점을 해결하기 위해서, 본 논문에서는 생체신호와 의사의 소견정보를 포함하여 QR 코드화하고 이와 연계된 의료영상정보와 통합하고자 한다. 이를 위해, 의료영상정보 표준인 DICOM(Digital Imaging and Communication in Medicine)과 기존 생체신호 계측기들로부터 수집된 생체신호를 QR 코드화하여 의료영상정보에 통합한 이미지 파일 스킴을 제시한다. 그리고 시스템 구현 환경은 의료영상기기와 생체신호 수집을 위한 생체신호 계측기 그리고 스마트 디바이스와 PC로 구성하였다. 의료기기나 생체 신호 계측장치로부터 데이터를 전송 받기 위한 의료영상이미지 정보와 생체신호의 ROI 추출을 위하여 .NET Framework를 사용하여 QR 서버 모듈을 윈도우 서버 2008 운영체제에서 운영되도록 구현하였다. QR 서버 모듈의 주요기능은 의료영상기기로부터 생성된 DICOM파일을 파싱하고, 식별 ROI 정보를 추출하여 데이터베이스에 저장하여 관리한다. 또한, EMR, OCS와 같은 환자의 의료정보는 기본 정보 및 긴급상황 시 필요한 ROI 정보를 추출하여 QR코드화 하여 관리한다. 또한 생체 계측 기기로 환자 식별에 사용될 PID (patient identification) 와 함께 생체 정보를 전송 받을 경우 생체 정보의 크기에 따라 이를 해당 환자의 ROI와 함께 QR코드화 하여 관리하며, 생체 정보 파일 또한 저장하여 관리한다. 전송받은 생체정보가 QR코드로 변환할 최대 사이즈 이상일 경우 서버를 통해 생체정보에 접근할 수 있는 URL 정보를 QR코드화 한다. 또한 QR 코드 형태로 제공되는 정보는 .NET 프레임워크가 설치된 PC와 Android기반의 스마트 단말기상에 뷰어 프로그램을 통해 확인함으로 인증된 클라이언트만이 관련 정보를 확인할 수 있도록 하였다. 끝으로 응용 서비스의 수행결과를 통해 기존 의료영상정보와 생체신호 그리고 환자의 건강정보가 통합되어 의료현장에서 적용하는데 적합한 의료정보 서비스를 제공함을 보였다.

특수 목적견으로서의 품성 및 능력 관련 유전자들에 관한 생물정보학적 분석 (Bioinformatic Analysis of the Canine Genes Related to Phenotypes for the Working Dogs)

  • 권윤정;어정우;최봉환;최유리;김정안;김다희;김태헌;성환후;김희수
    • 생명과학회지
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    • 제23권11호
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    • pp.1325-1335
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    • 2013
  • 특수 목적견(구조견, 군견, 안내견 및 탐지견)은 집중력, 소유욕, 대담성 등을 기반으로 한 훈련시험을 통해 선별된다. 최근 특수견으로서의 특수한 능력 및 품성에 대해 유전적인 정보가 중요한 인자로 다뤄지고 있다. 본 연구에서는 특수견으로서의 개의 특수한 능력 및 품성과 관련된 유전자들의 분자적인 특징을 고찰하고자 하였다. 이전 연구에서 보고된 24개의 유전자(AR, BDNF, DAT, DBH, DGCR2, DRD4, MAOA, MAOB, SLC6A4, TH, TPH2, IFT88, KCNA3, TBR2, TRKB, ACE, GNB1, MSTN, PLCL1, SLC25A22, WFIKKN2, APOE, GRIN2B, PIK3CG)를 선택하여 품성, 후각, 운동 및 학습능력 관련 유전자, 네 가지 카테고리로 분류하였다. 본 연구에서는 생물학적인 기법을 이용하여 이 유전자들의 염색체상의 위치, 유전자들 간의 네트워크를 통한 상호관계를 조사하였으며, 어떤 생물학적 기능과 관련이 있는지 Gene Ontology 분석과 데이터베이스를 기반으로 in silico 발현 양상을 살펴보았다. 또한 이전 연구를 통하여 품성 관련 유전자들의 다양한 유전적 다형성에 대한 보고를 조사하였다. 본 연구는 특수 견으로서 주요하게 고려되는 개의 고유한 능력 및 품성 관련된 유전자에 대해 분자적 특징을 제시하고 있다. 이 후보 유전자들은 개의 특수한 표현형과의 관계를 밝힐 수 있는 연구의 기초자료로서 이용될 수 있을 뿐만 아니라 핵심적인 유전인자로 응용되어 신속하고 정확한 특수견 선발에 기여할 수 있을 것으로 전망된다.

개인정보보호 분야의 연구자 네트워크와 성과 평가 프레임워크: 소셜 네트워크 분석을 중심으로 (The Framework of Research Network and Performance Evaluation on Personal Information Security: Social Network Analysis Perspective)

  • 김민수;최재원;김현진
    • 지능정보연구
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    • 제20권1호
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    • pp.177-193
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    • 2014
  • 개인정보 분야에서의 다양한 정보 보안 이슈가 발생함에 따라 해당 분야의 전문가를 확인하기 위한 프레임워크는 매우 중요한 영역이 되었다. 전문가 탐색과정은 주로 연구 업적 등을 통한 주관적인 평가가 일반적이지만 보다 객관적인 방식을 통한 선정이 매우 중요하다. 소셜 네트워크 분석기법의 응용이 다양한 영역에서 활용됨에 따라 본 연구는 개인정보보호분야의 전문가를 확인하고 해당 전문가들의 연구실적을 판단하기 위한 분석 프레임워크를 제시하고자 하였다. 본 연구는 연구 목적에 따라 개인정보보호 연구영역의 연구성과 자료를 바탕으로 소셜 네트워크 분석을 실시하고 핵심연구자의 성과를 분석하였다. 수집된 데이터는 연구의 공저자, 발행기관, 소속기관 등의 네트워크 구성에 활용되어 핵심전문가 집단을 관리하기 위한 프레임워크를 제시하였다. 본 연구는 NDSL에서 최근 5년 동안 발표된 논문들을 중심으로 자료를 수집하였다. 연구자들이 학술 정보를 교환하는 정기 간행물인 학술지를 바탕으로 연구 네트워크를 형성하는 네트워크 자료를 수집함으로써 연구활동에 대한 정보를 분석할 수 있었다. 일반적으로 연구자들은 연구 결과를 논문으로 발표하고, 발표된 논문들이 다수의 관련 분야 전문가들에게 공유된다는 점에서 학술연구지는 연구자들의 지식관련 의사소통 공간이며 지식의 구조화에 핵심적인 역할을 수행한다. 그에 따라 본 연구의 연구 대상 분야로 설정한 개인정보보호 분야의 연구 구조를 이해하기 위해 국내에서 발표된 관련 분야의 논문들을 연구 대상으로 자료가 수집되었다. 특히 자료의 선별 기준은 국내 최대의 데이터베이스를 보유하고 있는 NDSL에서 개인정보보호 관련 키워드를 보유한 논문 데이터를 수집 및 정제하여 분석 자료로 사용하였다. 2005년부터 2013년까지 약 2,000개의 연구결과 중 주제 관련성, 공저자 추출 등을 수집하였다. 데이터 수집 이후 연구 분석을 위한 데이터 처리를 통하여 통해 총 784개의 논문을 선정하고 분석대상으로 확정하였다. 분석 결과, 개인정보보호 연구영역의 전문가 집단을 이용한 연구논문 성과에 대한 분석은 핵심 연구자들을 추출해내고 전문가 집단을 관리하는 데 도움을 제공할 수 있다. 특히 소속집단 및 연구논문 발행기관을 분석함으로써 개인정보보호 연구영역에서 확인되지 않았던 연구자들의 연구 논문 게재의 공저자 네트워크가 매우 밀접함을 확인할 수 있다. 또한 연구논문의 발행기관 및 소속집단의 특성을 추출함으로써 개인정보보호 영역의 전문가 평가지표로서 소셜 네트워크 지표들의 활용가능성을 확인하였다.