• Communications for Statistical Applications and Methods
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• v.17 no.5
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• pp.733-743
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• 2010

Recently, disease-genetic association analyses using single nucleotide polymorphisms(SNPs) and haplotypes in family-based genetic study have come into the spotlight. In binary trait, the classic transmission disequilibrium test(TDT) can only be applied if genetic information of parents and their offspring is available. However, in case of diseases having a late age of onset such as dementia, the TDT cannot be applied due to the fact that parental genotype data are unavailable. For this reason, alternate methods using genetic sib information instead of parental genotype data are proposed. In this study, methods using genetic sib information are reviewed and power of analysis tests is also compared throughout simulation experiment.

• The Korean Journal of Applied Statistics
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• v.23 no.1
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• pp.95-111
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• 2010

Recently, there have been lots of study for disease-genetic association using SNPs and haplotypes. Statistical methods and tools for various types of data are developed by many researchers. However, there is no unified software which can handle most of major analysis, and the methods and manners to deal with data are quite different through softwares. And thus it is not easy to researcher to choose proper software. In this study, we devide analyzing procedures into three steps: preliminary analysis, population-based analysis and family-based analysis. We review the statistical methods for each step and compare the features of the FBAT, SAS/Genetics, SAGE and R as major integrating softwares for genetic study.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• v.25 no.5
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• pp.1025-1038
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• 2014

Linear mixed model has often been utilized for genetic association analysis with family-based samples. The correlation matrix for family-based samples is constructed with kinship coefficient and assumes that parental phenotypes are independent and the amount of correlations between parent and offspring is same as that of correlations between siblings. However, for instance, there are positive correlations between parental heights, which indicates that the assumption for correlation matrix is often violated. The statistical validity and power are affected by the appropriateness of assumed variance covariance matrix, and in this thesis, we provide the linear mixed model with flexible variance covariance matrix. Our results show that the proposed method is usually more efficient than existing approaches, and its application to genome-wide association study of body mass index illustrates the practical value in real data analysis.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2002.06a
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• pp.89-104
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• 2002

유전체연구사업단은 국내에서 발병 및 사망빈도가 가장 높은 위암과 간암의 퇴치를 목적으로 국가적 특목전략사업으로 연구를 추진하고 있다. 이와 별도로 보건복지부에서는 22개의 중요 질병별 유전체 연구센터를 전국적으로 추진하고 있다. 따라서, 연구가 성공적으로 진행되면 각 연구소에서 독자적으로 개발하여 제공하는 생명정보의 양은 거의 무한에 이를 것이다. 그러나 생명정보는 환자진료에 도움을 주기 위해서는 궁극적으로 임상정보와 함께 유기적으로 통합되어야 한다. 임상정보와의 통합을 위해서는 의료기관의 진료정보와 연구소의 생명정보가 연계되어 엄밀한 임상실험이 추가적으로 실시되어야 한다. 뿐만 아니라 생명정보학의 발전을 위해서는 연구대상의 임상정보가 공유되어야 한다. 유전체정보를 이용하는 생명정보학(Bioinformatics)은 각 국가마다 전략사업으로 간주하여 막대한 투자가 이루어지는 새로운 분야이다. 현재 선진국에서 개발 사용 중인 시스템의 연간 사용료가 고가이므로 국내 도입은 거의 불가능하거나 또는 매우 비효율적이다. 유전체 또는 생명정보의 임상활용 및 생명정보연구를 위한 임상정보 공유를 위해서는 우선 다음의 사항이 개발되어야 한다. 1) 다음과 같은 개별환자의 정보를 각 의료기관에서 제공 받아 저장 활용한다. - 진찰 및 임상소견, 수술기록, 경과기록, 검사결과 (임상병리, 해부병리, 방사선 등), - 영상정보 (X-ray, CT, MRI, 초음파, 전자현미경, 그래픽 등), - 환자개인기록(병력, 과거력, 가족력, 알러지 등), - 예방접종 기록 2) 각 연구소에서 첨단기술을 이용하여 개발되는 생명정보를 임상에 활용하기 위해서는 유전체연구센타와 병원간에 임상정보와 유전체 분석정보의 공유가 필수적으로 발생하게 됨으로, 유전체 정보와 임상정보의 통합은 미래 의료환경에 필수기능이 될 것이다. 3) 각 생명공학 연구소에서 사용하는 첨단 분석 장비와 생명공학 정보시스템의 자동 연계가 필요하다. 현재 국내에는 전국적인 초고속정보망이 가동되어 웹을 기반으로 하는 생명정보의 공유는 기술적으로 문제가 될 수 없으나 임상정보의 유전체연구에 그리고 유전체연구정보의 임상활용은 다양한 문제를 내포하고 있다. 이에 영상을 포함한 환자정보의 유전체연구센터와 병원정보시스템과의 효율적인 연계통합 운영을 위해 국내에서는 초기 도입단계에 있는 국제적인 보건의료정보의 표준인 Health Level 7 (textural information 공유), DICOM (image 및 wave 공유), 관련 ISO표준, WHO의 ICD9/10 (질병분류), LOINC (검사 및 관련용어), SNOMED International (의학용어) 등을 활용하여야 한다.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• v.16 no.1
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• pp.54-62
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• 2005

Objective : Attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) is the most common childhood psychiatric disorder, affecting $3-5\%$ of school age children. Although the biological basis of ADHD is unknown, family studies provide strong evidence that ADHD has a genetic basis. Recent genetic studies have suggested associations between ADHD and Taq I polymorphism of dopamine beta hydroxylase gene(DBH) . The aim of this study is to test the association between ADHD and Taq I polymorphism of DBH in Korean population. Method : We processed DNA extraction and genotyping for 106 korean children with ADHD and their parents. Genotyping was additionally performed for 212 age and gender matched normal controls. Case-control association study was applied. And we tested the association using the transmission disequilibrium test (TDT) and haplotype-based haplotype relative risk test (HHRR). Results : There were no statistical differences of genotype distributions between cases and controls. However, we did observe preferential transmission of allele Al of DBH Taq T polymorphism in ADHD. Conclusion : On the whole, our results lend credence to the notion that the relationship between ADHD and DBH is complex. The number of cases and informative transmissions were small, therefore it would be premature to make any conclusions from our study concerning the role of DBH in ADHD. Further work is needed to support these findings.

• Journal of Life Science
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• v.27 no.10
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• pp.1215-1224
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• 2017

Until now, various oncogenic pathways were idenfied. The accumulation of DNA mutation induces genomic instability in the cell, and it makes cancer. The development of bioinformatics and genomics, to find the precise and reliable biomarker is available. This biomarker could be applied the early-dignosis, prediction and convalescence of cancer. Recently, Transposable elements (TEs) have been attracted as the regulator of genes, because they occupy a half of human genome, and the cause of various diseases. TEs induce DNA mutation, as well as the regulation of gene expression, that makes to cancer development. So, we confirmed the relationship between TEs and colon cancer, and provided the clue for colon cancer biomarker. First, we confirmed long interspersed nuclear element-1 (LINE-1), Alu, and long terminal repeats (LTRs) and their relationship to colon cancer. Because these elements have large composition and enormous effect to the human genome. Interestingly, colon cancer specific patterns were detected, such as the hypomethylation of LINE-1, LINE-1 insertion in the APC gene, hypo- or hypermethylation of Alu, and isoform derived from LTR insertion. Moreover, hypomethylation of LINE-1 in proto-oncogene is used as the biomarker of colon cancer metastasis, and MLH1 mutation induced by Alu is detected in familial or hereditary colon cancer. The genes, effected by TEs, were analyzed their expression patterns by in silico analysis. Then, we provided tissue- and gender-specific expression patterns. This information can provide reliable cancer biomarker, and apply to prediction and diagnosis of colon cancer.

• Korean Journal of Biological Psychiatry
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• v.16 no.1
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• pp.25-36
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• 2009

Objectives : The aim of this study was to investigate the association between Korean ADHD patients and the l/s polymorphism of serotonin transporter(5-HTTLPR). Methods : The study sample consisted of 189 Korean ADHD children diagnosed by Kiddie-Schedule for Affective Disorders and Schizophrenia-Present and Lifetime Version-Korean Version(K-SADS-PL), both parents of ADHD children, and 150 normal children. DNA were extracted from the blood of all samples, and genotyping was done. Based on the allele and genotype information, not only the case-control analysis between ADHD and normal children but also the family-based association test among ADHD children and their parents. Transmission disequilibrium test(TDT) were performed for family-based associated test(number of trio=113). The results of the clinical rating and neuropsychological tests were compared according to the l/s genotype of ADHD children. Results : In case-control analysis, there were no statistically significant difference of l/s gene polymorphism between ADHD and normal children in various kinds of analysis condition. In family-based association study, TDT failed to detect linkage disequilibrium between l/s gene polymorphism and ADHD in whole ADHD families. However, in the families of ADHD inattentive type only(number of trio=23), I allele was transmitted more preferentially in the proband with ADHD even if the number of families was small(${\chi}^2$=4.57, p=.032). In the analysis of the results from the clinical scales and neuropsychological tests in ADHD children, the score of the Novelty- Seeking of ADHD children with l/l genotype was significantly lower than with the other genotypes(F=3.15, p=.047), and that of Self Transcendence was significantly higher(F=4.25, p=.017). Conclusion : The results of this study suggest there were no significant genetic association between the 5- HTTLPR gene polymorphism and Korean ADHD.

• Proceedings of The Korean Society of Health Promotion Conference
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• 2005.09a
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• pp.91-119
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• 2005

오타와 헌장에 따르면 건강증진은 건강형평성을 성취하는 것이다. 건강격차를 감소시키고, 모든 사람들이 건강잠재력을 달성할 수 있도록 동등한 기회와 자원이 제공되어야 한다. 또한 각 개인들은 자신의 건강에 대한 결정요인들에 대한 통제능력을 가져야 한다. 미국의 조기사망은 40%가 행동양식에 의하여, 30%가 유전적인 문제로, 15%가 사회적 환경에 의하여, 10%는 의료적 치료의 부족으로, 그리고 5%는 환경위해 물질에 대한 노출로 발생한다. 건강불평등을 발설시키는 사회적 요인으로는 경제적 요인을 들 수 있다. 이러한 요인으로 야기되는 건강불평등의 문제를 해결하여 건강형평성을 달성하기 위해서는 절대적 목표들과 평등관련 목표들이 모두 필요하다. 건강형평성은 인구집단의 건강과 함께 향상되는 것으로 나은 건강상태에 있는 사람들의 건강을 악화시키면서 건강형평성을 달성하는 것은 아니다. 각자의 관심이 형평성을 어떻게 규정하는가에 영향을 미친다. 혜택을 받은 사람들은 성과/투입의 정의를 선호하며, 소외계층은 똑같은 성과 또는 요구에 기반한 정의를 선호한다. Healthy People 2010은 미국의 국가적 예방체계를 의미하며, 가장 중요하며 예방 가능한 건강위협들을 파악하고 이러한 위협들을 감소하기 위한 목적들이 설정되어 있다. 궁극적인 목적은 건강한 삶의 질적인 면과 양적인 측면을 향상시키는 것이며, 건강불평등을 제거하는 것이다. 그러나 미국이 유럽의 국가들에 비해서 사회 프로그램에 대한 투자가 적은 이유는 재분배는 소수인종만을 위한 것이라는 믿음과, 우리는 개방되고 공정한 사회에 살고 있기 때문에 가난하다는 것은 가난한 사람들 자신들의 잘못으로 인한 것이라는 믿음 그리고 재분배를 방지하는 정치체계 때문이다. 국가기관인 CDC의 예방연구센터(Prevention Research Centers)는 지역사회 파트너들과 함께 건강증진, 질병예방, 그리고 질병과 상해로 인한 합병증을 관리하게 위한 효과적인 예방 전략을 개발하고 있다. 예방연구센터의 프로그램들은 지역사회 기반 참여연구와 소외된 계층에 중점을 두며, 다학제 간 접근방법을 활용하고, 교육기관, 공공보건기관 그리고 지역사회의 파트너들 간의 네트웍을 형성을 통한 협력관계를 강조하고 있다. 지역사회 위원회가 구성되어 있으며, 또한 근거중심 프로그램을 개발하고 있다. 이들은 건강 결정요인에 관한 연구, 형성적 연구, 개입 프로그램 및 프로그램의 확산에 관한 연구를 진행한다. UC Berkeley의 가족/지역사회 보건센터(Center for Family & Community Health)는 1993년에 설립되었다. 사업의 대상이 되는 주요 지역사회는 한국교민사회이며, 한국교민사회 자문위원회(Korean Community Advisory Board, KCAB)가 구성되어 있다. 1993년부터 2003년까지는 'Health is Strength' 사업이 시범연구사업으로 진행되었는데, 그 내용은 유방암과 자궁경부암 검진 프로그램이었다. 2003년부터 2009년까지 진행될 'Quitting is Winning'이라는 두 번째 시범연구사업은 남성들의 금연에 중점을 둔 사업이다. 'Health is Strength'는 아시아 보건서비스 및 한국교민사회 자문위원회가 함께 협력하여 진행된 사업으로, 주요 목표는 18세 이상 여성의 자궁암 조기 검진(Pap test)과 자가 유방검진 실천을 증가시키는 것이며, 50세 이상여성의 유방 임상검사와 유방 X선촬영 비율을 증가시키는 것이었다. 한 지역의 카운티에 거주하는 한국 여성들은 4년간의 개입프로그램의 대상이 되었으며, 이들을 대상으로 횡단적인 전화조사를 3번(사전, 중간, 사후)실시하였다. 개입 프로그램은 교회에서 워크샵 개최, Tell-A-Friend Form 작성하기, 포스터 및 책자 발행, 신문광고 등과 함께 자궁암 조기 검진(Pap test)과 유방 X선 촬영권을 무료로 제공하는 것으로 구성되었다. 'Quitting is Winning'은 지역사회 기반 참여 연구모형으로 한국교민사회 자문위원회는 흡연을 1순위의 사업으로 선정하였고, 근거에 기반한 금연 프로그램에 대한 연구들을 검토하여, 기존의 보편적 방법이 아닌 인터넷을 활용하는 프로그램을 진행하는 것으로 결정되었다. 이는 무작위 임상실험으로 연구대상으로 미국에 거주하는 한국인 남성흡연자 2300명을 모집하였다. 이들의 1/2은 실험군인 인터넷 프로그램 집단에, 또 다른 1/2은 대조군인 인쇄책자 집단에 무작위 할당되었다. 12개월 동안 11번의 진단이 인터넷을 통하여 진행되었으며, 참여와 참여유지에 대한 금전적인 보상이 제공되었다.

• Korean Security Journal
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• no.9
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• pp.99-131
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• 2005

Terrorism which became today's common phenomena over the world is one of the most serious threats the world confront. Although International society make and operate outstanding anti-terrorism system, terror would never end without solving fundamental problems. The main body of terrorism converts from nation to organization and from organization to cell, which makes it difficult for us to recognize the main body. Since the target of today's new terrorism is many and unspecified persons, terrorists will never hesitate to use mass destruction weapons such as nuclear, biological, chemical weapons, and also use cyber-technique or cyber-terrorism. So, effective counter-terrorism measures should be performed as follows. First, it must be better for international society should make long-time plan of solving fundamental problems of terrorism other than to operate directly on terror organization and its means. Second, preventive method should be made. The most effective method of eradicating terrorism is prevention. For this, it is necessary to remove environmental elements of terrorism and terrorist bases, and to stop inflow of money and mass destruction weapons to terrorists. Third, integrated anti-terror organization should be organized and operated for continuous counter-terrorism operations. Also international alliance for anti-terrorism should be maintained to share informations and measures. Fourth, concerned department in the government should prepare counter-terrorism plans in their own parts as follows and make efforts to integrate the plans. - Ministry of Government Administration and Home Affairs : conventional terror - Ministry of Health and Welfare : bio-terror - Ministry of Science and Technology : nuclear-terror Especially, they should convert their policy and operation from post-terror actions to pre-terror actions, designate terror as national disaster and organize integrated emergency response organization including civil, government, and military elements. In conclusion, pre-terror activities and remedy of fundamental causes is the best way to prevent terror. Also, strengthening of intelligence activities, international cooperations, and preventive and comprehensive counter-measures must not ignored.

• Korean Journal of Biological Psychiatry
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• v.13 no.4
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• pp.289-298
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• 2006

Objectives : Autism is a complex neurodevelopmental spectrum disorder with a strong genetic component. Previous neurochemical and genetic studies suggested the possible involvement of glutamate N-methyl-D-aspartate(NMDA) receptor in autism. The aim of study was to investigate the association between the NMDA2B receptor gene(GRIN2B) and autism spectrum disorders(ASD) in the Korean population. Methods : The patients with ASD were diagnosed with Autism Diagnostic Interview-Revised and Autism Diagnostic Observation Schedule based on DSM-IV diagnostic classification. The present study was conducted with the detection of four single nucleotide polymorphisms(SNPs) in GRIK2 and family-based association analysis of the single nucleotide polymorphisms in Korean ASD trios using transmission disequilibrium test (TDT). Results : One hundred twenty six patients with ASD and their biological parents were analyzed. 86.5% were male and 85.1% were diagnosed as autistic disorder. The mean age was $71.9{\pm}31.6$ months(range : 26-185 months). We found that rs1805247 showed significantly preferential transmission(TDT ${\chi}^2$=12.8, p<0.001) in ASD. Conclusion : One SNP in GRIN2B gene was significantly associated with ASD in the Korean population. This result suggests the possible involvement of glutamate NMDA receptor gene in the development of ASD.