• Proceedings of the Korea Inteligent Information System Society Conference
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• 2002.11a
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• pp.480-488
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• 2002

본 논문에서는 하나의 시스템 안에서 효율적인 유전자 데이터의 관리와 다양한 서열 분석작업이 가능한 기능 유전체학을 지원하는 서열 분석 및 관리 시스템인 GWB(Gene WorkBench)를 설계하고 구현하였다. GWB는 로컬 데이터베이스 관리뿐만 아니라 GenBank, EMBL, SWISSPROT와 같은 외부 공공 데이터베이스에 대한 접근 기능도 제공하며, 권한을 가진 내부 이용자와 그렇지 못한 외부 이용자들을 구분하여 일부 유용한 기능들은 외부 사용자들도 이용할 수 있도록 설계되었다. 또 GWB는 유전자에 관한 문헌정보 검색과 관련 유전자 탐색 기능 등 일부 유전자 기능 연구를 지원하는 기능을 제공하고 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.301-303
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• 2004

기능 유전체학과 단백질체학에 있어서 개별 단백질의 기능 분석은 매우 중요한 핵심사안으로 대두되고 있다. 이러한 기능 분석에 있어서 과거와는 달리 현재는 전체 생명 시스템 상에서 개별 유전자 일 단백질의 기능 및 역할을 규명하는데 않은 초점을 맞추고 있다. 이러한 측면에서 단백질 상호작용 정보 및 도메인 정보를 기반으로 기능 분석을 행하는 것이 올바른 방법으로 인식되고 있으며, 본 논문에서는 그와 같은 분석 시스템을 소개하고 있다. 단백질 상호작용 정보는 모티프 일 도메인의 모듈 정보를 기반으로 하여 특이성과 민감도 측면에서 분석 정확성을 높일 수 있다.

• Bulletin of Food Technology
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• v.18 no.1
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• pp.3-15
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• 2005

최근 들어 게놈기능연구는 주요국가의 새로운 국가적 연구표적으로 지정되면서 유전자기반 생물산업의 핵심으로 부각되고 있다. 이러한 발전은인간(2001년 2월 인간 게놈의 초안 발표)을 비롯한 생물체의 게놈구조가 규명되어 이 유전자구조정보를 web상에서 쉽게 알아낼 수 있는데서 비롯된다. 포스트게놈시대의 게놈기능연구를 총괄적으로 '기능유전체학 (Functional Genomics)'이라고하며 여기에는 핵산(DNA나 RNA)을 표적으로 게놈기능을 연구하는 genomics(유전체학, RNA발현을 대상으로 하는 transcriptomics(전사체학) 포함), 총체적인 단백체를 대상으로 유전자기능을 연구하는 proteomics(단백질체학) 및 대사물질을 대상으로 하는 metabolomics(대사체학), 이들 분야를 공통적으로 지원하는 bioinformatics(생물정보학)로 구분된다. 본 고에서는 프로테오믹스 분야를 중심으로 소개하고자 한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.04b
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• pp.1183-1186
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• 2002

DNA 의 염기서열 탐색을 위한 유전체학의 다음 세대인 구조유전체학은 유전체 사업으로 인한 인간 게놈지도의 완성과 축적된 생물정보를 이용한 생물정보학의 발달과 함께 급속한 성장을 계속하고 있다. 포스트 게놈 시대를 맞이하여 생명현상에 대한 궁극적인 이해를 위한 노력으로 단백질의 구조와 기능에 대한 연구가 주목을 받게 되었다. 다양한 구조 규명을 위한 도구들과 단백질 정보를 관리하기 위한 데이터베이스 구축에 따른 관련 기술의 발전은, 앞으로 다가올 생물정보의 방대함을 감안할 때, 가치 있는 지식정보를 얻기 위한 데이터 마이닝 기법들을 통해서만 가능하다. 본 논문은 데이터 마이닝의 근간 기술인 연관규칙 마이닝을 응용한 효율적인 서열 연관 규칙 알고리즘을 제안하며, 단백질 구조의 예측을 위한 단백질 서열 및 DNA 서열간의 패턴 비교 및 연관성을 목적으로 한다. 또한, 공간적 시간적 복잡성을 CMS-tree 라는 자료구조를 통해 알고리즘의 확장성 및 병렬화의 기본 알고리즘으로 사용하도록 개발하였다.

• Korean Journal of Organic Agriculture
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• v.16 no.3
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• pp.321-330
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• 2008

In order to investigate any differences of the characteristics of goat milk according to seasons and individual farms, we analysed and compared the components of fat, protein lactose, total solid, solid-not fat (SNF) and cells of goat milk collected from 8 individual farms between December 2006 and June 2007. Milk fat content has shown higher values in December to March than in other seasons, and SNF appeared especially higher in February. However, lactose content was not different according to seasons. Regional differences of milk components were not big at all either. Milk components from goats were in general similar to cow milk except a little lower fat content, but appeared higher than mare milk. Production of goat milk is in difficulty in aspects of balancing demand and supply due to its seasonal reproductive system. For the future of goat milk industry, it is necessary to develop various products of longer storage life.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.362-364
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• 2003

기능 유전체학에서 클러스터링 기법은 고차원의 마이크로 어레이 데이터 분석을 위한 주된 도구 중의 하나이다. 본 논문에서는 정보병목(information bottleneck)기법 기반의 이중 클러스터링에 의한, 유전자 발현 데이터의 계층적 병합방식 클러스터링 기법을 제안한다. 정보병목기법은, 두 랜덤변수의 결합확률분포가 주어진 경우 두 변수의 상호 정보량을 최대한 보존하면서 한 변수를 압축하는 기법이며, 두 변수를 차례로 압축하는 것이 이중 클러스터링이다. 실제 마이크로 어레이 데이터인 NC160 데이터(암세포 내 유전자 발현 데이터)에 대한 실험에서, 먼저 유전자를 그 발현패턴에 따라 클러스터링 한 후 이를 이용하여 표본들을 클러스터링하고 그 성능을 다각도로 분석하였다. 상호 정보량과 유전자 및 표본 클러스터 수와 엔트로피 척도에 의한 성능을 검토해 본 결과, 표본이 추출 조직에 따라 구분 가능할 것이라는 가정을 검증할 수 있었으며, 적절한 클러스터의 수를 결정할 수 있는 임계점의 기준을 설정할 수 있었다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2017.05a
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• pp.299-300
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• 2017

세포사멸(Apoptosis)은 유전자에 의해 일어나는 세포의 능동적인 죽음을 의미한다. 본 연구에서는 식물의 세포사멸과 동물의 세포사멸을 진화적 관점에서 접근함으로써 세포사멸이라는 기작을 분석하고자하였다. 먼저 인간에서는 세포사멸에 관여하는 단백질이지만 식물과 효모에서는 다른 기능을 하는 단백질 정보를 확인하였다. 확인한 단백질 정보를 바탕으로 다른 생물종과의 유전체 비교분석을 통해 해당 단백질과 세포사멸기작에 대한 정보를 확인 할 수 있었다.

• Journal of Science and Technology Studies
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• v.5 no.1 s.9
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• pp.55-92
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• 2005

The factors contributing to the formation of an important scientific concept in South Korea and its circulation in the society are the scientific knowledge that had been already formed, matured, and established in the U.S.A, Europe and Japan and has been introduced into Korea, and the institutions that have been formed during the recent modernization in South Korea. The concept of 'genetic information' cannot be an exception in this context. The concept of genetic information is the one that has been extended and intensified by the genomics and bioinformatics formed and matured through the Human Genome Projects from the former concept of inheritance or heredity within the framework of classical and molecular genetics. The purpose of this study was to find out 'how the production structure of genetic information in South Korea has been formed', under the perspective of the conceptual, epistemic, and institutional holisticity or integratedness in the concept and knowledge production structure idealized in Western advanced nations. The discourse of genetic engineering popular in the mid 1980's in South Korea has catalyzed the development of molecular biology. However, the institutional balance that had been established for the biochemistry departments in Natural Science College and Medical College was not formed between the genetic engineering and genetics departments in South Korea. Therefore, they were unable to achieve the more integrative and macro-level disciplinary impact on life sciences, largely due to institutional lack of the capable (human) genetics departments in some leading Korean colleges of Medicine. In genomics, the cutting-edge reprogramming and restructuring of the traditional genetics in the West, South Korea has not invested, even meagerly, in the infrastructure, fund, and research and development (R & D) for the Basic or First Phase of the research trajectory in the Human Genome Project. Without a minimal Basic Phase, the genomics research and development in Korea has been running more or less for the Advanced or Second Phase. Bioinformatics has started developing in Korea under a narrow perspective which regards it as a mere sub-discipline of information technology (IT). Having developed itself in parallel with genomics, bioinformatics contains its own unique logics and contents that can be both directly and indirectly connected to the information science and technology. As a result, bioinformatics reveals a defect in respect of being synergistically integrated into genetics and life sciences in Korea. Owing to the structural problem in the production, genetic information appears to be produced in a fragmented pattern in the Korean society since its fundamental base is weak and thin. A good example of the conceptual and institutional fragmentedness is that 'the genetics of individual identification' is not a normal integrated part of the Korean genetics, but a scientific practice exercised in the departments of legal medicine in a few Medical Colleges. And the environment contributing to the production structure of genetic information in South Korea today comprises 'sangmyung gonghak'(or life engineering) discourse and non-governmental organization movement.

• Korean journal of applied entomology
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• v.56 no.2
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• pp.153-164
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• 2017

Gene silencing using double-stranded RNA (dsRNA) has been widely used in functional genomics in biological organisms. Its principle stems from RNA interference (RNAi), a post-transcriptional control of gene expression. Suppression of specific gene expression using dsRNA may give significant lethal effect. Insect pest control exploits this molecular process to develop novel insecticides using specific dsRNAs. This review explains core principles of RNAi using dsRNA. Then it illustrates various examples to control insect pests using dsRNAs. It also discusses limitations to control insect pests using dsRNAs. Finally, it provides several breakthroughs to develop dsRNA insecticides.

• Korean journal of applied entomology
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• v.45 no.3 s.144
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• pp.241-259
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• 2006

Polydnavirus is a mutualistic DNA virus found in some braconid and ichneumonid wasps. Its genome is integrated into host chromosome as a provirus. Its replication occurs at ovarian calyx epithelium during host pupal stage to form episomal viral particles. The viral particles are delivered into hemocoel of the parasitized insect along with eggs during wasp oviposition. Several polydnaviral genomes, which are isolated from the episomal virus particles, have been sequenced and exhibit some gene families with speculative physiological functions. This review presents the viral characteristics in terms of Its parasitic physiology. For developing new insect pest control tactics, it also discusses several application strategies exploiting the viral genome to manipulate insect physiology.