• Title/Summary/Keyword: 구문 트리 커널

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Protein-Protein Interaction Recognition based on Semantic Parse Tree Kernel (시맨틱 구문 트리 커널 기반의 단백질 간 상호작용 식별)

  • Jeong, Chang-Hoo;Chun, Hong-Woo;Choi, Yun-Soo;Choi, Sung-Pil
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2010.06c
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    • pp.240-244
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    • 2010
  • 본 논문에서는 단백질 간 상호작용 자동 식별을 위해서 구문 트리 커널을 확장한 시맨틱 구문 트리 커널을 제안한다. 기존의 구문 트리 커널은 구문 트리의 단말 노드를 구성하는 개별 어휘에 대해서 단순하게 외형적 비교를 수행하기 때문에 실제 의미적으로는 유사한 두 구문 트리의 커널 수치가 상대적으로 낮아져서 단백질 간 상호작용 식별의 성능이 떨어지는 문제점이 발생한다. 이를 극복하기 위해서 두 구문 트리의 구문적 유사도(syntactic similarity)와 어휘 의미적 유사도(lexical semantic similarity)를 동시에 효과적으로 계산하여 이를 결합하는 새로운 커널을 고안하였다. 그리고 제안된 시맨틱 구문 트리 커널을 활용하여 단백질 간 상호작용 식별 성능을 향상시킬 수 있음을 실험을 통하여 보여주었다.

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A Study on the Identification and Classification of Relation Between Biotechnology Terms Using Semantic Parse Tree Kernel (시맨틱 구문 트리 커널을 이용한 생명공학 분야 전문용어간 관계 식별 및 분류 연구)

  • Choi, Sung-Pil;Jeong, Chang-Hoo;Chun, Hong-Woo;Cho, Hyun-Yang
    • Journal of the Korean Society for Library and Information Science
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    • v.45 no.2
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    • pp.251-275
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    • 2011
  • In this paper, we propose a novel kernel called a semantic parse tree kernel that extends the parse tree kernel previously studied to extract protein-protein interactions(PPIs) and shown prominent results. Among the drawbacks of the existing parse tree kernel is that it could degenerate the overall performance of PPI extraction because the kernel function may produce lower kernel values of two sentences than the actual analogy between them due to the simple comparison mechanisms handling only the superficial aspects of the constituting words. The new kernel can compute the lexical semantic similarity as well as the syntactic analogy between two parse trees of target sentences. In order to calculate the lexical semantic similarity, it incorporates context-based word sense disambiguation producing synsets in WordNet as its outputs, which, in turn, can be transformed into more general ones. In experiments, we introduced two new parameters: tree kernel decay factors, and degrees of abstracting lexical concepts which can accelerate the optimization of PPI extraction performance in addition to the conventional SVM's regularization factor. Through these multi-strategic experiments, we confirmed the pivotal role of the newly applied parameters. Additionally, the experimental results showed that semantic parse tree kernel is superior to the conventional kernels especially in the PPI classification tasks.

Performance Enhancement of Tree Kernel-based Protein-Protein Interaction Extraction by Parse Tree Pruning and Decay Factor Adjustment (구문 트리 가지치기 및 소멸 인자 조정을 통한 트리 커널 기반 단백질 간 상호작용 추출 성능 향상)

  • Choi, Sung-Pil;Choi, Yun-Soo;Jeong, Chang-Hoo;Myaeng, Sung-Hyon
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.37 no.2
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    • pp.85-94
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    • 2010
  • This paper introduces a novel way to leverage convolution parse tree kernel to extract the interaction information between two proteins in a sentence without multiple features, clues and complicated kernels. Our approach needs only the parse tree alone of a candidate sentence including pairs of protein names which is potential to have interaction information. The main contribution of this paper is two folds. First, we show that for the PPI, it is imperative to execute parse tree pruning removing unnecessary context information in deciding whether the current sentence imposes interaction information between proteins by comparing with the latest existing approaches' performance. Secondly, this paper presents that tree kernel decay factor can play an pivotal role in improving the extraction performance with the identical learning conditions. Consequently, we could witness that it is not always the case that multiple kernels with multiple parsers perform better than each kernels alone for PPI extraction, which has been argued in the previous research by presenting our out-performed experimental results compared to the two existing methods by 19.8% and 14% respectively.

Relation Extraction based on Composite Kernel combining Pattern Similarity of Predicate-Argument Structure (술어-논항 구조의 패턴 유사도를 결합한 혼합 커널 기반관계 추출)

  • Jeong, Chang-Hoo;Choi, Sung-Pil;Choi, Yun-Soo;Song, Sa-Kwang;Chun, Hong-Woo
    • Journal of Internet Computing and Services
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    • v.12 no.5
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    • pp.73-85
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    • 2011
  • Lots of valuable textual information is used to extract relations between named entities from literature. Composite kernel approach is proposed in this paper. The composite kernel approach calculates similarities based on the following information:(1) Phrase structure in convolution parse tree kernel that has shown encouraging results. (2) Predicate-argument structure patterns. In other words, the approach deals with syntactic structure as well as semantic structure using a reciprocal method. The proposed approach was evaluated using various types of test collections and it showed the better performance compared with those of previous approach using only information from syntactic structures. In addition, it showed the better performance than those of the state of the art approach.

Extraction of Relationships between Scientific Terms based on Composite Kernels (혼합 커널을 활용한 과학기술분야 용어간 관계 추출)

  • Choi, Sung-Pil;Choi, Yun-Soo;Jeong, Chang-Hoo;Myaeng, Sung-Hyon
    • Journal of KIISE:Computing Practices and Letters
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    • v.15 no.12
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    • pp.988-992
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    • 2009
  • In this paper, we attempted to extract binary relations between terminologies using composite kernels consisting of convolution parse tree kernels and WordNet verb synset vector kernels which explain the semantic relationships between two entities in a sentence. In order to evaluate the performance of our system, we used three domain specific test collections. The experimental results demonstrate the superiority of our system in all the targeted collection. Especially, the increase in the effectiveness on KREC 2008, 8% in F1, shows that the core contexts around the entities play an important role in boosting the entire performance of relation extraction.

Relation Extraction based on Extended Composite Kernel using Flat Lexical Features (평면적 어휘 자질들을 활용한 확장 혼합 커널 기반 관계 추출)

  • Chai, Sung-Pil;Jeong, Chang-Hoo;Chai, Yun-Soo;Myaeng, Sung-Hyon
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.36 no.8
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    • pp.642-652
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    • 2009
  • In order to improve the performance of the existing relation extraction approaches, we propose a method for combining two pivotal concepts which play an important role in classifying semantic relationships between entities in text. Having built a composite kernel-based relation extraction system, which incorporates both entity features and syntactic structured information of relation instances, we define nine classes of lexical features and synthetically apply them to the system. Evaluation on the ACE RDC corpus shows that our approach boosts the effectiveness of the existing composite kernels in relation extraction. It also confirms that by integrating the three important features (entity features, syntactic structures and contextual lexical features), we can improve the performance of a relation extraction process.

Kernelized Structure Feature for Discriminating Meaningful Table from Decorative Table (장식 테이블과 의미 있는 테이블 식별을 위한 커널 기반의 구조 자질)

  • Son, Jeong-Woo;Go, Jun-Ho;Park, Seong-Bae;Kim, Kweon-Yang
    • Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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    • v.21 no.5
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    • pp.618-623
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    • 2011
  • This paper proposes a novel method to discriminate meaningful tables from decorative one using a composite kernel for handling structural information of tables. In this paper, structural information of a table is extracted with two types of parse trees: context tree and table tree. A context tree contains structural information around a table, while a table tree presents structural information within a table. A composite kernel is proposed to efficiently handle these two types of trees based on a parse tree kernel. The support vector machines with the proposed kernel dised kuish meaningful tables from the decorative ones with rich structural information.

Altering LCA of dependency parse trees for improving relation extraction from adjective clauses (형용사구에서의 관계추출 개선을 위한 의존구문트리의 최소공동조상 (LCA) 변경)

  • Lee, Dae-Seok;Myaeng, Sung-Hyon
    • Annual Conference on Human and Language Technology
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    • 2018.10a
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    • pp.552-556
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    • 2018
  • 본 논문에서는 텍스트에서 개체(entity) 간 관계(relation) 추출 문제에서 의존구문트리를 이용하여 자질을 추출할 때 형용사구 내에 관계가 나타나는 경우의 성능을 향상시키는 방법을 제안한다. 일률적으로 의존구문트리의 최소공동조상(LCA: Least Common Ancestor)을 이용하는 일반적인 방법보다 형용사구가 나타날 때는 형용사구의 술어를 대신 이용하는 것이 더 좋은 자질이 된다는 것을 제안하고 로지스틱 회귀분석, SVM(linear), SVM(exponential kernel)을 이용한 실험들을 통해 그 효과를 확인하였다. 이는 트리커널을 이용한 것과 같이 의존구문트리의 최소공동조상이 주요한 역할을 하는 관계추출 모델들의 성능을 높일 수 있음을 보여 준다. 수행한 실험 과정을 통해 관계추출 데이터 셋에서 형용사구 내 관계를 포함하는 문장이 전체에서 차지하는 비율이 낮을 경우 생길 수 있는 문제를 추가적으로 얻을 수 있었다.

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Analyzing Dependencies of Korean Subordinate Clauses (복합 커널을 사용한 한국어 종속절의 의존관계 분석)

  • Kim, Sang-Soo;Park, Seong-Bae;Lee, Sang-Jo;Park, Se Young
    • Annual Conference on Human and Language Technology
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    • 2007.10a
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    • pp.91-98
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    • 2007
  • 한국어에서 절들의 의존관계를 밝히는 작업은 구문 분석 작업에서 가장 어려운 작업들 중에 하나로 인식되고 있다. 절의 의존관계를 파악하는 일은 표면적으로 나타나는 정보만을 가지고 처리할 수 없고, 의미 정보 같은 추가적인 정보가 필요할 것으로 판단하고 처리해왔다. 본 논문에서는 추가적인 정보를 사용하지 않고, 문장에서 얻을 수 있는 표면적인 정보만을 사용하여 절들 간의 의존관계를 파악하는 방법을 제안한다. 문장에서 얻을 수 있는 표면적인 정보는 문장의 구문 정보(tree structure information)와 어휘 및 거리 정보를 가지고 있는 정적인 정보(static information)로 나누어 볼 수 있다. 본 논문에서는 절들 간의 의존 관계 파악을 위하여 구문 정보 및 어휘정보 등을 하나 이상의 커널의 결합해서 사용하는 복합 커널(composite kernel)을 제안하고, 이 커널에 맞는 다양한 인스턴스 공간의 설정을 제안한다. 실험 데이터는 구문 트리로 표현된 STEP 2000코퍼스를 사용하였다. 실험은 최적화된 인스턴스 공간을 절들 간의 의존관계 파악 및 문장 수준에서 성능을 검정하였다. 관계 인스턴스 공간은 절들 간의 연결을 기준으로 Path-enclosed Tree와 Flattened Path-enclosed Tree로, 하부절(관형절)의 표현 유무로 Complete Tree, Contex-sensitive Tree, Simple Tree로 나누어 각각의 조합으로 실험하여 결정하였다. 그리고 결정된 인스턴스 공간에서 복합커널을 사용한 방법이 좋은 성능을 발휘함을 보였다.

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Relation Extraction based on Composite Kernel using Pattern Similarity of Predicate-Argument Structure (술어-논항 구조의 패턴 유사도를 활용한 혼합 커널 기반 관계 추출)

  • Jeong, Chang-Hoo;Chun, Hong-Woo;Choi, Yun-Soo;Song, Sa-Kwang;Choi, Sung-Pil
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2011.06c
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    • pp.276-279
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    • 2011
  • 문서 내에 존재하는 개체 간의 관계를 자동으로 추출할 때 다양한 형태의 문서 분석 결과를 활용할 수 있다. 본 논문에서는 기존에 개발되어 비교적 높은 성능을 보여준 트리 커널의 구절 구조 유사성 정보와 두 개체 사이의 유의미한 연관관계를 표현하는 술어-논항 구조 패턴의 유사성 정보를 활용하는 혼합 커널을 제안한다. 구문적 구조를 이용하는 기존의 트리 커널 기법에 술어와 논항 간의 의미적 구조를 활용하는 술어-논항 구조 패턴 유사도 커널을 결합하여 상호보완적인 혼합 커널을 구성하였고, 실험을 통하여 개발된 커널의 성능을 측정하였다. 실험 결과 구절 구조 정보를 이용하는 트리 커널만을 단독으로 사용했을 때보다 술어-논항 구조의 패턴 정보를 결합한 혼합 커널을 사용했을 때에 더 좋은 성능을 보이는 것을 확인할 수 있었다. 이는 관계 인스턴스에 대한 구절 구조 정보뿐만 아니라 개체 간의 유의미한 연관관계를 표현해주는 술어-논항 구조 패턴 또한 관계 추출 작업에 매우 유용한 정보임을 입증하고 있다.