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계통유전체학과 COG를 이용한 유전자 기능예측 (Gene Prediction Using Phylogenomics and COG)

  • 신창진;강병철;박준형;신동훈;김철민
    • 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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    • 한국퍼지및지능시스템학회 2004년도 춘계학술대회 학술발표 논문집 제14권 제1호
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    • pp.255-258
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    • 2004
  • 본 연구는 유전자 기능예측에 있어서 유사성 검색과 비교유전체학이 가진 한계를 극복하기 위하여 9종의 Human Herpesvirus를 대상으로 COG와 계통유전학적 방법을 적용하여 향상된 유전자 기능예측을 하고자 하였다. COG의 방법을 이용하여 114 HCOGs (Human Herpesvvirus COGs)를 구축하고, HCOGs를 바탕으로 유전자 컨텐츠트리를 제작하였다. 이 트리를 통하여 각 HCOG는 $\alpha$-특이적 그룹, $\beta$-특이적 그룹, $\alpha$, $\beta$, ${\gamma}$ -특이적 그룹 중 하나에 속함을 보였다. 계통유전체학의 적용을 위하여 u, $\beta$, ${\gamma}$ -특이 그룹에 속하는 ORF중 DNA polymerase를 이용하여 종트리를 제작하였다. SDI (Speciation and Duplication) 알고리즘을 통하여 148개의 당단백질에서 47개의 복제점을 예측하였고, 초기 HCOG의 제작에서 제외되었던 7 ORF는 당단백질과 관련된 5개의 HCOG로 재 정의 하였다. 이 연구를 통하여 COG는 ortholog 그룹을 를러스터링하는데 효과적인 방법이며, 이를 더욱 보완할 수 있는 방법으로 비교유전체학이 사용될 수 있음을 확인하였다. 이는 비교유전체학의 방법과 계통유전체학적 방법을 조화시켜 유전자 기능 예측을 보완할 수 있음을 보여 주었다.

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신뢰성 있는 Java RMI 객체 설계 및 구현 (Fault-tolerant Java RMI Object Design and Implementation)

  • 윤태진;박양우;이채수
    • 한국산업정보학회:학술대회논문집
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    • 한국산업정보학회 2001년도 춘계학술대회논문집:21세기 신지식정보의 창출
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    • pp.198-208
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    • 2001
  • CORBA, DCOM, Java RMI 등과 같은 분산 객체 기술이 분산 응용의 신뢰성을 직접적으로 향상시키지는 못한다. 이러한 분산 객체 기술에 고장 감내성을 추가하여 신뢰성 있는 시스템을 구축하기 위해서 객체 단위의 복제 그룹 관리와 고장 탐지 및 회복 메커니즘이 필요하다. 본 논문에서는 신뢰성 있는 고장 감내성 Java RMI 객체를 개발하기 위하여 고장 탐지와 그룹 관리를 위한 그룹 관리자와 원격 인터페이스를 설계하고, 고장 감내성 클래스를 정의한다. 또한 고장 감내성 객체의 투명한 그룹 참여를 위하여 Naming 클래스와 RMIRegistry를 확장한다. 응용 개발자는 고장 감내성 클래스를 상속함으로써 외부의 도움 없이 간단히 고장 감내성 응용 객체를 개발하여 신뢰성을 높일 수 있다. 100M Ethernet으로 연결된 Linux kernel2.2.1의 PentiumIII머신 3대와 Solaris2,6의 Sun Spar치머신을 클라이언트한 시스템을 사용하고 JDK 1.2.2를 이용하여 설계한 객체를 구현하여 다양한 객체고장 에 대해 복구되는 것을 확인하였다. 성능 평가는 그룹크기에 따른 함수의 응답속도와 메시지 크기에 따른 응답속도를 비교하였다.

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A Time Series Study on Management Efficiency of Public Institutions

  • Ji-Kyung Jang
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제28권9호
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    • pp.159-165
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    • 2023
  • 본 연구는 공공기관 경영 효율성의 시계열적 변화 양상을 살펴보고, 이를 통해 재무적 성과와의 관련성을 검증해보고자 한다. 구체적으로 정부의 경영평가 결과에 따라 상위 그룹과 하위 그룹으로 구분하고, 평가시점 이전 그룹별 경영 효율성이 어떻게 변화하였는지를 살펴보았다. 경영효율성은 공공기관 경영정보 공개시스템의 자료를 이용하여 자료포락분석을 통해 측정하였다. 본 연구의 결과는 다음과 같다. 첫째, 경영평가 결과 상위 그룹에 속한 기관의 경영 효율성은 증가하는 방향으로 변화하였으나, 하위 그룹에 속한 기관의 경영 효율성은 감소하는 방향으로 변화하였다. 둘째, 경영평가 결과 상위 그룹에 속한 기관은 하위 기관에 속한 기관에 비해 상대적으로 높은 경영 효율성을 나타내었다. 이러한 결과는 공기업의 경영 효율성이 경영평가 결과, 즉 재무적 성과와 관련이 있음을 의미한다. 본 연구의 결과는 경영 효율성을 증대시킴으로써 공공기관의 재무적 안정성을 확보하고자 했던 정부의 개혁 전략이 유효하게 작용할 수 있음을 시사한다.

바이칼호에서 분리한 빈영양성 세균과 저온성 세균의 탄소원 이용 특성 (Sole-Carbon-Source Utilization Patterns of Oligotrophic and Psychrotrophic Bacteria Isolated from Lake Baikal.)

  • 이건형;배명숙;박석환;송홍규;안태석
    • 미생물학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.248-253
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    • 2004
  • 2000년 9월부터 2002년 12월 사이에 바이칼호에서 분리된 빈영양성 세균 168균주와 저온성 세균 132균주를 대상으로 BIOLOG Microplate를 이용하여 탄소원의 이용특성을 조사하였다. 본 연구에 사용된 빈영양성 세균 중 oxidase 양성 (GN-NENT 그룹)의 86% (56균주)와 oxidase음성 (GN-ENT그룹)의 89% (92균주), 저온성 세균 중 oxidase 음성 (GN-ENT 그룹)의 82% (85균주)는 다앙한 탄소원 중에서 $\alpha$-D-glucose를 이용할 수 있었으며, 저온성 세균 중 oxidase 양성 (GN-NENT 그룹)의 93% (26 균주)는 bromosuccinic acid를 이용하였다. $\alpha$-D-lactose는 빈영양성 GN-ENT 그룹의 일부만이 이용하였으며 나머지 균주들은 전혀 이용하지 못하였다. BIOLOG Microplate를 이용하여 동정된 균들을 속별로 살펴보면, Pseudomonas속이 49균주로 가장 많았으며, 그 외에도 Salmonella 속, Serratia속, Buttiauxella 속, Pantoea 속, Yersinia 속, Brevundimonas 속, Hydrogenophaga 속, Photorhabdus 속, Sphingomonas 속, Xenorhabdus 속이 동정되었다.

블루투스 기반 그룹 커뮤니케이션 프로토콜 연구 (Research in Protocol for Group Communication over Bluetooth)

  • 김은영;김길용;박미선
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2002년도 가을 학술발표논문집 Vol.29 No.2 (3)
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    • pp.568-570
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    • 2002
  • 농업 혁명과 산업혁명 그리고 컴퓨터 인터텟 혁명을 넘어 유비쿼터스 혁명으로 말미암아 하나의 WAN속에 수백개의 네트워크가 존재하고 이런 네트워크는 불루투스, IrDA, 802.11, GPS, 이동 통신 기술 등이 포함한다. 본 논문은 이 중에서 블루투스의 여러 응용 분야 중 대화식 회의가 가능하도록 하는 블루투스 그룹 커뮤니케이션 프로토콜에 대한 연구 및 설계에 관한 내용이다. 그룹 커뮤니케이션 중 참여자들이 자유롭게 참여 및 탈퇴를 통해 그룹 커뮤니케이션을 할 수 있도록 효율적인 그룹 재구성을 위한 알고리즘을 제시하여 해결하도록 한다.

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CORBA 기반의 스트림 그룹통신 시스템의 설계 및 구현 (Design and Implementation of a CORBA -based Streaming Group Communication System)

  • 김범수;박영은;마영식;김상경;안순신
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 1998년도 가을 학술발표논문집 Vol.25 No.2 (3)
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    • pp.394-396
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    • 1998
  • 네트워크의 전송속도가 빨라지고 컴퓨터의 속도가 지속적으로 상승하고 있는 현재의 네트워크 컴퓨팅 환경에서는 점차 대용량의 데이터를 필요로 하는 멀티미디어 데이터의 전송이 가능해지고 있다. CORBA를 기반으로 하는 분산 처리 기법이 많은 발전이 있어 왔고 그룹통신에 대한 연구도 많이 진행되고 있지만 아직은 각각 분리되어 연구되고 있고 네트워크에 분산되어 있고 연속적인 멀티미디어 자원을 대상으로 하는 그룹통신에 관련된 연구는 많이 진행되지 않고 있다. 본 논문에서는 분산 미들웨어인 CORBA를 기반으로 분산되어 있고 연속적인 멀티미디어 데이터를 전송하는 그룹통신 시스템과, 분산자원 그 연결을 관리자를 제시한다.

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KHT5 마커를 사용한 Bacillus cereus 그룹에서 Bacillus anthracis의 구별 (Discrimination of Bacillus anthracis from Bacillus cereus Group Using KHT5 Marker)

  • 김형태;김성주;채영규
    • 미생물학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.40-44
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    • 2003
  • 탄저균은 그람양성 아포형성세균으로 탄저를 일으키는 원인균이다. Bacillus cereus그룹에 속하는 22종을 포함하여 Bacillus 속의 29종에서 탄저균을 검증할 수 있는 DNA 마커를 개발하고 이를 이용하여 B. cereus 그룹에서 탄저균만을 구분하였다. 한국산 탄저균 경주로부터 709 bp마커(KHTS)를 확보하였다. KHTS분절로부터 얻어진 internal primer set의 PCR 산물은 B. cereus 그룹의 다른 종으로부터 탄저균만을 구별하였다.

회야강(울산)의 식물플랑크톤상과 군집구조

  • 배진현;문성기;최철만
    • 한국환경과학회:학술대회논문집
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    • 한국환경과학회 2001년도 정기총회 및 봄 학술발표회 초록집
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    • pp.225-227
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    • 2001
  • 출현한 식물플랑크톤은 82속 135종이었고 이중 Chrysophyta가 36속 63종(46.7%)로 가장 많이 출현하였다. 생태학적 주요종으로는 Aulacoseira granulata 등의 출현빈번종, Achnanthes longipes 등의 해수종, Actinastrum hantzschii var. fluviatile 등의 오수지표종 그리고 Ceratium furca등의 적조원인종이 출현하였다. 현존량은 1,000 ${cells/\ell}$ ~ 3,103,000 ${cells/\ell}$이었다. 우점종의 천이는 봄에 Pandorina morum, 여름에 Microcystis aeruginose, 가을과 겨울에 Oscillatoria tenuis, 겨울과 봄에 Phormidium tenue로의 천이양상을 보였다. 우점도지수는 0.34 ~ 0.94였고 종다양도지수는 0.5 ~ 2.57이었다. 오탁지수는 평균 2.4로 조사되어 $\beta$-중부수성 수역에 해당하였다. 유사도지수에 의한 집괴분석의 결과, 정점 1이 한그룹 그리고 정점 2, 3, 4가 한그룹, 정점 5가 한그룹으로 크게 3그룹으로 분석되어졌다.

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UTIS에서 효율적인 등록을 위해 동적으로 그룹 크기를 조절하는 제한적 경쟁 알고리즘 (A Dynamic Limited Contention-based Algorithm for Fast Registration in UTIS)

  • 오경식;안종석
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2006년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.33 No.1 (D)
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    • pp.316-318
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    • 2006
  • 본 논문에서는 차세대 지능형 교통시스템인 UTIS(Urban Traffic Information System)의 빠른 접속 요구 조건을 만족하기 위한 DLC(Dynamic Limited Contention) 알고리즘을 제안한다. UTIS 네트워크는 고속으로 이동하는 차량에 설치된 모바일 노드와 도로 변에 설치된 노변 기지국으로 구성되며, 이 네트워크를 통해서 IP 데이터 그램의 전송 서비스, 방송 데이터를 실시간으로 전송하는 실시간 전송 서비스 그리고 차량의 위치를 계속적으로 알려 주는 위치 탐색 서비스를 지원한다. 이러한 전송 서비스를 지원하기 위해서 UTIS는 물리 계층과 MAC 계층으로 구성된다. 그러나 UTIS에서는 차량의 고속 이동으로 인해서 셀(cell)간의 핸드오프가 빈번히 발생하고 또한 위치 추적과 방송 서비스와 같은 실시간 전송 서비스를 지원해야 하기 때문에 기존의 802.11 MAC을 사용할 수 없다. 즉 UTIS에서의 빠른 등록 요구 조건을 충족시키기 위해 기존의 802.11에서 사용하는 경쟁(contention) 방식은 비효율적이다. 본 논문에서는 셀 내에 도착하는 노드 수에 따라 경쟁을 하는 그룹의 크기를 동적으로 조절하는 DLC 알고리즘을 제안한다. 기존의 UTIS에서는 그룹 크기를 정적으로 결정하고 모바일 노드는 자신의 주소에 이 정적 그룹 크기로 modulo하여 자신의 속한 그룹을 초기에 계산한다. 기지국이 접속해야하는 그룹을 폴링 메시지로 지정할 때 그 그룹에 속한 모바일 노드들만이 제한적으로 경쟁하게 된다. 이러한 정적인 그룹 크기는 셀 내에의 노드의 숫자와 그룹 크기의 분포를 고려하지 않는 방식으로 비효율적이다. 본 DLC 알고리즘에서는 전 폴링 주기 동안에 경쟁하는 노드의 빈도수를 계속적으로 추적하여 등록 시점에 경쟁하는 그룹의 개수를 동적으로 조절하게 된다. 이러한 방식은 UTIS와 같이 접속 시간이 제한적이고 접속하려는 노드 수가 빠르게 변화하는 환경 하에서 기존의 802.11 MAC 프로토콜과 정적인 그룹 크기 방식에 비해 효율적이다.

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코드그룹화와 그룹단위 역상관을 이용한 W-CDMA 하향링크에서의 다중사용자 간섭억압기법 (Interference Suppression Based on Code Grouping and Groupwise Decorrelation in W-CDMA Downlink)

  • 하원;배정화;임병천;박진우
    • 한국통신학회논문지
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    • 제29권6A호
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    • pp.631-639
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    • 2004
  • 본 논문에서는 다중전송속도를 갖는 DS-CDMA (direct sequence code division multiple access) 하향링크에서 코드의 그룹화와 그룹단위의 역상관을 이용하는 새로운 다중사용자 간섭 억압기법을 제시한다. 다중전송속도를 지원하기 위해 사용되는 OVSF (orthogonal variable spreading factor) 코드에서 모코드와 자코드 간의 상관관계를 이용하여 코드그룹화가 수행된다. 그룹단위의 역상관을 이용하여 제안된 수신기는 기존에 제안된 다른 수신기들보다 비교적 적은 연산복잡도를 가지며, 간섭을 일으키는 다른 사용자에 대한 정보(코드, 데이터, 진폭 등)가 요구되지 않는다. 컴퓨터 모의실험을 통하여 제안된 수신기는 다중경로 채널 환경에서 기존의 간섭제거방식의 수신기보다 월등한 성능향상을 제공함을 알 수 있었다.