阴阳作为古代东洋哲学的主要概念, 是所有东洋学思想的基础. 以从太虚到太极, 从太极到阴阳, 从阴阳到四象分化的二分法体系为基础, 阴阳的概念在医学方面也形成了最大的理论背景. 虽然三阴三阳是阴阳的概念在医学理论范畴的延伸, 它和阴阳的概念是有差别的. 这是因为三阴三阳是立足于古代医学体系, 是为了阐释医学体系而引入的概念. 换句话说, 三阴三阳是为了阐释人体的形成, 构成以及运化的原理, 通过"本-中-末"和"始-中-終"以及"開闔樞"的概念来解释人体而创造的创造性用语. 三陰三陽的概念是对阴阳的概念的扩大, 但是和阴阳的概念范畴有差别. 用运气学解释时三阴三阳的特性如下. 三阴三阳是为了解释人体的发生和构成及运化的原理, 运用本-中-末和始-中-終, 以及開闔樞的概念的创造性的用语. 另一方面, 作为三阴三阳的天文学的背景的宇宙观是宣夜说, 存在于天体中的所有的事物都受大气的制约. 三陰三陽按照厥陰, 少陰, 太陰, 少陽, 陽明, 太陽的顺序, 其分类是按照阴阳之气的多少来观察事物的. 三阴三阳是观察观的量的状态和时间运化度, 显现时空合一的高层次的概念. 在这里所说的时间性的运化是指具有生命的有机体的运化. 三阴三阳在运气七篇以外的篇章中部分适用, 应用于經脈的命名, 脈象的形態, 外感熱病的体系, 傷寒病的分类形式等, 在运气学中包括标本中的概念, 设定为六气的标气, 和十二地支结合形成完整的形态. 包含标本中的三阴三阳的特征阐明了属阴的行质和无形的气的运化. 三阴三阳是在定性的基础上定量的把握事物, 结合時-空, 综合臟腑經絡, 形質的概念和气化的概念而形成的概念. 三阴三阳的运化, 最初运始活动的出发点和最后完成形质结果的状态是重要的阶段, 使这两阶段独立, 成为和太少阴阳相区分的厥阴和阳明的阶段.