• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
• /
• v.18 no.10
• /
• pp.2562-2570
• /
• 2014

One of the important hints for inferring the function of unknown proteins is the knowledge about protein subcellular localization. Recently, there are considerable researches on the prediction of subcellular localization of proteins which simultaneously exist at multiple subcellular localization. In this paper, label power-set classification is improved for the accurate prediction of multiple subcellular localization. The predicted multi-labels from the label power-set classifier are combined with their prediction probability to give the final result. To find the accurate probability estimates of multi-classes, this paper employs pair-wise comparison and error-correcting output codes frameworks. Prediction experiments on protein subcellular localization show significant performance improvement.

• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
• /
• v.18 no.7
• /
• pp.1749-1756
• /
• 2014

Knowledge about protein subcellular localization provides important information about protein function. This paper improves a label power-set multi-label classification for the accurate prediction of subcellular localization of proteins which simultaneously exist at multiple subcellular locations. Among multi-label classification methods, label power-set method can effectively model the correlation between subcellular locations of proteins performing certain biological function. With constrained optimization, this paper calculates combination weights which are used in the linear combination representation of a multi-label by other multi-labels. Using these weights, the prediction probabilities of multi-labels are combined to give final prediction results. Experimental results on human protein dataset show that the proposed method achieves higher performance than other prediction methods for protein subcellular localization. This shows that the proposed method can successfully enrich the prediction probability of multi-labels by exploiting the overlapping information between multi-labels.

• Composites Research
• /
• v.17 no.4
• /
• pp.25-31
• /
• 2004

In this study, a refined beam analysis model has been developed for multi-celled composite blades with elliptic cross-sections. Reissner's semi-complimentary energy functional is introduced to describe the beam theory and also to deal with the mixed-nature of the formulation. The wail of elliptic sections is discretized into finite number of elements along the contour line and Gauss integration is applied to obtain the section properties. For each cell of the section, a total of four continuity conditions are used to impose proper constraints for the section. The theory is applied to single- and double-celled composite blades with elliptic cross-sections and is validated with detailed finite element analysis results.

• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
• /
• v.18 no.4
• /
• pp.992-999
• /
• 2014

This paper presents an extensive experimental comparison of a variety of multi-label learning methods for the accurate prediction of subcellular localization of proteins which simultaneously exist at multiple subcellular locations. We compared several methods from three categories of multi-label classification algorithms: algorithm adaptation, problem transformation, and meta learning. Experimental results are analyzed using 12 multi-label evaluation measures to assess the behavior of the methods from a variety of view-points. We also use a new summarization measure to find the best performing method. Experimental results show that the best performing methods are power-set method pruning a infrequently occurring subsets of labels and classifier chains modeling relevant labels with an additional feature. futhermore, ensembles of many classifiers of these methods enhance the performance further. The recommendation from this study is that the correlation of subcellular locations is an effective clue for classification, this is because the subcellular locations of proteins performing certain biological function are not independent but correlated.

• Journal of Periodontal and Implant Science
• /
• v.37 no.sup2
• /
• pp.371-384
• /
• 2007

연구 목적 : 면역 반응에서 B-1 세포의 정확한 역할은 아직 명확히 규명되지 않았으나 최근 B-1 세포가 면역의 내성을 야기하고 유지하는데 필요한 특성들을 가지고 있음이 밝혀지고 있다. 이에 본 연구에서는 B-1 세포 유래 단클론 항체의 특성과 항원 자극에 대한 B 세포의 동시자극자 (MHC Class, B7-2, 7-2) 발현을 평가하여 B 세포의 면역조절 기능을 알아보고자 한다. 연구 대상 및 방법 : B-1 세포 유래 단클론 항체를 형성하는 잡종세포주를 이용하여 다양한 내, 외인성 항원에 대한 단클론 항체의 반응 양상을 평가하였다. 여러 내, 외인성 항원으로 면역한 쥐의 복강과 비장 B 세포의 동시자극자의 발현을 Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS)을 이용하여 평가하였다. 결과 : 최종적으로 단클론을 형성하는 2개의 클론을 형성하였고, 이 B-1 세포 유래 단클론 항체는 dose-saturable pattern을 띄는 다중 반응성을 나타내었다. FACS를 이용한 동시자극자의 발현 검사에서는 MHC 발현은 복강과 비장의 B 세포가 유사하였으나, B7-1과 7-2는 복강의 B 세포에서 더 뚜렷한 발현을 보여주었다. 결론 : B-1 세포 유래 단클론 항체는 다양한 내, 외인성 항원 자극에 대해 dose-saturable한 다중반응성을 나타낸다. 복강과 비장의 B세포는 내, 외인성 항원의 면역에 있어서 동시자극자 발현이 명확히 다른 양상을 나타냄을 확인할 수 있었다.

• KSBB Journal
• /
• v.24 no.1
• /
• pp.80-88
• /
• 2009

Human prostatic acid phosphatase (PAP), with comprehensive homology to glandular kallikrein, are representative serum biomarkers of prostate cancer. Dendritic cell (DC), which is the potent antigen-presenting cells(APC) in the immune system, can induce strong T cell responses against viruses, microbial pathogens, and tumors. Therefore, the immunization using DC loaded with tumor-associated antigens is a powerful method for inducing anti-tumor immunity. The CTP (Cytoplasmic Transduction Peptide) technology developed by Creagene which can transport attached bio-polymers like nucleic acids or proteins into the cell with high permeation efficiency. As the active forms of PAP can mediate apoptotic processing, we used multimer forms of PAP as an inactive form for antigen pulsing of DCs. In this study, multimeric forms of CTP-rhPAP was obtained according to the advanced purification process and subsequently confirmed by gel filtration chromatography, western blot and Dynamic Light Scattering. Therefore, CTP-conjugated PA multimers transduced into the cytoplasm were efficiently presented on the cell surface without any harm effect on cells via MHC class I molecules and result in induction of a large number of effector cell.

• Journal of Gastric Cancer
• /
• v.7 no.2
• /
• pp.59-66
• /
• 2007

Purpose: This study was aimed at evaluating the diagnostic validity of peritoneal dissemination of gastric cancer cells by performing multiple genetic marker analysis via quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) in gastric cancer cell lines and gastric cancer tissues. Materials and Methods: Quantitative RT-PCR was performed on 12 human gastric cancer cell lines and 10 gastric cancer tissues with four mRNAs of carcinoembryonic antigen (CEA), Cytokeratin 20 (CK20), dopa decarboxylase (DDC), and L-3-phosphoserine phosphatase (L3PP). Results: Out of the 12 human gastric cancer cell lines we tested, CEA was overexpressed in four cell lines (33%), CK20 in one (8%), DDC in six (50%) and L3PP was expessed in all the lines (100%). Out of the 10 gastric cancer tissues we tested, CEA was overexpressed in nine tissues, CK20 in eight, DOC in nine and L3PP was overexpressed in all the tissues. L3PP was overexpressed in all the gastric cancer cell lines and tissues, but the levels of overexpression were lower than those of CEA and DDC. Conclusion: Multiple genetic marker analysis can compensate for the weak points of single marker analysis when testing gastric cancer, and three mRNAs of CEA, DDC and L3PP can be used as candidate genes.

• Proceedings of the Computational Structural Engineering Institute Conference
• /
• 2002.04a
• /
• pp.512-519
• /
• 2002

본 연구에서는 임의의 형상의 다중세포 단면을 갖는 복합재료 블레이드에 대한 유한요소 구조해석을 수행하였다. 보 해석 모델은 구조연성 효과와 단면 벽의 두께, 횡 전단변형, 비틀림과 연관된 워핑 및 워핑구속효과 등을 고려하고 있다. 블레이드 힘-변위 관계식은 Reissner의 반복족에너지 함수를 이용한 혼합이론을 적용하여 유도하였다. 이 관계식은 굽힘 및 전단에 대해서는 Timoshenko 보의 형태로 그리고 비틀림 변형은 Vlasov 이론으로 근사하고 있다. 결과적인 [7×7] 구조강성 행렬은 전단변형 및 전단강성계수들을 특이한 가정에 의존하지 않고도 해석적으로 기술하고 있다. 본 정식화 과정을 통해서 구한 보 이론을 이중세포로 구성된 에어포일 형상의 복합재료 블레이드에 적용하였으며, 기존의 실험 연구 및 다차원 유한요소해석 결과들과 비교 연구를 수행하여 본 해석모델의 타당성을 보이고자 하였다.

• Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers A
• /
• v.35 no.11
• /
• pp.1355-1360
• /
• 2011

The interaction between the cell and the substrate is the most prominent feature affecting the migration of a crawling cell. This paper proposes a three-dimensional dynamic model using the diffuse interface description that reveals the effects of the interaction between a single crawling cell and the substrate during chemotactic migration. To illustrate the effects of interaction between the cell and the substrate, we consider the interfacial energy between the coexistent materials. Multiple mechanisms including the interface energy, chemotaxis effect, and diffusion, are addressed by employing a diffuse interface model.

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
• /
• 2020.06a
• /
• pp.213-213
• /
• 2020

최근 나타나는 지구온난화와 이상기후로 인해 가뭄과 홍수피해 같은 자연재해 발생 빈도가 높아졌고, 하천에서는 오염된 수질과 수생태계 복원 및 수변공간 조성, 수자원 관리 등의 목적으로 수질환경 개선사업이 진행되고 있다. 수질환경 측면에서 하천에서 발생하는 가장 큰 문제점으로는 녹조 즉, 남조류의 발생을 예로 들 수 있다. 본 연구에서는 최근 보 개방을 통하여 수질개선 효과가 나타나고 있는 금강을 대상으로 세종보, 공주보, 백제보 구간에 대하여 주요 수질인자에 대한 상관관계 분석을 수행하였다. 특히 남조류 세포수와 주요 하천 수질인자를 Pearson's correlation analysis를 이용하여 상관관계를 분석하였고, 보 위치별 남조류 세포수를 종속변수로 하고, 상관도가 높은 수질인자를 독립변수로 하는 다중회귀식을 도출하여 금강 내 주요 하천 수질인자의 농도에 따른 남조류 세포수 관계를 규명하고자 하였다. 분석기간은 2012년 1월부터 2019년 12월까지 보 건설 이후 시점으로 선정하였고, 월 평균 남조류 개체수가 조류경보제 발령기준 관심단계이상에 해당하는 금강수계의 3개 보에 대하여 남조류 세포수와 수질에 영향을 끼치는 인자인 강수량, (수온)W·T, (수소이온농도)pH, (용존산소)DO, (생물화학적산소요구량)BOD, (화학적산소요구량)COD, (부유물질량)SS, (총질소)TN, (총인)TP, (클로로필-a)Chl-a, (전기전도도)EC, (질산성질소)NO₃-N, (암모니아성 질소)NH₃-N, (인산염 인)PO₄-P, (용존총질소)DTN, (용존총인)DTP, (총유기탄소)TOC 와의 상관관계를 분석하였다. 분석 결과 측정 지점별 남조류 세포수와 상관관계가 있는 인자는 서로 상이했지만 (수온)W·T과 pH의 경우 모든 지점에서 남조류 세포수와 양의 상관관계가 나타났다. 세종보는 W·T(0.383, P<0.01), pH(0.391, P<0.05)의 양의 상관계수를 나타냈고, 공주보에서는 (수온)W·T(0.436, P<0.05), pH(0.412, P<0.05)의 양의 상관관계를 나타냈다. 백제보에서는 (수온)W·T(0.415, P<0.01), pH(0.221, P<0.01)의 양의 상관성을 나타냈다. 남조류 세포수와 수질인자 간의 상관관계 분석에 따라 통계적으로 유의한 인자 중 (수온)W·T과 pH에 영향을 받는 영양염류와 퇴적물에 대한 후속 연구가 필요할 것으로 사료되며, 연구를 통해 제시된 남조류 세포수 다중회귀식은 주요 수질인자 농도에 따라 발생 가능한 남조류세포수를 예측하여 금강의 수질 관리에 활용될 수 있을 것으로 기대된다.