• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2001.10a
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• pp.280-282
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• 2001

분자생물학의 급진적 발전은 현대 계통분류학에 큰 변혁을 가져왔다. 특히 유전의 근원물질인 DNA나 RNA를 분리.조작.분석하는 기술의 발전으로 이를 이용만 계통수 제작은 계통생물학의 중요한 실험방법으로 자리잡고 있다. 그 중 염기서열 비교 방법은 현재 유전자 계통수 제작에 가장 널리 이용되는 방법이다. 하지만 이러만 계통수는 각 객체간의 거리만을 표현하고, 객체군간의 차이는 설명하기 힘들다. 본 연구에서는 염기서열의 상대적인 특징(유사도)을 대신하는 염기서열의 총량과 염기 함량 등을 이용해 새로이 분류 기법 중 결정트리 방법에 적응하고, 종 분류의 유전적 모델을 설계한다. 또한 결정트리의 클래스인 종은 상위 클래스들을 포함하고 있어, 본 논문에서는 기존의 결정트리 분류자를 수정한 단계적 결정트기 분류자를 제안한다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 2003.04a
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• pp.686-689
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• 2003

A Gene content phylogenetic tree and a 16S rRNA based phylogenetic tree were compared for 9 Archaea and 15 Proteobacteria, whole-genome sequenced, by neighbor joining and bootstrap methods (n=1000). Ratio of conserved COG (clusters of orthologous groups of proteins) to ortholog revealed that they were within the range of 4.60% (Mezorhizobium loti) or 56.57% (Mycoplasma genitalium), The diversity of ratio meant the Possibility of searching for useful genes, as they possess peculiar genes. The gene content tree and the 16S rDNA tree showed coincidence and discordance in Archaea and Proteobacteria.

• KSBB Journal
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• v.18 no.1
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• pp.39-44
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• 2003

A Gene content phylogenetic tree and a 16s rRNA based phylogenetic tree were compared for 33 whole-genome sequenced procaryotes, neighbor joining and bootstrap methods (n=1,000). Ratio of conserved COG (clusters of orthologous groups of proteins) to orthologs revealed that they were within the range of 4.60% (Mezorhizobium loti) or 56.57% (Mycopiasma genitalium). This meant that the ratio was diverse among analyzed procaryotes and indicated the possibility of searching for useful genes. Over 20% of orthologs were independent among the same species. The gene content tree and the 16s rDNA tree showed coincidence and discordance in Archaeabacteria, Proteobacteria and Firmicutes. This might have resulted from non-conservative genes in the gene content phylogenetic tree and horizontal gene transfer. The COG based gene content tree could be regarded as a midway phylogeny based on biochemical tests and nucleotide sequences.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.54 no.3
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• pp.254-265
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• 2018

Avian influenza recently damaged the poultry industry, which suffered a huge economic loss reaching billions of U.S. dollars in South Korea. Transmission routes of the pathogens would help plan to control and limit the spread of the devastating biological tragedy. Phylogenetic analyses of pathogen's DNA sequences could sketch transmission trees relating hosts with directed edges. The last decade has seen the methodological development of inferring transmission trees using epidemiological as well as genetic data. Here, I reanalyzed the DNA sequence data that had originated in the highly pathogenic avian influenza H5N8 outbreak of South Korea in 2014. The H5N8 viruses spread geographically contiguously from the origin of the outbreak, Jeonbuk. The Jeonbuk origin viruses were known to spread to four provinces neighboring Jeonbuk. I estimated the transmission tree of the host domestic and migratory wild birds after combining multiple runs of Markov chain Monte Carlo using a Bayesian method for inferring transmission trees. The estimated transmission tree, albeit with a rather large uncertainty in the directed edges, showed that the viruses spread from Jeonbuk through Chungnam to Gyeonggi. Domestic birds of breeder or broiler ducks were estimated to appear to be at the terminal nodes of the transmission tree. This observation confirmed that migratory wild birds played an important role as one of the main infection mediators in the avian influenza H5N8 outbreak of South Korea in 2014.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.10D no.6
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• pp.897-906
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• 2003

The traditional animal phylogenetic tree is to align the body structure of the animal phylums from simple to complex based on the initial development character. Currently, molecular systematics research based on the molecular, it is on the fly, is again estimating prior trend and show the new genealogy and interest of the evolution. In this paper, we generate the training set which is obtained from a DNA sequence ans apply to the classification. We made use of the mitochondrial DNA for the experiment, and then proved the accuracy using the MEGA program which is anaysis program, it is used in the biology field. Although the result of the mining has to proved through biological experiment, it can provede the methodology for the efficient classify and can reduce the time and effort to the experiment.

• The Korean Journal of Zoology
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• v.34 no.3
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• pp.265-288
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• 1991

한국산 털보톡토기과(Collembola, Insecta)의 계통유연관계를 알아보기 위해 이 과에 속하는 3개속(Sinella, Entomobrya, Homidia)의 6종과 가시톡토기과의 1종(Tomocerus kinoshitai)에 대하여 모서식과 형태적 조사 외에 전기영동을 이용한 효소분석을 시리시하였다. 이들 모든 조사에서 32개의 형태형질과 33개의 모서식형질 및 80개의 효소유전자 형질을 얻어 분지분석하였는데, 이중 효소유전자에 대해서는 UPGMA방법도 적용하였다. 이러한 분석 결과 다양한 분지도를 얻었으나, Homidia종들은 언제나 두 개의 무리로 분리되었으며, Homidia munda의 두 아종이 가장 유연관계가 높았다. 반면에 Homidia koreana의 두 개체군은 다소 분리되어 같은 종으로 보기 의심스럽다는 소견을 얻었다. 또한 형태형질분석으로 얻은 계통수에서 가시톡토기과의 Tomocerus종이 털보톡토기과의 속들 사이에 끼어들어 나타나는데 이것은 형질에 따라 비중을 달리두는 평가방법이 아니기 때문에 나타난 것으로 추측된다. 본 연구 결과 대체로 외부형질과 모서식, 그리고 효소유전자의 세가지 유형의 형질들을 종합 분석할 때 도출되는 계통수가 자연분류에 가장 가까운 근연성을 보이는 것으로 판단되었다.

• Proceedings of the Korean Nuclear Society Conference
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• 1996.11b
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• pp.521-526
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• 1996

원자력 발전소 내의 1차계통수에 존재하는 부식생성물과 노심에서 방사화된 여러 핵종들의 종류와 그 양에 대해서 CRUDSIM/MIT모형을 이용해서 분석하였다. 고리 4호기의 차계통수내의 수화학 조건을 이용하여 CRUDSIM/MIT모형에 적용하고 그 결과를 냉각수의 Activity자료와 증기 발생기의 Activity자료와 서로 비교 분석하였고, 노심과 증기발생기의 Crud양과 Activity를 예상하였다. 이 모형의 주요 인자인 $\beta$$_{c}$와 $\beta$$_{a}$ 값을 증기발생기의 Activity측정자료에 의해서 구하였다. 그리고 발전소 운전 중에 증기 발생기와 냉각수의 Activity각 최소화 할 수 있는 최적 조건 범위도 냉각수의 온도, pH, 수소농도등을 변화시켜서 구하였다. 고리4호기에 이 모형을 적용할 때 입력 자료에서, Activation Factor와 Recoil Release 등의 인자와 증기 발생기의 방사선양과 핵연료 표면의 Crud양을 구할 수 있으면 더욱 정확한 결과 값들을 얻을 수 있다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• v.15 no.1
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• pp.11-25
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• 1999

Two problematic subgenera of Tomoceridae (Collembola, Insecta) were investigated for their phylogenetic relationships based on morphological characters and allozyme study from three relevant species. Different dendrograms were obtained obtained between morphological and allozyme studies. The morphological data did not give rise to any result distinctive enough to separate the two subgenera whereas the allozyme analysis produced a clear separation by the high genetic distance value. They were consistent, however, whether given rise to by using distance or cladistic methods and also whether character weighting or unweighting approaches employed in the morphological character analysis. As a consequence, it is strongly suggested that any prominent morphological trait might work as a good taxonomical character when supported by a strong genetic divergence as evidenced by allozyme analysis for instance.

• Proceedings of the Korean Radioactive Waste Society Conference
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• 2006.06a
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• pp.82-82
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• 2006

• Proceedings of the Korean Radioactive Waste Society Conference
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• 2006.11a
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• pp.367-368
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• 2006