• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권12호
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• pp.1614-1623
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• 2010

Bacteria were isolated from roots of sugarcane varieties grown in the fields of Punjab. They were identified by using API20E/NE bacterial identification kits and from sequences of 16S rRNA and amplicons of the cpn60 gene. The majority of bacteria were found to belong to the genera of Enterobacter, Pseudomonas, and Klebsiella, but members of genera Azospirillum, Rhizobium, Rahnella, Delftia, Caulobacter, Pannonibacter, Xanthomonas, and Stenotrophomonas were also found. The community, however, was dominated by members of the Pseudomonadaceae and Enterobacteriaceae, as representatives of these genera were found in samples from every variety and location examined. All isolates were tested for the presence of five enzymes and seven factors known to be associated with plant growth promotion. Ten isolates showed lipase activity and eight were positive for protease activity. Cellulase, chitinase, and pectinase were not detected in any strain. Nine strains showed nitrogen fixing ability (acetylene reduction assay) and 26 were capable of solubilizing phosphate. In the presence of 100 mg/l tryptophan, all strains except one produced indole acetic acid in the growth medium. All isolates were positive for ACC deaminase activity. Six strains produced homoserine lactones and three produced HCN and hexamate type siderophores. One isolate was capable of inhibiting the growth of 24 pathogenic fungal strains of Colletotrichum, Fusarium, Pythium, and Rhizoctonia spp. In tests of their abilities to grow under a range of temperature, pH, and NaCl concentrations, all isolates grew well on plates with 3% NaCl and most of them grew well at 4 to $41^{\circ}C$ and at pH 11.

• 한국결정학회:학술대회논문집
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• 한국결정학회 2003년도 춘계학술연구발표회
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• pp.18-18
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• 2003

Thioredoxin (Trx) is a small redox protein that is ubiquitously distributed from achaes to human. In diverse organisms, the protein is involved in various physiological roles by acting as electron donor and regulators of transcription and apoptosis as well as antioxidants. Sequences of Trx within various species are 27～69% identical to that of E. coli and all Trx proteins have the same overall fold, which consists of central five β strands surrounded by four α helices. The N-terminal cysteine in WCGPC motif of Trx is redox sensitive and the motif is highly conserved. Compared with general cysteine, the N-terminal cysteine has low pKa value. The result leads to increased reduction activity of protein. Recently, novel thio.edoxin-related protein (TRP14) was found from rat brain. TRP14 acts as disulfide reductase like Trx1, and its redox potential and pKa are similar to those of Trx1. However, TRP14 takes up electrons from cytosolic thioredoxin reductase (TrxR1), not from the mitochondrial thioredoxin reductase (TrxR2). Biological roles of TES14 were reported to be involved in regulating TNF-α induced signaling pathways in different manner with Trx1. In depletion experiments, depletion of TRP14 increased TNF-α induced phosphorylation and degradation of IκBα more than the depletion Trx1 did. It also facilitated activation of JNK and p38 MAP kinase induced by TNF-α. Unlike Trx1, TRP14 shows neither interaction nor interference with ASK1. Here, we determined three-dimensional crystal structure of TRP14 by MAD method at 1.8Å. The structure reveals that the conserved cis-Pro (Pro90) and active site-W-C-X-X-C motif, which may be involved in substrate recognition similar to Trx1 , are located at the beginning position of strand β4 and helix α2, respectively. The TRP14 structure also shows that surface of TRP14 in the vicinity of the active site, which is surrounded by an extended flexible loop and an additional short a helix, is different from that of Trx1. In addition, the structure exhibits that TRP14 interact with a distinct target proteins compared with Trx1 and the binding may depend mainly on hydrophobic and charge interactions. Consequently, the structure supports biological data that the TRP14 is involved in regulating TNF-α induced signaling pathways in different manner with Trx1.

• 생명과학회지
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• 제17권7호통권87호
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• pp.970-975
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• 2007

국내해안의 젓갈과 김치류로부터 86종의 GABA 생산균주를 분리하였다. 분리된 균주들을 Thin layer chromatography를 이용하여 GABA 생성능이 우수한 AML15, AML45-1, AML72의 3종의 균주를 선발하였다. 선별된 3종의 균주의 아미노산 분석 결과 GABA 생성능이 가장 우수한 AML15 균주를 본 실험에 사용하였다. AML15의 분류학적 위치를 규명하기 위하여 16S ribosomal DNA 영역의 부분염기서열 분석을 실시하였다. 165 rDNA 분석결과 Lactobacillus brevis ATCC 367과 99%의 유사도를 나타내어 L. brevis AML15로 명명하였다. MRS 배지에 최종 전환 농도로 설정된 5%(w/v) monosodium glutamic acid를 첨가하고 배지의 초기 pH를 4.0, 5.0과 6.0으로 조정하여 배양한 결과 배지의 초기 pH가 5.0일 때 GABA 생성능이 가장 높게 조사되었다. GABA 생산배지에 GAD 효소활성에 조효소로 작용하는 PLP를 0. 10. 50과 100 ${\mu}M$의 농도로 첨가하여 아미노산 분석결과 PLP를 10${\mu}M$ 첨가하였을 때 10,424 $nM/{\mu}$l의 GABA가생산되었다. PLP를 첨가하지 않았을 때보다 PLP 첨가 후 GABA 생성이 증가됨을 확인할 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제19권7호
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• pp.845-851
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• 2009

본 연구는 5-L 발효기를 이용하여 재조합 고스트 박테리아(E.coli $DH5{\alpha}$/ pHCE-InaN-(enolase, GAPDH, sagA or piaA)-ghost 37 SDM) 백신의 산업화를 위해 탄소원 공급조건, 교반속도, 산소공급 조건등의 최적 배양조건과 고스트 박테리아 발현 유도를 위한 온도조절 시점과 그에 따른 발현효율 최적화를 조사하기 위해 수행하였다. 각각 다른 4종의 항원 유전자를 보유한 고스트 박테리아를 LB 배지를 이용하여 배양한 결과 모두 1 g / 1 glucose, 300 rpm, 1vvm에서 최대 균주 성장을 나타내었다. 고스트 박테리아 생성 효율의 경우 초기 대수증식기(OD$_{600}$=1.0)에서 고스트 발현을 유도했을 때 각각 최대효율인 99.99%를 나타내었으나 증기 대수증식기(OD$_{600}$=2.0)와 말기 대수증식기 (OD$_{600}$=3.0)에서는 고스트 박테리아 생성이 낮은 효율을 나타내었다. 또한 SDS-PAGE 와 western blot를 이용하여 각각 다른 4종의 항원 단백질 발현 여주를 확인한 결과 enolase (78kda), GAPDH (67kda),sagA(26kDa), piaA(26kDa)에서 항원 단백질 band를 확인할 수 있었다. 따라서 본 연구결과 확립된 배양 조건과 발현효율 최적화 조건은 연쇄구균증 질병에 대해 E.coli를 이용한 고스트 박테리아 백신이 양식 산업에 있어 상업적으로 유용한 백신의 최적생산을 위해 사용 될 수 있을 것으로 사료된다.

• 식물분류학회지
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• 제41권4호
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• pp.353-360
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• 2011

엽록체 DNA(trnL-F IGS, trnL intron, trnH-psbA)와 핵 DNA(RNApol2_i23)의 염기서열을 분석하여 둥굴레복합체를 대상으로 계통분류학적 연구를 실시하였다. 유럽산 분류군들은 한 분계조로 뚜렷하게 유집되었고, 이들은 한국산 분류군 중에서 둥굴레, 왕둥굴레, 풍도둥굴레 등과 유집되었다. 풍도둥굴레, 왕둥굴레와 제주산의 둥굴레중 하나가 한 분계조로 유집되어 육지로부터 지리적으로 격리된 섬 지역에서 진행되는 둥굴레로부터의 종분화를 추정해 볼 수 있었다. 둥굴레복합체에 속하는 분류군들은 기본염색체수를 기준으로 2개의 소그룹(x= 9와 x = 10)으로 구분되고 있다. 비록 기본염색체수가 줄어드는 방향으로 진화하는 속 내 분류군들의 진화경향과는 일치하지 않으나, 2개 그룹의 구분에 대해서는 분자적인 자료, 특히 핵 DNA 염기서열 분석결과가 이를 강력하게 지지하였다. 반면에 엽록체 DNA는 분류군을 구분하는 해상도가 낮게 나타났다. 속내 분류군들의 진화나 계통관계를 밝히기 위하여 차후에 좀 더 많은 재료에 대한 세포학적, 형태학적, 지리학적 자료가 축적되어야 할 것이다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제28권2호
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• pp.71-84
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• 2014

The full-length heat shock protein 88 (HSP88) complementary DNA (cDNA) of Paecilomyces tenuipes Jocheon-1 was obtained by screening the Paecilomyces tenuipes (P. tenuipes) Jocheon-1 Uni-Zap cDNA library and performing 5' RACE polymerase chain reaction (PCR). The P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 cDNA contained an open reading frame (ORF) of 2,139-basepair encoding 713 amino acid residues. The deduced amino acid sequence of the P. tenuipe s Jocheon-1 HSP88 cDNA showed 77% identity to Nectria haematococca HSP88 and 45-76% identity to other fungal homologous HSP88s. Phylogenetic analysis and BLAST program analysis confirmed that the deduced amino acid sequences of the P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 gene belonged to the ascomycetes group within the fungal clade. The P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 also contained the conserved ATPase domain at the N-terminal region. The cDNA encoding P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 was expressed as an 88 kilodalton (kDa) polypeptide in baculovirus-infected insect Sf9 cells. Under higher temperature conditions for the growth of the entomopathogenic fungus, mRNA expression of P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 was quantified by real time PCR (qPCR). The results showed that heat shock stress induced a higher level of mRNA expression compared to normal growth conditions.

• 고려인삼학회:학술대회논문집
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• 고려인삼학회 2002년도 학술대회지
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• pp.185-211
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• 2002

We have found many beneficial effects of the long-tenn intake of Korean red ginseng (KRG) in human immunodeficiency virus (HIV) type-I infected patients, including the maintenance of CD4+ T cell count for 10 years with KRG only and the delayed development of resistance mutation to ZDV. In this study, to investigate whether KRG-intake could affect the clinical progression and nef gene variation, we determined 200nef sequences from 70 patients. Follow-up period was $8.8{\pm}2.9$ years and annual decrease in CD4+T cell was $41{\pm}57/ul.$ Nested polymerase chain reaction (PCR) and direct sequencing were perfonned with peripheral blood mononuclear cells (PBMC) obtained at times during the study period. First, there was a significant correlation between survival duration and duration of KRG-intake $(36.8{\pm}38$ months)(P=0.000). There were significant correlations between the last NefProg score and CD4+ T cell count (r= 0.208, P<0.05) and annual decrease in CD4+ T cell count (r =0.346, P<0.01) in 70 patients. In addition, there were significant correlations between KRG-intake and annual decrease (r= 0.323, P<0.01), and the CD4+ T cell count itself (r=0.229, p<0.05). Furthennore, there was also a mild significance between the NefProg score and the duration of KRG-intake in only SP and RP (n=30, r=-0.281, P=0.067). In addition, we detected various defects in 21 patients $(30.0\%),$ not including 5 premature stop codons. Ten $(12.5\%)$ patients showed repeated deletion of an amino acid. Four of 10 patients were gross deletions and they were treated with KRG for more than 20 months. The number of patients with repeated gross deletions was significantly higher in the order of slow progressors $(18\%)$, typical progressors($3\%$), and rapid progressors($0\%$) (P<0.05). We also observed that long-tenn intake of KRG might make the change from A or D to T at position 54 and decrease NefProg score. Taken together, our results show clear evidence that the long-term intake of KRG has effects on nef gene variation as well as definite clinical usefulness.

• 한국어병학회지
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• 제35권1호
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• pp.27-40
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• 2022

2019년부터 2020년도까지 국내로 수입 및 유통되고 있는 냉동 새우에 대하여 갑각류 전염병인 전염성피하및조혈기괴사증(infectious hypodermal andhematopoietic necrosis, IHHN), 노란머리병(yellow head disease, YHD), 타우라증후군(taura syndrome, TS), 전염성근괴사증(infectious myonecrosis, IMN)의 병원체 유전자 검출 여부를 조사하였다. Polymerase chain reaction (PCR) 분석을 수행한 결과 5개 국가에서 수입된 총 10개 그룹의 시료에서 YHV (1/10), IHHNV (2/10)가 검출되었으며 TSV와 IMNV는 검출되지 않았다. 또한, 검출된 IHHNV의 경우 type A IHHNV related gene을 증폭시킬 수 있는 MG831F/R primer를 이용한 PCR 결과에서도 양성으로 확인되었다. 유전자가 검출된 시료에 대해 염기서열 및 계통학적 분석 결과 YHV는 genotype 3 (YHV3)로 분류되었으며 IHHNV는 infectious IHHNV type 2 로 분류되었다. PCR 양성 조직 시료를 마쇄 후 흰다리새우에 인위 감염 실험을 수행한 결과, 폐사는 나타나지 않았으나 접종한 바이러스 유전자는 검출되었다. 이러한 결과는 YHV3와 IHHNV가 냉동 새우의 수입 과정에서 국내로 유입되고 있음을 시사한다. 본 연구에서 검출된 YHV3와 IHHNV는 병원성이 없는 유전형 또는 수입 및 유통 과정에서 불활화에 따라 흰다리새우에 폐사를 유발하기에는 감염성이 낮은 수준의 형태로 존재하고 있을 것으로 사료된다.

• 한국해양학회지:바다
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• 제6권2호
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• pp.81-92
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• 2001

황해 중동부 해역 ($36^{\circ}00'N{\sim}36^{\circ}45'N$,$\;125^{\circ}00'E{\sim}125^{\circ}45'E$)에 분포하는 퇴적층을 대상으로 획득한 고해상 탄성파탐사자료(에어건, 스파커, SBP)와 심부 시추시료(YSDP 105, ${\sim}$64m 깊이)의 종합분석에 따라, 연구 해역의 층서모델을 설정하고 탄성 -음향 모델링을 수행하였다. 층서모델은 탄성파${\cdot}$암${\cdot}$시 층서 단위들을 비교 분석하여 각 지층단위의 음향학적 특성, 퇴적과정, 생성시기를 규명하였다 또한 단위층 형성과정을 해수면 변동과 관련지어 순차층서를 복원하였다. 각 순차층은 육성 또는 천해성 기원이며 조립질의 저해수면 퇴적계와 조석 기원 세립질의 해침-고해수면 퇴적계로 구성되어 있다. 탄성-음향 모델링의 매개변수 산출을 위해, 0.S~90 cm 심도 간격으로 측정된 시추코아의 121 개 평균입도 자료를, Hamilton의 회귀식과 퇴적심도에 따른 변화구배를 이용하여, 전밀도(bulk density)값과 종파속도값으로 변환${\cdot}$계산하였다. 외삽${\cdot}$보정된 121 쌍의 전밀도${\cdot}$종파속도 물성값은 설정된 층서모델에서 제시된 단위층 별로 평균하여 각 단위층의 대표값으로 산출하였다. 퇴적층 내의 탄성-음향 전파 모델링을 위해, 층서모델의 각 단위층에 전밀도와 종파속도의 대표값을 입력 매개변수값으로 부여한 후, 층서 구성 단위층들을 유한요소격자로 분해하였다. 파선추적법의 컴퓨터 모델링 결과, 탄성-음향의 전파는 층서모델을 구성하는 단위층 경계면의 불규칙성과 저속도층의 다수 존재에 의하여 매우 복잡한 음경로를 보이며, 음원의 위치에 따라 탄성-음파의 암영대가 달리 존재함을 확인하였다. 것으로 보아 층 2는 고에너지환경에서 형성되었음을 시사한다. 또한 층 2에서 Al의 증가는 쇄설기원 물질의 유입에 의한 것으로 추정된다. 플라이오세 이후에 형성된 층 1은 치밀한 조직을 보이며, 형성 이후 속성작용을 받지 않았다.선택적으로 분해되는 것으로 여겨진다.두냔 tsuchigae, S. nigripinni morii, M. jeoni, C. splendidus, P. koreanus, C. lutheri, I. koreensis, C. herzi, R. brunneus 등으로 본 종들의 서식 상태는 하천의 오염 정도 및 하천개수와 직접적인 관계가 있으므로 어류서식 환경을 유지시키기 위해서 보다 적극적인 하천 수질관리의 대책과 방안이 수립되어야 될 것으로 사료된다.와 운동, H-R도상에서의 별의 특성과 진화 등이다. 탐구 과정에 대한 학생의 성취도는 비교적 높으므로 이해도가 상대적으로 낮은 영역에 대해 학생의 오답 유형을 참고하여 기본 개념 지도에 보다 관심을 기울일 필요가 있다.Cr은 FW에서 전반적으로 감소하는 경향을 보였지만 SW에서는 실험 초기에 감소하다 24시간 이후에는 증가 후 일정한 양상을 보였다. Pb은 FW에서 전반적으로 감소했지만 SW에서는 초기에 급격히 증가 후 다시 급격히 감소하는 양상을 보였다 Pb 또한 Cu, Cd, As와 마찬가지로 SW1&2에서 제거속도가 가장 빠르게 나타났다. FW 상층수 중 Hg는 시간에 따라 급격히 감소했고, 제거속도는 Fw5&6에서 가장 느렸다. 이러한 결과에 근거할 때 벼가 자라고 있고 이분해성 유기물이 풍부한 FW1&2, FW3&4 토양과 상층수에서는 유기물의 분해 활동이 활발하였지만, 벼가 경작되지 않는 FW5&6과 SW 에서는 유기물이 상대적으로 결핍되어 유기물의 분해활동이 적었을 것으로 판단된다. 한편, 수조에 인위적으로 유기물을 첨가한 경우 박테리아 세포수는 SW1에서 164시간 동안 4배 증가하였으나 SW3과 SW5에서는 각각 2.7배, 1.

• 생명과학회지
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• 제20권3호
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• pp.336-344
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• 2010

본 연구는 2008년에서 2009년 동안 속초, 월성, 거제도, 여수, 거문도, 서남해역에서 채집된 대구어미를 대상으로 유전적 집단구조를 조사했다. 시험에 사용된 28 마리 중에서 8 종류의 haplotype이 발견되었다. 상호 유전자 비교시 0.2-2.2% 범위에서 유전자 변이율을 볼 수 있었다. Gal haplotype은 월성, 거제도, 여수, 거문도, 서남해역에서 모두 발견된 haplotype으로 우리나라 대구의 가장 대표적인 haplotype인 것으로 추측된다. 그러나 Ga2, Ga3, Ga6, Ga7 haplotype은 속초에서만 나타났다. 또한 유전자 상호관계 분석에서도 속초에서 나타난 haplotype은 독립적인 개체군을 형성하고 있으면 다른 haplotype과의 유연 성립율은 50% 이하로 나타났다. 속초를 제외한 나머지 지역의 지역적 유전거리는 -0.0123 에서 -0.0423 이면 유전적 이동률은 거의 무한대로 보여 동일한 집단을 형성하고 있는 것으로 보였다. 그러나 속초와는 현저한 유전적 거리를 나타내고 있고, 속초의 유전적 다양성이 가장 낮게 나타나서 속초의 대구 개체군은 소형임과 아울러 다른 지역관의 유전적 이동이 거의 차단된 것으로 보인다. 따라서 우리나라에서 어획되는 대구 계군은 속초를 제외하고 활발한 유전적 이동으로 동일한 유전적 집단을 형성하고 있는 것으로 보인다.