• Title/Summary/Keyword: 단백질 구조 및 기능

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$CH_4-H_2-N_2 $ 기체계에서 MW-PACVD를 이용한 결정상의 합성

  • 김도근;백영준;성태연
    • Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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    • 1999.07a
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    • pp.54-54
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    • 1999
  • 다이아몬드 합성시 질소 첨가는 Cn 화합물의 합성가능성을 비롯하여 다이아몬드의 질소 도핑, 성장 속도 및 결정성 변화 등 다양한 관점에서 중요한 의미를 가지고 있다. 본 연구에서는 다이아몬드의 일반적인 합성조건에서 질소를 첨가하여 합성된 막의 형상 및 상 변화에 대해 고찰하였다. 막은 다이아몬드 전처리시킨 Si 기판위에 microwave plasma CVD 장치를 이용하여 합성하였다. 유입되는 혼합가스(CH4+H2+N2)에서 N2 첨가량을 0-95%까지 변화시켰다. 이때 CH4 농도는 5%로 고정하였고, 합성온도는 90$0^{\circ}C$-115$0^{\circ}C$까지 변화시켰다. 이와 같이 합성된 막의 표면조직 및 성장 두께를 측정하기 위해 주사전자현미경을 이용하였다. 상의 분석은 Raman, XRD 및 TEM 분석을 이용하였으며, 조성분석을 위해 XPS 및 AES를 사용하였다. 질소 첨가량에 따라 합성된 막은 첨가하지 않은 경우에 다이아몬드 결정에서 시작하여 질소첨가에 따라 결정면이 깨지는 것으로 나타났다. 그러나 30%, 45%의 경우는 다시 결정면이 나타났다. 다량의 질소가 첨가되었을 때, 다시 결정면을 보이는 다이아몬드가 합성된 것은 매우 흥미로운 결과이다. 한편 질소와 메탄만의 기체하에서는 다시 결정면이 관찰되지 않았다. 이들 상의 구조는 XRD 및 TED 분석을 통해 모두 다이아몬드로 확인되었다. 기체내의 질소의 첨가에 관계없이 고상내에 질소는 확인되지 않았다. 따라서 이방법에 의한 CN 화합물의 합성은 힘든 것으로 보여진다. 이들 실험 결과를 근거로 온도 및 조성에 따른 기체의 열역학적 계산을 통하여 합성거동과의 연관성을 검토하였다. anode는 매우 높은 충전용량을 갖는데 첫 번째 방전시에 Li2O를 생성하여 비가역적 반응을 나타내고 계속되는 충방전 동안 Li-Sn 합금이 생성되어 2차전지의 가역적 반응을 가능하게 한다. SnO2 는 대기중에서 Li 금속보다 안정하기 때문에 전지의 제작 공정 및 사용 면에서 매우 우수한 물질이지만 아직까지 SnO2 구조적 특성과 전지의 충, 방전 특성에 대한 관계의 규명을 위한 정확한 정설은 제시되고 있지 못하다. 본 연구에서는 TFSB anode 물질로써 SnOx박막을 상온에서 여러 전도성 콜렉터 위에 증착하여 그 충, 방전 특성을 보고하였다. 증착된 SnOx박막의 표면은 SEM, AFM으로 분석하였으며 구조의 분석은 XR와 Auger electron spectroscope로 하였다. 충, 방전 특성을 분석하기 위하여 리늄 foil을 대극과 참조 전극으로 하여 EC:DMC=1:1, 1M LiPF6 액체 전해질을 사용한 Half-Cell를 구성하여 100회 이상의 정전류 충, 방전 시험을 행하였다. Half-Cell test 결과 박막의 구조, 콜렉터의 종류 및 Sn/O비에 따라 서로 다른 충, 방전 거동을 나타내었다.다. 거의 없었다. 5mTorr 일 때가 가장 좋았다.수 있음을 알 수 있었다. 그러므로, RNA바이러스의 하나인 BVDV의 viral replicon을 이용하여 다양한 종류의 포유동물 세포에 유전자 발현벡터로써 사용할 수 있음으로 post-genomics시대에 다양한 종류의 단백질 기능연구에 맡은 도움이 되리라 기대한다.다양한 기능을 가진 신소재 제조에 있다. 또한 경제적인 측면에서도 고부가 가치의 제품 개발에 따른 새로운 수요 창출과 수익률 향상, 기존의 기능성 안료를 나노(na

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H2AX Directly Interacts with BRCA1 and BARD1 via its NLS and BRCT Domain Respectively in vitro (H2AX의 BRCA1 NLS domain과 BARD1 BRCT domain 각각과의 in vitro 상호 결합)

  • Bae, Seung-Hee;Lee, Sun-Mi;Kim, Su-Mi;Choe, Tae-Boo;Kim, Cha-Soon;Seong, Ki-Moon;Jin, Young-Woo;An, Sung-Kwan
    • KSBB Journal
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    • v.24 no.4
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    • pp.403-409
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    • 2009
  • H2AX, a crucial component of chromatin, is implicated in DNA repair, cell cycle check point and tumor suppression. The aim of this study was to identify direct binding partners of H2AX to regulate cellular responses to above mechanisms. Literature reviews and bioinformatical tools were attempted intensively to find binding partners of H2AX, which resulted in identifying two potential proteins, breast cancer-1 (BRCA1) and BRCA1-associated RING domain 1 (BARD1). Although it has been reported in vivo that BRCA1 co-localizes with H2AX at the site of DNA damage, their biochemical mechanism for H2AX were however only known that the complex monoubiquitinates histone monomers, including unphosphorylated H2AX in vitro. Therefore, it is important to know whether the complex directly interacts with H2AX, and also which regions of these are specifically mediated for the interaction. Using in vitro GST pull-down assay, we present here that BRCA1 and BARD1 directly bind to H2AX. Moreover, through combinational approaches of domain analysis, fragment clonings and in vitro binding assay, we revealed molecular details of the BRCA1-H2AX and BARD1-H2AX complex. These data provide the potential evidence that each of the BRCA1 nuclear localization signal (NLS) and BARD1 BRCA1 C-terminal (BRCT) repeat domain is the novel mediator of H2AX recognition.

알츠하이머병(Alzheimer's disease)의 신약개발을 위한 5-HT6 serotonin 수용체의 구조 예측 및 리간드 다킹(docking) 연구

  • Kim, Hyeon-Gyeong;Jo, Eun-Seong
    • Proceeding of EDISON Challenge
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    • 2017.03a
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    • pp.46-53
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    • 2017
  • 알츠하이머병은 치매를 유발하는 가장 주된 원인 질환으로 환자들은 인지장애를 겪게 된다. 현재 치료약으로 사용되는 약으로는 acetylcholinesterase 저해재가 있지만 이 약들의 효과는 미비하다. 그래서 인지기능에 영향을 미친다고 알려진 신경전달물질인 GABA, Glutamate, acetylcholine의 수치를 조절 할 수 있는 $5-HT_6$ receptor antagonist가 현재 개발되고 있다. 현재 여러 antagonist들이 임상실험 되었고, 인지 능력향상에 효과를 보이고 있다. 그러나, $5-HT_6$ receptor의 구조가 밝혀지지 않아 아직 원자적 수준의 결합 분석이 이루어지지 않았으므로 이 부분에 대한 연구가 필요하다. 따라서 본 연구에서는 Homology modeling을 통해 receptor의 구조를 예측하고, 현재 임상실험 중인 antagonist들 중 7개를 docking을 통해 단백질과 리간드의 결합을 예측하였다. Edison에서 Galaxy TBM과 Galaxy Refine을 사용하여 Homology modeling 한 결과 GPCR의 전형적인 모델에 특징적으로 긴 cterminal을 가졌다는 것을 확인 할 수 있었다. 생성된 구조를 가지고 Edison의 Dock 프로그램으로 7개의 antagonist가 어떠한 결합을 하는지 분석하였다. 그 결과, binding pose에 공통적으로 Trp102, Asp106, Val107, Pro177, Phe188, Val189, Ala192, Phe284, Phe285, Asn288, Thr306, Tyr310이 관여하는 것을 docking을 통해 알 수 있었다. 특히, Phe285는 7개의 antagonist 중에 4개와의 interaction을 하고 있는 것을 관찰하였다. 이 연구를 통하여 $5-HT_6$에 효과적으로 결합하여 치료효과를 낼 수 있는 신약을 개발할 수 있다.

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증착온도에 의한 전기적 착색 니켈 산화물 박막의 특성 분석

  • 고경담;양재영;강기혁;김재완;이길동
    • Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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    • 1999.07a
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    • pp.159-159
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    • 1999
  • 니켈 산화물 박막을 전자비임 증착법으로 기판온도는 RT~25$0^{\circ}C$의 범위에서 제작하였다. 제작시 초기 베이스 압력은 2$\times$10-6mbar로 하고 산소주입후 작업진공도를 3$\times$10-4mbar로 유지하여 증착하였다. 제작시 기판온도에 따라 제작된 시료들은 각각 X선회절장치(XRD)로 막의 구조과 그림과 같이 입방체 구조 또는 팔면체구조를 갖음을 알 수 있었으며 막의 표면형상은 SEM을 이용하여 분석하였다. 각각의 여러 기판온도에 따라 제작된 니켈 산화물 박막의 전기 화학적인 특성을 분석하기 위해 순환전압전류법을 이용하였다. 또한, 전기적인 광학소자로써의 특성을 분석하기 위해 UV-Vis 광분광기를 사용하여 투과율을 측정하여 그 특성을 알아보았다. 순환전압전류법에 의한 각 시료에 대한 박막의 전기화학적 특성은 0.5M KOH 전해질 수용액에서 기판온도가 150~20$0^{\circ}C$로 제작된 니켈 산화물 박막이 다른 온도에서 제작된 시료들보다 높은 전기화학적 안정성을 보임을 알 수 있었다. 마찬가지로 광학적 특성에서 착색과 탈색의 순환과정시 분광광도계에서 나타나는 광투과율을 비교해 보면 100~20$0^{\circ}C$에서 제작된 니켈 산화물 박막이 가역적인 착탈색의 색변화가 현저하게 나타남을 알 수 있었다. 결과적으로 광학적 특성 및 전기화학적 안정성 분석으로 인해 막의수명과 전기적착색 물질의 특성면에서 증착시 기판온도가 150~20$0^{\circ}C$에서 제작된 시료가 가장 내구성면에서 막의 이온 누적이 적고 활성적인 광투과율의 성질을 갖는다는 것이다. 이와같이 니켈산화물 박막제작시 기판온도가 전기적착색물질의 특성과 내구성에 큰 영향을 미침을 분석할 수 있었다.electron Microscopy)과 AFM(Atomim Force microscopy)으로 증착박 표면의 topology와 roughness를 관찰하였다. grain의 크기는 10nm에서 150nm이었고 증착막의 roughness는 4.2nm이었다. 그리고 이 산화막에 전극을 형성하여 유전 상수와 손실률 등을 측정하였다. 이와 같이 plasma를 이용한 3-beam에 의한 증착은 금속의 산화막을 얻는데 유용한 기술로 광학 재료 및 유전 재료의 개발 및 연구에 많이 사용될 것으로 기대된다.소분압 조건에서 RuO2의 형성을 관찰하였으며, 이것은 열역학적인 계산을 통해서 잘 설명할 수 있었다.0$\mu\textrm{m}$, 코일간의 간격은 100$\mu\textrm{m}$였다. 제조된 박막 인덕터는 5MHz에서 1.0$\mu$H의 인덕턴스를 나타내었으며 dc current dervability는 100mA까지 유지되었다. CeO2 박막과 Si 사이의 결함때문이라고 사료된다.phology 관찰결과 Ge 함량이 높은 박막의 입계가 다결정 Si의 입계에 비해 훨씬 큰 것으로 나타났으며 근 값도 증가하는 것으로 나타났다. 포유동물 세포에 유전자 발현벡터로써 사용할 수 있음으로 post-genomics시대에 다양한 종류의 단백질 기능연구에 맡은 도움이 되리라 기대한다.다양한 기능을 가진 신소재 제조에 있다. 또한 경제적인 측면에서도 고부가 가치의 제품 개발에 따른 새로운 수요 창출과 수익률 향상, 기존의 기능성 안료를 나노(nano)화하여 나노 입자를 제조, 기존의 기능성 안료에 대한 비용 절감 효과등을 유도 할 수 있다. 역시 기술적인 측면에서도 특수소재 개발에 있어 최적의 나노 입자 제어기술 개발 및 나노입자를 기능성 소재로 사용하여 새로운 제품의 제조와 고압 기상 분사기술의 최적

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NOGSEC: A NOnparametric method for Genome SEquence Clustering (녹섹(NOGSEC): A NOnparametric method for Genome SEquence Clustering)

  • 이영복;김판규;조환규
    • Korean Journal of Microbiology
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    • v.39 no.2
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    • pp.67-75
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    • 2003
  • One large topic in comparative genomics is to predict functional annotation by classifying protein sequences. Computational approaches for function prediction include protein structure prediction, sequence alignment and domain prediction or binding site prediction. This paper is on another computational approach searching for sets of homologous sequences from sequence similarity graph. Methods based on similarity graph do not need previous knowledges about sequences, but largely depend on the researcher's subjective threshold settings. In this paper, we propose a genome sequence clustering method of iterative testing and graph decomposition, and a simple method to calculate a strict threshold having biochemical meaning. Proposed method was applied to known bacterial genome sequences and the result was shown with the BAG algorithm's. Result clusters are lacking some completeness, but the confidence level is very high and the method does not need user-defined thresholds.

향신료의 활성산소 포촉인자

  • 정신교
    • Proceedings of the Korean Society of Postharvest Science and Technology of Agricultural Products Conference
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    • 1993.12a
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    • pp.10-11
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    • 1993
  • 기저상태의 산소분자는 비교적 안정하지만 생체ㅇ내외에서 물리적, 화학적으로 활성화 되어 $O_{2}$, $^{1}O_{2}$, OH, $H_{2}O_{2}$ 등의 활성산소종을 생성하며, 생체의 지질, 단백질, 핵산 당등의 분자에 산화적 상해를 초래하여 노화, 암, 순환기, 호흡기 게통의 질환과 식품의 품질열화에 관여하는 것으로 알려져 있다. 따라서 본인은 식품의 맛, 향기, 색 등을 부여하는 고유의 기능 외에도 방부제, 한방약으로 널리 이용되고 오고 있는 51종의 향신료를 대상으로 활성산소포촉활성을 조사하고 나아가 활성물질을 분리, 정제 및 동정함으로 향신료의 새로운 기능을 밝히고 신약 개발의 기초적 자료를 제시하고저 한다. Fenton 반응을 이용하여 2-deozyribose 산화법과 sodium benzoic acid 수산화법으로 51종의 향신료의 OH 포촉활성을 검색한 결과, Cruciferae과의 nustard 류, Labiatae과의 thyme, saga, savory, oregano, Myrtaceae과의 clove, allspice 가 1ug/ml 농도에서 50%이상의 포촉활성을 나타내었으며 그중 mustard 류는 같은 농도에서 거의 90%이상의 활성을 나타내었다. 활성물질의 분리 및 정제는 Amberlite XAD-2 갈럼과 preparative-HPLC를 이용 하였으며, EI, FAB-MS, IR, $^{1}H$, $^{13}C-NMR$, Cosy-NMR로 그 화학적 구조를 동정하였다. Brown mustard에서 동정된 4-hydroxy-3,5-dimethoxy cinnamic acid Methyl ester는 0.42$\mu$ mol 농도에서 90% 이상의 OH 포촉활성을 나타내어 이를 diazomethane 반응으로 조제하였으며 white mistard에서는 4-hydroxy-3,5-dimethoxy cinnamoyl choline을 동정하였다.

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A Study on the Enhancement of Barrier Function and Improvement of Lipid Packing Structure in a 3D Skin Model by Ginsenoside Rg3 (Ginsenoside Rg3 에 의한 3D 피부 모델의 장벽 기능 강화 및 지질 패킹 구조 개선에 관한 연구)

  • Sunyoung Kim;Seol-Hoon Lee
    • Journal of the Society of Cosmetic Scientists of Korea
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    • v.49 no.4
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    • pp.323-330
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    • 2023
  • The skin's barrier structure is formed through the differentiation process of epidermal keratinocytes. It consists of corneocytes that are composed of keratin proteins and lipids that fill the spaces between them. During this process, the lipids such as phospholipid that made up the membrane of the basal layer cells of the epidermis are decomposed and replaced with newly synthesized components like ceramide. In this study, the effect of ginsenoside Rg3 components on the packing of the intercellular lipid structure of the skin barrier and the barrier function was confirmed. To confirm this, Rg3 components were treated during the differentiation process of 3D epidermal cells. The FT-IR and TEWL analysis on 3D epidermis showed an enhancement in the orthorhombic lipid packing and an improvement in barrier function. Additionally, in HaCaT cells, an increase in the expression of EVOL1 and EVOL4, which synthesize long-chain lipids, was detected, along with a decrease in CERS6, which synthesizes short-chain ceramide, and an increase in ACER6, which decomposes ceramide using phytosphingosine. This suggests the possibility that Rg3 affects lipid synthesis during the epidermal differentiation process, resulting in changes in barrier function.

Structural and Functional Roles of Caspase-8 in Extrinsic Apoptosis (Apoptosis의 외인성 경로에서 caspase-8의 구조적 및 기능적 역할)

  • Ha, Min Seon;Jeong, Mi Suk;Jang, Se Bok
    • Journal of Life Science
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    • v.31 no.10
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    • pp.954-959
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    • 2021
  • Apoptosis is an important mechanism that regulates cellular populations to maintain homeostasis, and the caspases, a family of cysteine proteases, are key mediators of the apoptosis pathway. Caspase-8 is an initiator caspase of the extrinsic apoptotic pathway, which is initiated by extracellular stimuli. Caspase-8 have two conserved domains, N-terminal tandem death effector domains (DED) and C-terminal two catalytic domain, which are important for this extrinsic apoptosis pathway. In extrinsic apoptosis pathway, death receptors which members of TNF superfamily are activated by binding of death receptor specific ligands from cell outside. After the activated death receptors recruit adaptor protein Fas-associated death domain protein (FADD), death domains (DD) of death receptor and FADD bind to each other and FADD combined with death receptor recruits procaspase-8, a precursor form of caspase-8. The DED of FADD and procaspase-8 bind to one another and FADD-bound procaspase-8 is activated by cleavage of the prodomain. This death receptor-FADD-caspase-8 complex called death inducing signaling complex (DISC). Cellular FLICE-inhibitory proteins (c-FLIPs) regulate caspase-8 activation by acting both anti- and pro-apoptotically, and caspase-8 activation initiates the activation of executioner caspases such as caspase-3. Finally activated executioner caspases complete the apoptosis by acting critically DNA degradation, nuclear condensation, plasma membrane blebbing, and the proteolysis of certain caspase substrates.

Comparative Study on Components and Activities of Sperm Head Plasma Membrane in Active and Hibernating Animals (활동 및 동면동물의 정자 두부 Plasma Membrane의 성분 및 활성에 관한 비교 연구)

  • Oh, Yung-Keun;Ahn, Byung-Sik;Choi, In-Ho;Jung, Noh-Pal;Shin, Hyung-Cheul;Kwak, Byoung-Ju
    • Applied Microscopy
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    • v.29 no.2
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    • pp.241-253
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    • 1999
  • Fertilization pattern of north temperate bats is known to be unique for their sperm storage in the female reproductive tract during hibernation (e.g. Korean greater horseshoe bats). They copulate in fall but their ejaculated spermatozoa survive until the next spring. In another words they can persist to survive during long hibernation under the cold condition $(8\sim13^{\circ}C)$ and are to be fertilized with the ovum ovulated in the next spring, so called delayed fertilization. The present study was designed to observe morphological and functional changes of spermatozoa plasma membrane of the bats, hamsters which are hibernators, and mice which are non-hibernators in the room and the cold (bat-hibernation) temperatures and to confirm influence of the temperature on spermatozoa; survival rate, acrosome reaction rate, protein distribution, $Na^+-K^+-ATPase$ activities and scanning electron microscopic histochemistry. Based on the experimental results obtained in the present study, there were no significant morphological and functional differences in the spermatozoa plasma membrane in both the room and cold (bat-hibernation) temperatures and such an absence of difference suggests that the spermatozoa plasma membrane might play a pertinent role as a protector for consistent fertilization during and after hibernation.

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Functional Expression of Lutropin/Choriogonadotropin and Follitropin Receptor cDNAs in 293 Cells (융모성 성선자극 호르몬 및 난포 자극호르몬 수용체의 293세포에서 기능적으로 발현)

  • Min, K.S.
    • Korean Journal of Animal Reproduction
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    • v.23 no.4
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    • pp.347-352
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    • 1999
  • This cDNAs were cloned with the aid of the polymerase chain reaction (PCR) by sequences based on cloned rat LH/CG and FSH receptor cDNAs. A cDNAs of LHR and FSHR were transfected into the 293 cells. Several clonal cell lines were obtained expressing different numbers of cell surface receptors. One cell lines for each LHR and FSHR were chosen, and a corresponding cell lines expressing the wild type LHR and FSHR were selected based on the number of cell surface receptor for the particular LHR and FSHR. The abilities of the LHR and FSHR to transduce the hCG and FSH signals were measured by quantitating cAMP accumulation in cells incubated with increasing concentrations of hCG and FSH. The cAMP accumulation effects for these receptors were increased by the increasing concentrations of hCG and FSH. Thus, most of the receptors expressed in cells transfected with LHR and FSHR could be detected by measuring hormone binding and cAMP response, and can utilize to study the structure function and signal transduction of the choriogonadotropins and glycoprotein hormones.

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