• 스마트미디어저널
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• 제2권4호
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• pp.34-40
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• 2013

다양하고 빠른 차세대 유전체 서열 분석기를 사용한 개인 유전체 분석은 생명과학 연구뿐만 아니라 질병의 진단과 치료를 포함하는 의학 분야까지 새로운 지평을 열고 있다. 저렴한 비용으로 읽혀진 개인 유전체 서열은 통합 과정을 거쳐 유전체 이상을 점검할 수 있고, 얻어진 서열 데이터는 유전자 변이성 연구, 유전체 발현 연구, 후성유전학적 연구, 유전체 주석화 등에 이용될 수 있다. 개인 유전체 데이터는 생물학적 연구 결과와 임상 연구 데이터를 연계하여 질환 위험도의 예측과 맞춤 치료에 이용할 수 있게 되었다. 개인 맞춤의학 시대에 전문적 데이터와 일반인 사용자의 간극을 메우기 위해 스마트 미디어 기기와 같은 적극적인 인터페이스의 개발이 시급하다.

• 한국감성과학회:학술대회논문집
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• 한국감성과학회 2009년도 춘계학술대회
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• pp.23-26
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• 2009

한국인 최초 전체 유전체 서열(KOREF; Koreanindividualgenomesequence) 은 한국인을 위한 참조 서열로써 사용될 수 있다. 2009년 1월에 남성 한국인 유전체를 솔렉사(Solexa)를 통해 전장서열을 결정하였다. 이는 NCBI의 인간게놈프로젝트에서 생산한 게놈의 99.83%를 커버하며, 또한 NCBI게름서열의 약 20배를 커버할 정도의 유전체 서열을 결정하여 매우 높은 정확도를 가진 한국인 고유유전체이다. 한국인 유전체 서열의 분석결과 현재까지 밝혀지지 않았던 한국인 특이적인 3백만 개의 SNP를 밝혀냈다. 먼저 보고된 중국인 게놈은 한국인 게놈과 매우 가까운 민족 그룹임에도 불구하고 38%(3,186,352 SNP중에 1,217,362 SNP) 의 특이적인 차이를 나타내었으며, 또한 미토콘드리아 서열 비교를 통해서도 특이적인 다양성을 보여주는 SNP데이터를 확인 할 수 있었다. 차세대 게놈서열결정의 기술은 적은 노력과 비용으로 인간 유전체 데이터를 얻을 수 있게 되었으며, 이러한 개인유전체 데이터는 개인유전체 의학으로 가는 초석이 될 것이다.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.329-337
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• 2015

Nitrosomonadales 목에서 속하는 균주 중 현재 유전체 서열이 알려진 모든 유전체(N=10)를 이용하여 범유전체 및 핵심유전체 분석을 수행한 결과, 각각 9,808개와 908개 유전자클러스터를 포함하는 것을 확인하였다. Betaproteobacteria의 다른 목의 참조군들과 비교를 통하여 범유전체와 핵심유전체의 크기에 유전체의 수와 집단 내의 유전체들의 차이가 영향을 미치는 것을 확인하였다. Nitrosomonas 속과 Nitrosospira 속의 범유전체는 7,180개와 4,586개, 핵심유전체는 1,092개와 1,600로로 각각 측정되어 Nitrosospira 속의 동질성이 더 높은 것을 확인하였다. Nitrosomonadales 목의 범유전체와 핵심유전체의 크기에 Nitrosomonas 속이 대부분의 영향을 미치는 것을 확인하였다. COG 분석을 통하여 핵심유전체의 크기에는 J (translation, ribosomal structure and biogenesis) 범주가 가장 큰 비율(9.7-21.0%)을 차지하며, 유전체 사이의 유전적 거리가 먼 집단일수록 그 비율이 높아지는 것을 확인하였다. 범유전체의 크기에는 "-" (unclassified) 범주가 34-51%의 높은 비율을 차지하고 있을 정도로 큰 영향을 미치는 것을 확인하였다. 총 97개의 유전자 클러스터가 참조군에는 없고 Nitrosomonadales에만 존재하는 것을 확인하였다. 이들 클러스터들은 Nitrosomonadales을 특징 지우는 유전자들인 ammonia monooxygenase의 유전자인 amoA와 amoB와 그와 관련 있는 amoE와 amoD들을 포함하는 반면에 unclassified 유전자들도 상당량(16-45%)을 포함하고 있다. 이러한 유전자 클러스터는 Nitrosomonadales의 유전적 특이성을 밝히는 데 중요한 역할을 할 것이다.

• 유전체소식지
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• 제5권4호
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• pp.8-8
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• 2005

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.463-464
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• 2018

Tamlana sp. UJ94는 해수로부터 분리되었으며 알긴산을 분해할 수 있다. 알긴산 분해 관련 특성을 이해하기 위해 이 세균의 유전체를 분석하였다. UJ94의 유전체는 4,116,543 bp의크기로 3,609개의 코딩서열을 가지고 있으며 35.2 mol%의 G + C 함량을 가진다. BLASTp 검색 결과 9개의 alginate lyase 외에도 6개의 agarase, 5개의 amylase, 4개의 carrageenase, 1개의 cellulase, 4개의 pectate lyase, 7개의 xylanase의 존재가 예측되어 UJ94의 다양한 다당류 분해 능력을 암시하였다. Tamlana sp. UJ94의 유전체는 생물전환 공정에 사용할 수 있는 다당류 분해 유전자를 제공할 수 있을 것이다.

• 한국산학기술학회:학술대회논문집
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• 한국산학기술학회 2007년도 추계학술발표논문집
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• pp.297-299
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• 2007

본 논문은 유한한 유전체 격자구조에 입사되는 TE필드가 유전체 내부에 발생시키는 모드의 필드 분포와 방출하는 필드를 분석하였다. 입사되는 필드는 유전체 격자구조에 일정한 패턴의 모드를 형성한다. 유한한 길이의 격자구조의 영향을 받아 유전체 내부에 유한개의 모드가 만들어지며 모드들은 각기 독립적인 방사패턴을 갖는다. 이러한 방사패턴을 분석함으로써 실제로 제작되는 유전체 격자구조의 분석에 도움이 될 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.344-346
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• 2017

발효 식품에서 널리 발견되는 Lactobacillus plantarum은 환경에 적응하기 위한 다양한 표현형 및 유전적 특성을 가지고 있다. 우리는 사과 주스의 malolactic 발효를 위해 선발한 L. plantarum JBE245 (= KCCM43243) 유전체의 전체 염기서열과 주석을 보고한다. 유전체는 2907개의 암호화 된 영역, 45개의 위유전자, 91개의 RNA 유전자를 포함한 단일 원형 염색체로 구성되었으며 그 크기는 3,262,611 bp였다. 이 유전체는 4개의 malate dehydrogenase 및 3개의 malate permease 유전자들과 함께 다양한 종류의 plantaricins 합성 유전자들을 포함하고 있었다. 이러한 유전적 특성은 발효 동안 사과 주스의 부패 방지와 사과산(malate)의 젖산(lactate)으로의 효율적 전환이 요구되는 균주의 선발 기준과 잘 부합되었다.

• 미생물학회지
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• 제54권2호
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• pp.167-168
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• 2018

Staphylococcus xylosus는 일반적으로 포유동물의 피부에 존재하며 식품가공설비와 의료기기 등에서도 발견이 보고되었다. 본 연구에서는 강력한 생물막 생성 특성을 가지는 Staphylococcus xylosus S170의 전체 유전체 서열을 분석하여 보고한다. 이 유전체는 2,910,005 bp 크기, 2,674개의 단백질 코딩 서열과 22개의 rRNA, 57개의 tRNA유전자를 포함한다. 본 연구에서 제공하는 유전체 정보는 생물막 관련 유전자 분석으로 생물막 형성 기작을 좀 더 잘 이해하는데 도움이 될 수 있다.

• 의료법학
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• 제17권1호
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• pp.45-105
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• 2016

본 논문은 현대 유전체 맞춤 의료에서 인간유전체 정보를 둘러싼 잊혀질 권리와 공유할 의무를 중심으로 전개되는 논쟁들을 살펴보고 그 의의를 고찰하는 것을 목적으로 한다. 이 목적을 위해 필자는 먼저 인간유전체 맞춤 의료의 정의와 이슈를 정리해 볼 것이다. 이후 본 논문은 인체유래물 및 인간유전체 정보를 둘러싼 논란을 크게 두 방향에서 전개한다. 두 방향이란 인간유전체 정보의 소위 개인적인 측면과 공동체적 측면을 말한다. 인간유전체 정보는 과연 누구의 것일까? 한 개인의 것일까? 그 개인이 속한 가족이나 공동체의 것일까? 필자는 인간유전체 정보가 이 두 속성을 모두 갖는다고 본다. 그리고 이 두 속성은 정보가공과 관련하여 개인과 공동체의 입장차를 중심으로 정보가공자인 연구자와 정보소유를 둘러싼 몇몇 문제를 제기한다. 그리고 이렇게 제기된 문제는 또 다른 의문을 불러일으킨다. 인체유래물로부터 그 정보를 가공한 연구자는 그 정보에 대해 얼마만큼의 소유권을 주장할 수 있을 것인가? 본 논문에서 필자는 이러한 문제의식들을 가지고 헬라세포(HeLa cell), 트리스탄 다 쿠나(Tristan da Cunha)섬 사람들의 천식유전자 특허, 과이미(Guaymi)여성 세포주, 하가하이(Hagahai)남성 세포주 등의 사례를 통해 유전체 맞춤의료를 위한 연구와 유전정보데이터베이스 구축에서 벌어지는 다양한 논쟁점들을 고찰해 보려 노력한다. 마지막으로 필자는 인체유래물 및 인간유전체 정보의 잊혀질 권리와 공유할 의무의 변증법적 종합을 몇몇 도덕철학자들의 입장을 통해 시도해 본다.

• 미생물학회지
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• 제53권2호
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• pp.134-136
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• 2017

이유자돈용 생균제 개발을 위해, 본 연구자들은 유산균의 일종인 Lactobacillus salivairus KLW001 균주를 대한민국 양돈가에서 사육 중인 이유자돈으로부터 분리하였다. 이 균주는 K88 antigen-positive Escherichia coli, Salmonella enterica serovar Typhimurium에 대한 항균 활성이 타 균주보다 우수하여, 우리는 이 균주의 유전체를 분석하였다. 유전체 초안 속의 166개 Contig (${\geq}500bp$)들에서, G+C content (%)가 33.0%였고, 2,326,706 bp 크기의 염기서열을 확보할 수 있었다. 유전체 초안으로부터 항생제 저항 유전자 4개, Phage 관련 유전자 36개, Bile 대사 유전자 3개, CRISPR Spacer 27개를 확인하였다.