• Journal of Sericultural and Entomological Science
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• v.41 no.1
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• pp.1-8
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• 1999

Hemolymph protein patterns of silkworms in terms of short and long life span were analyzed by native- and SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) with the developmental stages. From the native-PAGE patterns of silkworm major hemolymph proteins there were varietal differences on the first day of the pupal stage and were classified into there groups MHP-a, b and c SA 10, JAM109 and J037 were grouped into MHP-Ⅰ, Hangang, Chungmun and Daizo(sdi) into MHP-Ⅱ and NTZN, Sulak, Qoichuk and PR varieties into MHP-Ⅲ group. It was found that the MHP in each group revealed similar patterns and changes with development of pupal stage. In the first day of adult, MHP-c was clearly detected in both female and male of the Daizo(sdi), but not in the J037, indicating that there was significantly varietal differences in electrophoretical protein pattern. In addition, the results of protein pattern of hemolymph by SDS-PAGE showed also varietal differences in the concentration of hemolymph protein.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04a
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• pp.869-871
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• 2003

단백질 부분 구조는 일종의 단백질 패턴으로써 진화적인 성질을 띄고 있다. 본 논문에서는 단백질 간의 열 안정성과 이러한 단백질 부분 구조 간의 관련성에 대해서 알아보고자 한다. 또한 오류 허용 알고리즘 (FT-Apriori)의 성능을 향상시킬 수 있는 효과적인 기법을 제안한다. 이러한 기법을 단백질 부분 구조에 적용시킴으로써 실제 단백질 데이터에서 그 효용성을 일아본다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.06a
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• pp.28-30
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• 2006

텍스트마이닝(text mining) 기법을 통해 생물학 문헌으로부터 단백질 이름과 그들 간의 상호 관계를 추출하는 시스템이 제안된 바 있다[1]. 이 시스템에서 단백질 이름을 추출하는 과정을 패턴 일치 오토마타(PMA: Pattern Matching Automata)라는 방법을 이용하여 좀 더 유연하고 높은 성능을 가지도록 개선할 수 있었다. 본 논문은 예제를 통해 PMA의 학습, 테스트 과정과 결과를 설명함으로써 단백질 이름 추출작업에서의 PMA의 가능성과 성능 향상을 위한 앞으로의 방안을 제시한다.

• Journal of the Korean Vacuum Society
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• v.16 no.1
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• pp.65-73
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• 2007

The control of surface properties and spatial presentation of functional molecules within a microfluidic channel is important for the development of diagnostic assays, microreactors, and for performing fundamental studies of cell biology and fluid mechanics. Here, we present soft lithographic methods to create robust microchannels with patterned microstructures inside the channel. The patterned regions were protected from oxygen plasma by controlling the dimensions of the poly(dimethylsiloxane)(PDMS) mold as well as the sequence of fabrication steps. The approach was used to pattern a non-biofouling polyethylene glycol(PEG)-based copolymer or the polysaccharide hyaluronic acid(HA) within microfluidic channels. These non-biofouling patterns were then used to fabricate arrays of fibronectin(FN) and bovine serum albumin(BSA) as well as mammalian cells.

• Proceedings of the Korean Society for Food Science of Animal Resources Conference
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• 2006.05a
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• pp.170-174
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• 2006

근육 단백질과 우유 단백질간의 상호작용의 촉매제로써 TGase의 최적화를 위한 온도와 배양시간을 결정하고자 본 실험을 실시하였다. 돼지 등심에서 근원섬유 단백질을 추출하였고 배양온도는 4, $37^{\circ}C$로, 배양시간은 0, 0.5, 2, 4시간으로 설정하였다. 단백질의 열량분석, 점도, 겔 강도, 단백질 밴드의 변화를 측정하였으며, 그 결과 단백질 열량 변화는 각 단백질 별로 열량 변화 패턴이 상이하게 나타났으며 근원섬유와 카제인 염의 혼합액은 각각의 단백질의 피크와 유사하게 나타났고 배양시간과 온도에 따라 차이를 보여 $4^{\circ}C$에 비하여 $37^{\circ}C$에서 열량 변화가 크게 나타났다. 점도의 경우 배양하지 않은 것과 비교했을 때 $37^{\circ}C$에서 2시간 배양했을 때부터 유의적인 차이를 보이며 증가했으나 4시간 배양한 것과는 차이를 나타내지 않았다. 전기영동의 경우에도 $37^{\circ}C$에서 30분 배양한 처리구는 큰 변화를 나타내지 않았으나 2시간부터 저분자의 밴드가 소멸되고 고분자의 biopolymer를 형성되었다.

• Journal of Life Science
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• v.23 no.8
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• pp.1050-1056
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• 2013

Streptococcus pneumoniae is the leading cause of community-acquired pneumonia throughout the world. The bacteria invade through lung tissue and cause sepsis, shock, and serious sequelae, including rheumatic fever and acute glomerulonephritis. However, the molecular mechanism associated with pneumonia's penetration of lung tissue and invasion of the blood stream are still unclear. We attempted to investigate the host cell response at protein levels to S. pneumoniae D39 invasion using human lung cancer epithelial cells, A549. Streptococcus pneumoniae D39 began to change the morphology of A549 cells to become round with filopodia at 2 hours post-infection. A549 cell proteins obtained at each infection time point were separated by SDS-PAGE and analyzed using MALDI-TOF. We identified several endoplasmic reticulum (ER) resident proteins such as Grp94 and Grp78 and mitochondrial proteins such as ATP synthase and Hsp60 that increased after S. pneumoniae D39 infection. Cytosolic Hsc70 and Hsp90 were, however, identified to decrease. These proteins were also confirmed by Western blot analysis. The identified ER resident proteins were known to be induced during ER stress signaling. These/ data, therefore, suggest that S. pneumoniae D39 infection may induce ER stress.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.298-300
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• 2004

기존의 생물정보학 연구는 전체 서열들의 매칭을 통한 상동성 연구에 중점을 두고 진행되어 왔다 최근에 서열 데이터베이스의 급격한 증가와 게놈 정보가 축적됨에 따라 서열로부터 다양한 정보를 얻기 위해 서열 데이터 분석에 마이닝 기법을 접목시키고자 하는 다양한 기술들이 제안되고 있다. 단백질과 DNA의 서열 비교는 생물정보학의 기본 작업 기운데 하나이다. 신속하고 자동화 된 서열 비교 능력은 새로운 서열에 대한 기능 판별 및 분석 등 모든 작업을 용이하게 한다 본 논문에서는 동종의 단백질 서열들을 다중 정렬하여 일치하는 구간을 찾아내고, 그 구간에서 아미노산 코드와 위치정보를 이용해 동종 서열들 간의 특정한 패턴 규칙을 찾아내고, 새로운 서열에서 어떤 서열 필턴 특징이 발생하는지를 찾아냄으로써 서얼을 분류하는 방법을 제안한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2011.04a
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• pp.1274-1277
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• 2011

단백질 1차 서열로부터 DISORDER와 ORDER지역을 예측하기 위해서 이 논문에서는 EP-tree에 기반한 출현패턴 발견 알고리즘을 제안하였다. EP-tree 알고리즘을 적용함으로서 기존의 단백질 특징 추출을 통한 방법과 달리 서열 자체에서 발견되는 출현패턴만을 이용하여 분류 모델을 생성하므로 기존의 신경망이나 SVM 보다 분류모델 생성 및 예측 속도가 빠르다. 또한 Disprot 4.9과 CASP7 테스트 데이터로 DISORDER/ORDER 지역을 예측한 결과, 73.4%의 높은 정확성을 보였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.286-288
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• 2005

본 논문에서는 tree kernel을 이용 '단백질-단백질 작용' 내용 포함 문장의 추출 방법을 제시한다. Tree kernel은 convolution kernel의 하나로서, 이를 이용하여 파싱 트리(parsing tree)로 표현된 문장을 데이터로 하여 '단백질-단백질 작용' 내용을 포함하고 있는 문장을 그렇지 않은 문장으로부터 분류할 수 있다. 문장 전체를 데이터로 사용하는 것보다 관련 영역을 서브트리(sub-tree)로 추출하여 사용한 것이 더 효과적임을 확인할 수 있었고, kernel계산에 있어 파싱 트리의 태그 내용이 중요한 역할을 하기 때문에 이를 '단백질-단백질 작용'의 의미를 반영할 수 있도록 semantic하게 변환한 효과 및 트리의 길이에 따른 영향도 실험해 보았다. 문제에 사용된 데이터의 양이 다소 적었지만, 데이터 표현 방식에 따라 파싱이나 패턴기법을 이용한 기존의 방법과 비교해 좋은 성능을 보일 수 있다는 가능성을 확인할 수 있었다.

• The Journal of the Korea Contents Association
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• v.7 no.1
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• pp.40-47
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• 2007

In the protein macro array image, it is important to find out the feature of the each protein chip. A decision error by the personal sense of sight occurred from long time observation while making an experiment in many protein chip image. So the feature extraction is needed by a simulator. In the case of feature analysis for macro array scan image the efficiency is maximized. In the fluorescence scan image, the response for each cell have been depend on R, G, B distribution of color image. But it is difficult to be classified as one color feature in the case of mixed color image. In this paper, the response color of a protein chip is classified according to the fuzzy integral value with respect to fuzzy measure as the user desired color. The result of the experiment for the macro array fluorescence image with the Scan Array 5000 shows that the proposed method using the fuzzy integral is important fact to be make decision for the ambiguous color.