• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.06a
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• pp.28-30
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• 2006

텍스트마이닝(text mining) 기법을 통해 생물학 문헌으로부터 단백질 이름과 그들 간의 상호 관계를 추출하는 시스템이 제안된 바 있다[1]. 이 시스템에서 단백질 이름을 추출하는 과정을 패턴 일치 오토마타(PMA: Pattern Matching Automata)라는 방법을 이용하여 좀 더 유연하고 높은 성능을 가지도록 개선할 수 있었다. 본 논문은 예제를 통해 PMA의 학습, 테스트 과정과 결과를 설명함으로써 단백질 이름 추출작업에서의 PMA의 가능성과 성능 향상을 위한 앞으로의 방안을 제시한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.06a
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• pp.73-75
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• 2006

생물체 내에서 중요 생물학적 기능을 수행하는 기본 단위인 단백질 및 이들의 상호작용 대한 많은 연구가 이루어져 다양한 생물체에 대한 단백질 상호작용 데이터베이스가 구축되었다. 본 논문에서는 효모에 대해 공개되어있는 단백질 상호작용 데이터를 이용하여 새로운 단백질 상호작용을 예측하는 방법을 제안한다. 논문에서는 문헌에서 연관 정보를 효율적으로 찾아내기 위하여 제안된 연관개념공간 탐색 방법을 확장하여 단백질 상호작용 예측에 사용한다. 단백질들은 각각이 가지는 다양한 속성들의 벡터로 간주되며, 상호작용은 해당 단백질들의 연관성을 통해 이루어지는 것으로 표현된다. 상호작용하는 두 단백질들의 속성은 단어의 공동 출현과 같이 고려되어 단백질 상호작용은 두 단백질 벡터의 요소로 표현되고 벡터의 요소 속성들 간의 연관성을 표현하기 위해 연관속성개념공간으로 사상되어 공간상의 거리 기반으로 연관속성을 추출한다. 추출된 연관속성을 최대로 포함하는 단백질들 간의 상호작용을 예측하는 방식으로 단백질 상호작용을 예측한다. 논문에서 제안한 방법은 효모의 단백질 상호작용 예측에 대해 평균 약 91.8%의 예측 정확도를 보여, 연관속성개념공간을 이용한 방법이 단백질 상호작용을 예측하는 또 다른 대안으로 사용 될 수 있음을 확인하였다.

• Korean Journal of Fisheries and Aquatic Sciences
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• v.19 no.6
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• pp.521-528
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• 1986

In this paper, proteolytic activity of the tissue extracts from the internal organs such as alimentary canal, pancreas, pyloric caeca, stomach, liver and spleen of mackerel, Scomber japonicus, and sardine, Sardinops melanosticta, was compared with each other under the optimum reaction condition. The proteinases distributed in alimentary canal, pancreas, pyloric caeca and spleen were active in alkaline pH range, but those in stomach were shown the activity in acid pH range, furthermore those in liver were exhibited the activity in acid, neutral and alkaline pH range. The proteinases distributed in the internal organs of both fish were stable at the heat treatment of $45^{\circ}C$ for 5 minutes. The proteinases from stomach and pyloric caeca of the two fish and those from pancreas of sardine were less stable than those from any other internal organs of both fish. Whereas the proteinases from spleen and neutral proteinases from liver were shown to be stable by the heat treatment at $55^{\circ}C$ for 5 minutes. The proteinases from pyloric caeca of both fish, and stomach, pancreas and spleen of mackerel were stable during the whole storage days at $5^{\circ}C$, but the other proteinases were slowly inactivated after 14 days of storage. The enzymes were seemed to be more stable in the storage at $-15^{\circ}C$ than at $5^{\circ}C$.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2011.05a
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• pp.347-348
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• 2011

단백질 상호작용 네트워크에 대한 분석은 거시적인 생물학적 현상을 이해하는 하나의 수단으로써 보편적인 연구방법으로 활용하고 있다. 매우 복잡한 단백질 상호작용 네트워크로부터 유용한 정보를 도출하는 연구의 일환으로 우리는 단백질 네트워크에 있는 단백질들이 KEGG 경로에 있는 생체대사와의 연관성을 분석하였다. 여기서 구축된 네트워크를 KEGG 경로 흐름 네트워크로 명명하고 두 네트워크 사이의 연관성을 분석하였다. 이를 위해 피루브산 탈수소 효소 및 알파-케토글루탐산 탈수소 효소 2차 상호작용 네트워크의 전체 단백질 목록을 기반으로 각각의 KEGG 경로들을 추출하였다. 각 KEGG 경로들에 나타난 단백질들을 통해 KEGG 경로 흐름 네트워크를 구축하였고 이 흐름 네트워크에 포함된 단백질의 분류를 통하여 유용한 정보를 추출하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.286-288
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• 2005

본 논문에서는 tree kernel을 이용 '단백질-단백질 작용' 내용 포함 문장의 추출 방법을 제시한다. Tree kernel은 convolution kernel의 하나로서, 이를 이용하여 파싱 트리(parsing tree)로 표현된 문장을 데이터로 하여 '단백질-단백질 작용' 내용을 포함하고 있는 문장을 그렇지 않은 문장으로부터 분류할 수 있다. 문장 전체를 데이터로 사용하는 것보다 관련 영역을 서브트리(sub-tree)로 추출하여 사용한 것이 더 효과적임을 확인할 수 있었고, kernel계산에 있어 파싱 트리의 태그 내용이 중요한 역할을 하기 때문에 이를 '단백질-단백질 작용'의 의미를 반영할 수 있도록 semantic하게 변환한 효과 및 트리의 길이에 따른 영향도 실험해 보았다. 문제에 사용된 데이터의 양이 다소 적었지만, 데이터 표현 방식에 따라 파싱이나 패턴기법을 이용한 기존의 방법과 비교해 좋은 성능을 보일 수 있다는 가능성을 확인할 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2004.11a
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• pp.64-73
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• 2004

세포 내에서 일어나는 신호 전달 과정은 단백질간의 상호작용을 통해 수행되고 조절된다. 단백질 상호작용 데이터를 활용하여 수행된 연구로는 단백질의 기능을 유추하거나 전체 네트워크 중 다른 지역보다 더 조밀한 상호작용을 추출하여 complex 혹은 pathway를 발견하고 진화 과정을 이해하는 바탕이 되고 있다. 본 연구에서는 신호 전달 경로에 대한 사전 정보 없이 yeast 상호작용 정보와 녹색형광단백질(GFP)을 이용하여 밝혀진 4000여 개의 yeast 단백질 위치 분포 data를 이용하여 신호전달경로를 찾는 방법을 시도했다. 기존 연구에 의해 밝혀진 yeast 내의 단백질 위치 분포 결과를 보면 21개의 category에 대해 각 단백질 상호작용 분포가 다양하게 나타나고, 특정 위치에서 상호작용 빈도수가 현저히 크다는 것을 알 수 있다. 특히 두 단백질이 같은 장소에 있을 경우 상호작용 확률이 높으며, 세포 내 소기관 사이에도 상호작용의 정도가 다양함이 알려져 있다. 따라서 이러한 분포상의 특성을 고려하여 상호작용을 기반으로 하여 세포막 단백질을 출발점으로, 핵에 있는 단백질을 도착점으로 잡고, 그 사이에 존재하는 다양한 가능 경로 중에서 단백질의 위치 정보를 가중치로 사용하여 그 중 최대 가능 경로를 찾도록 구현하였다. 이와 같은 pathway 모델링은 기존에 밝혀진 pathway와의 비교를 통해 알려지지 않은 새로운 경로를 발견하고, 이전에 경로에 참여하지 않은 단백질들을 발견할 수 있고, 이미 알려진 단백질들의 새로운 기능들에 대해서도 추론할 수 있을 것이라 기대한다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• v.30 no.3
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• pp.227-230
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• 1992

Spirometra mansoni plerocercoid (sparganum) was incubated in saline at $4^{\circ}C{\;}or{\;}37^{\circ}C$ up to 100 hours. Protein contests in the excretory$.$secretory product (ESP) were rather constant (mean 7.7 mg of protein/gram of sparganum) in the preparations. Reducing SDS-PAGE of ESP showed similar protein subunit compositions with those in crude extract. Antigenic 36 and 31 kDa Proteins were major bands in ESP. ESP exhibited specific activities of protease(2.9~5.3 units/mg) at pH 6.0 and pH 7.5. Presence of protease activity in ESP may be a supporting evidence that hitherto known cysteiRe protease of sparganum is possibly secreted.

• Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
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• v.31 no.2
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• pp.329-332
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• 2002

We investigated the effect of Sarcodon aspratus extract on expression of cell cycle regulators. Methanol extract of Sarcodon aspratus showed a growth suppression on HepG2. As shown by western blot analysis, the expressions of cyclin A and Dl known as cell cycle regulators were decreased after treatment of Sarcodon aspratus extract. On the other hand, the expression of cyclin Bl was increased in the presence of Sarcodon aspratus extract. Furthermore, the expression of p53, a tumor supressor gene, and p27, a cell cycle dependent protein kinase inhibitor, were increased, whereas the expression of PCNA was decreased. In conclusion, our study suggests that growth inhibitory effect of Sardodon aspratus methanol extract on HepG2 is induced by cell cycle arrest in the Gl phase caused by decrease in cyclin A, Dl expressions and increases in p53, p27 expression.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.14 no.3
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• pp.193-207
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• 2009

Intracellular signal transduction is achieved by protein-protein interaction. In this paper, we suggest high performance algorithm based on Yeast protein-protein interaction and protein location information. We compare if pathways predicted with high valued weights indicate similar tendency with pathways provided in KEGG. Furthermore, we suggest extracted results, which can imply a discovery of new signaling pathways that is yet proven through experiments. This will be a good basis for research to discover new protein signaling pathways and unknown functions of established proteins.

• Annual Conference of KIPS
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• 2006.11a
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• pp.673-676
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• 2006

생명현상을 이해하기 위해서는 단백질의 기능 규명이 이루어져야한다. 단백질 기능 규명을 위한 서열분석 방법은 서열 상동성이 현저히 낮은 경우 단백질 기능 예측이 불가능하고, 과거의 전체적인 단백질 구조 분석을 통한 기능 예측의 문제점이 보고되고 있다. 이 논문에서는 기능상 중요한 의미를 가지고 있는 단백질의 특정하위구조의 기하학적 특징을 추출하여 이 특징과 잔기의 위치와의 관계를 규명하였다. 또한 NaiveBayes, SVM, C4.5의 분류알고리즘을 이용하여 각 알고리즘별 분류성능을 평가하였다. 기능상 중요한 의미를 가지고 있는 특정하위구조를 비교함으로써 모르는 단백질의 기능을 예측할 수 있다.