• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 1999.10a
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• pp.87-89
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• 1999

인터넷과 웹 환경이 발달함에 따라 다양한 종류의 웹 응용프로그램들이 개발되고 있다. 최근에 개발되고 있는 웹 기반의 데이터베이스 시스템은 웹 데이터베이스 액세스를 위한 클라이언트 프로그램의 설치 없이 웹 브라우저만으로 데이터베이스를 액세스할 수 있는 장점을 갖고 있다. 기존의 많은 웹 기반 데이터베이스 시스템들은 클라이언트/서버의 2-Tier 구조를 가진다. 그러나 2-Tier 구조는 사용자 수의 증가에 따라 데이터베이스가 존재하는 서버에 과부하가 발생할 수 있다는 단점이 있다. 본 논문은 2-Tier 구조의 문제점을 해결하기 위한 3-Tier 구조의 웹 데이터베이스를 제시한다. 3-Tier 구조는 클라이언트 시스템과 서버 시스템간에 데이터베이스에 관련된 트랜잭션(transaction)처리와 사용자 관리를 위한 중간 시스템이 존재하는 구조이다. 3-Tier 구조는 사용자가 데이터베이스를 액세스할 때 중간시스템을 거쳐 서버로 연결되도록 함으로써 2-Tier 구조에서 발생할 수 있는 서버 과부하를 해결한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.274-276
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• 2004

단백질은 대부분 공간상의 특징을 고려할 때 유사한 부분을 기준으로 분류되는 경우가 많다 단백질 구조 분류 데이터베이스는 단백질이 가지는 다양한 구조 정보를 바탕으로 단백질 구조 분류 정보를 제공하고 있다. 대표적인 단백질 구조 분류 데이터베이스에는 CATH와 SCOP 데이터베이스가 있다. 이들 데이터베이스는 서로 다른 구조 분류 기준으로 단백질 구조를 분류하고 있으며, 단백질 구조 분류 정보를 검색하는 웹 서비스를 개별적으로 제공하고 있다. 따라서 여러 종류의 단백질 구조 분류 정보를 하나의 웹 사이트에서 검색할 수 있으면 유용할 것이다. 본 논문에서는 CATH와 SCOP에서 정의한 단백질 구조 분류 정보의 통합적인 검색 기능 일 통계 정보를 체계적으로 제공하는 웹 정보시스템에 관하여 기술한다. 제안된 시스템은 CATH와 SCOP에서 제공하는 각각의 데이터를 가공하여 효과적인 구조 분류 검색을 지원하는 구조화된 데이터베이스를 구축하였다. 개발된 시스템은 PDB 식별자, CAT터 식별자. 그리고 SCOP 식별자 또는 단백질 분류 이름으로 한번의 검색으로 두 데이터베이스에서 제공하는 계층적 구조 분류 정보를 제공한다. 또한, 단백질 구조에 대한 유용한 통계 정보를 제공한다.

• Proceedings of the Korea Multimedia Society Conference
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• 2003.05b
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• pp.115-117
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• 2003

XML 문서내의 정보를 데이터베이스에 저장하는 방법, 특실 관계형 데이터베이스에 저장하는 방법은 별도의 미들웨어를 사용하는 방법과 파싱을 통한 요소들의 매핑을 이용하는 것이 대표적이다. XML 문서 데이터를 데이터베이스에 저장할 때마다 관계형 데이터베이스에 XML 데이터를 파싱하여 그 요소를 각각의 적절한 테이블에 저장하는 방법은 언뜻 보기에는 가장 최적의 방법으로 보이지만 XML 문서 구조가 복잡해질수록 이 방법의 프로그램 로직은 복잡해지고 데이터 처리는 어려워진다. 그리고 계층이 깊은 복잡한 구조의 XML 문서일 경우 관계형 데이터베이스 테이블 구조로는 매핑이 불가능한 경우도 발생한다. 중첩된 구조의 복잡한 XML 데이터를 RDBMS에 저장할 경우 데이터 질의 시 여러 테이블에 걸친 복잡한 연산이 필요하고. XML 데이터의 입력. 수정, 삭제 시 모든 ROW에 걸어야 하는 LOCKING은 시스템의 성능을 떨어뜨릴 수 있다. 또한 XML 문서 스키마가 어떻게 바뀌는가에 따라서 새로 구성해야하는 복잡한 과정을 거칠 수도 있다는 것이다. 이 논문에서는 XML과 데이터베이스와의 공존이라는 측면에서 XML 문서의 관계형 데이터베이스 구조로의 동적 변환에 대하여 연구하고자 한다.

• Proceedings of the Korea Society for Industrial Systems Conference
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• 2000.11a
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• pp.447-451
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• 2000

데이터베이스 역공학은 소프트웨어의 융통성을 개선하여 과거의 개발들을 재사용하고 유지비용을 감소하는데 목적이 있다. 파일과 데이터베이스 구조의 의미 기술을 회복하는 것은 역공학의 중요한 측면이다. 이것은 데이터베이스의 정확한 데이터 구조와 무결성 제약을 발견하는 데이터 구조 추출을 포함한다. 본 논문에서는 관계 데이터베이스에 초점을 두고 소프트웨어 유지 보수를 용이하게 하기 위하여 역공학을 이용한 데이터 구조 추출 방법을 제안한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.271-273
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• 2004

단백질의 기능은 단백질의 구조에 따라 결정되며, 새로운 단백질의 기능을 파악하기 위하여 이미 밝혀진 단백질의 기능과 구조를 비교하는 방법이 사용되고 있다. 단백질 구조를 비교하는 방법은 단백질 구조를 표현하는 방법에 따라 다양하게 개발되고 있으며, 보다 효과적으로 관련된 연구자들이 자신의 연구에 활용하기 위해서는 빠르고 쉽게 활용할 수 있는 인터페이스를 제공하는 도구가 필요하다. 본 논문에서는 PDB 데이터베이스에서 제공하는 단백질 정보를 이용하여 PSAML 및 Topology String 데이터베이스를 구축하고 이를 바탕으로 웹 기반에서 단백질 구조 비교를 보다 빠르고 효과적으로 수행하는 시스템에 대하여 기술한다. PSAML 데이터베이스는 단백질 구조를 단백질 이차구조 및 그들 사이의 관계를 포함하는 PSAML 데이터를 제공하며, Topology String 데이터베이스는 단백질 구조를 단백질 이차구조를 하나의 문자로 기술하여 아미노산 순서와 위상학적(공간적) 정보를 포함하는 문자열로 단백질 구조정보를 제공한다. 이를 이용하여 구축된 웹 기반 단백질 구조 비교 시스템은 Topology String 정렬 방법을 통하여 보다 빠르게 유사성이 높은 부분 구조를 찾는 방법을 제공한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2009.04a
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• pp.369-371
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• 2009

생명체 내에서 기능 수행 시 각종 물질들이나 단백질들끼리 상호결합을 해야 한다. 이런 결합성을 결정짓는 것들이 단백질의 3차원 구조이기 때문에 단백질 구조연구는 중요하다. 이 논문에서는 단백질 구조데이터 및 관련된 구조정보의 통합된 데이터베이스를 구축하고 웹 환경에서 질의된 단백질과 유사성 비교를 진행하여 그 결과 및 연관된 정보를 검색하여 체계적으로 정보를 제공하는 단백질 구조 비교시스템을 제안한다. 제안 시스템을 구축하기 위하여 공개용 단백질 구조데이터 저장소인 Protein Data Bank의 플랫파일에서 필수적인 구조데이터정보만을 추출하여 여기에서 단백질의 하위구조 생성 알고리즘을 적용하여 데이터베이스를 구축한다. 사용자가 인터넷을 통하여 진행한 질의는 하위구조처리 모듈을 통하여 하위구조를 생성하고 구조유사부분에 대해 RMSD값이 계산되고 이와 연관된 구조정보의 검색이 진행 된 후 체계적으로 출력화면에 보여준다. 제안 시스템은 단백질의 전체적인 서열과 구조 정보를 이용하지 않고서, 단백질 기능을 결정하는 핵심영역을 포함하는 표면을 효과적으로 비교함으로써 기존의 구조비교 시스템보다 빠른 검색과 상세한 분석을 지원한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.11c
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• pp.1887-1890
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• 2002

새롭게 발견되는 단백질의 구조와 기능 예측에 사용되는 모티프는 단백질 원시 데이터가 빠르게 증가함에 따라 그 중요성 역시 나날이 증가하고 있으며 이러한 모티프에 대한 다양한 서열 메소드들과 데이터베이스들이 개발되었다. 그러나, 이러한 모티프 데이터베이스들은 각각 이질적인 데이터 구조를 지니고 독자적으로 개발, 개발되어 왔기 때문에 서로 다른 형태의 검색 결과를 제공한다. 따라서 사용자는 각 데이터베이스에서 사용하는 데이터 구조들에 대한 전반적인 지식을 습득해야 하며 모티프 데이터베이스들 각각에 대해 중복된 반복 검색 작업들을 수행하여야 한다. 따라서 이 논문에서는 이러한 문제 해결을 위해, 각각의 모티프 데이터베이스들에서 제공하는 자원을 분해하고, 합병하는 과정을 거쳐 하나의 통합된 모티프 데이터베이스를 구축하였고, 기존의 데이터베이스에서 지원하지 못했던 단백질 3차 구조정보, 분류 정보의 지원을 가능케 하였고, 각 멤버 데이터베이스 검색 메소드의 장점을 그대로 적용할 수 있는 메타 엔진을 설계하여 사용자 편의적 검색 환경을 제공한다.

• Proceedings of the Korea Multimedia Society Conference
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• 2000.04a
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• pp.311-314
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• 2000

분자 생물학의 발전염기서열, 단백질 서열, 지놈 서열 등의 서열데이터베이스와 단백질 3차구조를 제공하는 구조 데이터베이스등이 구축되어서 웹을 통해 많은 정보를 제공하고 있다. 전세계적으로 분산되어 있는 다양한 생물정보 데이터베이스의 효율적인 검색을 위해서 통합 검색 시스템의 개발이 필요하다. 이 논문에서는 전세계의 생물정보 데이터베이스의 개발 현황을 보이고 분산되어 있는 생물정보데이터베이스로부터 통합검색을 위한 생물정보 통합검색시스템(GenPlus)를 제안하였다. 제안한 GenPlus 에서는 염기 서열, 단백질서열, 그리고 키워드를 이용한 서열정보, 구조정보,완전한 지놈 정보, 그리고 문헌정보의 통합 검색을 제공한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10c
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• pp.160-162
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• 2002

서열 시퀀싱을 통해 등장하는 원시 데이터들을 대상으로 유사한 서열과 기능 예측에 사용되는 모티프 데이터베이스들은 원시 데이터 생성 속도가 빠르게 증가함에 따라 그 중요성 또한 나날이 증가하고 있다. 그러나, 이러한 모티프 데이터베이스들은 서로 독자적으로 개발되고 발전되어 왔기 때문에 각각 서로 다른 형식의 데이터를 사용하고 있어 이에 대한 검색결과도 데이터베이스마다 서로 이질적인 형태로 제공하고 있다. 그러므로 사용자는 각 데이터베이스에서 사용하는 데이터 구조들에 대한 전반적 지식을 습득해야 할 뿐만 아니라 중복된 반복 검색 작업을 하여야 한다. 따라서, 이 논문에서는 이러한 문제 해결을 위해 독립적인 모티프 데이터베이스들의 자원을 분해하고, 합병하는 과정을 거쳐 하나의 통합된 모티프 데이터베이스를 구축하였다. 또한 데이터베이스의 각 엔트리당 단백질의 3차 구조 정보, 분류 정보, 샘플 정보의 지원을 가능케 하여 기존 검색 조건을 개선하였다. 이 데이터베이스 구축으로서 사용자는 모티프 데이터베이스 검색에 대한 streamline적인 검색이 가능할 뿐만 아니라 기존의 통합된 데이터베이스에서 지원되지 못한 구조 정보, 분류 정보 검색을 가능케 하였다.

• Proceedings of the IEEK Conference
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• 2003.07d
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• pp.1581-1584
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• 2003

Method which store to database from XML Document, especially related database, is general using extra middle-ware and using context mapping through parsing. It is seemed to most suitable method in an instant.