• Bioinformatics and Biosystems
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• 제2권1호
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• pp.7-11
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• 2007

하나의 아미노산이 다른 아미노산으로 바뀌는 가능성을 계통학적인 나무를 이용해서 치환행렬로 만들었다. PFMT(Phylogenetic Focused Mutaion Tendency)행렬은 기존의 PAM160이나 BLOSUM62와 다르게 공통조상으로부터 상위 종으로 치환되는 가능성을 점수화 하였다. COGs의 데이터베이스에 있는 152KOGs를 뽑아서 아미노산의 치환횟수를 점수화하였다. PFMT 행렬은 어떤 서열보다 더 상위 종의 서열을 비교할 때 유용하게 쓰일 수 있으며 2개의 아미노산간의 치환 관계를 더 자세하게 볼 수 있게 한다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2019년도 춘계학술대회
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• pp.68-68
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• 2019

닥나무(Paper mulberry)는 뽕나무과(Moraceae) 닥나무속(Broussonetia)에 속하는 낙엽 활엽 관목으로 중국, 일본, 한국 등에 자생하며 Hutchinson(1967)에 의하면 닥나무 속은 열대, 아열대, 난대지방에서 자라는 낙엽성 관목으로 세계적으로 약 6종이 있다고 보고되었다. 일반적으로 닥나무의 품종을 구분하는 것은 수목학적 관점으로 잎의 성상, 줄기의 색과 무늬 유무로 구분한다. 그러나 상기의 수목학적 특징은 닥나무(Broussonetia kazinoki Siebold)와 꾸지나무[Broussonetia papyrifera (L.) L'Her. ex Vent.]가 유사하여 오동정의 사례가 발생하기도 한다. 경상도지역에서는 닥나무를 참닥나무, 머구닥나무, 개닥나무 3가지의 향명으로 구분하고 있다. 본 연구에서는 경상도지역 9개체 닥나무를 대상으로 수목학적 특징을 확인하였다. 나아가 식물종의 기준을 명확히 규명하기 위하여 엽록체 속의 matK, trnL-F, ndhF, 3개 마커와 핵에 존재하는 ITS, 총 4개 마커의 염기서열을 생산하였고 상기 구간에서 얻어진 염기서열 비교분석 및 계통학적 분류를 통해 유연관계를 파악하였다. 수목학적 관점으로는 품종을 명확하게 구분하기가 어려웠으며 분자계통학적 연구로 모든 시료는 닥나무와 꾸지나무의 교잡종으로 확인되었다. 본 연구 결과는 우리나라 전통한지의 원재료로 사용되는 닥나무류 식물자원의 분류체계의 확립을 위한 기초자료로 활용 될 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제44권1호
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• pp.51-58
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• 2014

한국산 향나무절 식물에 대한 계통학적 유연관계를 규명하고, 더불어 향나무속 및 향나무절의 계통 및 유연관계를 잘 나타낼 수 있는 분자마커를 찾아내고자 분자계통학적 연구를 수행하였다. 엽록체 DNA matK와 psbA-trnH를 분자마커로 활용하였으며, 두 유전자의 조합분석결과 향나무절이 100%의 BP로 지지되는 분계조를 이루었다. 눈향나무+단천향나무 분계조와 향나무+섬향나무+뚝향나무 분계조는 각각 91%, 100%의 BP로 지지되었다. 따라서 한국산 향나무절은 (1) 눈향나무+단천향나무, (2) 향나무+섬향나무+뚝향나무 두 개의 분계조로 구분하는 것이 가장 적합할 것으로 생각되고, 본 연구에서 이용된 두 개의 분자마커 중 matK가 psbA-trnH 보다 향나무속 및 향나무절의 계통 및 유연관계를 규명하는데 다소 높은 해상력을 나타내었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제29권5호
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• pp.547-554
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• 2016

피나무속 식물은 화경의 아래에 부착된 선형의 포를 특징적으로 가지고 있으며 이러한 형질은 아욱과의 다른 속과 구분된다. 본 연구는 피나무속의 종간 계통학적 유연관계를 규명하고자 하였다. 계통학적 분석은 한국과 일본의 피나무속 10종, outgroup으로 멕시코목화를 선정하여 수행하였다. nrDNA의 ITS와 cpDNA의 trnL-F, rpl32-trnL의 염기서열을 확보하여 분석하였다. ITS, trnL-F 와 rpl32-trnL의 data를 유합한 결과 계통수는 6개의 분계조로 구성되었다. 구주피나무는 outgroup과 가장 가깝게 나타났다. 피나무 , 뽕잎피나무 그리고 털피나무는 한 분계조를 형성하였다. 연밥피나무, 섬피나무, 일본피나무는 각각 독립적인 분계조를 형성하였다. 섬피나무는 일본피나무와 가장 가까운 관계를 보여주었다. 보리자나무, 찰피나무, 염주나무는 하나의 분계조를 형성하여 서로 근연관계에 있음을 보여주었다.

• 식물분류학회지
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• 제46권2호
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• pp.247-255
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• 2016

천주교 대구교구청에 심어져 있는 오래된 왕벚나무의 기원을 추적하기 위하여 제주도에 자생하는 야생 왕벚나무와 재배 왕벚나무(Somei-yoshino cherry)의 계통분류학적 유연관계를 알아보았다. 한국과 일본에서 채집한 야생 왕벚나무, 재배 왕벚나무 및 근연종인 올벚나무, 총 25 개체에 대하여 cpDNA 두 구간(rpl16 유전자, trnS-trnG intergenic spacer)의 염기서열을 사용하여 계통수와 반수체형(haplotype) 네트워크를 작성하여 두 분류군을 비교하였다. 야생 왕벚나무와 재배 왕벚나무는 서로 구별되는 분류군으로 드러났으며, 비록 적은 샘플을 대상으로 비교적 짧은 유전자위가 사용되었지만 야생 왕벚나무는 재배 왕벚나무보다 반수체형 다양성이 높은 것으로 나타났다. 이는 야생 왕벚나무의 교배 기원에 모계쪽으로 기여한 것으로 알려진 올벚나무의 유전적 다양성에서 기인하는 것으로 추정된다. 따라서, 야생 왕벚나무와 재배 왕벚나무의 계통분류학적 관계를 보다 명확하게 파악하기 위하여 올벚나무를 한국과 일본의 다양한 분포 지역에서 넓게 채집하여 추가 연구를 실시할 필요가 있다고 생각된다. Taquet 신부가 제주에서 채집하여 대구에 옮겨 심었다고 추정되었던 천주교 대구교구청의 오래된 왕벚나무는 야생 왕벚나무가 아닌 재배 왕벚나무로 보는 것이 타당하다.

• 식물분류학회지
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• 제47권3호
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• pp.222-235
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• 2017

나도국수나무족에 속하는 Neillia속(나도국수나무속) 4종 4변종, Physocarpus속(산국수나무속) 5종, Stephanandra속(국수나무속) 2종을 포함, 총 3속 15분류군의 잎 표피 미세형태학적 형질을 주사전자현미경(scanning electron microscope)을 이용하여 관찰 및 기재하였으며, 형질의 분류학적, 계통학적 유용성을 검토하였다. Neillia속, Stephanandra속에서 기공복합체는 모두 배축면에만 존재하는 이면기공엽(hypostomatic type)이 나타났고, Physocarpus속에서는 P. monogynus, P. opulifolius에서만 양면기공엽(amphistomatic type)이 나타났다. 공변세포의 크기는 $12.02-34.39{\times}10.76-27.13{\mu}m$로 속과 종마다 다소 차이를 보이는데, N. thyrsiflora가 평균 $13.98{\times}12.43(L{\times}W){\mu}m$로 가장 작은 공변세포를 갖는 것으로 나타났으며, N. gracilis가 평균 $26.82{\times}20.67(L{\times}W){\mu}m$로 가장 크게 나타났다. 기공복합체의 형태는 N. affinis에서만 평행형(paracytic)이 나타났고, 대부분 불규칙형(anomocytic)이 확인되었다. 표피세포는 섬국수나무(Physocarpus insularis)에서만 배축면에서 유두상(papillate)이 관찰되어 구별되었으며, N. affinis, S. tanakae의 향축면에서 판형(platelets)의 표피상납질(epicuticular wax)이 나타나 구별되었다. 한편, 연구된 분류군에서 모용은 크게 단세포단모(unicellular non-glandular trichome), 2-5개 가지상 모용(two- to five-armed trichome), 성상모(stellate), 선모(glandular trichome), 총 4종류로 확인되었다. 특히, 섬국수나무를 제외한 Physocarpus속 모든 분류군에서 성상모가 나타나 구별되었다. 끝으로, 잎 표피 미세형태학적 형질 중 기공복합체의 형태, 유두상표피세포의 유무, 성상모의 유무 형질이 분류학적 및 계통학적으로 유용성이 있음을 밝혔고, 본 연구 결과, Stephanandra속의 Neillia속으로의 통합, 섬국수나무(Physocarpus insularis)의 Spiraea속(조팝나무속)으로의 전속을 주장한 이전의 분자계통학적 및 화분학적 연구 결과를 강력하게 지지하였다.

• 한국자원식물학회지
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• 제29권5호
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• pp.555-563
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• 2016

국내 농가에서 재배되고 있는 산초 및 초피유전자원의 형태학적 특성과 유전적 다양성을 분석하여 분자생물학적 분류와 유전자원평가에 활용하고자 하였다. 산초 수집계통간의 유전적 다형성은 증폭된 총 88개 밴드 중 85개의 다형성 밴드가 검출되어 96.5%였으며, 초피나무 수집계통은 총 58개 밴드 중 다형성 밴드는 35개로 60.3%의 다형성을 나타내었다. 산초나무 수집 계통의 UBC 861 프라이머 500 bp 영역과 UBC 862 프라이머 300 bp 영역에서 종 특이적인 밴드가 검출되었다. 신품종 육종의 기초자료로 활용하고자 유전적 유사도 지수를 산출한 결과, 총 32계통간의 유전적 유사도 지수는 최저 0.116에서 최고 0.816 사이로 산초나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.177∼0.780, 초피나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.250∼0.816 사이로 낮게 나타나 교배육종 소재로 활용이 기대된다. 군집분석 결과, 유전적 유사도 지수 0.302에서 산초나무와 초피나무 수집 계통이 분리되어 산초나무 2개 그룹과 초피나무 1개 그룹으로 유집되었다. 반면 유집된 그룹과 형태학적 특성과 연관성은 없었다. 본 연구 결과를 바탕으로 ISSR 마커로 산초와 초피의 종간 구분 마커 개발이 기대되며, 유전적 유사도를 바탕으로 교배육종 소재 선발의 가능성이 평가되었다.

• 식물분류학회지
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• 제34권3호
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• pp.189-203
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• 2004

한국산 개나리족 식물의 분류학적 한계를 규명하고 계통학적 유연관계를 논의하고자 2속 8분류군 25집단으로부터 33개의 형태형질을 측정하여 수리분류학적 분석을 실시하였다. 본 연구에는 개나리족 8분류군 외에 향선나무를 비교군으로 설정하여 미선나무속의 분류학적 한계에 대한 검토를 실시하였고 근연분류군인 개나리족과 향선나무족간의 유연관계를 밝히고자 하였다. 주성분 분석결과 주성분 1, 2, 3이 전체분산의 79.6%를 설명할 수 있는 결과를 나타내었다. 주성분적재값을 기초로 공간배열을 실시한 결과, 각 속별로 크게 3개의 유집군이 형성되었고, 개나리속은 개나리-산개나리-의성개나리 유집군과 만리화-장수만리화 유집군으로 구분되었다. 미선나무속집단은 분류군의 구분 없이 무작위적인 배열을 나타냄으로써 종하분류군들은 기본종의 개체변이로 생각된다. 향선나무는 개나리족의 개나리속집단과 미선나무집단과는 명확하게 독립적인 군집을 형성하여 족 간의 뚜렷한 한계를 나타내었다.

• 식물분류학회지
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• 제46권1호
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• pp.13-32
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• 2016

나도국수나무족(Neillieae)은 전통적으로 나도국수나무속(Neillia), 국수나무속(Stephanandra), 산국수나무속(Physocarpus)의 3속으로 구성된 장미과의 분류군으로 인식되어 왔다. 그러나, 국수나무속은 최근의 분자계통학적 연구에 근거하여 나도국수나무속에 포함되어, 나도국수나무족은 나도국수나무속과 산국수나무속의 2속으로 구성된 족으로 인식된다. 나도국수나무속은 난형 내지 피침형의 잎, 점첨두 내지 꼬리형의 엽선, 총상 또는 원추화서 및 단심피의 암술을 갖는 특징에 의해 산국수나무속과 뚜렷이 구분된다. 본 속의 식물은 히말라야에서 중국 및 한국을 거쳐 동쪽으로 일본, 남쪽으로 인도네시아에 걸쳐 분포한다. 본 연구에서는 나도국수나무족의 종속지적 연구의 일환으로 나도국수나무속의 분류를 제시하였다. 기준표본을 포함한 표본 조사 및 야외 조사를 바탕으로 형태형질 분석 결과와 현재까지 밝혀진 분자계통학적 연구 결과를 토대로 각 종에 대한 검색표, 모든 학명에 대한 자세한 명명법적인 검증 및 처리를 포함하여 나도국수나무속 및 각 종에 대한 기재, 분포도 및 조사한 표본의 목록을 제시하였다. 본 연구에서는 나도국수나무속에 12종을 인식하였으며, 이 중 3종에서 총 10 변종을 인식하였다. 또한, N. sinensis f. glanduligera 및 N. thyrsiflora의 학명에 대한 선정기준표본을 지정하였다.

• 한국동물학회지
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• 제37권2호
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• pp.213-221
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• 1994

한국산 산호충류의 계통분류학적 연구의 일환으로 1969년부터 1986년까지 우리나라의 삼면 연안과 도서 지방으로부터 채집된 돌산호류 중 대한해협의 미포에서 그물에 의해 채집된 나무돌산호 과의 1종이 신속, 신종으로 밝혀져 미립이분지돌산호(dichopsammia granulosa)라고 명명하고 기재한다. 이들의 완모식 표본과 대부분의 부모식 표본들은 이화여자대학교 자연과학대학 생물과학과에 보관되어 있고, 일부 부모식 표본은 이화여자대학교 자연사박물관에 보관되어 있다.