• The Journal of Korean Society of Virology
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• v.26 no.1
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• pp.107-114
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• 1996

본 연구는 인간면역결핍바이러스의 입자를 비이온성 계면활성제로 처리할 때 바이러스 입자구조에서 분리되어 방출되는 바이러스 구조단백질들의 분포를 sucrose gradient로 분석하여, 바이러스 입자를 구성하는 바이러스 구조단백질과 바이러스입자의 생물리학적 특성을 연구하였다. 바이러스입자들을 0.16% NP40 (Nonidet P-40)으로 처리할 때, 바이러스 capsid 단백질과 바이러스 막 단백질 (membrance protein)들은 다른 바이러스 구성성분들과 잘 분리되었다. 계면활성제처리에서 방출되지 않은 구성 성분들은 matrix 단백질, nucleocapsid 단백질, reverse transcriptase, integrase 및 바이러스 RNA genome로써, 이들은 subviral 구조를 형성한다. 이러한 결과는 상대적으로 다른 바이러스들의 capsid 단백질과 면역 결핍 바이러스의 capsid 단백질 (p24)를 비교할 때, 면역결핍바이러스의 capsid 단백질은 바이러스핵을 형성할 때, capsid 단백질 사이의 결합력이 매우 약한 것으로 추정된다. 또한 바이러스 조절단백질의 하나인 vpr 단백질을 함유하는 바이러스입자를 NP40 처리하여 분석하였을 때, vpr 단백질은 subviral 구조에 존재하는 것으로 나타났다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2016.05a
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• pp.189-190
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• 2016

바이러스는 RNA나 DNA의 유전물질과 그것을 둘러싸고 있는 최소한의 단백질들만으로 구성되어 있기 때문에 바이러스가 증식하기 위해서는 숙주세포에 침투하여 전적으로 숙주의 복제 기구를 이용해야만 한다. 하지만 아직까지 뎅기 바이러스의 감염 및 복제 기전은 명확하게 밝혀지지 않았다. 이에 본 연구에서는 바이러스의 감염 및 복제기전에 대한 유용한 정보를 도출하기 위하여 사람 단백질과 뎅기 바이러스 단백질의 상호작용(Hu-DV PPI) 네트워크를 분석하였다. 우선 문헌조사를 통하여 실험적으로 검증된 뎅기 바이러스 단백질(9개)과 상호작용하는 사람 단백질(149개)을 추출하였으며, 이 정보를 이용하여 사람-뎅기 바이러스 단백질 상호작용 네트워크를 구축하였다. 이 네트워크를 기반으로 바이러스 감염 전/후의 네트워크 구조 및 특성을 분석하였으며, 이 정보를 바탕으로 감염경로를 탐색하였다.

• The Journal of the Korea Contents Association
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• v.8 no.1
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• pp.259-271
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• 2008

We propose a protein function finding algorithm that is able to predict specific molecular function for unannotated proteins through domain analysis from protein-protein network. To do this, we first construct protein-protein interaction(PPI) network in Saccharomyces cerevisiae from MIPS databases. The PPI network(proteins; 3,637, interactions; 10,391) shows the characteristics of a scale-free network and a hierarchical network that proteins with a number of interactions occur in small and the inherent modularity of protein clusters. Protein-protein interaction databases obtained from a Y2H(Yeast Two Hybrid) screen or a composite data set include random false positives. To filter the database, we reconstruct the PPI networks based on the cellular localization. And then we analyze Hub proteins and the network structure in the reconstructed network and define structural modules from the network. We analyze protein domains from the structural modules and derive functional modules from them. From the derived functional modules with high certainty, we find tentative functions for unannotated proteins.

• Journal of Animal Science and Technology
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• v.45 no.5
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• pp.731-738
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• 2003

The technique known as proteomics is useful for characterizing the protein expression pattern of a particular tissue or cell type as well as quantitatively identifying differences in the levels of individual proteins. In present study, we carried out the comparative expression patterns of white and red muscles. We used the two-dimensional electrophoresis(2-DE) for analyzing the protein expression. Proteins isolated from porcine white and red muscles were separated by 12% poly-acrylamide gel and then were detected by coomassie blue and silver staining. More than 600 protein spots were detected on each 2-DE gel. By visual analysis of the stained gel, five proteins were identified to be differentially expressed in the white vs red muscle. By database searching based on the molecular weights and pI(isoelectric point) of the five proteins, three of them were found to be most close to troponin I, T and myoglobin. However, further researche is needed for identification and functional analysis of the unidentified proteins. In conclusion, we found five proteins, which are differentially expressed in the white vs red muscle. The functional analysis of the differentially expressed proteins will provide valuable information on biochemical characteristics of the muscle type.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• v.62 no.3
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• pp.251-255
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• 2019

The effect of soaking temperature on the moisture uptake and the protein loss of soybeans during soaking process investigated. As the soaking temperature increased, the soaking rate significantly increased and Peleg model was suitable for describing the soaking characteristics of the soybean with high $R^2$ values (>0.991). The soaking time to achieve the target moisture content of soybean (130%) was estimated to be 12.6, 3.11 and 2.31 h at 25, 35 and $45^{\circ}C$, respectively. Peleg model well described the protein loss kinetics of soybean during soaking with high $R^2$ values (>0.941). The results showed that the protein loss of soybean at the target moisture content were 35.2, 93.1 and 103.0 mg/g at 25, 35 and $45^{\circ}C$, respectively. In this study, the optimum soaking condition for quality of soybean was 12.6 h of soaking time at $25^{\circ}C$.

• Bulletin of Food Technology
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• v.15 no.2
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• pp.3-24
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• 2002

펩타이드와 단백질은 전사, 번역, 후번역 단계에 걸친 모든 생물학적 반응을 조절한다. 그러나 분자수준에서 구조와 기능에 대한 우리의 이해는 초보적인 수준이다. 구조와 기능의 연관성에 대한 문제는 펩타이드와 단백질 자체에 대한 것과는 좀 다르다는 것을 명확히 할 필요가 있다. Multidomain을 갖는 단백질은 작고 통합적이며, 구조적으로 제한된 부분으로 쪼개는 것은 천연 단백질의 활성을 모방하여 저분자의 nonpeptide를 설계하는데 있어서 주요한 일이다. 결정적인 역할을 수행하는 domain을 모방하는 것은 특이성과 치료 효과에 있어서 자연적으로 얻어지는 단백질 물질과 비교하여 이로운 특성을 갖을 수 있고 분자 인지 분야에 관한 연구에 유용한 단서를 제공한다(Chen etal., 1992). 한편 펩타이드는 환경에 의해 구조가 심하게 영향을 받아 특성이 쉽게 변한다(Marshall et al., 1978). 수용액 내에서 이러한 구조적 유동성 때문에 그들이 결합할 수용체나 생리활성을 띄는 구조를 결정하는 것은 어렵고 복잡한 일이다(Fauchre,1987; Hruby, 1987). 구조를 한정하면 이러한 결정을 매우 쉽게 할 수 있다(Hrubyet al., 1987). 단백질 모방학은 분자지각 연구에 강력한 수단이며, 복잡한 단백질과 펩타이드의 구조-기능관계를 탐구하고 분석하는데 독특한 방법이다. 이 장에서는 매우넓고 빠르게 확장되고 있는 Peptidomimetic연구를 간략히 소개하고 있다. 단 본문은 기술 범위를 N-Methylated 아미노산과 스테로이드 등으로 제한하여 소개한다.

• KSBB Journal
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• v.9 no.2
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• pp.174-179
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• 1994

Chitin was isolated from crab shell wastes and characterized for its chemical and physical properties. White powdered chitin was obtained through demineralizaticn, deproteinization and decoloration process. The contents of inorganics was less than 0.5%, whereas protein and lipid were almost removed. The results of IR spectroscopic analysis for the isolated chitin showed similar characteristics with that of Sigma product. Degree of deacetylation of purified chitin was significantly higher than Sigma product and viscosity average molecular weights was $2.3{\times}10^5~3.2{\times}10^5$. SEM analysis showed that the obtained chitin had the fibril shaped morphology.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.15D no.5
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• pp.681-690
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• 2008

In proteomics research, the identification of differentially expressed proteins observed under specific conditions is one of key issues. There are several ways to detect the change of a specific protein's expression level such as statistical analysis and graphical visualization. However, it is quiet difficult to handle the spot information of an individual protein manually by these methods, because there are a considerable number of proteins in a tissue sample. In this paper, using database and data mining techniques, the application plan of OLAP data cube and Discovery-driven exploration is proposed. By using data cubes, it is possible to analyze the relationship between proteins and relevant clinical information as well as analyzing the differentially expressed proteins by disease. We propose the measure and exception indicators which are suitable to analyzing protein expression level changes are proposed. In addition, we proposed the reducing method of calculating InExp in Discovery-driven exploration. We also evaluate the utility and effectiveness of the data cube and Discovery-driven exploration in the lung cancer 2-DE gel image.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2005.11a
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• pp.513-516
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• 2005

단백질 2DE 이미지 분석의 주요작업은 스팟 매칭에 의한 동일한 종류의 단백질 그룹인 패어링 클래스를 구성하는 것으로서 단백질간의 상호 작용, 질병에 관련한 단백질의 변화 등을 관찰할 수 있다. 하지만 2DE 실험의 여러 가지 문제점으로 인하여 패어링 클래스는 먼지, 공기방울 등 에러를 포함하게 되며 이런 에러들은 왜곡된 분석결과를 초래한다. 따라서 본 논문에서는 동일한 조직에서 같은 종류의 단백질은 발현량이 비슷하다는 특성을 이용하여 패어링 클래스의 개개의 스팟을 참조 스팟 속성으로 나눈 값을 유사도로 정의하고, 스팟의 유사도가 사용자에 의하여 선택되는 필터링 배수에 의한 범위를 벗어날 때 에러 스팟으로 간주하여 제거되는 에러 필터링 기법을 제안한다. 실험에서는 정확도(Precision), 재현율(Recall) 및 조화평균(Harmonic-mean) 값을 사용하여 제안된 필터링 기법의 타당성을 보여준다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2014.03a
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• pp.263-274
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• 2014

펩타이드 중합체의 이차 구조는 화학적, 생물학적 기능을 갖는 단백질 삼차 구조를 결정하는 중요한 구성요소이다. 이러한 단백질의 이차구조에 대한 정보는 치매, 광우병과 같은 단백질 응집관련 질병에서 응집유발 단백질의 형성과정 및 안정도와 밀접한 연관이 있다. 본 연구는 폴리알라닌을 모델 펩타이드로 선택하여, 이들의 가능한 7가지 이차구조들에 대한 구조적, 열역학적 특성을 계산화학방법을 통해 비교 분석하였다. 우선 기체상에서 7가지 구조들의 구조최적화를 통해 상대적 안정도를 비교하였고, 나아가 EDISON의 용매화 자유 에너지의 열역학적 계산방법을 통해 수용액상에서의 상대적인 안정도와 그 원인을 비교, 분석하였다. 특히, 기체상에서와 수용액상애서 폴리알라닌 이차구조들의 상대적 안정도가 바뀌는 원인에 대해, 폴리알라닌의 구조적 특징과 수소결합과의 상관관계를 통해 규명하였다. 본 연구에서 밝힌 단백질 이차 구조의 상대적 안정도 및 물과의 상관관계에 미치는 구조적, 열역학적 원인은 응집 유발 단백질에서 제시된 특정 이차 구조의 선택적 안정성에 대한 근거를 제시하며, 그 기작을 이해하는 중요한 단서를 제공한다.