• 정보처리학회논문지B
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• 제17B권1호
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• pp.79-84
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• 2010

두 개의 이차원 단백질 전기영동 영상에서 한쪽 영상의 각 반점이 다른 영상의 어느 반점과 일치하는 지 알아내는 일은 단백질의 생성과 소멸, 변이 등을 알 수 있게 하는 중요한 일이다. 단백질 반점은 주로 2차원 전기영동에 의해 분리된다. 이 과정은 조직의 상태, 실험 조건 등에 따라 같은 단백질이라도 그 위치가 조금씩 다르게 된다. 각 반점을 정합하여 보면 균일하지 않은 비선형 변환 관계를 이룬다. 그러나 국지적으로 보면 반점 사이의 토폴로지가 유지되는 것을 볼 수 있다. 본 연구는 이러한 토폴로지의 유지에 착안하여 반점끼리 정합하는 방법을 제안한다. 토폴로지의 유사성을 비교하기 위하여 이웃한 반점과의 거리와 각도를 비교하였다. 실험을 통하여 제안한 방법이 우수함을 보였다.

• 정보처리학회논문지B
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• 제13B권3호
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• pp.323-328
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• 2006

단백질 분석에 사용하는 이차원 젤 영상에서 단백질은 반점으로 나타난다. 같은 세포에서 추출한 두 젤 영상을 비교하면 같은 단백질은 비슷한 위치의 반점으로 나타난다. 정상 세포와 암 세포의 젤 영상을 비교하면 달라진 단백질을 알 수 있으므로 이는 신약개발의 중요한 정보가 된다. 젤 영상은 생물학적 실험 방법으로 만들어지므로 반점의 위치가 일정하지 않아 자동으로 정합하기 매우 어렵고, 이 문제는 NP-hard임이 밝혀졌다. NP-hard 문제를 푸는 방법으로 신경회로망이 널리 쓰이므로 그 중 젤 영상 정합에 적당한 홉필드 신경망으로 문제를 해결하였다. 두 젤 영상의 반점의 위치와 거리를 매개변수로 하는 에너지 함수를 정의하였고, 이 에너지 함수가 최소로 되는 두 반점이 같은 단백질이라 판정한다. 에너지 함수는 검토중인 반점뿐만 아니라 이웃한 반점도 함께 검사하도록 하여 단순한 거리 개념만이 아니라 전체 반점의 형태를 반영하도록 하였다.

• 정보처리학회논문지B
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• 제12B권3호
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• pp.239-246
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• 2005

생물학자가 단백질을 검색하고 분석하기 위해서는 2차원 젤 전기영동(2DGE : Two Dimensional Gel Electrophoresis) 실험을 해야 한다. 실험 결과는 2차원 영상이 생성된다. 2차원 영상에서 단백질 반점의 패턴 분석을 위해 2차원 젤 영상에 펼쳐진 단백질 반점들을 영상처리를 통해 분할하고, 대조 그룹의 단백질 패턴과 비교분석을 통해 밝히고자하는 단백질 반점을 찾아내야 한다. 단백질 반점을 분할하는 알고리즘에 있어서 기존에는 가우시안 함수를 적용하였지만, 최근 들어 형태학 분리개념에 의한 Watersheds 영역기반 분할(Watersheds region-based segmentation) 알고리즘을 활용하고 있다. 그러나 Watersheds 영역기반 분할 알고리즘은 크기가 큰 영상에서 원하는 영역을 신속하게 분할한다는 장점이 있지만, 영상 화소의 그레이 값이 연속적인 경우 실제 반점의 개수 에 비해 과다분할(over-segmentation)되거나 과소분할(under-segmentation)의 문제점을 안고 있다. 이는 마커(marker) 포인트의 설정에 의해 어느 정도 해결할 수 있지만 병합(merge)과 분할(split) 과정을 반복해야 한다. 본 논문은 Watersheds 기반 계층적 이진화 기법을 적용하여 마커 드리븐 Watersheds 영상분할의 문제점을 해결하고자 한다.

• 정보처리학회논문지B
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• 제15B권6호
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• pp.561-574
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• 2008

2차원 전기영동 영상 분석 프로그램의 반점 검출 단계는 영상 분할 알고리즘을 사용해서 겔 영상을 반점 영역으로 분할하고 각 반점 영역을 반점 형태 모형에 정합하여 다음 단계에 필요한 반점 정보를 정량화한다. 현재 영상 분할 알고리즘으로는 분수령 기법이 일반적으로 사용되며, 대표적인 반점 형태 모형으로는 가우스 모형, 확산 모형이 있다. 확산 모형이 가우스 모형보다 실제의 반점 형태에 좀 더 가깝기는 하지만, 반점 형태는 매우 다양하며 특히 x-축과 y-축에 대해서 비대칭적인 형태를 보인다. 반점이 비대칭적 형태인 이유는 2-DE 처리가 통상 이상적인 환경 하에서 이루어질 수 없기 때문에 단백질이 완전히 확산되지 못하기 때문으로 알려져 있다. 따라서 본 논문에서는 비대칭 확산 모형을 제안한다. 비대칭 확산 모형은 초기에는 단백질이 하나의 원으로부터 확산되지만, 시간이 흐름에 따라 x-축과 y-축에 대해서 비대칭적으로 확산된다고 가정한 모형이다. 실험으로서 19개의 겔 영상에 대해서 세 모형별로 반점 정합을 수행하고 세 모형의 비교를 위해서 SNR의 평균을 구하였다. 실험결과인 SNR의 평균은 가우스 모형이 14.22dB, 확산 모형이 20.72dB, 비대칭 확산 모형이 22.85dB이었다. 실험결과로써 비대칭 확산 모형이 가우스 모형과 확산 모형에 비해서 반점 정합에 보다 더 효율적이며 적합한 모형임을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제17권12호
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• pp.1627-1633
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• 2007

c-Jun N-terminal kinase (JNK)-interacting protein 1(JIP1)은 비계단백질(scaffold protein)로서 신경 세포와 ??장${\beta}$세포에서 많이 발현된다. 본 연구에서는 배양한 흰쥐 해마신경세포에서 JIP1, JIP-2 및 JIP-3을 모두 인식하는 항체를 이용하여 이들의 세포내 표현을 조사하였다. 전반적으로 JIP은 세포체와 가지돌기에 반점 모양으로 표현되었다. 이 JIP 반점들을 통계적으로 분석한 결과 흥분성 연접후표지인 PSD95 및 ${\alpha}CaMKII$ 반점 과 각각 $54.8{\pm}4.0%$ 및 $94.1{\pm}4.5%$가 겹쳐졌다. 반면에 억제성 연접후표지인 그리신수용체 및 gephyrin 반점과는 각각 단지 $8.6{\pm}0.5%$ 및 $7.3{\pm}0.5%$만 겹쳐졌다. 한편 lipid raft의 표지인 flotillin 반점의 상당부분$(29.3{\pm}1.0%)$이 JIP 반점과 겹쳐졌다. 또한, JIP은 일부 가지돌기의 끝부분에 매우 강하게 발편되었으며 축삭에는 표현이 미미하였다. 이 결과들은 JIP 단백질이 흥분성 연접후구역, 일부 lipid raft, 그리고 일부 가지돌기 끝부분에 주로 위치함을 의미한다.

• 한국환경농학회지
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• 제5권2호
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• pp.106-112
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• 1986

Ozone가스에 의(依)한 수도엽(水稻葉)의 생화학적변화(生化學的變化)를 구명(究明)하기 위(爲)하여 수도(水稻)의 서광(曙光)벼와 진주(眞珠)벼를 공시(供試)하여 분벽기(分蘗期)에 0.3ppm의 Ozone가스를 0, 1, 3, 5, 시간별(時間別)로 접촉(接觸)한 후(後) 피해엽율(被害葉率)과 효소(酵素)의 활성(活性), Flavonoid, 단백질함량(蛋白質含量)을 조사(調査)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. Ozone가스의 급성피해증상(急性被害症狀)은 은백색(銀白色)의 반점(斑點)이고 만성피해증상(慢性被害症狀)은 적갈색(赤葛色)의 반점(斑點)으로 나타났다. 2. 피해엽(被害葉)의 적갈색(赤褐色)의 피해반점(被害斑點)은 주(主)로 잎의 전면(前面) 기공주변(氣孔周邊)에 발생(發生)되었다. 3. 서광(曙光)벼가 진주(眞珠)벼보다 엽피해율(葉被害率)이 적었다. 4. Ozone가스 접촉(接觸)으로 엽중(葉中) peroxidase 및 polyphenol oxidase활성(活性)이 증가(增加)되었다. 5. 피해후(被害後) 시간(時間)이 경과(經過)함에 따라 진주(眞珠)벼가 서광(曙光)벼보다 peroxidase활성(活性)이 높았다. 6. peroxidase를 전기영동(電氣泳動)한 결과(結果) 대조엽(對照葉)과 피해엽간(被害葉間)에 band의 차이(差異)가 있었다. 7. Ozone가스피해(被害)로 엽내(葉內) Flavonoid 및 환원당함량(還元糖含量)이 증가(增加)하고 단백질함량(蛋白質含量)이 감소(減少)하였다.

• 식물병연구
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• 제19권2호
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• pp.124-127
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• 2013

시설재배단지에서 파프리카의 열매에 검은 괴저 반점 증상이 발생하였다. 이 증상주를 전자현미경, 지표식물 검정 및 RT-PCR 분석 결과, 원인 바이러스로 PMMoV로 동정되었다. 신엽에서 병징은 약한 모틀 증상, 과경과 과일에 검은 반점이 보였지만, 성숙한 잎에서는 증상이 나타나지 않았다. PMMoV의 분리주들에 대한 Tobamovirus pathotype(P)의 판별 고추계통에 접종한 결과, 모두 $P_{1.2.3}$으로 확인되었다. 분리한 PMMoV를 건전 파프리카 유묘에 기계적 접종을 통하여 이 바이러스의 병원성을 증명하였다. PMMoV 분리주들의 외피단백질 유전자의 상동성은 96-99%였다. $P_{1.2}$인 PMMoV-P2 분리주의 외피단백질 아미노산 배열 139번째가 Met인 반면, 파프리카 분리주 모두 이 위치가 Asn으로 확인되었다. 본 논문은 파프리카에서 PMMoV pathotype $P_{1.2.3}$의 동정에 관한 우리나라 최초 보고이다.

• 생명과학회지
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• 제17권4호
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• pp.510-514
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• 2007

정조의 저장조건에 따른 이화학적 특성의 변화에 대한 상관성을 분석한 결과는 다음과 같다. 식미관련 특성들의 상관관계에서 상온저장은 식미치와 강하점도, 취반점도와 단백질 함량 간이 유의한 정의 상관관계를 보였고, 치반점도와 강하점도, 강하점도와 단백질 함량간은 유의한 부의 상관관계를 나타내었다. 저온저장에서는 식미치와 아밀로스 함량, 호화개시온도와 단백질함량간이 유의한 정의 상관을 보였고, 식미치와 백도, 식미치와 호화개시온도, 식미치와 단백질함량 간은 유의한 부의 상관관계를 나타내었다. 식미관련 특성들이 식미치에 미치는 경로계수는 상온저장에서 직접적인 정의 효과로는 아밀로스 함량이 가장 높았으며 직접적인 부의 효과로는 단백질 함량이 가장 높았으며 다음으로 Mg/K비로 나타났다. 간접적 정의 효과로는 강하점도와 단백질 함량이 가장 높았으며 단백질 함량과 강하점도, 단백질 함량과 Mg/K비의 순이었고 간접적 부의 효과로는 호화개시온도와 Mg/K비로 가장 높았으며 백도와 Mg/K비의 순이었다. 저온저장에서 직접적인 정의 효과로는 백도가 가장 높았으며 단백질함량의 순이었고, 직접적 부의 효과로는 호화개시온도가 가장 높았으며 아밀로스 함량의 순이었다. 간접적인 정의 효과로는 호화개시온도와 아밀로스 함량이 가장 높았으며 호화개시온도와 강하점도의 순이었고 간접적인 부의 효과는 백도와 호화개시온도로 나타났으며 호화개시온도와 단백질함량의 순이었다. 식미관련특성들의 식미치에 대한 중회귀분석은 상온저장에서 단백질 함량, Mg/K비, 아밀로스 함량, 호화개시온도의 5개 요인에서 0.823의 결정계수로 가장 높게 나타났고, 저온저장에서는 수분함량, 아밀로스함량, 호화개시온도, 치반점도의 5개 요인에서 0.712의 결정계수로 가장 높게 나타났다. 24.16 kcal/mol의 값을 나타내었다.로 감소되었다(35.2% vs. 77.4%; p<0.01). 실험 2에서 다양한 정자 농도에 의한 정자 침투율과 정상 수정률을 바탕으로 판단했을 때 $4.6{\times}10^6/ml$의 정자 농도가 다른 정자 농도에 비해 난구 세포부착 난자의 체외 수정에 적합한 것으로 나타났다. 체외 수정과정에서 난구 세포 부착된 상태로 수정된 난자는 나화 난자에 비해 유의적으로(p<0.05) 높은 분할률(48.8% vs. 58.9%), 배반포 형성률(11.0% vs. 22.8%)과 배반포 세포수$(22{\pm}2\;vs.\;29{\pm}2)$를 나타내었다. 본 연구의 결과로부터 돼지의 체외 수정과정에서 난구 세포의 존재는 정자 침투를 저해하지만 분할률, 배반포 형성률 및 배반포의 세포수를 증가시키는 것으로 사료된다.수의 유출입 지점에 온도센서를 부착하여 냉각수의 온도를 측정하고 냉각수의 공급량과 대기의 온도 등을 측정하여 대사열의 발생을 추정할 수 있었다. 동시에 이를 이용하여 유가배양시 기질을 공급하는 공정변수로 사용하였다 [8]. 생물학적인 폐수처리장치인 활성 슬러지법에서 미생물의 활성을 측정하는 방법은 아직 그다지 개발되어있지 않다. 본 연구에서는 슬러지의 주 구성원이 미생물인 점에 착안하여 침전시 슬러지층과 상등액의 온도차를 측정하여 대사열량의 발생량을 측정하고 슬러지의 활성을 측정할 수 있는 방법을 개발하였다.enin과 Rhaponticin의 작용(作用)에 의(依)한 것이며, 이는 한의학(韓醫學) 방제(方劑) 원리(原理)인 군신좌사(君臣佐使) 이론(理論)에서 군약(君藥)이 주증(主症)에 주(主)로 작용(作用)하는 약물(藥物)이라는 것을 밝혀주는 것이라고

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제10권2호
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• pp.135-145
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• 1990

Silver-binding nucleolar organizer regions (Ag-NORs)염색법을 이용하여 in vivo 및 in vitro에서 발암과정과 관련된 세포증식능을 검토하였다. A/J마우스에 benzo (a) pyrene을 투여하여 유발된 폐선종, 폐선암 및 Sprague-Dawley랫트에 dimethylbenz (a) anthracene투여에 의해 발생된 유선의 선암세포에서 Ag-NORs의 염색상태를 정상 조직과 비교하여 또한 정상마우스 섬유모세포인 NIH3T3에서의 Ag-NORs의 수 및 DNA 증식 억제물질인 caffeine에 의한 변화를 관찰하였다. 은친화성 NOR과련 단백질은 핵내 흑색의 반점으로 나타났으며 정상 폐조직의 세포당 Ag-NORs 수치는 0.87+0.01였으며 양성종양인 폐선종세포 및 악성종양인 폐선암세포에서는 각각 2.33+0.02, 2.56+0.45 정상 유선조직의 세포당 Ag-NORs수치는 1.21+0.16였으며 악성종양인 선암세포는 3.91+0.11로써 종양성 병변에서 유의한 증가를 보였다 (P<0.005).

• 생명과학회지
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• 제15권2호
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• pp.248-252
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• 2005

대하 새우양식장의 대하에 흰반점 증상을 나타내는 원인바이러스는 막대형의 이중막을 가지고 있었으며, 전자 현미경 관찰 결과 평균 크기가 $250\~300\times70\;nm$였고, 조직학적 병변은 위상피 등에서 핵이 비대해지는 것이 관찰되었다. 공격실험에서는 건강체의 새우에 많은 누적 폐사율을 보였다. 원인 바이러스 단백질은 21개의 밴드를 보였으며, 핵산 분석 결과 total 분자량은 114 kb로 나타났다.