• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2006.06a
• /
• pp.58-60
• /
• 2006

대사 경로를 자동으로 레이아웃 해주는 시스템에 있어 노드 수가 일정수 이상으로 증가할수록 에지 크로싱이 기하급수적으로 증가하는 문제가 있다. 따라서 유전체 수준에서 대사 경로간의 관계(Cross-talk) 등을 살펴보기 위해서는 레이아웃 상에 나타나는 에지 크로싱을 줄이고 이를 압축하여 표시할 필요가 있다. 이는 개개의 대사경로에 대한 레이아웃 분만 아니라 대사 경로간의 관계 등 다양한 단계와 방식의 레이아웃이 가능한 시스템이 필요하기 때문이다. 본 논문에서는 레이아웃 상에 나타나는 에지 크로싱에 의한 가독성 저해를 피하기 위하여 대상 경로 상에 존재하는 연결성 높은 부그래프를 찾는 모듈을 개발하였다. 또한 각각의 부그래프를 슈퍼노드로 치환하는 방식을 적용함으로써 대사 경로를 이해하기 쉽도록 하였다. 또한 이러한 과정은 반복적, 혹은 역방향으로 실행할 수 있도록 하였다. 실험결과, 대사 경로 상에 존재하는 연결성 높은 부그래프들은 그래프밀도값 Q가 0.8로 나타나, 단백질 상호작용 네트워크에 비하여 희소한(sparse) 네트워크 구조를 보임을 알 수 있었다.

• Journal of KIISE:Software and Applications
• /
• v.36 no.11
• /
• pp.875-890
• /
• 2009

Metabolimics interprets an organism as a network of functional units and an organism is represented by a metabolic pathway i.e., well-displayed graph. So a software tool for drawing pathway is necessary to understand it comprehensively. These tools have a problem that edge-crossings exponentially increase as the number of nodes grows. To apply automatic graph layout techniques to the genome-scale metabolic flow, it is very important to reduce unnecessary edge-crossing on a metabolic pathway layout. In this paper, we design and implement 2.5D metabolic pathway layout modules. Metabolic pathways are represented hierarchically by making use of the '2-layered layout algorithm' in 3D. It enhances the readability and reduces unnecessary edge-crossings by using 3D layout modules instead of 2D layout algorithms.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
• /
• v.18 no.5
• /
• pp.95-102
• /
• 2013

In metabolomics, metabolic pathway is represented by well-displayed graph. Metabolic pathways, especially, have a complex binding structure, which makes the graphical representation hard to visualize. There is a problem that edge crossings exponentially increase as the number of nodes grows. To apply automatic graph layout techniques to the genome-scale metabolic flow of metabolism domains, it is very important to reduce unnecessary edge crossing on a metabolic pathway layout. we proposed a metabolic pathway layout algorithm based on 2-layer layout. Our algorithm searches any meaningful component existing in a pathway, such as circular components, highly connected nodes, and the components are drawn in upper layer. Then the remaining subgraphs except meaningful components are drawn in lower layer by utilizing a new radial layout algorithm. It reduces ultimately reduced the number of edge crossings. This algorithm is the basis of flexible analysis for metabolic pathways.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
• /
• v.18 no.6
• /
• pp.71-79
• /
• 2013

Metabolic pathway, represented by well-displayed graph, have a complex binding structure, which makes the graphical representation hard to visualize. To apply automatic graph layout techniques to the genome-scale metabolic flow of metabolism domains, it is very important to reduce unnecessary edge crossing on a metabolic pathway layout. we proposed a metabolic pathway layout algorithm based on 3-layer layout. Our algorithm searches any meaningful component existing in a pathway, such as circular components, highly connected nodes, and the components are drawn in middle layer. Then the remaining subgraphs except meaningful components are drawn in upper and lower layer by utilizing a new radial layout algorithm. It reduces ultimately reduced the number of edge crossings. Our algorithm solve the problem that edge crossings exponentially increase as the number of nodes grows.

• Journal of KIISE:Computer Systems and Theory
• /
• v.34 no.5_6
• /
• pp.202-213
• /
• 2007

A network is an important model widely used in natural and social science as well as engineering. To analyze these networks easily it is necessary that we should layout the features of networks visually. These Graph-Layout researches have been performed recently according to the development of the computer technology. Among them, the Scale-free Network that stands out in these days is widely used in analyzing and understanding the complicated situations in various fields. The Scale-free Network is featured in two points. The first, the number of link(Degree) shows the Power-function distribution. The second, the network has the hub that has multiple links. Consequently, it is important for us to represent the hub visually in Scale-free Network but the existing Graph-layout algorithms only represent clusters for the present. Therefor in this thesis we suggest Graph-layout algorithm that effectively presents the Scale-free network. The Hubity(hub+ity) repulsive force between hubs in suggested algorithm in this thesis is in inverse proportion to the distance, and if the degree of hubs increases in a times the Hubity repulsive force between hubs is ${\alpha}^{\gamma}$ times (${\gamma}$??is a connection line index). Also, if the algorithm has the counter that controls the force in proportion to the total node number and the total link number, The Hubity repulsive force is independent of the scale of a network. The proposed algorithm is compared with Graph-layout algorithm through an experiment. The experimental process is as follows: First of all, make out the hub that exists in the network or not. Check out the connection line index to recognize the existence of hub, and then if the value of connection line index is between 2 and 3, then conclude the Scale-free network that has a hub. And then use the suggested algorithm. In result, We validated that the proposed Graph-layout algorithm showed the Scale-free network more effectively than the existing cluster-centered algorithms[Noack, etc.].

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2006.06a
• /
• pp.61-63
• /
• 2006

본 논문은 온톨로지를 이용하여 단백질 상호작용 네트워크를 개념적으로 분류하여 레이아웃하는 방법을 제안한다. 상호작용 네트워크를 이루는 단백질은 온톨로지의 표준 통제 용어에 대한 주석 정보를 가지고 있으므로 동일 분류에 해당하는 통제 용어를 가지고 있는 단백질들은 근접한 곳에 위치하도록 레이아웃한다. 이는 기존 물리적 레이아웃에 기능별 그룹화를 해줌으로써 복잡한 네트워크를 개념적으로 분석할 수 있도록 한다. 또한, 동일 분류에 속하는 단백질들을 한 노드로 대응하여 레이아웃 알고리즘을 수행함으로써 기존의 그래프표현 알고리즘 보다 빠르게 시각화할 수 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2001.04a
• /
• pp.25-27
• /
• 2001

설계 재활용을 위하여서는, 반도체 지적 소유권(Intellectual property)의 표준화와 더불어 레이아웃 자동 이식에 관한 연구와 상품화가 필수적이다. 본 논문은 반도체 설계 형식 중에서 생산 공정과 밀접한 레이아웃 형식의 회로도면 처리를 자동화하여 설계와 생산 시간을 혁신적으로 단축하기 위한 연구이다. 레이아웃 형식은 특성상 도형(폴리곤)으로 구성되어 있으며, 레이아웃 형태에서 다양한 도형의 중첩이 반도체의 트랜지스터, 저항, 캐피시터를 표현함으로써, 반도체 지적소유권의 한 형식으로 자주 활용되고 있다. 본 논문은 반도체 레이아웃 이식 소프트웨어 시스템의 내부 기능에 관한 설명과 처리 능력과 속도를 높이기 위한 알고리즘의 제안과 벤치마킹 결과를 보여 주고 있다. 비교 결과, 자원의 최적 활용(41%)으로 대용량의 처리 가능성을 보여 주고 있으며, 처리 속도는 평균 27배로써 이전의 벤치마킹 회로를 더욱 크게 하여 그 결과를 보여 주고 있다. 이러한 비교 우위는 본 논문에 포함된 소자 처리 알고리즘과 그래프를 이용한 컴팩션 알고리즘에 기인한다. 지면상의 연유로, 참고1에서는 기능 설명을, 본 논문은 알고리즘의 구현에 관한 설명을 중점적으로 기술한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 1998.10c
• /
• pp.255-257
• /
• 1998

인터페이스 명세 방법들이 많이 개발되었지만, 현재 GUI 인터페이스 개발에는 인터스 명세 방법들은 사용되지 않고 인터페이스 디자인 중심의 개발 도구들이 주로 사용된다. 그러나, 현재 많이 사용되는 인터페이스 개발 도구들은 인터페이스 레이아웃을 기술하는 방법은 제공하지만, 상호작용을 기술할 수 있는 방법은 제공해주지 못하고 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 본 논문에서는 인터페이스 레이아웃과 상호작용을 동시에 지원할 수 있는 IIG(Interface Interaction Graph)와 IIG를 기반으로 한 Improve Builder 시스템을 소개한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2005.07b
• /
• pp.250-252
• /
• 2005

기존의 레이아웃 알고리즘은 경로의 가독성과 속도 등에 주안점을 두어 개발되었다. 따라서 이러한 시스템의 경우 노드수가 증가할수록 에지 크로싱이 기하급수적으로 증가하는 문제가 있는데, genome scale에서의 대사 경로를 연구하기 위해서는 대사 경로 그래프 레이아웃 상에 나타나는 에지 크로싱을 줄이는 것이 시각화의 매우 중요한 부분이다. 대사 경로는 효소에 의한 화합물 간의 변화를 보여주는 네트워크로서, 대부분 척도 없는 네트워크 구조를 갖는다는 것이 알려져 있다. 이러한 대사 경로의 구조적 특징을 고려하여 에지 크로싱을 최소화하는 대사 경로 레이아웃 방법을 제안하고, 그 결과 노드수의 증가에 따른 에지 크로싱의 급격한 증가현상이 $37\~40\%$의 감소된 결과를 나타냈으며, 노드수가 증가하더라도 에지 크로싱이 오히려 감소하는 경우도 관찰되었다.

• Journal of the HCI Society of Korea
• /
• v.10 no.1
• /
• pp.5-17
• /
• 2015

Nowadays various public data have been serviced to the public. Through the opening of public data, the transparency and effectiveness of public policy developed by governments are increased and users can lead to the growth of industry related to public data. Since end-users of using public data are citizens, it is very important for everyone to figure out the meaning of public data using proper visualization techniques. In this work, to indicate the significance of widespread public data, we consider UN voting record as public data in which many people may be interested. In general, it has high utilization value by diplomatic and educational purposes, and is available in public. If we use proper data mining and visualization algorithms, we can get an insight regarding the voting patterns of UN members. To visualize, it is necessary to measure the voting similarity values among UN members and then a social graph is created by the similarity values. Next, using a graph layout algorithm, the social graph is rendered on the screen. If we use the existing method for visualizing the social graph, it is hard to understand the meaning of the social graph because the graph is usually dense. To improve the weak point of the existing social graph visualization, we propose Friend-Matching, Friend-Rival Matching, and Bubble Heap algorithms in this paper. We also validate that our proposed algorithms can improve the quality of visualizing social graphs displayed by the existing method. Finally, our prototype system has been released in http://datalab.kunsan.ac.kr/politiz/un/. Please, see if it is useful in the aspect of public data utilization.