Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2009.04a
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  • Pages.369-371
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  • 2009
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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Designing of Comparison System for Protein Tertiary Substructure Database

단백질 3차 하위구조 비교 시스템 설계

  • Yu, Nam Hee (Database/Bioinformatics Laboratory Chungbuk National University) ;
  • Jung, Kwang Su (Database/Bioinformatics Laboratory Chungbuk National University) ;
  • Sohn, Gyo Yong (Database/Bioinformatics Laboratory Chungbuk National University) ;
  • Chung, Yong Je (Division of Life Science Chungbuk National University) ;
  • Ryu, Keun Ho (Database/Bioinformatics Laboratory Chungbuk National University)
  • 유남희 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스연구실) ;
  • 정광수 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스연구실) ;
  • 손교용 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스연구실) ;
  • 정용제 (충북대 생명과학부) ;
  • 류근호 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스연구실)
  • Published : 2009.04.23
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Abstract

생명체 내에서 기능 수행 시 각종 물질들이나 단백질들끼리 상호결합을 해야 한다. 이런 결합성을 결정짓는 것들이 단백질의 3차원 구조이기 때문에 단백질 구조연구는 중요하다. 이 논문에서는 단백질 구조데이터 및 관련된 구조정보의 통합된 데이터베이스를 구축하고 웹 환경에서 질의된 단백질과 유사성 비교를 진행하여 그 결과 및 연관된 정보를 검색하여 체계적으로 정보를 제공하는 단백질 구조 비교시스템을 제안한다. 제안 시스템을 구축하기 위하여 공개용 단백질 구조데이터 저장소인 Protein Data Bank의 플랫파일에서 필수적인 구조데이터정보만을 추출하여 여기에서 단백질의 하위구조 생성 알고리즘을 적용하여 데이터베이스를 구축한다. 사용자가 인터넷을 통하여 진행한 질의는 하위구조처리 모듈을 통하여 하위구조를 생성하고 구조유사부분에 대해 RMSD값이 계산되고 이와 연관된 구조정보의 검색이 진행 된 후 체계적으로 출력화면에 보여준다. 제안 시스템은 단백질의 전체적인 서열과 구조 정보를 이용하지 않고서, 단백질 기능을 결정하는 핵심영역을 포함하는 표면을 효과적으로 비교함으로써 기존의 구조비교 시스템보다 빠른 검색과 상세한 분석을 지원한다.

Keywords